ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55311

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.021, 0.042, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.020, 0.041, 0.063, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.020, 0.047, 0.074, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.049 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.013, 0.051, 0.089, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.051 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.016, 0.067, 0.119, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.067 std_dev=0.051
C8 A 0, 0.019, 0.088, 0.156, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.088 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.145, 0.332, 0.519, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.332 std_dev=0.187
O4' A 0, 0.045, 0.262, 0.478, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.262 std_dev=0.216
C4' A 0, 0.217, 0.522, 0.827, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.522 std_dev=0.305
O2' A 0, 0.052, 0.385, 0.718, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.385 std_dev=0.333
C3' A 0, 0.248, 0.593, 0.938, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.593 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.477, 0.931, 1.384, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.931 std_dev=0.453
C6 B 0, 0.582, 1.051, 1.521, 1.628 max_d=1.628 avg_d=1.051 std_dev=0.469
C5 B 0, 0.456, 0.926, 1.395, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.926 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.344, 0.829, 1.314, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.829 std_dev=0.485
N3 B 0, 0.578, 1.073, 1.568, 1.636 max_d=1.636 avg_d=1.073 std_dev=0.495
O4 B 0, 0.544, 1.070, 1.597, 1.847 max_d=1.847 avg_d=1.070 std_dev=0.527
N1 B 0, 0.587, 1.135, 1.684, 1.761 max_d=1.761 avg_d=1.135 std_dev=0.549
C2 B 0, 0.581, 1.174, 1.767, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.174 std_dev=0.593
O5' A 0, 0.284, 0.914, 1.544, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.914 std_dev=0.630
O3' A 0, 0.331, 0.983, 1.636, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.983 std_dev=0.652
O5' B 0, 0.683, 1.428, 2.174, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.428 std_dev=0.746
P A 0, 0.395, 1.148, 1.901, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.148 std_dev=0.753
O4' B 0, 0.612, 1.384, 2.156, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.384 std_dev=0.772
C1' B 0, 0.557, 1.383, 2.210, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.383 std_dev=0.826
OP1 A 0, 0.473, 1.304, 2.136, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.304 std_dev=0.831
O2 B 0, 0.557, 1.423, 2.288, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.423 std_dev=0.866
OP2 A 0, 0.375, 1.264, 2.153, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.264 std_dev=0.889
P B 0, 0.634, 1.615, 2.595, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.615 std_dev=0.981
C5' B 0, 0.655, 1.694, 2.733, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.694 std_dev=1.039
C4' B 0, 0.584, 1.635, 2.686, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.635 std_dev=1.051
C3' B 0, 0.492, 1.632, 2.772, 3.338 max_d=3.338 avg_d=1.632 std_dev=1.140
OP2 B 0, 0.585, 1.747, 2.908, 3.532 max_d=3.532 avg_d=1.747 std_dev=1.161
C2' B 0, 0.430, 1.652, 2.875, 3.316 max_d=3.316 avg_d=1.652 std_dev=1.223
O3' B 0, 0.428, 1.713, 2.999, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.713 std_dev=1.286
O2' B 0, 0.346, 1.632, 2.918, 3.461 max_d=3.461 avg_d=1.632 std_dev=1.286
