ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55310

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 7, 14, 5, 3, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.023, 0.042, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.023, 0.049, 0.074, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.003, 0.022, 0.048, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.022 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.026, 0.056, 0.087, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.056 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.001, 0.038, 0.075, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.038 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.049 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.016, 0.088, 0.159, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.088 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.018, 0.132, 0.246, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.132 std_dev=0.114
C4' A 0, -0.002, 0.161, 0.323, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.161 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.049, 0.228, 0.406, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.228 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.052, 0.245, 0.438, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.245 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.064, 0.274, 0.484, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.274 std_dev=0.210
O2' B 0, 0.033, 0.244, 0.455, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.244 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.083, 0.296, 0.508, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.296 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.081, 0.295, 0.510, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.295 std_dev=0.214
C5' A 0, 0.015, 0.232, 0.449, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.232 std_dev=0.217
O2' A 0, 0.043, 0.264, 0.485, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.264 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.077, 0.304, 0.530, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.304 std_dev=0.226
C3' A 0, -0.042, 0.201, 0.445, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.201 std_dev=0.243
P A 0, 0.064, 0.311, 0.559, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.311 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.098, 0.346, 0.594, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.346 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.065, 0.330, 0.595, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.330 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.058, 0.328, 0.598, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.328 std_dev=0.270
OP2 A 0, 0.095, 0.366, 0.636, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.366 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.090, 0.362, 0.633, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.362 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.030, 0.303, 0.575, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.303 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.118, 0.396, 0.674, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.396 std_dev=0.278
OP1 A 0, 0.106, 0.391, 0.676, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.391 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.095, 0.399, 0.703, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.399 std_dev=0.304
O4 B 0, 0.145, 0.461, 0.777, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.461 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.007, 0.339, 0.671, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.339 std_dev=0.332
C5' B 0, 0.057, 0.420, 0.783, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.420 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.036, 0.462, 0.888, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.462 std_dev=0.426
P B 0, 0.077, 0.530, 0.982, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.530 std_dev=0.453
O3' A 0, -0.122, 0.335, 0.792, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.335 std_dev=0.457
OP1 B 0, 0.107, 0.576, 1.045, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.576 std_dev=0.469
OP2 B 0, 0.098, 0.578, 1.058, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.578 std_dev=0.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.07 0.13 0.08
C2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.07 0.09 0.01 0.09 0.16 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.08 0.08 0.04
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.17 0.18 0.13 0.10 0.08 0.20 0.10 0.02 0.01 0.01 0.07 0.19 0.10 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.04 0.09 0.02 0.09 0.16 0.10
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.04 0.07 0.05 0.10 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.08 0.08 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.21 0.04 0.11 0.01 0.12 0.18 0.12
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.09 0.07 0.06 0.14 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.14 0.08 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.17 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.23 0.05 0.12 0.01 0.13 0.19 0.14
C8 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.22 0.04 0.11 0.02 0.11 0.16 0.11
N1 0.05 0.00 0.07 0.13 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.17 0.06 0.11 0.01 0.11 0.18 0.12
N2 0.07 0.00 0.11 0.10 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.12 0.08 0.09 0.02 0.09 0.16 0.10
N3 0.05 0.01 0.08 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.07 0.09 0.01 0.08 0.16 0.09
