ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 13, 10, 8, 21, 26, 31, 24, 28, 12, 5, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.025, 0.033, 0.041, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.033 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.027, 0.042, 0.056, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.042 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.026, 0.041, 0.055, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.041 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.033 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.027, 0.044, 0.062, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.044 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.030, 0.056, 0.081, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.056 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.016, 0.046, 0.076, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.034, 0.065, 0.096, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.065 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.104, 0.222, 0.339, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.222 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.138, 0.280, 0.423, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.280 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.199, 0.394, 0.589, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.394 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.150, 0.350, 0.549, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.350 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.190, 0.392, 0.594, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.392 std_dev=0.202
C3' A 0, 0.197, 0.410, 0.623, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.410 std_dev=0.213
N6 B 0, 0.235, 0.458, 0.681, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.458 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.241, 0.466, 0.692, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.466 std_dev=0.225
C4 B 0, 0.385, 0.619, 0.852, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.619 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.236, 0.479, 0.721, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.479 std_dev=0.243
C5' A 0, 0.263, 0.539, 0.815, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.539 std_dev=0.276
N7 B 0, 0.351, 0.634, 0.917, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.634 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.374, 0.659, 0.945, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.659 std_dev=0.286
O3' A 0, 0.324, 0.610, 0.895, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.610 std_dev=0.286
N9 B 0, 0.502, 0.818, 1.135, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.818 std_dev=0.317
C8 B 0, 0.506, 0.823, 1.140, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.823 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.213, 0.552, 0.891, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.552 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.591, 1.030, 1.470, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.030 std_dev=0.439
O5' A 0, 0.160, 0.610, 1.059, 2.971 max_d=2.971 avg_d=0.610 std_dev=0.449
OP1 A 0, 2.356, 2.920, 3.485, 5.869 max_d=5.869 avg_d=2.920 std_dev=0.564
OP2 A 0, 1.482, 2.107, 2.733, 4.258 max_d=4.258 avg_d=2.107 std_dev=0.626
C2' B 0, 1.170, 1.809, 2.449, 3.713 max_d=3.713 avg_d=1.809 std_dev=0.639
P A 0, 0.173, 0.825, 1.478, 4.179 max_d=4.179 avg_d=0.825 std_dev=0.652
O4' B 0, 0.615, 1.454, 2.293, 3.904 max_d=3.904 avg_d=1.454 std_dev=0.839
O2' B 0, 1.560, 2.439, 3.318, 4.208 max_d=4.208 avg_d=2.439 std_dev=0.879
C4' B 0, 0.717, 1.851, 2.984, 4.719 max_d=4.719 avg_d=1.851 std_dev=1.133
C3' B 0, 0.796, 2.111, 3.425, 5.447 max_d=5.447 avg_d=2.111 std_dev=1.314
O3' B 0, 0.734, 2.597, 4.461, 7.033 max_d=7.033 avg_d=2.597 std_dev=1.863
