ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55306

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O4' A 0, -0.008, 0.077, 0.162, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.077 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.042, 0.140, 0.238, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.140 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.094, 0.198, 0.302, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.198 std_dev=0.104
OP2 A 0, 0.173, 0.322, 0.472, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.322 std_dev=0.149
OP1 A 0, 0.122, 0.277, 0.432, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.277 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.022, 0.179, 0.337, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.179 std_dev=0.157
C3' A 0, 0.070, 0.232, 0.393, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.232 std_dev=0.161
P A 0, 0.091, 0.256, 0.422, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.256 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.064, 0.242, 0.420, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.242 std_dev=0.178
O2' B 0, 0.191, 0.404, 0.617, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.404 std_dev=0.213
O3' A 0, 0.140, 0.366, 0.592, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.366 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.010, 0.268, 0.527, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.268 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.198, 0.473, 0.749, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.473 std_dev=0.276
O3' B 0, 0.176, 0.482, 0.787, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.482 std_dev=0.305
C1' B 0, 0.232, 0.544, 0.855, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.544 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.266, 0.591, 0.917, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.591 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.192, 0.527, 0.861, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.527 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.281, 0.637, 0.992, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.637 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.305, 0.661, 1.018, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.661 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.260, 0.620, 0.980, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.620 std_dev=0.360
N2 B 0, 0.333, 0.696, 1.060, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.696 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.259, 0.622, 0.986, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.622 std_dev=0.364
N9 B 0, 0.239, 0.604, 0.970, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.604 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.326, 0.732, 1.139, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.732 std_dev=0.406
C5 B 0, 0.272, 0.701, 1.130, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.701 std_dev=0.429
C5' B 0, 0.273, 0.708, 1.144, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.708 std_dev=0.436
C8 B 0, 0.243, 0.687, 1.131, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.687 std_dev=0.444
C6 B 0, 0.305, 0.753, 1.201, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.753 std_dev=0.448
N7 B 0, 0.259, 0.740, 1.222, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.740 std_dev=0.482
P B 0, 0.547, 1.050, 1.553, 1.845 max_d=1.845 avg_d=1.050 std_dev=0.503
O6 B 0, 0.317, 0.828, 1.339, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.828 std_dev=0.511
OP2 B 0, 0.770, 1.339, 1.908, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.339 std_dev=0.569
O5' B 0, 0.206, 0.788, 1.370, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.788 std_dev=0.582
OP1 B 0, 0.451, 1.361, 2.271, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.361 std_dev=0.910

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.09 0.12 0.14
C2 0.04 0.00 0.14 0.15 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.02 0.16 0.01 0.17 0.22 0.21
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.12 0.16 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.09 0.04 0.04
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.08 0.12 0.17 0.13 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.17 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.15 0.01 0.17 0.21 0.20
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.16 0.00 0.20 0.24 0.22
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.17 0.00 0.20 0.25 0.22
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.14 0.01 0.19 0.22 0.21
N1 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.24 0.22
N2 0.04 0.00 0.16 0.17 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.21 0.03 0.16 0.01 0.17 0.22 0.21
N3 0.04 0.00 0.14 0.13 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.15 0.03 0.15 0.01 0.16 0.20 0.20
N7 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.21 0.25 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.13 0.01 0.15 0.19 0.19
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.03 0.12 0.17 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.10 0.08 0.15 0.21 0.15 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.12 0.10 0.29 0.20 0.17
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.12 0.15
O5' 0.07 0.16 0.03 0.07 0.15 0.01 0.16 0.00 0.17 0.14 0.17 0.16 0.15 0.15 0.13 0.03 0.12 0.07 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.17 0.00 0.22 0.26 0.22
