ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55304

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 7, 4, 1, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.039 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.042 std_dev=0.028
N3 A 0, -0.004, 0.027, 0.058, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.027 std_dev=0.031
C1' A 0, -0.004, 0.028, 0.059, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.028 std_dev=0.031
C2 A 0, -0.006, 0.026, 0.057, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.026 std_dev=0.032
N2 A 0, -0.013, 0.061, 0.134, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.061 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.061, 0.138, 0.214, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.138 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.062, 0.158, 0.253, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.158 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.147, 0.270, 0.394, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.270 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.126, 0.257, 0.389, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.257 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.080, 0.245, 0.410, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.245 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.220, 0.392, 0.564, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.392 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.231, 0.424, 0.617, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.424 std_dev=0.193
P A 0, 0.278, 0.480, 0.681, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.480 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.340, 0.547, 0.755, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.547 std_dev=0.208
N9 B 0, 0.368, 0.581, 0.793, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.581 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.380, 0.599, 0.817, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.599 std_dev=0.219
C5' A 0, 0.216, 0.440, 0.664, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.440 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.319, 0.552, 0.785, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.552 std_dev=0.233
C8 B 0, 0.385, 0.618, 0.852, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.618 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.339, 0.574, 0.808, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.574 std_dev=0.234
O4' B 0, 0.488, 0.733, 0.978, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.733 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.340, 0.588, 0.837, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.588 std_dev=0.249
OP1 A 0, 0.248, 0.508, 0.769, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.508 std_dev=0.260
N7 B 0, 0.367, 0.631, 0.894, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.631 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.260, 0.525, 0.789, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.525 std_dev=0.264
C3' B 0, 0.433, 0.706, 0.980, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.706 std_dev=0.274
C6 B 0, 0.325, 0.600, 0.875, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.600 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.241, 0.518, 0.794, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.518 std_dev=0.276
N1 B 0, 0.282, 0.566, 0.849, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.566 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.485, 0.770, 1.055, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.770 std_dev=0.285
O3' B 0, 0.417, 0.710, 1.003, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.710 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.229, 0.523, 0.818, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.523 std_dev=0.295
O6 B 0, 0.350, 0.657, 0.964, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.657 std_dev=0.307
O5' B 0, 0.480, 0.800, 1.120, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.800 std_dev=0.320
N2 B 0, 0.176, 0.523, 0.870, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.523 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.568, 0.916, 1.263, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.916 std_dev=0.348