OP1 B 0, 0.611, 2.677, 4.744, 5.252 max_d=5.252 avg_d=2.677 std_dev=2.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.22 0.03 0.26 0.21 0.20
C2 0.04 0.00 0.22 0.24 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.31 0.03 0.48 0.01 0.48 0.57 0.52
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.17 0.27 0.23 0.09 0.02 0.00 0.06 0.01 0.32 0.08 0.33 0.23 0.27
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.17 0.21 0.20 0.29 0.23 0.20 0.09 0.02 0.01 0.01 0.39 0.18 0.40 0.22 0.32
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.53 0.01 0.51 0.53 0.53
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.13 0.08 0.12 0.10 0.12 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.09 0.19 0.27 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.02 0.70 0.01 0.70 0.74 0.73
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.18 0.10 0.09 0.07 0.19 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.16 0.23 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.21 0.03 0.72 0.00 0.74 0.83 0.78
C8 0.01 0.01 0.11 0.21 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.26 0.03 0.73 0.01 0.68 0.60 0.68
N1 0.03 0.00 0.17 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.25 0.03 0.61 0.01 0.62 0.73 0.67
N2 0.04 0.00 0.27 0.29 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.31 0.42 0.04 0.41 0.01 0.41 0.52 0.46
N3 0.03 0.00 0.23 0.23 0.00 0.10 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.30 0.03 0.41 0.01 0.40 0.45 0.43
N7 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.27 0.03 0.81 0.01 0.81 0.83 0.83
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.50 0.02 0.47 0.41 0.46
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.11 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.18 0.31 0.23 0.05 0.02 0.00 0.15 0.06 0.11 0.09 0.25 0.15 0.11
O3' 0.05 0.31 0.06 0.01 0.15 0.03 0.18 0.06 0.21 0.26 0.25 0.42 0.30 0.27 0.08 0.15 0.00 0.04 0.33 0.24 0.43 0.37 0.34
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.00 0.11 0.03 0.18 0.30 0.12
O5' 0.22 0.48 0.32 0.39 0.53 0.02 0.70 0.01 0.72 0.73 0.61 0.41 0.41 0.81 0.50 0.11 0.33 0.11 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.24 0.03 0.80 0.00 0.86 0.96 0.89
OP1 0.26 0.48 0.33 0.40 0.51 0.19 0.70 0.23 0.74 0.68 0.62 0.41 0.40 0.81 0.47 0.25 0.43 0.18 0.02 0.86 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.57 0.23 0.22 0.53 0.27 0.74 0.41 0.83 0.60 0.73 0.52 0.45 0.83 0.41 0.15 0.37 0.30 0.02 0.96 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.52 0.27 0.32 0.53 0.03 0.73 0.02 0.78 0.68 0.67 0.46 0.43 0.83 0.46 0.11 0.34 0.12 0.01 0.89 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.31 0.93 0.89 0.31 1.22 0.25 1.30 0.40 0.30 0.44 0.51 1.10 0.77 0.43 0.88 1.03 1.27 1.03 1.07
C2 0.81 0.17 1.21 1.01 0.36 1.03 0.19 0.92 0.35 0.41 0.39 0.17 1.29 0.77 0.58 0.81 0.71 0.36 0.77 0.55
C2' 0.27 0.61 0.49 0.47 0.50 0.90 0.23 1.07 0.22 0.23 0.70 0.89 0.69 0.41 0.61 0.60 0.79 1.11 0.74 0.87
C3' 0.22 0.68 0.33 0.31 0.57 0.69 0.29 0.95 0.23 0.32 0.76 0.95 0.56 0.40 0.67 0.43 0.71 1.24 0.66 0.87
C4 0.76 0.20 1.18 1.01 0.33 1.16 0.21 1.14 0.39 0.38 0.41 0.28 1.37 0.81 0.52 0.89 0.89 0.75 0.91 0.81
C4' 0.25 0.48 0.51 0.46 0.38 0.86 0.19 1.10 0.24 0.19 0.56 0.72 0.68 0.38 0.48 0.55 0.87 1.51 0.85 1.04
C5 0.78 0.18 1.19 1.00 0.35 1.14 0.20 1.11 0.38 0.39 0.39 0.20 1.37 0.80 0.56 0.88 0.86 0.67 0.87 0.77
C5' 0.25 0.46 0.51 0.41 0.39 0.78 0.19 1.03 0.23 0.19 0.55 0.68 0.72 0.31 0.49 0.51 0.84 1.55 0.81 1.03
C6 0.81 0.18 1.21 1.01 0.37 1.07 0.19 1.00 0.36 0.41 0.37 0.18 1.35 0.79 0.62 0.83 0.76 0.44 0.79 0.62
C8 0.70 0.23 1.09 0.95 0.33 1.19 0.23 1.25 0.41 0.36 0.42 0.33 1.28 0.79 0.50 0.90 0.98 1.08 0.97 0.98
