ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 13, 10, 6, 3, 4, 6, 1, 1, 3, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.016, 0.046, 0.075, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.048 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.017, 0.051, 0.086, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.051 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.017, 0.056, 0.096, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.056 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.016, 0.063, 0.110, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.063 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.201, 0.414, 0.627, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.414 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.262, 0.476, 0.689, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.476 std_dev=0.214
C2' A 0, 0.033, 0.258, 0.482, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.258 std_dev=0.224
O4' A 0, -0.019, 0.216, 0.452, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.216 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.362, 0.601, 0.840, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.601 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.258, 0.510, 0.763, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.252
O2 B 0, 0.434, 0.766, 1.098, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.766 std_dev=0.332
C4' A 0, -0.036, 0.342, 0.719, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.342 std_dev=0.378
C3' A 0, -0.037, 0.366, 0.770, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.366 std_dev=0.404
C6 B 0, 0.250, 0.662, 1.074, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.662 std_dev=0.412
N3 B 0, 0.377, 0.796, 1.215, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.796 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.189, 0.628, 1.067, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.628 std_dev=0.439
O3' A 0, -0.029, 0.536, 1.101, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.536 std_dev=0.565
C4 B 0, 0.332, 0.909, 1.486, 2.821 max_d=2.821 avg_d=0.909 std_dev=0.577
C5 B 0, 0.278, 0.857, 1.437, 2.830 max_d=2.830 avg_d=0.857 std_dev=0.579
C2' B 0, 0.070, 0.696, 1.323, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.696 std_dev=0.627
OP1 A 0, 0.326, 0.971, 1.616, 4.270 max_d=4.270 avg_d=0.971 std_dev=0.645
C5' A 0, -0.079, 0.570, 1.219, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.570 std_dev=0.649
O5' A 0, 0.039, 0.701, 1.364, 2.990 max_d=2.990 avg_d=0.701 std_dev=0.662
P A 0, 0.151, 0.876, 1.602, 3.718 max_d=3.718 avg_d=0.876 std_dev=0.725
O4 B 0, 0.353, 1.158, 1.963, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.158 std_dev=0.805
O2' B 0, 0.186, 1.022, 1.859, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.022 std_dev=0.837
C4' B 0, -0.097, 0.744, 1.584, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.744 std_dev=0.840
OP2 A 0, 0.163, 1.063, 1.963, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.063 std_dev=0.900
C3' B 0, -0.166, 0.811, 1.788, 3.169 max_d=3.169 avg_d=0.811 std_dev=0.977
C5' B 0, -0.147, 0.995, 2.137, 3.983 max_d=3.983 avg_d=0.995 std_dev=1.142
O5' B 0, -0.132, 1.058, 2.249, 4.290 max_d=4.290 avg_d=1.058 std_dev=1.191
O3' B 0, -0.180, 1.162, 2.504, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.162 std_dev=1.342
P B 0, -0.209, 1.399, 3.006, 5.625 max_d=5.625 avg_d=1.399 std_dev=1.608
OP2 B 0, -0.086, 1.548, 3.181, 5.827 max_d=5.827 avg_d=1.548 std_dev=1.633
OP1 B 0, -0.162, 1.740, 3.642, 6.472 max_d=6.472 avg_d=1.740 std_dev=1.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.14 0.03 0.12 0.17 0.11