C5' B 0, 0.717, 2.781, 4.845, 7.282 max_d=7.282 avg_d=2.781 std_dev=2.064
O5' B 0, 0.727, 2.982, 5.236, 7.933 max_d=7.933 avg_d=2.982 std_dev=2.254
OP1 B 0, 1.543, 4.258, 6.972, 10.325 max_d=10.325 avg_d=4.258 std_dev=2.714
P B 0, 0.792, 3.845, 6.899, 10.427 max_d=10.427 avg_d=3.845 std_dev=3.054
OP2 B 0, 1.510, 5.177, 8.844, 12.097 max_d=12.097 avg_d=5.177 std_dev=3.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.18 0.16 0.12
C2 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.06 0.19 0.31 0.34 0.23
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.07 0.10 0.13 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.20 0.12
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.14 0.20 0.25 0.15
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.19 0.30 0.31 0.22
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.11 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.23 0.37 0.41 0.27
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.14 0.13 0.10 0.16 0.16 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.16 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.13 0.04 0.23 0.39 0.45 0.29
C8 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.05 0.23 0.34 0.35 0.25
N1 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.05 0.21 0.36 0.41 0.27
N3 0.03 0.01 0.13 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.17 0.27 0.29 0.20
N6 0.02 0.01 0.09 0.11 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.15 0.04 0.26 0.43 0.51 0.33
N7 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.25 0.40 0.45 0.30
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.17 0.26 0.25 0.19
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.13 0.09 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.14 0.21 0.08
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.13 0.05 0.04 0.00 0.02 0.15 0.28 0.35 0.19
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.16 0.18 0.12
O5' 0.11 0.19 0.11 0.14 0.19 0.02 0.23 0.01 0.23 0.23 0.21 0.17 0.26 0.25 0.17 0.05 0.15 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.31 0.16 0.20 0.30 0.11 0.37 0.16 0.39 0.34 0.36 0.27 0.43 0.40 0.26 0.14 0.28 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.34 0.20 0.25 0.31 0.18 0.41 0.21 0.45 0.35 0.41 0.29 0.51 0.45 0.25 0.21 0.35 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.12 0.15 0.22 0.04 0.27 0.02 0.29 0.25 0.27 0.20 0.33 0.30 0.19 0.08 0.19 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.21 0.47 0.86 0.14 0.61 0.11 1.05 0.12 0.11 0.17 0.19 0.16 0.12 0.13 0.41 0.70 0.41 0.83 0.84 1.76 1.21
C2 0.17 0.22 0.18 0.47 0.16 0.26 0.15 0.44 0.17 0.19 0.23 0.18 0.17 0.19 0.16 0.61 0.38 0.19 0.82 0.84 1.95 1.00
C2' 0.21 0.25 0.53 0.88 0.19 0.52 0.18 0.91 0.19 0.18 0.20 0.24 0.25 0.19 0.19 0.37 0.77 0.29 0.64 0.67 1.46 0.94
C3' 0.24 0.25 0.60 0.96 0.21 0.60 0.19 1.06 0.20 0.19 0.20 0.25 0.26 0.20 0.21 0.45 0.87 0.32 0.72 0.78 1.55 1.07
C4 0.14 0.22 0.26 0.65 0.14 0.41 0.13 0.70 0.14 0.14 0.21 0.18 0.14 0.15 0.13 0.48 0.51 0.28 0.71 0.67 1.77 0.97
C4' 0.20 0.20 0.66 1.04 0.15 0.76 0.11 1.33 0.11 0.12 0.12 0.21 0.17 0.11 0.16 0.52 0.89 0.46 1.04 1.11 1.96 1.50
C5 0.14 0.23 0.23 0.61 0.14 0.38 0.13 0.66 0.14 0.15 0.21 0.18 0.14 0.16 0.13 0.53 0.49 0.26 0.72 0.69 1.84 0.98
C5' 0.22 0.21 0.71 1.09 0.16 0.81 0.11 1.42 0.11 0.12 0.12 0.23 0.18 0.11 0.16 0.58 0.94 0.49 1.14 1.25 2.13 1.66
C6 0.16 0.23 0.18 0.50 0.15 0.29 0.14 0.51 0.15 0.18 0.22 0.18 0.15 0.18 0.15 0.62 0.41 0.21 0.78 0.79 1.95 1.00
C8 0.15 0.22 0.37 0.78 0.14 0.54 0.12 0.93 0.13 0.13 0.19 0.19 0.14 0.14 0.13 0.45 0.64 0.36 0.77 0.76 1.82 1.13
N1 0.17 0.22 0.19 0.44 0.16 0.24 0.16 0.44 0.17 0.20 0.23 0.18 0.17 0.20 0.17 0.66 0.36 0.19 0.86 0.90 2.04 1.05
N3 0.15 0.22 0.22 0.58 0.14 0.34 0.13 0.57 0.15 0.15 0.22 0.18 0.14 0.16 0.14 0.50 0.45 0.24 0.72 0.69 1.78 0.93
