ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55316

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 9, 9, 5, 4, 4, 1, 1, 5, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.020, 0.029, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.037, 0.056, 0.076, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.056 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.027, 0.047, 0.068, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.019, 0.041, 0.062, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.039, 0.064, 0.090, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.026
C6 B 0, 0.250, 0.421, 0.593, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.421 std_dev=0.171
O4' A 0, 0.048, 0.234, 0.420, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.234 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.060, 0.268, 0.477, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.268 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.192, 0.423, 0.654, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.423 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.240, 0.482, 0.723, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.482 std_dev=0.241
O2' A 0, 0.187, 0.447, 0.707, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.447 std_dev=0.260
N6 B 0, 0.264, 0.540, 0.816, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.540 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.067, 0.380, 0.694, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.380 std_dev=0.314
C4 B 0, 0.094, 0.408, 0.722, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.408 std_dev=0.314
C3' A 0, 0.035, 0.387, 0.739, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.387 std_dev=0.352
N9 B 0, 0.082, 0.449, 0.817, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.449 std_dev=0.368
C8 B 0, 0.166, 0.559, 0.952, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.559 std_dev=0.393
N7 B 0, 0.138, 0.550, 0.962, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.550 std_dev=0.412
O3' A 0, 0.209, 0.639, 1.070, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.639 std_dev=0.431
C2 B 0, 0.105, 0.550, 0.995, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.550 std_dev=0.445
C5' A 0, 0.188, 0.640, 1.092, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.640 std_dev=0.452
O5' A 0, 0.553, 1.023, 1.493, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.023 std_dev=0.470
N3 B 0, 0.040, 0.512, 0.985, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.512 std_dev=0.472
C1' B 0, 0.060, 0.560, 1.061, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.560 std_dev=0.500
OP2 A 0, 1.212, 1.814, 2.416, 3.478 max_d=3.478 avg_d=1.814 std_dev=0.602
C2' B 0, 1.286, 1.939, 2.592, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.939 std_dev=0.653
O4' B 0, 1.083, 1.786, 2.490, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.786 std_dev=0.703
OP1 A 0, 2.234, 2.942, 3.649, 6.103 max_d=6.103 avg_d=2.942 std_dev=0.708
P A 0, 0.606, 1.367, 2.128, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.367 std_dev=0.761
O2' B 0, 1.551, 2.444, 3.337, 3.614 max_d=3.614 avg_d=2.444 std_dev=0.893
C4' B 0, 1.373, 2.362, 3.351, 3.521 max_d=3.521 avg_d=2.362 std_dev=0.989
C3' B 0, 1.479, 2.671, 3.863, 3.918 max_d=3.918 avg_d=2.671 std_dev=1.192
O3' B 0, 1.744, 3.577, 5.409, 5.463 max_d=5.463 avg_d=3.577 std_dev=1.833
C5' B 0, 1.980, 3.910, 5.840, 5.981 max_d=5.981 avg_d=3.910 std_dev=1.930
O5' B 0, 1.943, 4.340, 6.737, 7.092 max_d=7.092 avg_d=4.340 std_dev=2.397
OP1 B 0, 2.793, 5.822, 8.852, 9.063 max_d=9.063 avg_d=5.822 std_dev=3.030
P B 0, 2.478, 5.766, 9.054, 9.264 max_d=9.264 avg_d=5.766 std_dev=3.288
OP2 B 0, 2.950, 6.767, 10.584, 10.641 max_d=10.641 avg_d=6.767 std_dev=3.817