N1 0.81 0.19 1.21 1.00 0.38 1.01 0.20 0.91 0.34 0.42 0.37 0.21 1.30 0.77 0.62 0.80 0.69 0.33 0.74 0.52
N2 0.80 0.19 1.15 0.97 0.38 0.92 0.20 0.78 0.33 0.43 0.38 0.25 1.12 0.72 0.59 0.73 0.60 0.36 0.70 0.41
N3 0.78 0.20 1.20 1.02 0.34 1.12 0.21 1.06 0.38 0.38 0.41 0.28 1.36 0.79 0.51 0.87 0.82 0.58 0.87 0.71
N7 0.75 0.19 1.16 0.98 0.34 1.17 0.21 1.19 0.39 0.38 0.40 0.24 1.35 0.80 0.55 0.89 0.92 0.87 0.92 0.87
N9 0.69 0.25 1.09 0.96 0.32 1.21 0.24 1.25 0.41 0.35 0.43 0.38 1.28 0.80 0.48 0.91 0.98 1.05 0.98 0.96
O2' 0.24 0.67 0.34 0.44 0.49 0.95 0.26 1.15 0.25 0.29 0.71 0.98 0.41 0.46 0.57 0.61 0.85 1.25 0.82 0.95
O3' 0.50 0.94 0.38 0.55 0.77 0.55 0.53 0.83 0.47 0.61 0.97 1.20 0.36 0.83 0.84 0.43 0.69 1.31 0.71 0.89
O4' 0.53 0.29 0.88 0.85 0.28 1.17 0.28 1.32 0.41 0.30 0.40 0.48 1.01 0.78 0.38 0.83 1.08 1.52 1.09 1.17
O5' 0.45 0.26 0.64 0.43 0.25 0.87 0.29 1.04 0.39 0.29 0.34 0.39 0.83 0.27 0.32 0.71 0.83 1.43 0.77 0.96
O6 0.81 0.19 1.22 1.01 0.39 1.05 0.20 0.98 0.35 0.42 0.36 0.22 1.35 0.79 0.65 0.82 0.74 0.39 0.76 0.58
OP1 0.33 0.33 0.49 0.35 0.30 0.68 0.25 0.89 0.31 0.24 0.40 0.47 0.68 0.33 0.37 0.54 0.68 1.45 0.61 0.86
OP2 0.56 0.29 0.76 0.47 0.30 0.84 0.37 0.97 0.47 0.40 0.33 0.34 0.99 0.28 0.33 0.73 0.80 1.30 0.73 0.89
P 0.47 0.23 0.67 0.44 0.24 0.84 0.30 1.01 0.40 0.31 0.29 0.32 0.87 0.30 0.29 0.69 0.81 1.44 0.75 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.31 0.02 0.00 0.23 0.63 0.14 0.28
C2 0.02 0.00 0.14 0.23 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.22 0.01 0.07 0.25 0.95 0.36 0.26
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.22 0.17 0.02 0.09 0.28 0.00 0.07 0.05 0.02 0.45 0.54 0.31 0.46
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.31 0.00 0.30 0.03 0.25 0.19 0.29 0.21 0.03 0.01 0.33 0.02 0.23 0.33 0.31 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.31 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.15 0.00 0.03 0.32 1.31 0.59 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.04 0.31 0.02 0.11 0.00 0.02 0.27 0.27 0.06
C5 0.01 0.01 0.14 0.30 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.14 0.01 0.04 0.33 1.38 0.51 0.35
C5' 0.09 0.08 0.22 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.11 0.07 0.09 0.21 0.18 0.01 0.02 0.35 0.47 0.03
C6 0.01 0.01 0.17 0.25 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.09 0.01 0.06 0.31 1.19 0.31 0.34
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.14 0.02 0.01 0.26 0.93 0.25 0.29
N3 0.02 0.00 0.09 0.29 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.17 0.01 0.06 0.28 1.13 0.52 0.27
O2 0.03 0.00 0.28 0.21 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.35 0.01 0.11 0.21 0.79 0.32 0.22
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.37 0.31 0.35 0.09 0.29 0.20 0.33 0.28 0.00 0.11 0.39 0.21 0.37 0.37 0.29 0.37
O3' 0.31 0.22 0.07 0.01 0.15 0.02 0.14 0.21 0.09 0.14 0.17 0.35 0.11 0.00 0.17 0.21 0.36 0.89 0.48 0.47
O4 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.39 0.17 0.00 0.04 0.34 1.38 0.69 0.32
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.11 0.21 0.21 0.04 0.00 0.10 0.48 0.17 0.20
O5' 0.23 0.25 0.45 0.23 0.32 0.02 0.33 0.02 0.31 0.26 0.28 0.21 0.37 0.36 0.34 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.63 0.95 0.54 0.33 1.31 0.27 1.38 0.35 1.19 0.93 1.13 0.79 0.37 0.89 1.38 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.36 0.31 0.31 0.59 0.27 0.51 0.47 0.31 0.25 0.52 0.32 0.29 0.48 0.69 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.28 0.26 0.46 0.16 0.31 0.06 0.35 0.03 0.34 0.29 0.27 0.22 0.37 0.47 0.32 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00