OP1 0.09 0.17 0.09 0.17 0.17 0.05 0.20 0.04 0.20 0.19 0.19 0.17 0.16 0.21 0.15 0.10 0.29 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.22 0.04 0.11 0.21 0.02 0.24 0.02 0.25 0.22 0.24 0.22 0.20 0.25 0.19 0.04 0.20 0.12 0.02 0.26 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.04 0.09 0.20 0.03 0.22 0.01 0.22 0.21 0.22 0.21 0.20 0.22 0.19 0.03 0.17 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.06 0.08 0.08 0.10 0.17 0.09 0.18 0.07 0.14 0.06 0.07 0.08 0.12 0.13 0.08 0.07 0.23 0.19 0.07 0.47 0.47 0.23
C2 0.26 0.28 0.20 0.19 0.25 0.23 0.24 0.24 0.25 0.24 0.26 0.30 0.26 0.24 0.25 0.17 0.17 0.29 0.26 0.24 0.55 0.51 0.28
C2' 0.16 0.08 0.06 0.07 0.11 0.15 0.11 0.17 0.10 0.14 0.09 0.08 0.09 0.13 0.14 0.06 0.06 0.21 0.21 0.10 0.40 0.46 0.20
C3' 0.17 0.10 0.07 0.09 0.14 0.19 0.16 0.23 0.15 0.19 0.12 0.10 0.11 0.19 0.16 0.08 0.07 0.25 0.28 0.16 0.33 0.43 0.18
C4 0.20 0.14 0.12 0.11 0.15 0.18 0.14 0.19 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.15 0.17 0.11 0.10 0.24 0.20 0.13 0.49 0.49 0.23
C4' 0.17 0.07 0.10 0.11 0.11 0.20 0.12 0.24 0.10 0.17 0.08 0.08 0.08 0.15 0.15 0.12 0.12 0.26 0.26 0.11 0.39 0.43 0.22
C5 0.19 0.14 0.11 0.10 0.14 0.18 0.14 0.19 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.16 0.10 0.09 0.24 0.21 0.15 0.47 0.49 0.23
C5' 0.16 0.08 0.14 0.16 0.11 0.22 0.13 0.27 0.12 0.17 0.09 0.09 0.09 0.16 0.14 0.17 0.19 0.25 0.29 0.13 0.37 0.40 0.22
C6 0.21 0.19 0.13 0.13 0.18 0.19 0.19 0.20 0.20 0.19 0.20 0.20 0.18 0.19 0.19 0.11 0.11 0.25 0.22 0.21 0.49 0.50 0.24
C8 0.16 0.08 0.08 0.08 0.10 0.17 0.09 0.19 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12 0.08 0.08 0.23 0.21 0.08 0.44 0.47 0.22
N1 0.24 0.25 0.18 0.17 0.23 0.21 0.23 0.22 0.25 0.23 0.26 0.27 0.24 0.23 0.23 0.15 0.15 0.27 0.25 0.25 0.53 0.51 0.26
N2 0.30 0.35 0.24 0.23 0.31 0.26 0.30 0.27 0.31 0.28 0.33 0.40 0.33 0.28 0.29 0.20 0.21 0.31 0.30 0.30 0.60 0.53 0.31
N3 0.24 0.21 0.17 0.17 0.21 0.21 0.19 0.22 0.19 0.21 0.19 0.23 0.22 0.19 0.22 0.15 0.15 0.27 0.24 0.17 0.54 0.50 0.26
N7 0.16 0.10 0.08 0.08 0.11 0.17 0.11 0.19 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.08 0.07 0.23 0.21 0.11 0.44 0.48 0.22
N9 0.17 0.08 0.08 0.08 0.11 0.17 0.10 0.18 0.09 0.13 0.08 0.09 0.10 0.12 0.13 0.08 0.08 0.23 0.19 0.08 0.47 0.48 0.22
O2' 0.16 0.06 0.07 0.08 0.10 0.13 0.10 0.15 0.08 0.13 0.06 0.06 0.07 0.12 0.13 0.08 0.08 0.19 0.18 0.08 0.44 0.48 0.22
O3' 0.17 0.13 0.11 0.13 0.17 0.20 0.20 0.25 0.20 0.23 0.16 0.12 0.14 0.23 0.19 0.15 0.12 0.25 0.33 0.21 0.27 0.40 0.16
O4' 0.18 0.06 0.09 0.10 0.11 0.20 0.11 0.21 0.09 0.16 0.07 0.07 0.08 0.14 0.15 0.09 0.08 0.25 0.21 0.08 0.47 0.45 0.24
O5' 0.17 0.10 0.11 0.14 0.12 0.23 0.12 0.28 0.12 0.16 0.10 0.10 0.10 0.15 0.15 0.12 0.14 0.25 0.31 0.12 0.37 0.42 0.23
O6 0.20 0.19 0.13 0.12 0.18 0.19 0.19 0.20 0.21 0.19 0.21 0.20 0.18 0.19 0.18 0.11 0.10 0.25 0.22 0.22 0.48 0.50 0.24
OP1 0.20 0.15 0.16 0.21 0.17 0.29 0.16 0.36 0.15 0.20 0.15 0.16 0.17 0.18 0.19 0.14 0.19 0.29 0.42 0.14 0.39 0.46 0.29
OP2 0.17 0.12 0.10 0.13 0.13 0.24 0.13 0.30 0.13 0.17 0.13 0.13 0.12 0.15 0.16 0.08 0.10 0.27 0.35 0.13 0.36 0.45 0.24
P 0.17 0.10 0.10 0.14 0.12 0.24 0.13 0.30 0.12 0.17 0.11 0.11 0.11 0.15 0.15 0.08 0.12 0.26 0.34 0.12 0.36 0.42 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.33 0.39 0.19
C2 0.04 0.00 0.10 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.04 0.13 0.01 0.45 0.56 0.28
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.13 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.53 0.41 0.23
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.12 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.59 0.34 0.25
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.12 0.01 0.43 0.54 0.28
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.20 0.09
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.13 0.00 0.46 0.58 0.32
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.13 0.00 0.48 0.59 0.33
C8 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.13 0.01 0.42 0.54 0.31
N1 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.13 0.00 0.47 0.58 0.31
N2 0.05 0.00 0.13 0.12 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.16 0.05 0.13 0.01 0.44 0.55 0.27
N3 0.04 0.00 0.10 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.04 0.12 0.01 0.42 0.53 0.26
N7 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.02 0.46 0.59 0.33
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.40 0.49 0.26
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.13 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.48 0.37 0.19
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.08 0.16 0.11 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.14 0.04 0.70 0.32 0.28
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.01 0.18 0.26 0.15
O5' 0.08 0.13 0.05 0.10 0.12 0.01 0.13 0.01 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.04 0.14 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.00 0.49 0.59 0.34
OP1 0.33 0.45 0.53 0.59 0.43 0.25 0.46 0.07 0.48 0.42 0.47 0.44 0.42 0.46 0.40 0.48 0.70 0.18 0.01 0.49 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.56 0.41 0.34 0.54 0.20 0.58 0.04 0.59 0.54 0.58 0.55 0.53 0.59 0.49 0.37 0.32 0.26 0.01 0.59 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.28 0.23 0.25 0.28 0.09 0.32 0.01 0.33 0.31 0.31 0.27 0.26 0.33 0.26 0.19 0.28 0.15 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00