P B 0, 0.740, 1.157, 1.574, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.157 std_dev=0.417
OP1 B 0, 1.862, 2.545, 3.228, 3.245 max_d=3.245 avg_d=2.545 std_dev=0.683
OP2 B 0, 1.310, 2.029, 2.747, 3.100 max_d=3.100 avg_d=2.029 std_dev=0.718

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.10 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.03 0.21 0.10 0.10
C2 0.07 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.12 0.06 0.13 0.02 0.29 0.13 0.14
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.14 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.06 0.19 0.07 0.08
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.15 0.10 0.18 0.11 0.11
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.12 0.02 0.28 0.13 0.14
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.11 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.13 0.03 0.30 0.14 0.15
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.10 0.07 0.07 0.05 0.11 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.14 0.11 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.10 0.03 0.14 0.01 0.30 0.15 0.16
C8 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.06 0.14 0.04 0.29 0.14 0.15
N1 0.05 0.01 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.10 0.04 0.13 0.02 0.29 0.14 0.15
N2 0.10 0.01 0.14 0.11 0.02 0.08 0.02 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.21 0.16 0.10 0.14 0.04 0.29 0.13 0.15
N3 0.07 0.01 0.10 0.08 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.11 0.07 0.13 0.02 0.28 0.13 0.14
N7 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.05 0.14 0.05 0.31 0.16 0.16
N9 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.11 0.03 0.27 0.12 0.13
O2' 0.03 0.15 0.00 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.12 0.21 0.14 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.08 0.15 0.08 0.06
O3' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.10 0.12 0.10 0.16 0.11 0.12 0.05 0.05 0.00 0.02 0.19 0.12 0.18 0.18 0.15
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.10 0.07 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.14 0.05 0.18 0.15 0.13
O5' 0.08 0.13 0.09 0.15 0.12 0.02 0.13 0.01 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.11 0.05 0.19 0.14 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.10 0.02 0.08 0.03 0.14 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.12 0.05 0.16 0.00 0.31 0.18 0.19
OP1 0.21 0.29 0.19 0.18 0.28 0.11 0.30 0.11 0.30 0.29 0.29 0.29 0.28 0.31 0.27 0.15 0.18 0.18 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.13 0.07 0.11 0.13 0.06 0.14 0.07 0.15 0.14 0.14 0.13 0.13 0.16 0.12 0.08 0.18 0.15 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.08 0.11 0.14 0.03 0.15 0.02 0.16 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.13 0.06 0.15 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.09 0.12 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.10 0.13 0.08 0.13 0.08 0.12 0.12 0.13 0.15 0.15 0.18 0.11 0.13 0.25 0.10
C2 0.16 0.11 0.15 0.16 0.13 0.15 0.11 0.18 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.14 0.16 0.17 0.16 0.22 0.10 0.18 0.36 0.19
C2' 0.11 0.09 0.13 0.14 0.09 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.10 0.15 0.07 0.15 0.10 0.15 0.17 0.14 0.18 0.16 0.14 0.26 0.11
C3' 0.11 0.09 0.13 0.14 0.09 0.15 0.12 0.15 0.13 0.13 0.10 0.15 0.09 0.14 0.10 0.17 0.18 0.15 0.13 0.16 0.14 0.23 0.10
C4 0.15 0.07 0.13 0.13 0.10 0.14 0.08 0.15 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.15 0.15 0.16 0.19 0.07 0.14 0.28 0.12
C4' 0.16 0.12 0.17 0.18 0.14 0.19 0.15 0.19 0.14 0.18 0.11 0.15 0.13 0.18 0.16 0.21 0.21 0.19 0.17 0.16 0.19 0.24 0.16
C5 0.16 0.07 0.14 0.14 0.10 0.14 0.08 0.15 0.07 0.12 0.07 0.08 0.09 0.09 0.13 0.17 0.14 0.17 0.20 0.07 0.14 0.27 0.12
C5' 0.22 0.12 0.22 0.25 0.17 0.28 0.18 0.29 0.15 0.23 0.12 0.14 0.14 0.22 0.21 0.26 0.28 0.27 0.27 0.17 0.28 0.29 0.26
C6 0.16 0.08 0.14 0.14 0.10 0.15 0.08 0.15 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.18 0.15 0.17 0.21 0.08 0.16 0.30 0.14
C8 0.16 0.08 0.13 0.13 0.11 0.15 0.10 0.15 0.09 0.14 0.08 0.10 0.09 0.12 0.14 0.16 0.14 0.18 0.18 0.09 0.14 0.23 0.10