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.18 0.27 0.15
C2 0.03 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.24 0.04 0.30 0.31 0.53 0.33
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.10 0.07 0.14 0.17 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.19 0.14 0.31 0.17
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.13 0.14 0.17 0.17 0.14 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.27 0.23 0.32 0.21
C4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.32 0.29 0.51 0.34
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.17 0.27 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02 0.40 0.36 0.69 0.45
C5' 0.03 0.13 0.03 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.18 0.17 0.16 0.11 0.20 0.19 0.11 0.06 0.03 0.02 0.01 0.23 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.16 0.03 0.41 0.38 0.75 0.47
C8 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.41 0.34 0.61 0.43
N1 0.03 0.00 0.14 0.17 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.20 0.04 0.37 0.35 0.66 0.41
N3 0.03 0.01 0.17 0.17 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.04 0.26 0.27 0.44 0.28
N6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.02 0.09 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.16 0.03 0.45 0.44 0.87 0.54
N7 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.09 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.14 0.03 0.45 0.40 0.78 0.51
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.30 0.26 0.43 0.30
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.10 0.06 0.08 0.06 0.12 0.05 0.16 0.17 0.11 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.10 0.17 0.25 0.09
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.16 0.15 0.20 0.21 0.16 0.14 0.06 0.06 0.00 0.02 0.25 0.38 0.28 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.10 0.21 0.32 0.15
O5' 0.14 0.30 0.19 0.27 0.32 0.02 0.40 0.01 0.41 0.41 0.37 0.26 0.45 0.45 0.30 0.10 0.25 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.31 0.14 0.23 0.29 0.17 0.36 0.23 0.38 0.34 0.35 0.27 0.44 0.40 0.26 0.17 0.38 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.53 0.31 0.32 0.51 0.27 0.69 0.19 0.75 0.61 0.66 0.44 0.87 0.78 0.43 0.25 0.28 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.17 0.21 0.34 0.07 0.45 0.02 0.47 0.43 0.41 0.28 0.54 0.51 0.30 0.09 0.20 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.26 0.30 0.82 0.18 0.79 0.13 1.27 0.12 0.13 0.20 0.24 0.13 0.12 0.17 0.36 0.71 0.60 0.94 1.27 1.42 1.40
C2 0.16 0.27 0.15 0.33 0.17 0.24 0.14 0.39 0.17 0.15 0.25 0.23 0.18 0.16 0.15 0.40 0.22 0.17 0.59 0.49 1.18 0.54
C2' 0.25 0.27 0.39 0.88 0.24 0.70 0.23 1.14 0.24 0.23 0.25 0.26 0.29 0.24 0.23 0.39 0.86 0.43 0.78 1.07 1.22 1.17
C3' 0.27 0.26 0.44 0.98 0.25 0.78 0.25 1.31 0.26 0.25 0.24 0.26 0.30 0.27 0.25 0.46 0.99 0.46 0.95 1.26 1.50 1.40
C4 0.14 0.25 0.18 0.52 0.15 0.44 0.12 0.73 0.14 0.11 0.23 0.22 0.11 0.11 0.13 0.38 0.41 0.33 0.49 0.69 0.96 0.74
C4' 0.19 0.19 0.42 1.07 0.15 1.02 0.13 1.67 0.12 0.14 0.12 0.20 0.19 0.15 0.16 0.39 1.02 0.70 1.34 1.72 2.03 1.92
C5 0.14 0.26 0.17 0.48 0.15 0.39 0.12 0.64 0.14 0.12 0.23 0.22 0.12 0.12 0.13 0.39 0.37 0.28 0.47 0.61 0.99 0.65
C5' 0.19 0.19 0.44 1.12 0.15 1.09 0.12 1.79 0.12 0.14 0.11 0.20 0.18 0.14 0.15 0.40 1.08 0.75 1.48 1.91 2.27 2.12
C6 0.15 0.27 0.15 0.37 0.16 0.27 0.13 0.45 0.16 0.15 0.25 0.22 0.14 0.15 0.14 0.41 0.26 0.18 0.53 0.47 1.14 0.54
C8 0.16 0.25 0.24 0.69 0.16 0.64 0.12 1.04 0.13 0.11 0.21 0.22 0.11 0.11 0.13 0.38 0.59 0.47 0.72 1.04 1.21 1.13
N1 0.17 0.27 0.15 0.32 0.17 0.24 0.14 0.39 0.17 0.17 0.25 0.23 0.18 0.18 0.15 0.42 0.22 0.17 0.67 0.52 1.32 0.62
N3 0.14 0.26 0.16 0.44 0.15 0.34 0.12 0.56 0.15 0.12 0.24 0.21 0.13 0.12 0.13 0.37 0.32 0.25 0.45 0.55 0.94 0.57
