ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55303

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 11, 8, 14, 8, 6, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.041, 0.050, 0.059, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.050 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.020, 0.029, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.053, 0.067, 0.081, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.067 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.052, 0.067, 0.083, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.067 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.070, 0.087, 0.105, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.087 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.063, 0.084, 0.105, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.084 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.089, 0.113, 0.138, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.113 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.103, 0.127, 0.152, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.127 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.090, 0.116, 0.142, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.116 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.043, 0.069, 0.095, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.069 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.113, 0.145, 0.178, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.145 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.164, 0.206, 0.247, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.206 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.316, 0.404, 0.491, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.404 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.278, 0.368, 0.459, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.368 std_dev=0.090
O3' A 0, 0.483, 0.585, 0.686, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.585 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.436, 0.545, 0.653, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.545 std_dev=0.108
C2' B 0, 0.452, 0.566, 0.681, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.566 std_dev=0.115
C3' B 0, 0.460, 0.580, 0.699, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.580 std_dev=0.119
O3' B 0, 0.431, 0.558, 0.685, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.558 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.499, 0.629, 0.759, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.629 std_dev=0.130
C1' B 0, 0.329, 0.460, 0.592, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.460 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.740, 0.872, 1.004, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.872 std_dev=0.132
C4' B 0, 0.436, 0.577, 0.717, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.577 std_dev=0.141
O4' B 0, 0.422, 0.587, 0.752, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.587 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.791, 0.959, 1.126, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.959 std_dev=0.168
N9 B 0, 0.323, 0.492, 0.662, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.492 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.291, 0.465, 0.640, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.465 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.451, 0.629, 0.807, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.629 std_dev=0.178
O5' B 0, 0.473, 0.651, 0.829, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.651 std_dev=0.178
C4 B 0, 0.286, 0.475, 0.665, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.475 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.417, 0.621, 0.825, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.621 std_dev=0.204
N2 B 0, 0.568, 0.776, 0.984, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.776 std_dev=0.208
P B 0, 0.512, 0.730, 0.949, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.730 std_dev=0.219
C8 B 0, 0.538, 0.761, 0.984, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.761 std_dev=0.223
OP2 B 0, 0.514, 0.752, 0.990, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.752 std_dev=0.238
OP2 A 0, 1.143, 1.384, 1.625, 1.931 max_d=1.931 avg_d=1.384 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.474, 0.715, 0.956, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.715 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.545, 0.789, 1.032, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.789 std_dev=0.243
P A 0, 0.917, 1.165, 1.413, 1.820 max_d=1.820 avg_d=1.165 std_dev=0.248
O2' A 0, 1.364, 1.614, 1.865, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.614 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.508, 0.760, 1.012, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.760 std_dev=0.252
N7 B 0, 0.645, 0.901, 1.156, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.901 std_dev=0.255
O5' A 0, 1.633, 1.909, 2.185, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.909 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.550, 0.838, 1.125, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.838 std_dev=0.288
OP1 A 0, 1.301, 1.625, 1.948, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.625 std_dev=0.324
O6 B 0, 0.730, 1.072, 1.413, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.072 std_dev=0.341

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.12 0.11 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.06 0.06 0.01 0.13 0.14 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.17 0.15 0.09
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.21 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.13 0.14 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.01 0.18 0.16 0.08
C5' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.14 0.13 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.04 0.07 0.00 0.20 0.17 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.07 0.02 0.17 0.15 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.05 0.07 0.01 0.16 0.16 0.07
N2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.07 0.06 0.02 0.13 0.14 0.07
N3 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.05 0.06 0.01 0.12 0.13 0.06
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.08 0.01 0.22 0.17 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.11 0.13 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.21 0.20 0.12
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.11 0.08 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.24 0.08 0.07
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.12 0.10 0.06
O5' 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03 0.08 0.00 0.24 0.18 0.10
OP1 0.12 0.13 0.17 0.21 0.13 0.16 0.18 0.14 0.20 0.17 0.16 0.13 0.12 0.22 0.11 0.21 0.24 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.15 0.08 0.14 0.07 0.16 0.13 0.17 0.15 0.16 0.14 0.13 0.17 0.13 0.20 0.08 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.03 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.12 0.07 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.13 0.11 0.12 0.08 0.13 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10
C2 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10
C2' 0.13 0.10 0.10 0.09 0.13 0.11 0.15 0.12 0.14 0.19 0.11 0.09 0.11 0.18 0.15 0.12 0.08 0.15 0.11 0.15 0.12 0.13 0.12
C3' 0.12 0.09 0.08 0.08 0.12 0.10 0.15 0.12 0.14 0.19 0.11 0.08 0.09 0.18 0.14 0.11 0.07 0.14 0.11 0.15 0.13 0.14 0.13
C4 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07
C4' 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.16 0.09 0.08 0.09 0.15 0.12 0.13 0.10 0.14 0.11 0.12 0.14 0.14 0.14
C5 0.09 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07
C5' 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.16 0.08 0.09 0.08 0.16 0.12 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.15 0.15 0.15
C6 0.10 0.11 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10 0.07 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08
C8 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.12 0.10 0.09 0.07 0.12 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09
N1 0.11 0.12 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10
N2 0.15 0.10 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.15 0.10 0.09 0.12 0.14 0.15 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12 0.15 0.14 0.14
N3 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08 0.06 0.10 0.08 0.08
N7 0.09 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08
N9 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.07 0.12 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08
O2' 0.17 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.19 0.17 0.17 0.23 0.14 0.11 0.13 0.23 0.19 0.13 0.13 0.19 0.15 0.19 0.16 0.17 0.16
O3' 0.10 0.09 0.07 0.07 0.12 0.09 0.15 0.12 0.14 0.18 0.11 0.08 0.09 0.18 0.13 0.10 0.07 0.13 0.11 0.15 0.13 0.14 0.14
O4' 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.15 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11
O5' 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.17 0.08 0.08 0.07 0.16 0.12 0.12 0.09 0.14 0.11 0.12 0.15 0.14 0.14
O6 0.10 0.14 0.08 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.13 0.16 0.12 0.11 0.11 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08
OP1 0.18 0.13 0.15 0.17 0.16 0.21 0.20 0.27 0.18 0.27 0.14 0.16 0.13 0.27 0.20 0.16 0.17 0.23 0.26 0.20 0.33 0.31 0.32
OP2 0.19 0.18 0.13 0.11 0.21 0.13 0.25 0.14 0.25 0.28 0.22 0.16 0.18 0.29 0.23 0.14 0.13 0.20 0.14 0.28 0.16 0.18 0.17
P 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.10 0.15 0.13 0.14 0.20 0.10 0.08 0.08 0.20 0.14 0.12 0.09 0.15 0.12 0.16 0.16 0.15 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.08 0.11 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.10 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07
N2 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.14 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.08 0.11 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.14 0.10 0.05 0.03 0.05 0.00 0.02 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05
O5' 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.00 0.09 0.12 0.08
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.03 0.10 0.02 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00