N1 0.16 0.10 0.15 0.15 0.12 0.15 0.10 0.17 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.18 0.16 0.16 0.21 0.10 0.18 0.34 0.17
N2 0.19 0.16 0.18 0.20 0.17 0.19 0.17 0.23 0.16 0.18 0.16 0.15 0.17 0.17 0.18 0.18 0.21 0.19 0.24 0.16 0.23 0.42 0.24
N3 0.16 0.08 0.15 0.15 0.11 0.15 0.10 0.17 0.08 0.12 0.08 0.08 0.11 0.10 0.13 0.15 0.17 0.16 0.20 0.08 0.15 0.33 0.16
N7 0.17 0.08 0.14 0.14 0.11 0.16 0.09 0.16 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.11 0.14 0.18 0.15 0.18 0.19 0.08 0.14 0.24 0.11
N9 0.16 0.07 0.13 0.13 0.11 0.14 0.10 0.14 0.09 0.13 0.08 0.10 0.08 0.11 0.13 0.14 0.14 0.17 0.19 0.09 0.13 0.25 0.10
O2' 0.17 0.12 0.22 0.21 0.11 0.19 0.15 0.21 0.16 0.17 0.13 0.20 0.12 0.18 0.14 0.24 0.24 0.18 0.25 0.20 0.19 0.33 0.19
O3' 0.12 0.13 0.15 0.16 0.10 0.18 0.14 0.18 0.16 0.12 0.13 0.18 0.13 0.16 0.09 0.21 0.20 0.17 0.14 0.21 0.17 0.23 0.11
O4' 0.18 0.13 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.17 0.14 0.18 0.12 0.14 0.14 0.17 0.17 0.15 0.17 0.19 0.17 0.14 0.15 0.23 0.13
O5' 0.17 0.09 0.18 0.20 0.12 0.22 0.14 0.23 0.12 0.19 0.09 0.12 0.09 0.18 0.16 0.19 0.23 0.22 0.22 0.14 0.24 0.23 0.17
O6 0.17 0.09 0.15 0.15 0.11 0.16 0.09 0.16 0.08 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.13 0.20 0.16 0.18 0.21 0.09 0.17 0.29 0.14
OP1 0.23 0.20 0.20 0.20 0.20 0.25 0.19 0.27 0.18 0.24 0.19 0.23 0.19 0.22 0.22 0.20 0.19 0.27 0.25 0.18 0.23 0.19 0.17
OP2 0.11 0.11 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.16 0.11 0.15 0.11 0.16 0.13 0.10 0.14 0.15 0.11 0.14 0.15 0.21 0.09
P 0.15 0.09 0.12 0.13 0.11 0.17 0.13 0.19 0.11 0.18 0.09 0.12 0.08 0.17 0.15 0.12 0.14 0.20 0.18 0.13 0.19 0.19 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.15 0.04 0.09 0.22 0.10
C2 0.05 0.00 0.08 0.11 0.01 0.08 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.13 0.04 0.29 0.02 0.18 0.36 0.20
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.11 0.08 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.10 0.08 0.09 0.22 0.08
C3' 0.04 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.08 0.09 0.09 0.14 0.11 0.09 0.06 0.02 0.04 0.04 0.12 0.09 0.10 0.19 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.26 0.03 0.14 0.31 0.15
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.06 0.07 0.03 0.02 0.02 0.09 0.08 0.16 0.05
C5 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.26 0.03 0.14 0.31 0.15
C5' 0.06 0.16 0.02 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.20 0.22 0.18 0.16 0.15 0.23 0.16 0.07 0.08 0.03 0.01 0.22 0.10 0.16 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.09 0.03 0.27 0.01 0.15 0.33 0.17
C8 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.21 0.04 0.12 0.24 0.12
N1 0.04 0.01 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.10 0.03 0.29 0.02 0.17 0.35 0.19
N2 0.07 0.01 0.11 0.14 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.14 0.17 0.07 0.30 0.03 0.21 0.37 0.22
N3 0.05 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.12 0.04 0.26 0.03 0.17 0.33 0.18
N7 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.09 0.04 0.24 0.04 0.14 0.28 0.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.21 0.04 0.11 0.25 0.11
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.09 0.14 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.05 0.09 0.07 0.19 0.07
O3' 0.01 0.13 0.03 0.04 0.07 0.03 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.17 0.12 0.09 0.04 0.06 0.00 0.02 0.16 0.10 0.12 0.18 0.10
O4' 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.20 0.05 0.14 0.23 0.16
O5' 0.15 0.29 0.10 0.12 0.26 0.02 0.26 0.01 0.27 0.21 0.29 0.30 0.26 0.24 0.21 0.05 0.16 0.20 0.00 0.27 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.09 0.03 0.09 0.03 0.22 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.09 0.10 0.05 0.27 0.00 0.15 0.32 0.16
OP1 0.09 0.18 0.09 0.10 0.14 0.08 0.14 0.10 0.15 0.12 0.17 0.21 0.17 0.14 0.11 0.07 0.12 0.14 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01
OP2 0.22 0.36 0.22 0.19 0.31 0.16 0.31 0.16 0.33 0.24 0.35 0.37 0.33 0.28 0.25 0.19 0.18 0.23 0.03 0.32 0.03 0.00 0.02
P 0.10 0.20 0.08 0.08 0.15 0.05 0.15 0.03 0.17 0.12 0.19 0.22 0.18 0.14 0.11 0.07 0.10 0.16 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00