ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55300

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.015, 0.039, 0.064, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.015, 0.044, 0.073, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.044 std_dev=0.029
O2 B 0, 0.149, 0.517, 0.885, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.517 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.279, 0.672, 1.064, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.672 std_dev=0.392
N1 B 0, 0.417, 0.868, 1.319, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.868 std_dev=0.451
N3 B 0, 0.298, 0.798, 1.299, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.798 std_dev=0.500
C1' B 0, 0.380, 0.888, 1.396, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.888 std_dev=0.508
C2' B 0, 0.301, 0.828, 1.355, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.828 std_dev=0.527
C3' B 0, 0.437, 1.021, 1.605, 1.842 max_d=1.842 avg_d=1.021 std_dev=0.584
C6 B 0, 0.498, 1.113, 1.727, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.113 std_dev=0.614
O4' A 0, 0.089, 0.711, 1.333, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.711 std_dev=0.622
O2' B 0, 0.254, 0.880, 1.506, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.880 std_dev=0.626
O4' B 0, 0.437, 1.084, 1.730, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.084 std_dev=0.646
C4 B 0, 0.386, 1.064, 1.742, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.064 std_dev=0.678
O3' B 0, 0.417, 1.103, 1.789, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.103 std_dev=0.686
C2' A 0, 0.040, 0.733, 1.426, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.733 std_dev=0.693
C4' B 0, 0.486, 1.189, 1.891, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.189 std_dev=0.702
C5 B 0, 0.466, 1.208, 1.951, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.208 std_dev=0.743
C3' A 0, 0.142, 0.994, 1.845, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.994 std_dev=0.851
C5' B 0, 0.636, 1.488, 2.339, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.488 std_dev=0.852
N4 B 0, 0.388, 1.246, 2.104, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.246 std_dev=0.858
C4' A 0, 0.155, 1.059, 1.962, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.059 std_dev=0.903
O5' A 0, 0.354, 1.440, 2.526, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.440 std_dev=1.086
O3' A 0, 0.217, 1.329, 2.441, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.329 std_dev=1.112
O2' A 0, 0.153, 1.318, 2.483, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.318 std_dev=1.165
C5' A 0, 0.166, 1.474, 2.783, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.474 std_dev=1.308
O5' B 0, 1.356, 2.665, 3.975, 4.201 max_d=4.201 avg_d=2.665 std_dev=1.309
P A 0, 0.417, 1.797, 3.177, 4.236 max_d=4.236 avg_d=1.797 std_dev=1.380
OP1 A 0, 0.665, 2.424, 4.183, 5.415 max_d=5.415 avg_d=2.424 std_dev=1.759
OP2 A 0, 0.263, 2.045, 3.827, 4.947 max_d=4.947 avg_d=2.045 std_dev=1.782
P B 0, 2.270, 4.332, 6.394, 6.691 max_d=6.691 avg_d=4.332 std_dev=2.062
OP1 B 0, 2.667, 4.950, 7.232, 7.093 max_d=7.093 avg_d=4.950 std_dev=2.282
OP2 B 0, 2.782, 5.302, 7.822, 8.098 max_d=8.098 avg_d=5.302 std_dev=2.520

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.31 0.01 0.25 0.04 0.37 0.52 0.21
C2 0.04 0.00 0.41 0.38 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.26 0.20 0.22 0.03 0.59 0.55 0.11
