ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55299

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.016, 0.093, 0.169, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.093 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.064, 0.165, 0.266, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.165 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.103, 0.215, 0.326, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.215 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.176, 0.365, 0.553, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.365 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.209, 0.397, 0.586, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.397 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.179, 0.368, 0.558, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.368 std_dev=0.189
O2' B 0, 0.207, 0.399, 0.591, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.399 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.209, 0.411, 0.612, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.411 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.211, 0.426, 0.641, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.426 std_dev=0.215
P B 0, 0.313, 0.543, 0.774, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.543 std_dev=0.230
O4' B 0, 0.213, 0.445, 0.676, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.445 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.239, 0.475, 0.711, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.475 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.195, 0.435, 0.675, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.435 std_dev=0.240
O5' B 0, 0.239, 0.502, 0.766, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.502 std_dev=0.263
OP2 A 0, 0.209, 0.479, 0.749, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.479 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.178, 0.451, 0.724, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.451 std_dev=0.273
O3' B 0, 0.234, 0.510, 0.785, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.510 std_dev=0.276
O5' A 0, 0.188, 0.465, 0.742, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.465 std_dev=0.277
C5' A 0, 0.245, 0.522, 0.800, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.522 std_dev=0.277
P A 0, 0.213, 0.497, 0.781, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.497 std_dev=0.284
O2 B 0, 0.190, 0.482, 0.775, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.482 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.245, 0.539, 0.832, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.539 std_dev=0.294
OP1 B 0, 0.265, 0.561, 0.856, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.561 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.300, 0.609, 0.918, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.609 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.319, 0.631, 0.943, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.631 std_dev=0.312
OP1 A 0, 0.259, 0.583, 0.907, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.583 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.192, 0.518, 0.844, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.518 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.261, 0.607, 0.953, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.607 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.340, 0.689, 1.039, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.689 std_dev=0.349
C5 B 0, 0.336, 0.698, 1.061, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.698 std_dev=0.362
N4 B 0, 0.280, 0.675, 1.070, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.675 std_dev=0.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.06 0.02 0.09 0.14 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.09 0.11 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04
C4 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.15 0.09
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.11 0.16 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.06 0.00 0.12 0.16 0.10
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.09 0.15 0.08
N1 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.07 0.01 0.11 0.15 0.10
N2 0.04 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.06 0.03 0.09 0.14 0.09
N3 0.03 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.11 0.03 0.07 0.01 0.09 0.15 0.09
N7 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.06 0.02 0.11 0.16 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.13 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.07 0.03 0.08 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.12 0.07 0.13 0.14 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.09 0.05
