ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55302

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
OP2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O3' B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' B 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2' B 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4' B 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' B 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C1' B 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C5' B 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O4' B 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O5' B 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
P A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
N1 B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C6 B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
OP1 A 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
OP1 B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O2 B 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O5' A 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
OP2 B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
N4 B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04
OP1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04
C2' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C3' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03
C4' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03
C5' 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04
N2 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04
N3 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
N9 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
O2' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04
O3' 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
O5' 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.10 0.10 0.10 0.07 0.03 0.07 0.06 0.02 0.08 0.06
O6 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04
OP1 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03
OP2 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04
P 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00
N4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00