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.20 0.01 0.08 0.21 0.15 0.22 0.31 0.49 0.40 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.52 0.09 0.51 0.71 0.49
C3' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.32 0.01 0.37 0.03 0.41 0.27 0.42 0.38 0.33 0.35 0.23 0.04 0.01 0.02 0.32 0.42 0.21 0.48 0.22
C4 0.02 0.01 0.20 0.32 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.10 0.26 0.03 0.52 0.68 0.18
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.21 0.11 0.13 0.09 0.21 0.10 0.32 0.03 0.01 0.03 0.15 0.03 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.37 0.01 0.14 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.11 0.07 0.35 0.02 0.55 0.87 0.26
C5' 0.07 0.08 0.21 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.11 0.17 0.08 0.11 0.08 0.19 0.05 0.12 0.22 0.01 0.02 0.14 0.12 0.21 0.03
C6 0.03 0.02 0.15 0.41 0.02 0.13 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.32 0.15 0.10 0.32 0.01 0.59 0.85 0.23
C8 0.01 0.01 0.22 0.27 0.01 0.21 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.46 0.12 0.18 0.48 0.02 0.46 0.99 0.38
N1 0.04 0.01 0.31 0.42 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.15 0.26 0.02 0.61 0.69 0.15
N2 0.05 0.00 0.49 0.38 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.33 0.25 0.21 0.02 0.61 0.45 0.11
N3 0.04 0.01 0.40 0.33 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.26 0.20 0.20 0.04 0.54 0.51 0.12
N7 0.01 0.02 0.13 0.35 0.01 0.21 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.49 0.16 0.13 0.47 0.02 0.51 1.07 0.39
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.08 0.04 0.31 0.03 0.46 0.70 0.23
O2' 0.03 0.16 0.01 0.04 0.18 0.32 0.35 0.12 0.32 0.46 0.19 0.25 0.16 0.49 0.24 0.00 0.04 0.23 0.47 0.40 0.37 0.84 0.47
O3' 0.31 0.26 0.01 0.01 0.13 0.03 0.11 0.22 0.15 0.12 0.20 0.33 0.26 0.16 0.08 0.04 0.00 0.24 0.32 0.18 0.49 0.49 0.35
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.18 0.15 0.25 0.20 0.13 0.04 0.23 0.24 0.00 0.13 0.09 0.34 0.36 0.17
O5' 0.25 0.22 0.52 0.32 0.26 0.03 0.35 0.02 0.32 0.48 0.26 0.21 0.20 0.47 0.31 0.47 0.32 0.13 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.42 0.03 0.15 0.02 0.14 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.40 0.18 0.09 0.35 0.00 0.62 0.94 0.27
OP1 0.37 0.59 0.51 0.21 0.52 0.03 0.55 0.12 0.59 0.46 0.61 0.61 0.54 0.51 0.46 0.37 0.49 0.34 0.01 0.62 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.55 0.71 0.48 0.68 0.26 0.87 0.21 0.85 0.99 0.69 0.45 0.51 1.07 0.70 0.84 0.49 0.36 0.01 0.94 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.11 0.49 0.22 0.18 0.06 0.26 0.03 0.23 0.38 0.15 0.11 0.12 0.39 0.23 0.47 0.35 0.17 0.01 0.27 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.34 0.33 0.31 0.60 0.37 0.70 0.49 0.65 0.44 0.43 0.65 0.24 0.63 0.50 0.52 0.62 0.71 0.83 0.83
C2 0.24 0.15 0.11 0.11 0.23 0.22 0.27 0.27 0.27 0.22 0.18 0.23 0.11 0.22 0.18 0.35 0.27 0.33 0.37 0.40
C2' 0.49 0.75 0.51 0.36 0.95 0.22 0.95 0.20 0.81 0.68 0.86 1.03 0.75 0.77 0.54 0.37 0.52 0.67 0.89 0.79
C3' 0.29 0.36 0.57 0.67 0.58 0.72 0.61 0.80 0.47 0.28 0.47 0.69 0.49 0.85 0.93 0.39 0.81 1.14 1.06 1.07
C4 0.32 0.26 0.24 0.23 0.41 0.34 0.49 0.42 0.47 0.36 0.30 0.42 0.19 0.42 0.34 0.49 0.47 0.56 0.61 0.64
C4' 0.38 0.24 0.69 0.83 0.57 0.80 0.69 0.86 0.61 0.37 0.36 0.66 0.23 0.93 1.12 0.51 0.87 1.12 1.07 1.08
C5 0.33 0.22 0.22 0.25 0.35 0.38 0.44 0.46 0.44 0.33 0.25 0.36 0.15 0.35 0.33 0.51 0.48 0.61 0.62 0.66
