ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55301

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.014, 0.050, 0.085, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.050 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.017, 0.058, 0.099, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.058 std_dev=0.041
N1 B 0, 0.083, 0.284, 0.484, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.284 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.091, 0.312, 0.532, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.312 std_dev=0.220
O2 B 0, 0.136, 0.465, 0.793, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.465 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.144, 0.491, 0.838, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.491 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.152, 0.518, 0.884, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.518 std_dev=0.366
N3 B 0, 0.159, 0.543, 0.927, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.543 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.179, 0.612, 1.045, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.612 std_dev=0.433
C4 B 0, 0.182, 0.622, 1.061, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.622 std_dev=0.440
C2' B 0, 0.183, 0.626, 1.069, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.626 std_dev=0.443
O4' B 0, 0.187, 0.639, 1.091, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.639 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.248, 0.848, 1.448, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.848 std_dev=0.600
C3' B 0, 0.262, 0.895, 1.528, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.895 std_dev=0.633
N4 B 0, 0.263, 0.897, 1.532, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.897 std_dev=0.634
C4' B 0, 0.270, 0.920, 1.571, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.920 std_dev=0.651
O5' B 0, 0.290, 0.990, 1.690, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.990 std_dev=0.700
C5' B 0, 0.302, 1.032, 1.762, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.032 std_dev=0.730
P B 0, 0.330, 1.126, 1.922, 1.693 max_d=1.693 avg_d=1.126 std_dev=0.796
OP2 B 0, 0.337, 1.149, 1.961, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.149 std_dev=0.812
C2' A 0, 0.349, 1.190, 2.031, 1.786 max_d=1.786 avg_d=1.190 std_dev=0.841
O4' A 0, 0.357, 1.219, 2.081, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.219 std_dev=0.862
O3' B 0, 0.363, 1.238, 2.113, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.238 std_dev=0.875
O2' A 0, 0.392, 1.339, 2.285, 2.009 max_d=2.009 avg_d=1.339 std_dev=0.947
OP1 B 0, 0.410, 1.400, 2.390, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.400 std_dev=0.990
C4' A 0, 0.512, 1.748, 2.984, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.748 std_dev=1.236
C3' A 0, 0.552, 1.884, 3.217, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.884 std_dev=1.332
O3' A 0, 0.754, 2.575, 4.396, 3.866 max_d=3.866 avg_d=2.575 std_dev=1.821
O5' A 0, 0.755, 2.576, 4.398, 3.877 max_d=3.877 avg_d=2.576 std_dev=1.822
OP2 A 0, 0.885, 3.021, 5.157, 4.545 max_d=4.545 avg_d=3.021 std_dev=2.136
C5' A 0, 0.889, 3.036, 5.182, 4.563 max_d=4.563 avg_d=3.036 std_dev=2.147
P A 0, 0.909, 3.105, 5.301, 4.673 max_d=4.673 avg_d=3.105 std_dev=2.196
OP1 A 0, 1.141, 3.896, 6.650, 5.861 max_d=5.861 avg_d=3.896 std_dev=2.755

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.41 0.15
C2 0.03 0.00 0.31 0.29 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.38 0.17 0.26 0.01 0.05 0.19 0.07
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.00 0.07 0.00 0.13 0.15 0.23 0.37 0.30 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.10 0.11 0.28 0.01
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.00 0.08 0.00 0.14 0.15 0.24 0.35 0.27 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.11 0.21 0.20 0.08
C4 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.17 0.09 0.25 0.00 0.01 0.26 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.34 0.09
C5 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.04 0.28 0.00 0.04 0.21 0.01
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.26 0.00
C6 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.18 0.07 0.30 0.00 0.02 0.14 0.06