N6 0.16 0.23 0.19 0.47 0.15 0.27 0.15 0.49 0.16 0.20 0.23 0.18 0.15 0.19 0.16 0.67 0.39 0.20 0.80 0.83 2.02 1.03
N7 0.14 0.23 0.29 0.69 0.14 0.46 0.12 0.79 0.13 0.14 0.20 0.19 0.14 0.15 0.13 0.49 0.56 0.31 0.73 0.70 1.83 1.04
N9 0.15 0.22 0.37 0.77 0.14 0.52 0.12 0.90 0.12 0.13 0.19 0.19 0.14 0.13 0.13 0.43 0.62 0.35 0.75 0.73 1.76 1.08
O2' 0.23 0.26 0.60 0.94 0.21 0.58 0.19 0.99 0.21 0.19 0.21 0.25 0.26 0.20 0.20 0.42 0.82 0.32 0.69 0.71 1.43 0.99
O3' 0.33 0.32 0.69 1.01 0.30 0.60 0.28 1.06 0.29 0.29 0.29 0.33 0.34 0.29 0.30 0.57 0.99 0.33 0.68 0.81 1.42 1.00
O4' 0.17 0.22 0.56 0.96 0.16 0.75 0.14 1.30 0.15 0.14 0.18 0.20 0.18 0.14 0.15 0.47 0.78 0.52 1.05 1.14 2.01 1.53
O5' 0.18 0.19 0.60 1.00 0.14 0.73 0.11 1.29 0.12 0.12 0.12 0.20 0.21 0.14 0.14 0.49 0.88 0.45 0.98 1.08 1.97 1.46
OP1 0.29 0.26 0.75 1.09 0.21 0.77 0.18 1.38 0.19 0.18 0.18 0.29 0.28 0.20 0.22 0.69 0.99 0.43 1.09 1.21 2.12 1.61
OP2 0.30 0.30 0.59 0.94 0.25 0.68 0.24 1.19 0.24 0.25 0.23 0.31 0.31 0.27 0.26 0.56 0.83 0.45 0.87 0.96 1.89 1.33
P 0.19 0.20 0.63 1.03 0.14 0.76 0.13 1.35 0.14 0.13 0.13 0.21 0.23 0.16 0.14 0.53 0.90 0.47 1.05 1.18 2.09 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.01 0.23 0.30 0.39 0.16
C2 0.04 0.00 0.48 0.83 0.01 0.62 0.02 1.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.30 0.62 0.46 0.64 0.73 1.17 0.93
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.25 0.03 0.12 0.09 0.22 0.25 0.37 0.48 0.15 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.44 0.47 0.40 0.41
C3' 0.02 0.83 0.01 0.00 0.49 0.01 0.44 0.02 0.54 0.42 0.71 0.79 0.52 0.42 0.25 0.02 0.01 0.03 0.38 0.49 0.35 0.33
C4 0.02 0.01 0.25 0.49 0.00 0.28 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.24 0.40 0.44 0.90 0.48
C4' 0.02 0.62 0.03 0.01 0.28 0.00 0.18 0.01 0.26 0.43 0.46 0.61 0.22 0.34 0.12 0.30 0.02 0.01 0.02 0.19 0.27 0.04
C5 0.01 0.02 0.12 0.44 0.00 0.18 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.09 0.69 0.65 1.38 0.74
C5' 0.03 1.00 0.09 0.02 0.41 0.01 0.31 0.00 0.44 0.68 0.76 0.92 0.40 0.57 0.19 0.20 0.16 0.02 0.01 0.33 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.54 0.01 0.26 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.36 0.19 0.61 0.60 1.39 0.73
C8 0.02 0.02 0.25 0.42 0.01 0.43 0.01 0.68 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.46 0.36 0.28 1.16 1.05 1.71 1.16
N1 0.03 0.01 0.37 0.71 0.01 0.46 0.01 0.76 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.51 0.35 0.54 0.59 1.23 0.79
N3 0.04 0.01 0.48 0.79 0.01 0.61 0.01 0.92 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.56 0.47 0.57 0.65 0.96 0.80
N6 0.02 0.02 0.15 0.52 0.01 0.22 0.01 0.40 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.38 0.12 0.77 0.76 1.70 0.91
N7 0.02 0.02 0.15 0.42 0.01 0.34 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.36 0.16 1.13 1.09 1.92 1.20
N9 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.55 0.51 0.91 0.50
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.16 0.30 0.29 0.20 0.26 0.46 0.23 0.31 0.33 0.45 0.21 0.00 0.07 0.21 0.15 0.18 0.25 0.19
O3' 0.20 0.62 0.03 0.01 0.26 0.02 0.27 0.16 0.36 0.36 0.51 0.56 0.38 0.36 0.11 0.07 0.00 0.10 0.26 0.66 0.32 0.27
O4' 0.01 0.46 0.03 0.03 0.24 0.01 0.09 0.02 0.19 0.28 0.35 0.47 0.12 0.16 0.02 0.21 0.10 0.00 0.14 0.28 0.28 0.17
O5' 0.23 0.64 0.44 0.38 0.40 0.02 0.69 0.01 0.61 1.16 0.54 0.57 0.77 1.13 0.55 0.15 0.26 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.73 0.47 0.49 0.44 0.19 0.65 0.33 0.60 1.05 0.59 0.65 0.76 1.09 0.51 0.18 0.66 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 1.17 0.40 0.35 0.90 0.27 1.38 0.41 1.39 1.71 1.23 0.96 1.70 1.92 0.91 0.25 0.32 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.93 0.41 0.33 0.48 0.04 0.74 0.02 0.73 1.16 0.79 0.80 0.91 1.20 0.50 0.19 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00