O5' 0.04 0.06 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.11 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.12 0.03 0.07 0.00 0.13 0.16 0.10
OP1 0.04 0.09 0.07 0.08 0.09 0.05 0.11 0.05 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.07 0.07 0.11 0.03 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.03 0.06 0.15 0.02 0.16 0.02 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.16 0.13 0.04 0.14 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.01 0.04 0.09 0.02 0.10 0.02 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.11 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.21 0.21 0.22 0.25 0.22 0.28 0.21 0.28 0.24 0.22 0.25 0.20 0.23 0.24 0.26 0.22 0.18 0.16 0.16
C2 0.13 0.18 0.11 0.13 0.19 0.10 0.18 0.10 0.17 0.17 0.19 0.19 0.19 0.17 0.22 0.13 0.10 0.18 0.09 0.14
C2' 0.20 0.16 0.22 0.27 0.22 0.28 0.27 0.28 0.28 0.20 0.17 0.23 0.17 0.27 0.31 0.27 0.26 0.20 0.13 0.13
C3' 0.20 0.15 0.23 0.27 0.22 0.28 0.28 0.29 0.29 0.20 0.16 0.23 0.17 0.27 0.30 0.26 0.27 0.23 0.13 0.15
C4 0.20 0.20 0.14 0.13 0.22 0.14 0.24 0.14 0.24 0.22 0.21 0.22 0.19 0.13 0.16 0.21 0.15 0.16 0.11 0.12
C4' 0.20 0.17 0.22 0.26 0.23 0.27 0.28 0.28 0.28 0.21 0.18 0.24 0.17 0.24 0.29 0.25 0.27 0.22 0.18 0.18
C5 0.19 0.19 0.13 0.12 0.21 0.13 0.23 0.14 0.23 0.21 0.19 0.21 0.18 0.11 0.14 0.21 0.15 0.16 0.10 0.12
C5' 0.21 0.17 0.22 0.26 0.23 0.28 0.29 0.29 0.29 0.21 0.18 0.24 0.18 0.25 0.29 0.26 0.28 0.23 0.20 0.20
C6 0.16 0.17 0.10 0.10 0.19 0.10 0.20 0.10 0.20 0.18 0.18 0.19 0.16 0.10 0.16 0.18 0.11 0.16 0.08 0.12
C8 0.22 0.20 0.18 0.18 0.23 0.21 0.27 0.21 0.27 0.23 0.20 0.23 0.19 0.18 0.19 0.26 0.21 0.19 0.15 0.16
N1 0.13 0.17 0.10 0.12 0.18 0.09 0.18 0.09 0.17 0.16 0.18 0.19 0.16 0.14 0.20 0.15 0.10 0.18 0.09 0.14
N2 0.09 0.18 0.16 0.20 0.17 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.20 0.18 0.21 0.26 0.30 0.10 0.13 0.22 0.13 0.17
N3 0.18 0.21 0.12 0.11 0.22 0.10 0.22 0.10 0.22 0.21 0.22 0.22 0.21 0.13 0.18 0.17 0.11 0.17 0.09 0.12
N7 0.21 0.19 0.16 0.15 0.22 0.18 0.25 0.18 0.26 0.22 0.19 0.22 0.18 0.14 0.15 0.25 0.19 0.17 0.13 0.14
N9 0.22 0.21 0.18 0.18 0.24 0.19 0.26 0.18 0.27 0.23 0.21 0.24 0.20 0.19 0.19 0.25 0.19 0.17 0.14 0.15
O2' 0.12 0.16 0.16 0.25 0.19 0.27 0.23 0.29 0.22 0.15 0.17 0.21 0.21 0.21 0.32 0.20 0.25 0.20 0.12 0.14
O3' 0.19 0.14 0.22 0.26 0.21 0.28 0.29 0.31 0.28 0.18 0.16 0.22 0.20 0.27 0.30 0.24 0.26 0.30 0.13 0.17
O4' 0.24 0.21 0.23 0.24 0.25 0.25 0.28 0.24 0.28 0.24 0.22 0.25 0.20 0.25 0.26 0.27 0.24 0.21 0.20 0.19
O5' 0.20 0.17 0.19 0.22 0.23 0.25 0.29 0.27 0.29 0.21 0.18 0.24 0.19 0.21 0.24 0.26 0.26 0.22 0.18 0.18
O6 0.16 0.16 0.10 0.10 0.19 0.10 0.20 0.11 0.20 0.18 0.18 0.20 0.15 0.10 0.16 0.18 0.11 0.16 0.08 0.12
OP1 0.19 0.17 0.19 0.25 0.21 0.28 0.29 0.32 0.28 0.19 0.17 0.22 0.21 0.21 0.27 0.26 0.31 0.29 0.24 0.26
OP2 0.18 0.17 0.17 0.19 0.22 0.22 0.27 0.24 0.27 0.19 0.18 0.23 0.20 0.18 0.21 0.24 0.23 0.21 0.15 0.15
P 0.20 0.17 0.19 0.23 0.23 0.25 0.29 0.28 0.29 0.21 0.18 0.24 0.19 0.21 0.24 0.26 0.27 0.22 0.19 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.27 0.12 0.25
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.10 0.25 0.09 0.24
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.06 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.04 0.05 0.11 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.14 0.05
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.13 0.28 0.20 0.27
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.03 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.04 0.16 0.33 0.31 0.33
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.08 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.04 0.15 0.34 0.28 0.35
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.29 0.16 0.28
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.11 0.25 0.11 0.24
N4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.04 0.15 0.28 0.22 0.27
O2 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.02 0.09 0.22 0.04 0.20
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.10 0.09 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.10 0.02 0.05 0.08 0.13 0.02 0.00 0.01 0.13 0.33 0.28 0.19
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.12 0.36 0.20 0.31
O5' 0.08 0.10 0.02 0.05 0.13 0.01 0.16 0.01 0.15 0.10 0.11 0.15 0.09 0.04 0.13 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.27 0.25 0.09 0.14 0.28 0.12 0.33 0.10 0.34 0.29 0.25 0.28 0.22 0.10 0.33 0.36 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.06 0.14 0.20 0.03 0.31 0.02 0.28 0.16 0.11 0.22 0.04 0.09 0.28 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.24 0.09 0.05 0.27 0.09 0.33 0.01 0.35 0.28 0.24 0.27 0.20 0.05 0.19 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00