ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 3, 10, 7, 8, 8, 6, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.017, 0.038, 0.059, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.023, 0.049, 0.076, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.049 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.024, 0.052, 0.081, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.052 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.033, 0.069, 0.104, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.069 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.030, 0.073, 0.116, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.073 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.039, 0.090, 0.142, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.090 std_dev=0.051
O2' B 0, 0.314, 0.442, 0.570, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.442 std_dev=0.128
C2' B 0, 0.312, 0.456, 0.600, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.456 std_dev=0.144
C1' B 0, 0.230, 0.375, 0.520, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.375 std_dev=0.145
O2 B 0, 0.241, 0.396, 0.550, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.396 std_dev=0.155
O4' B 0, 0.231, 0.394, 0.558, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.394 std_dev=0.163
O4' A 0, 0.088, 0.254, 0.420, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.254 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.083, 0.257, 0.432, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.257 std_dev=0.174
C4' B 0, 0.295, 0.469, 0.644, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.469 std_dev=0.175
C3' B 0, 0.338, 0.514, 0.689, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.514 std_dev=0.176
C2' A 0, 0.176, 0.357, 0.538, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.357 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.271, 0.457, 0.643, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.457 std_dev=0.186
O3' B 0, 0.373, 0.564, 0.755, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.564 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.271, 0.462, 0.653, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.462 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.150, 0.358, 0.565, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.358 std_dev=0.208
C5' B 0, 0.333, 0.545, 0.757, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.545 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.307, 0.546, 0.785, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.546 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.406, 0.656, 0.905, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.656 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.310, 0.568, 0.825, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.568 std_dev=0.257
OP2 A 0, 0.435, 0.694, 0.953, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.694 std_dev=0.259
P A 0, 0.461, 0.755, 1.050, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.755 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.347, 0.642, 0.937, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.642 std_dev=0.295
O5' A 0, 0.384, 0.681, 0.978, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.681 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.351, 0.661, 0.971, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.661 std_dev=0.310
C5' A 0, 0.227, 0.540, 0.854, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.540 std_dev=0.313
P B 0, 0.421, 0.741, 1.061, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.741 std_dev=0.320
OP1 A 0, 0.926, 1.258, 1.590, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.258 std_dev=0.332
OP1 B 0, 0.442, 0.789, 1.136, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.789 std_dev=0.347
O2' A 0, 0.486, 0.840, 1.194, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.840 std_dev=0.354
OP2 B 0, 0.444, 0.821, 1.197, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.821 std_dev=0.377
O4 B 0, 0.416, 0.793, 1.171, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.793 std_dev=0.378
O3' A 0, 0.089, 0.646, 1.203, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.646 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.25 0.00 0.06 0.02 0.15 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.14 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.39 0.11 0.09 0.01 0.19 0.12 0.10
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.13 0.07 0.17 0.09 0.18 0.14 0.14 0.06 0.01 0.10 0.03 0.26 0.09 0.34 0.22 0.28
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.03 0.08 0.13 0.07 0.08 0.06 0.13 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.26 0.06 0.08 0.01 0.18 0.11 0.10
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.02 0.23 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.19 0.03 0.11 0.01 0.21 0.13 0.12
C5' 0.04 0.11 0.13 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.07 0.13 0.25 0.02 0.01 0.11 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.23 0.05 0.11 0.00 0.21 0.14 0.13
C8 0.01 0.01 0.17 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.09 0.07 0.10 0.01 0.20 0.13 0.11
N1 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.32 0.08 0.10 0.00 0.20 0.13 0.12
N2 0.03 0.00 0.18 0.08 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.45 0.13 0.09 0.01 0.18 0.12 0.10
N3 0.02 0.00 0.14 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.38 0.11 0.08 0.01 0.18 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.14 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.10 0.05 0.12 0.01 0.22 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.18 0.10 0.09
O2' 0.03 0.18 0.01 0.04 0.14 0.23 0.27 0.13 0.26 0.36 0.18 0.26 0.18 0.39 0.17 0.00 0.18 0.14 0.21 0.33 0.36 0.12 0.24
O3' 0.25 0.39 0.10 0.02 0.26 0.05 0.19 0.25 0.23 0.09 0.32 0.45 0.38 0.10 0.18 0.18 0.00 0.12 0.30 0.20 0.37 0.45 0.44
O4' 0.00 0.11 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.13 0.11 0.05 0.01 0.14 0.12 0.00 0.12 0.04 0.19 0.14 0.14
O5' 0.06 0.09 0.26 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.07 0.21 0.30 0.12 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.20 0.04 0.13 0.00 0.23 0.15 0.14
OP1 0.15 0.19 0.34 0.09 0.18 0.06 0.21 0.06 0.21 0.20 0.20 0.18 0.18 0.22 0.18 0.36 0.37 0.19 0.02 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.22 0.11 0.11 0.04 0.13 0.03 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.45 0.14 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.28 0.12 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.24 0.44 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.15 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11
C2 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09
C2' 0.37 0.33 0.35 0.37 0.35 0.38 0.37 0.37 0.38 0.37 0.33 0.30 0.32 0.34 0.34 0.39 0.39 0.36 0.39 0.38
C3' 0.19 0.20 0.16 0.16 0.22 0.18 0.24 0.19 0.23 0.21 0.21 0.19 0.15 0.14 0.22 0.22 0.21 0.21 0.18 0.18
C4 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
C4' 0.13 0.13 0.11 0.11 0.14 0.12 0.15 0.12 0.15 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.15 0.11 0.11
C5 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
C5' 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.16 0.13 0.13
C6 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07
C8 0.09 0.11 0.09 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10
N1 0.07 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08
N2 0.09 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.14 0.13 0.10 0.09 0.14 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11
N3 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
N7 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09
N9 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09
O2' 0.73 0.52 0.74 0.84 0.54 0.89 0.64 0.89 0.70 0.66 0.48 0.42 0.67 0.82 0.50 0.84 0.88 0.88 0.86 0.88
O3' 0.61 0.64 0.53 0.51 0.67 0.52 0.68 0.48 0.67 0.65 0.66 0.60 0.44 0.42 0.68 0.62 0.54 0.43 0.49 0.47
O4' 0.19 0.19 0.17 0.17 0.19 0.17 0.20 0.16 0.20 0.19 0.19 0.18 0.17 0.15 0.19 0.20 0.17 0.18 0.16 0.15
O5' 0.12 0.13 0.11 0.11 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.16 0.11 0.12
O6 0.07 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07
OP1 0.18 0.19 0.17 0.16 0.20 0.16 0.19 0.15 0.19 0.19 0.19 0.20 0.18 0.16 0.20 0.18 0.15 0.18 0.13 0.14
OP2 0.13 0.14 0.12 0.13 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14 0.19 0.14 0.15
P 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.14 0.12 0.16 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.11 0.12 0.14 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.10 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.11 0.13 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
O5' 0.04 0.07 0.02 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.03 0.07 0.11 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.06 0.14 0.02 0.14 0.02 0.10 0.09 0.12 0.09 0.04 0.09 0.16 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.13 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00