ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 3, 4, 10, 3, 5, 4, 5, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.021, 0.035, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.025, 0.047, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.047 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.016, 0.039, 0.061, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.031, 0.059, 0.088, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.059 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.019, 0.050, 0.082, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.050 std_dev=0.031
C6 B 0, 0.359, 0.527, 0.695, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.527 std_dev=0.168
O4' A 0, 0.058, 0.253, 0.448, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.253 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.405, 0.609, 0.814, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.609 std_dev=0.205
C2' A 0, 0.025, 0.231, 0.436, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.231 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.455, 0.666, 0.876, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.666 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.197, 0.430, 0.663, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.430 std_dev=0.233
N6 B 0, 0.215, 0.466, 0.717, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.466 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.367, 0.627, 0.888, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.627 std_dev=0.260
C4' A 0, 0.327, 0.593, 0.859, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.593 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.505, 0.784, 1.062, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.784 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.486, 0.782, 1.077, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.782 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.552, 0.859, 1.167, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.859 std_dev=0.308
N7 B 0, 0.466, 0.800, 1.134, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.800 std_dev=0.334
N9 B 0, 0.595, 0.942, 1.289, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.942 std_dev=0.347
C8 B 0, 0.597, 0.956, 1.315, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.956 std_dev=0.359
O3' A 0, 0.648, 1.050, 1.451, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.050 std_dev=0.402
C5' A 0, 0.400, 0.848, 1.297, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.848 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.631, 1.119, 1.607, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.119 std_dev=0.488
C2' B 0, 0.622, 1.279, 1.937, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.279 std_dev=0.658
O2' B 0, 0.711, 1.375, 2.039, 2.494 max_d=2.494 avg_d=1.375 std_dev=0.664
O4' B 0, 0.632, 1.419, 2.206, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.419 std_dev=0.787
OP1 A 0, 1.276, 2.126, 2.977, 4.008 max_d=4.008 avg_d=2.126 std_dev=0.851
O5' A 0, 1.425, 2.310, 3.196, 3.286 max_d=3.286 avg_d=2.310 std_dev=0.886
P A 0, 1.389, 2.353, 3.317, 4.267 max_d=4.267 avg_d=2.353 std_dev=0.964
C4' B 0, 0.473, 1.475, 2.476, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.475 std_dev=1.002
C3' B 0, 0.451, 1.474, 2.496, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.474 std_dev=1.022
O3' B 0, 0.371, 1.639, 2.907, 5.112 max_d=5.112 avg_d=1.639 std_dev=1.268
OP2 A 0, 1.822, 3.230, 4.639, 6.715 max_d=6.715 avg_d=3.230 std_dev=1.409
C5' B 0, 0.338, 1.878, 3.417, 6.767 max_d=6.767 avg_d=1.878 std_dev=1.539
O5' B 0, 0.483, 2.079, 3.676, 7.311 max_d=7.311 avg_d=2.079 std_dev=1.596
P B 0, 0.206, 2.547, 4.888, 10.173 max_d=10.173 avg_d=2.547 std_dev=2.341
OP1 B 0, 0.631, 3.040, 5.449, 10.279 max_d=10.279 avg_d=3.040 std_dev=2.409
OP2 B 0, 0.134, 2.855, 5.577, 11.969 max_d=11.969 avg_d=2.855 std_dev=2.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.20 0.53 0.42 0.28
C2 0.03 0.00 0.18 0.22 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.25 0.09 0.37 0.89 0.67 0.46
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.03 0.09 0.05 0.11 0.12 0.15 0.17 0.11 0.10 0.06 0.00 0.02 0.02 0.30 0.37 0.40 0.30
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.16 0.01 0.18 0.03 0.21 0.17 0.22 0.20 0.21 0.18 0.11 0.03 0.01 0.02 0.36 0.41 0.40 0.32
C4 0.02 0.01 0.10 0.16 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.43 0.88 0.68 0.49
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.05 0.12 0.05 0.01 0.02 0.20 0.38 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.20 0.04 0.55 1.05 0.92 0.63