N6 0.16 0.27 0.14 0.35 0.16 0.25 0.13 0.43 0.16 0.16 0.25 0.23 0.15 0.16 0.14 0.42 0.24 0.17 0.59 0.48 1.25 0.57
N7 0.14 0.25 0.19 0.58 0.15 0.50 0.11 0.84 0.13 0.11 0.22 0.22 0.11 0.11 0.12 0.39 0.48 0.36 0.55 0.80 1.05 0.87
N9 0.16 0.25 0.24 0.68 0.16 0.63 0.12 1.02 0.13 0.11 0.21 0.22 0.11 0.11 0.14 0.37 0.57 0.47 0.70 1.00 1.15 1.09
O2' 0.23 0.24 0.43 0.96 0.22 0.78 0.23 1.25 0.26 0.22 0.24 0.24 0.33 0.25 0.22 0.40 0.94 0.48 0.89 1.14 1.34 1.28
O3' 0.41 0.39 0.55 1.05 0.38 0.77 0.39 1.31 0.39 0.39 0.38 0.39 0.42 0.40 0.39 0.61 1.14 0.42 0.95 1.24 1.53 1.38
O4' 0.24 0.30 0.34 0.95 0.22 0.99 0.16 1.59 0.15 0.17 0.21 0.29 0.15 0.16 0.21 0.38 0.83 0.77 1.28 1.69 1.90 1.85
O5' 0.20 0.20 0.39 1.00 0.18 0.95 0.17 1.59 0.16 0.17 0.16 0.21 0.19 0.18 0.18 0.42 0.95 0.67 1.27 1.69 1.98 1.87
OP1 0.32 0.31 0.51 1.09 0.28 1.04 0.26 1.74 0.25 0.27 0.26 0.33 0.29 0.27 0.28 0.58 1.08 0.70 1.42 1.88 2.25 2.07
OP2 0.36 0.36 0.50 0.87 0.33 0.81 0.30 1.38 0.30 0.30 0.31 0.36 0.31 0.30 0.32 0.69 0.81 0.59 1.13 1.52 1.79 1.69
P 0.21 0.22 0.42 0.98 0.19 0.95 0.17 1.62 0.17 0.18 0.17 0.22 0.20 0.18 0.19 0.51 0.91 0.66 1.33 1.78 2.11 1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.20 0.26 0.28 0.14
C2 0.04 0.00 0.32 0.82 0.01 0.75 0.01 1.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.66 0.53 0.85 1.07 1.18 1.22
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.08 0.14 0.18 0.24 0.32 0.10 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.42 0.51 0.38 0.39
C3' 0.01 0.82 0.01 0.00 0.40 0.01 0.27 0.03 0.39 0.44 0.63 0.81 0.32 0.35 0.16 0.03 0.01 0.03 0.41 0.59 0.30 0.36
C4 0.02 0.01 0.16 0.40 0.00 0.32 0.01 0.47 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.23 0.28 0.31 0.48 0.48 0.44
C4' 0.01 0.75 0.02 0.01 0.32 0.00 0.13 0.01 0.27 0.47 0.55 0.73 0.18 0.33 0.09 0.21 0.02 0.00 0.03 0.20 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.13 0.12 0.48 0.47 0.85 0.41
C5' 0.04 1.21 0.08 0.03 0.47 0.01 0.23 0.00 0.45 0.75 0.90 1.12 0.32 0.58 0.16 0.13 0.12 0.02 0.01 0.38 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.39 0.01 0.27 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.23 0.39 0.53 0.74 0.48
C8 0.02 0.01 0.18 0.44 0.00 0.47 0.01 0.75 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.31 0.41 0.30 1.13 0.91 1.57 1.06
N1 0.03 0.01 0.24 0.63 0.01 0.55 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.48 0.41 0.58 0.84 0.87 0.91
N3 0.04 0.01 0.32 0.81 0.00 0.73 0.01 1.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.62 0.54 0.78 0.94 1.00 1.07
N6 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.18 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.20 0.15 0.50 0.54 0.99 0.49
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.33 0.00 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.33 0.17 1.02 0.85 1.58 0.97
N9 0.00 0.01 0.03 0.16 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.09 0.02 0.45 0.39 0.67 0.34
O2' 0.02 0.39 0.01 0.03 0.19 0.21 0.21 0.13 0.24 0.31 0.31 0.37 0.25 0.29 0.14 0.00 0.06 0.14 0.15 0.23 0.17 0.18
O3' 0.15 0.66 0.02 0.01 0.23 0.02 0.13 0.12 0.24 0.41 0.48 0.62 0.20 0.33 0.09 0.06 0.00 0.08 0.28 0.73 0.25 0.32
O4' 0.01 0.53 0.02 0.03 0.28 0.00 0.12 0.02 0.23 0.30 0.41 0.54 0.15 0.17 0.02 0.14 0.08 0.00 0.15 0.22 0.21 0.18
O5' 0.20 0.85 0.42 0.41 0.31 0.03 0.48 0.01 0.39 1.13 0.58 0.78 0.50 1.02 0.45 0.15 0.28 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 1.07 0.51 0.59 0.48 0.20 0.47 0.38 0.53 0.91 0.84 0.94 0.54 0.85 0.39 0.23 0.73 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 1.18 0.38 0.30 0.48 0.19 0.85 0.32 0.74 1.57 0.87 1.00 0.99 1.58 0.67 0.17 0.25 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 1.22 0.39 0.36 0.44 0.04 0.41 0.02 0.48 1.06 0.91 1.07 0.49 0.97 0.34 0.18 0.32 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00