C8 0.01 0.01 0.15 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.09 0.24 0.01 0.12 0.34 0.11
N1 0.02 0.00 0.23 0.24 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.31 0.13 0.29 0.01 0.02 0.15 0.08
N2 0.04 0.00 0.37 0.35 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.49 0.20 0.25 0.01 0.08 0.18 0.09
N3 0.03 0.00 0.30 0.27 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.34 0.16 0.23 0.00 0.03 0.24 0.03
N7 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.05 0.28 0.01 0.10 0.23 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.01 0.06 0.35 0.08
O2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.00 0.05 0.00 0.10 0.10 0.19 0.32 0.24 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.33 0.08
O3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.17 0.01 0.09 0.00 0.18 0.18 0.31 0.49 0.34 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.15 0.30 0.14 0.13
O4' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.09 0.13 0.20 0.16 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.13 0.48 0.23
O5' 0.08 0.26 0.19 0.24 0.25 0.00 0.28 0.00 0.30 0.24 0.29 0.25 0.23 0.28 0.20 0.07 0.21 0.05 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.10 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.05 0.31 0.00 0.04 0.10 0.06
OP1 0.06 0.05 0.11 0.21 0.01 0.04 0.04 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.03 0.10 0.06 0.07 0.30 0.13 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.41 0.19 0.28 0.20 0.26 0.34 0.21 0.26 0.14 0.34 0.15 0.18 0.24 0.23 0.35 0.33 0.14 0.48 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.06 0.11 0.08 0.09 0.03 0.04 0.08 0.08 0.13 0.23 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.03 0.24 0.31 0.01 0.34 0.10 0.34 0.16 0.10 0.06 0.04 0.10 0.26 0.36 0.27 0.31 0.28 0.21 0.24
C2 0.17 0.09 0.22 0.22 0.17 0.24 0.07 0.21 0.02 0.04 0.20 0.23 0.09 0.32 0.28 0.19 0.17 0.18 0.06 0.11
C2' 0.16 0.47 0.09 0.02 0.46 0.12 0.32 0.18 0.24 0.31 0.53 0.50 0.50 0.01 0.11 0.02 0.10 0.14 0.04 0.06
C3' 0.06 0.37 0.20 0.34 0.45 0.43 0.28 0.47 0.13 0.17 0.49 0.54 0.38 0.30 0.49 0.20 0.33 0.40 0.11 0.26
C4 0.18 0.09 0.24 0.28 0.12 0.30 0.01 0.28 0.07 0.05 0.17 0.17 0.14 0.32 0.35 0.23 0.25 0.25 0.13 0.18
C4' 0.41 0.04 0.58 0.73 0.02 0.77 0.13 0.77 0.26 0.22 0.06 0.10 0.00 0.64 0.87 0.52 0.64 0.65 0.42 0.53
C5 0.17 0.09 0.24 0.29 0.13 0.31 0.02 0.30 0.07 0.05 0.18 0.19 0.14 0.34 0.38 0.23 0.26 0.27 0.15 0.20
C5' 0.57 0.13 0.83 1.01 0.03 1.01 0.20 1.00 0.36 0.34 0.01 0.09 0.11 0.93 1.25 0.66 0.83 0.90 0.57 0.71
C6 0.17 0.09 0.24 0.28 0.16 0.29 0.05 0.27 0.04 0.04 0.19 0.23 0.12 0.35 0.36 0.21 0.23 0.25 0.12 0.17
C8 0.17 0.08 0.24 0.32 0.08 0.35 0.04 0.35 0.11 0.06 0.14 0.13 0.15 0.30 0.41 0.24 0.31 0.33 0.21 0.26
N1 0.16 0.09 0.23 0.24 0.17 0.26 0.07 0.23 0.02 0.03 0.20 0.24 0.09 0.34 0.32 0.19 0.19 0.21 0.08 0.13
N2 0.15 0.07 0.19 0.17 0.19 0.19 0.10 0.16 0.01 0.03 0.20 0.26 0.01 0.29 0.22 0.15 0.13 0.13 0.02 0.06
N3 0.18 0.09 0.23 0.24 0.13 0.26 0.03 0.23 0.05 0.05 0.18 0.18 0.12 0.31 0.30 0.21 0.20 0.19 0.09 0.13
N7 0.17 0.09 0.25 0.32 0.11 0.34 0.01 0.34 0.09 0.05 0.16 0.17 0.15 0.32 0.42 0.24 0.30 0.32 0.19 0.24
N9 0.18 0.08 0.24 0.30 0.07 0.33 0.04 0.32 0.11 0.06 0.13 0.12 0.14 0.29 0.37 0.24 0.29 0.28 0.18 0.23
O2' 0.36 0.51 0.32 0.25 0.44 0.16 0.35 0.08 0.34 0.43 0.51 0.43 0.53 0.27 0.19 0.26 0.11 0.07 0.16 0.11
O3' 0.07 0.52 0.06 0.21 0.65 0.32 0.47 0.40 0.30 0.32 0.67 0.76 0.51 0.18 0.38 0.08 0.23 0.34 0.01 0.18
O4' 0.54 0.24 0.67 0.76 0.21 0.76 0.33 0.69 0.43 0.39 0.16 0.15 0.18 0.70 0.85 0.61 0.64 0.58 0.46 0.51
O5' 0.50 0.18 0.73 0.83 0.07 0.78 0.18 0.70 0.31 0.32 0.07 0.02 0.18 0.85 1.04 0.52 0.59 0.59 0.35 0.45
O6 0.16 0.09 0.24 0.28 0.16 0.30 0.05 0.28 0.04 0.04 0.19 0.24 0.11 0.35 0.38 0.21 0.23 0.26 0.12 0.18
OP1 0.55 0.17 0.85 1.05 0.10 0.96 0.26 0.96 0.40 0.36 0.05 0.01 0.13 0.95 1.35 0.60 0.85 1.01 0.67 0.78
OP2 0.16 0.22 0.44 0.58 0.33 0.49 0.18 0.46 0.04 0.05 0.35 0.43 0.23 0.60 0.85 0.19 0.34 0.45 0.15 0.26
P 0.44 0.09 0.72 0.87 0.01 0.78 0.14 0.74 0.27 0.25 0.02 0.09 0.07 0.85 1.14 0.46 0.63 0.72 0.43 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02
N4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00