C2 0.04 0.00 0.19 0.23 0.01 0.07 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.28 0.09 0.22 0.02 0.14 0.27 0.15
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.03 0.07 0.03 0.10 0.11 0.15 0.22 0.19 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.09 0.19 0.14 0.10
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.03 0.18 0.16 0.21 0.25 0.21 0.16 0.09 0.03 0.01 0.02 0.18 0.19 0.27 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.05 0.22 0.02 0.13 0.25 0.14
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07 0.11 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.10 0.13 0.16 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.19 0.05 0.27 0.02 0.16 0.31 0.18
C5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.18 0.18 0.16 0.12 0.11 0.20 0.11 0.08 0.05 0.02 0.01 0.20 0.19 0.22 0.04
C6 0.03 0.01 0.10 0.18 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.23 0.06 0.27 0.01 0.18 0.33 0.20
C8 0.02 0.02 0.11 0.16 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.18 0.06 0.28 0.03 0.15 0.28 0.16
N1 0.04 0.01 0.15 0.21 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.26 0.08 0.25 0.02 0.16 0.31 0.18
N2 0.06 0.01 0.22 0.25 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.20 0.32 0.11 0.20 0.03 0.14 0.26 0.15
N3 0.04 0.01 0.19 0.21 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.24 0.08 0.20 0.02 0.13 0.24 0.14
N7 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.05 0.31 0.03 0.19 0.34 0.20
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.02 0.21 0.03 0.13 0.22 0.13
O2' 0.03 0.15 0.01 0.03 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.12 0.20 0.15 0.07 0.04 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06 0.17 0.13 0.09
O3' 0.02 0.28 0.02 0.01 0.17 0.03 0.19 0.05 0.23 0.18 0.26 0.32 0.24 0.20 0.09 0.06 0.00 0.03 0.19 0.24 0.34 0.24 0.18
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.11 0.08 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.12 0.07 0.18 0.20 0.16
O5' 0.14 0.22 0.15 0.18 0.22 0.02 0.27 0.01 0.27 0.28 0.25 0.20 0.20 0.31 0.21 0.08 0.19 0.12 0.00 0.29 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.19 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.24 0.07 0.29 0.00 0.20 0.37 0.22
OP1 0.12 0.14 0.19 0.27 0.13 0.13 0.16 0.19 0.18 0.15 0.16 0.14 0.13 0.19 0.13 0.17 0.34 0.18 0.03 0.20 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.27 0.14 0.15 0.25 0.16 0.31 0.22 0.33 0.28 0.31 0.26 0.24 0.34 0.22 0.13 0.24 0.20 0.02 0.37 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.10 0.13 0.14 0.06 0.18 0.04 0.20 0.16 0.18 0.15 0.14 0.20 0.13 0.09 0.18 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.17 0.74 1.03 0.16 0.93 0.28 0.99 0.38 0.28 0.20 0.29 0.82 1.32 0.18 0.63 0.94 1.20 0.91 0.96
C2 0.42 0.19 0.75 0.76 0.31 0.59 0.21 0.53 0.20 0.21 0.33 0.20 0.94 0.95 0.41 0.40 0.48 0.59 0.39 0.40
C2' 0.22 0.31 0.42 0.74 0.22 0.72 0.15 0.81 0.20 0.14 0.35 0.50 0.45 1.00 0.27 0.43 0.72 0.98 0.68 0.76
C3' 0.16 0.37 0.33 0.65 0.27 0.60 0.15 0.72 0.17 0.17 0.40 0.54 0.33 0.95 0.32 0.32 0.65 0.94 0.64 0.70
C4 0.47 0.19 0.81 0.93 0.23 0.78 0.20 0.76 0.28 0.26 0.28 0.24 1.01 1.17 0.31 0.53 0.69 0.85 0.60 0.64
C4' 0.25 0.21 0.50 0.86 0.14 0.75 0.21 0.89 0.28 0.16 0.24 0.38 0.46 1.18 0.17 0.44 0.86 1.22 0.90 0.95
C5 0.46 0.19 0.81 0.90 0.28 0.74 0.20 0.71 0.25 0.25 0.31 0.22 1.01 1.16 0.38 0.50 0.62 0.77 0.51 0.55
C5' 0.23 0.23 0.49 0.82 0.16 0.68 0.19 0.81 0.24 0.15 0.26 0.38 0.45 1.15 0.20 0.38 0.79 1.16 0.84 0.88
C6 0.43 0.20 0.78 0.82 0.34 0.64 0.22 0.58 0.21 0.22 0.34 0.19 1.00 1.06 0.46 0.43 0.50 0.61 0.37 0.39