C5' 0.39 0.24 0.71 0.87 0.56 0.80 0.69 0.89 0.61 0.37 0.35 0.65 0.23 0.93 1.20 0.51 0.90 1.23 1.13 1.14
C6 0.31 0.16 0.18 0.21 0.25 0.35 0.32 0.41 0.34 0.27 0.19 0.26 0.11 0.27 0.26 0.46 0.40 0.52 0.51 0.56
C8 0.37 0.30 0.29 0.31 0.50 0.43 0.61 0.56 0.58 0.42 0.36 0.53 0.21 0.46 0.44 0.57 0.63 0.78 0.82 0.84
N1 0.26 0.14 0.13 0.15 0.21 0.27 0.25 0.31 0.27 0.22 0.17 0.22 0.10 0.21 0.19 0.38 0.30 0.39 0.40 0.44
N2 0.22 0.14 0.08 0.10 0.19 0.19 0.20 0.22 0.21 0.19 0.17 0.19 0.10 0.12 0.10 0.29 0.22 0.21 0.28 0.31
N3 0.26 0.24 0.20 0.16 0.36 0.24 0.41 0.30 0.39 0.31 0.28 0.37 0.18 0.40 0.28 0.40 0.35 0.41 0.48 0.49
N7 0.36 0.25 0.26 0.29 0.41 0.43 0.52 0.54 0.51 0.37 0.29 0.43 0.17 0.38 0.39 0.56 0.58 0.73 0.74 0.78
N9 0.35 0.32 0.29 0.29 0.52 0.39 0.61 0.49 0.58 0.42 0.38 0.55 0.22 0.52 0.43 0.54 0.58 0.69 0.76 0.77
O2' 0.74 0.78 0.81 0.80 1.05 0.72 1.16 0.69 1.06 0.85 0.87 1.10 0.70 0.97 0.85 0.73 0.91 0.90 1.21 1.07
O3' 0.83 0.43 1.10 1.26 0.49 1.35 0.63 1.37 0.65 0.57 0.36 0.58 0.57 1.29 1.46 1.00 1.28 1.46 1.35 1.40
O4' 0.50 0.38 0.69 0.75 0.61 0.73 0.75 0.78 0.71 0.52 0.43 0.65 0.28 0.89 0.95 0.66 0.83 0.95 0.99 1.01
O5' 0.39 0.19 0.69 0.84 0.45 0.78 0.60 0.88 0.57 0.34 0.25 0.51 0.27 0.89 1.14 0.54 0.92 1.23 1.14 1.17
O6 0.32 0.15 0.19 0.22 0.23 0.37 0.30 0.43 0.32 0.26 0.18 0.24 0.11 0.26 0.26 0.47 0.41 0.54 0.51 0.57
OP1 0.48 0.24 0.85 0.92 0.35 0.79 0.52 0.84 0.49 0.34 0.19 0.42 0.41 1.09 1.25 0.50 0.88 1.27 1.14 1.14
OP2 0.50 0.43 0.65 0.85 0.62 0.81 0.72 0.94 0.68 0.51 0.51 0.68 0.42 0.78 1.16 0.66 0.99 1.29 1.19 1.22
P 0.41 0.20 0.67 0.83 0.47 0.77 0.63 0.89 0.59 0.37 0.27 0.53 0.20 0.84 1.13 0.57 0.93 1.25 1.16 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.15 0.11 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.02 0.18 0.20 0.22 0.17
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.11 0.01 0.01 0.01 0.11 0.20 0.09 0.04
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.08 0.08 0.12 0.02 0.01 0.02 0.16 0.26 0.18 0.10
C4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.05 0.25 0.32 0.38 0.30
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.17 0.08 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.26 0.33 0.38 0.32
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.23 0.24 0.24 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.17 0.17 0.16 0.14
N3 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.02 0.11 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.22 0.25 0.30 0.24
N4 0.02 0.02 0.07 0.08 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.11 0.05 0.27 0.37 0.44 0.35
O2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.13 0.02 0.15 0.19 0.19 0.15
O2' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.02 0.02 0.07 0.20 0.11 0.11
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.10 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.10 0.11 0.13 0.02 0.00 0.03 0.20 0.31 0.25 0.14
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.15 0.19 0.15
O5' 0.09 0.18 0.11 0.16 0.25 0.03 0.26 0.01 0.23 0.17 0.22 0.27 0.15 0.07 0.20 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.15 0.20 0.20 0.26 0.32 0.17 0.33 0.15 0.24 0.17 0.25 0.37 0.19 0.20 0.31 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.22 0.09 0.18 0.38 0.08 0.38 0.03 0.24 0.16 0.30 0.44 0.19 0.11 0.25 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.04 0.10 0.30 0.07 0.32 0.01 0.23 0.14 0.24 0.35 0.15 0.11 0.14 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00