N7 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.27 0.04 0.13 0.02 0.14 0.18 0.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.02 0.08 0.02 0.08 0.15 0.09
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.21 0.15 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.04 0.07 0.10 0.06 0.05
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.13 0.03 0.21 0.03 0.23 0.22 0.17 0.12 0.09 0.27 0.10 0.06 0.00 0.02 0.13 0.27 0.16 0.20 0.15
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.05 0.10 0.14 0.10
O5' 0.07 0.09 0.04 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.13 0.08 0.04 0.13 0.10 0.00 0.14 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.19 0.02 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.27 0.05 0.14 0.00 0.16 0.21 0.16
OP1 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.13 0.11 0.11 0.09 0.08 0.14 0.08 0.10 0.16 0.10 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.16 0.08 0.09 0.16 0.04 0.18 0.03 0.19 0.16 0.18 0.16 0.16 0.18 0.15 0.06 0.20 0.14 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.04 0.07 0.10 0.02 0.12 0.02 0.14 0.11 0.12 0.10 0.09 0.14 0.09 0.05 0.15 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.12 0.21 0.14 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15 0.13 0.13 0.10 0.30 0.14 0.20 0.16 0.22 0.19 0.17
C2 0.13 0.13 0.10 0.11 0.13 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.18 0.14 0.14 0.13 0.18 0.14 0.11
C2' 0.10 0.10 0.12 0.18 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10 0.10 0.10 0.10 0.15 0.31 0.10 0.12 0.16 0.22 0.19 0.16
C3' 0.11 0.10 0.12 0.21 0.10 0.17 0.11 0.24 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.34 0.10 0.13 0.24 0.31 0.26 0.25
C4 0.14 0.14 0.12 0.16 0.14 0.10 0.14 0.10 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.25 0.14 0.16 0.11 0.18 0.14 0.11
C4' 0.13 0.12 0.11 0.22 0.13 0.16 0.14 0.20 0.14 0.12 0.12 0.13 0.08 0.32 0.13 0.16 0.19 0.27 0.23 0.20
C5 0.14 0.14 0.12 0.16 0.14 0.10 0.14 0.10 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.26 0.14 0.16 0.11 0.18 0.14 0.11
C5' 0.14 0.13 0.12 0.22 0.14 0.16 0.15 0.21 0.15 0.14 0.14 0.14 0.10 0.31 0.14 0.16 0.20 0.29 0.24 0.21
C6 0.13 0.13 0.10 0.13 0.14 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.23 0.15 0.15 0.11 0.17 0.13 0.09
C8 0.15 0.14 0.13 0.20 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.13 0.30 0.15 0.17 0.14 0.21 0.17 0.15
N1 0.13 0.13 0.10 0.11 0.14 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.14 0.15 0.13 0.19 0.15 0.15 0.13 0.18 0.14 0.11
N2 0.14 0.13 0.11 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.14 0.16 0.18 0.21 0.17 0.15
N3 0.14 0.13 0.11 0.13 0.14 0.09 0.14 0.09 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.20 0.14 0.15 0.11 0.18 0.13 0.10
N7 0.14 0.14 0.12 0.18 0.14 0.11 0.14 0.12 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.28 0.14 0.16 0.12 0.20 0.15 0.12
N9 0.16 0.14 0.13 0.19 0.15 0.13 0.15 0.13 0.16 0.15 0.14 0.14 0.13 0.29 0.15 0.18 0.14 0.20 0.17 0.14
O2' 0.15 0.16 0.22 0.25 0.16 0.17 0.15 0.19 0.14 0.15 0.16 0.17 0.27 0.36 0.16 0.14 0.20 0.24 0.24 0.19
O3' 0.17 0.13 0.22 0.33 0.16 0.30 0.19 0.40 0.19 0.16 0.13 0.11 0.21 0.46 0.16 0.19 0.41 0.50 0.44 0.43
O4' 0.19 0.15 0.16 0.26 0.17 0.21 0.20 0.22 0.21 0.18 0.16 0.15 0.14 0.34 0.17 0.23 0.21 0.27 0.24 0.22
O5' 0.11 0.11 0.10 0.20 0.11 0.14 0.11 0.19 0.12 0.11 0.11 0.13 0.07 0.31 0.11 0.13 0.18 0.28 0.22 0.20
O6 0.12 0.14 0.10 0.13 0.14 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.15 0.15 0.13 0.23 0.15 0.15 0.11 0.17 0.13 0.09
OP1 0.12 0.12 0.10 0.20 0.12 0.16 0.13 0.24 0.13 0.12 0.12 0.13 0.09 0.28 0.13 0.14 0.21 0.35 0.25 0.25
OP2 0.14 0.15 0.15 0.24 0.15 0.15 0.14 0.18 0.14 0.14 0.16 0.17 0.13 0.35 0.15 0.15 0.19 0.27 0.23 0.19
P 0.12 0.12 0.11 0.22 0.12 0.15 0.12 0.19 0.12 0.11 0.12 0.13 0.08 0.32 0.12 0.14 0.19 0.29 0.23 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.14 0.15 0.16 0.10
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.22 0.19 0.20 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.14 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.21 0.09 0.11
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.14 0.07 0.08 0.12 0.02 0.01 0.11 0.02 0.20 0.26 0.11 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.04 0.28 0.24 0.28 0.24
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.05 0.06 0.10 0.02 0.07 0.00 0.02 0.12 0.13 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.04 0.30 0.25 0.28 0.25
C5' 0.05 0.13 0.03 0.01 0.19 0.01 0.20 0.00 0.18 0.13 0.16 0.11 0.08 0.07 0.20 0.01 0.01 0.13 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.04 0.27 0.22 0.23 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.22 0.18 0.19 0.15
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.26 0.22 0.24 0.20
O2 0.05 0.00 0.14 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.16 0.02 0.07 0.20 0.19 0.19 0.15
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.10 0.04 0.08 0.05 0.03 0.10 0.16 0.00 0.03 0.07 0.06 0.14 0.24 0.08 0.12
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.07 0.15 0.06 0.10 0.16 0.03 0.00 0.13 0.04 0.21 0.36 0.20 0.24
O4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.00 0.04 0.29 0.25 0.30 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.04 0.04 0.00 0.14 0.14 0.21 0.12
O5' 0.14 0.22 0.15 0.20 0.28 0.02 0.30 0.01 0.27 0.22 0.26 0.20 0.14 0.21 0.29 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.19 0.21 0.26 0.24 0.12 0.25 0.13 0.22 0.18 0.22 0.19 0.24 0.36 0.25 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.20 0.09 0.11 0.28 0.13 0.28 0.19 0.23 0.19 0.24 0.19 0.08 0.20 0.30 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.11 0.17 0.24 0.02 0.25 0.02 0.20 0.15 0.20 0.15 0.12 0.24 0.25 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00