C8 0.48 0.18 0.80 0.99 0.21 0.87 0.22 0.89 0.33 0.28 0.26 0.25 0.95 1.28 0.28 0.59 0.81 1.02 0.73 0.78
N1 0.41 0.20 0.75 0.75 0.36 0.57 0.24 0.51 0.20 0.21 0.35 0.18 0.96 0.97 0.48 0.38 0.43 0.53 0.32 0.33
N2 0.36 0.19 0.67 0.64 0.35 0.47 0.24 0.42 0.19 0.19 0.35 0.18 0.81 0.79 0.44 0.31 0.38 0.48 0.32 0.31
N3 0.45 0.19 0.80 0.87 0.24 0.70 0.20 0.68 0.26 0.25 0.28 0.25 1.00 1.07 0.32 0.49 0.62 0.77 0.55 0.57
N7 0.47 0.19 0.81 0.95 0.25 0.81 0.20 0.79 0.28 0.26 0.29 0.23 1.00 1.23 0.35 0.55 0.71 0.88 0.60 0.65
N9 0.47 0.18 0.80 0.99 0.20 0.87 0.23 0.88 0.33 0.28 0.25 0.26 0.95 1.27 0.25 0.59 0.82 1.03 0.75 0.80
O2' 0.29 0.26 0.41 0.81 0.17 0.86 0.26 1.00 0.33 0.21 0.26 0.45 0.31 1.05 0.18 0.57 0.92 1.21 0.92 1.00
O3' 0.23 0.46 0.19 0.48 0.33 0.47 0.22 0.64 0.21 0.27 0.47 0.64 0.17 0.75 0.36 0.27 0.58 0.90 0.61 0.68
O4' 0.43 0.16 0.73 1.06 0.18 0.92 0.33 1.02 0.41 0.30 0.18 0.26 0.74 1.39 0.18 0.61 1.00 1.33 1.02 1.07
O5' 0.32 0.23 0.58 0.84 0.23 0.70 0.26 0.78 0.31 0.24 0.27 0.32 0.60 1.14 0.25 0.44 0.76 1.05 0.77 0.80
O6 0.43 0.20 0.77 0.80 0.37 0.62 0.24 0.55 0.21 0.22 0.35 0.19 1.00 1.05 0.50 0.41 0.45 0.55 0.32 0.34
OP1 0.31 0.25 0.54 0.84 0.23 0.74 0.25 0.86 0.31 0.23 0.30 0.37 0.53 1.14 0.27 0.47 0.83 1.21 0.88 0.93
OP2 0.32 0.29 0.61 0.80 0.30 0.61 0.26 0.64 0.28 0.25 0.35 0.36 0.68 1.11 0.35 0.37 0.61 0.84 0.58 0.61
P 0.28 0.25 0.56 0.83 0.24 0.68 0.21 0.76 0.25 0.20 0.31 0.36 0.59 1.15 0.29 0.40 0.73 1.05 0.74 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.13 0.14 0.10
C2 0.04 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.04 0.15 0.20 0.24 0.16
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.11 0.04 0.08 0.19 0.00 0.02 0.09 0.01 0.07 0.20 0.13 0.09
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.15 0.06 0.09 0.18 0.03 0.01 0.11 0.02 0.09 0.24 0.14 0.13
C4 0.03 0.01 0.08 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.04 0.20 0.26 0.33 0.24
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.09 0.07 0.02 0.07 0.00 0.02 0.11 0.04 0.03
C5 0.03 0.02 0.10 0.15 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.18 0.02 0.05 0.20 0.27 0.33 0.25
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.14 0.09 0.11 0.10 0.07 0.04 0.15 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.15 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.17 0.02 0.05 0.19 0.22 0.27 0.21
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.15 0.18 0.22 0.15
N3 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.02 0.03 0.18 0.23 0.29 0.20
O2 0.07 0.01 0.19 0.18 0.02 0.09 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.17 0.21 0.03 0.08 0.15 0.20 0.23 0.15
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.03 0.09 0.17 0.00 0.05 0.09 0.06 0.07 0.20 0.12 0.09
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.04 0.17 0.06 0.12 0.21 0.05 0.00 0.15 0.02 0.14 0.32 0.21 0.20
O4 0.03 0.02 0.09 0.11 0.01 0.07 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.15 0.00 0.04 0.20 0.29 0.36 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.06 0.02 0.04 0.00 0.12 0.13 0.14 0.13
O5' 0.09 0.15 0.07 0.09 0.20 0.02 0.20 0.01 0.19 0.15 0.18 0.15 0.07 0.14 0.20 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.20 0.20 0.24 0.26 0.11 0.27 0.10 0.22 0.18 0.23 0.20 0.20 0.32 0.29 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.24 0.13 0.14 0.33 0.04 0.33 0.02 0.27 0.22 0.29 0.23 0.12 0.21 0.36 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.09 0.13 0.24 0.03 0.25 0.02 0.21 0.15 0.20 0.15 0.09 0.20 0.26 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00