C5' 0.04 0.13 0.05 0.03 0.13 0.01 0.16 0.00 0.17 0.18 0.15 0.12 0.19 0.20 0.11 0.11 0.09 0.02 0.01 0.39 0.43 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.24 0.05 0.55 1.09 0.97 0.64
C8 0.01 0.01 0.12 0.17 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.12 0.19 0.06 0.62 0.98 0.88 0.65
N1 0.03 0.00 0.15 0.22 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.25 0.08 0.47 1.01 0.84 0.56
N3 0.03 0.00 0.17 0.20 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.08 0.33 0.80 0.57 0.41
N6 0.02 0.02 0.11 0.21 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.26 0.06 0.62 1.18 1.13 0.73
N7 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.22 0.04 0.66 1.12 1.07 0.73
N9 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.42 0.80 0.61 0.47
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.07 0.00 0.09 0.08 0.15 0.27 0.36 0.17
O3' 0.05 0.25 0.02 0.01 0.16 0.05 0.20 0.09 0.24 0.19 0.25 0.21 0.26 0.22 0.10 0.09 0.00 0.03 0.29 0.61 0.41 0.32
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.15 0.47 0.51 0.27
O5' 0.20 0.37 0.30 0.36 0.43 0.02 0.55 0.01 0.55 0.62 0.47 0.33 0.62 0.66 0.42 0.15 0.29 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.53 0.89 0.37 0.41 0.88 0.20 1.05 0.39 1.09 0.98 1.01 0.80 1.18 1.12 0.80 0.27 0.61 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.67 0.40 0.40 0.68 0.38 0.92 0.43 0.97 0.88 0.84 0.57 1.13 1.07 0.61 0.36 0.41 0.51 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.46 0.30 0.32 0.49 0.07 0.63 0.03 0.64 0.65 0.56 0.41 0.73 0.73 0.47 0.17 0.32 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.37 0.41 0.56 0.28 0.54 0.20 0.77 0.18 0.19 0.28 0.36 0.15 0.16 0.26 0.41 0.61 0.43 0.88 1.07 1.08 1.03
C2 0.17 0.25 0.21 0.25 0.17 0.23 0.16 0.37 0.18 0.17 0.24 0.21 0.17 0.17 0.16 0.22 0.31 0.21 0.63 0.80 1.08 0.72
C2' 0.36 0.39 0.43 0.60 0.34 0.55 0.30 0.76 0.29 0.30 0.33 0.39 0.29 0.28 0.33 0.38 0.63 0.44 0.84 0.96 0.99 0.94
C3' 0.34 0.34 0.40 0.61 0.31 0.55 0.28 0.80 0.27 0.30 0.28 0.35 0.29 0.29 0.32 0.37 0.65 0.43 0.82 0.95 1.03 0.96
C4 0.18 0.29 0.29 0.39 0.19 0.35 0.15 0.52 0.17 0.13 0.26 0.26 0.13 0.13 0.17 0.27 0.44 0.28 0.70 0.89 0.98 0.80
C4' 0.36 0.37 0.44 0.65 0.30 0.64 0.21 0.94 0.18 0.22 0.26 0.38 0.19 0.18 0.29 0.46 0.70 0.50 0.97 1.15 1.22 1.17
C5 0.17 0.29 0.27 0.36 0.18 0.31 0.15 0.47 0.17 0.14 0.26 0.25 0.14 0.15 0.15 0.26 0.42 0.25 0.65 0.85 0.98 0.75
C5' 0.37 0.37 0.46 0.69 0.30 0.67 0.20 0.99 0.18 0.21 0.25 0.39 0.18 0.17 0.29 0.49 0.75 0.51 1.00 1.21 1.30 1.23
C6 0.17 0.27 0.23 0.28 0.17 0.25 0.16 0.40 0.17 0.18 0.25 0.22 0.16 0.18 0.16 0.23 0.35 0.22 0.60 0.79 1.03 0.69
C8 0.23 0.33 0.36 0.49 0.23 0.45 0.16 0.65 0.17 0.15 0.27 0.31 0.14 0.13 0.20 0.35 0.56 0.34 0.77 0.99 1.01 0.90
N1 0.18 0.25 0.21 0.25 0.18 0.23 0.17 0.37 0.18 0.20 0.24 0.21 0.18 0.20 0.18 0.23 0.31 0.22 0.60 0.78 1.11 0.70
N3 0.17 0.26 0.25 0.33 0.18 0.30 0.15 0.45 0.17 0.13 0.25 0.23 0.13 0.13 0.16 0.24 0.38 0.25 0.68 0.86 1.00 0.77
N6 0.18 0.27 0.23 0.27 0.17 0.24 0.16 0.39 0.17 0.20 0.25 0.22 0.17 0.20 0.17 0.24 0.34 0.23 0.57 0.77 1.05 0.67
N7 0.19 0.31 0.31 0.42 0.20 0.37 0.15 0.55 0.17 0.14 0.26 0.27 0.13 0.14 0.17 0.30 0.49 0.28 0.69 0.90 0.97 0.80
N9 0.24 0.33 0.35 0.48 0.23 0.45 0.17 0.65 0.18 0.15 0.27 0.31 0.14 0.14 0.21 0.34 0.54 0.35 0.79 0.99 1.01 0.91
O2' 0.35 0.38 0.42 0.62 0.31 0.58 0.26 0.80 0.26 0.27 0.29 0.38 0.30 0.25 0.31 0.40 0.65 0.45 0.85 0.96 1.01 0.97
O3' 0.38 0.34 0.44 0.66 0.36 0.58 0.35 0.82 0.33 0.38 0.31 0.36 0.36 0.37 0.37 0.40 0.72 0.46 0.77 0.88 1.01 0.91
O4' 0.35 0.39 0.47 0.63 0.30 0.63 0.20 0.91 0.18 0.21 0.28 0.39 0.16 0.17 0.29 0.49 0.69 0.50 0.97 1.20 1.21 1.17
O5' 0.30 0.33 0.39 0.60 0.25 0.58 0.19 0.89 0.19 0.19 0.24 0.34 0.22 0.18 0.24 0.43 0.66 0.44 0.91 1.12 1.22 1.13
OP1 0.46 0.46 0.53 0.67 0.42 0.67 0.44 0.95 0.46 0.43 0.41 0.48 0.59 0.48 0.42 0.61 0.73 0.55 0.99 1.18 1.33 1.21
OP2 0.47 0.50 0.48 0.48 0.43 0.53 0.39 0.74 0.39 0.40 0.42 0.50 0.44 0.41 0.42 0.65 0.51 0.51 0.82 0.96 1.04 0.97
P 0.26 0.31 0.32 0.51 0.22 0.53 0.21 0.86 0.22 0.20 0.24 0.30 0.31 0.23 0.21 0.41 0.56 0.41 0.88 1.10 1.20 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.24 0.28 0.31 0.20
C2 0.02 0.00 0.14 0.40 0.01 0.41 0.01 0.65 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.36 0.29 0.59 0.68 0.75 0.70
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.11 0.15 0.07 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.29 0.38 0.24 0.25
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.17 0.01 0.14 0.03 0.18 0.29 0.29 0.39 0.17 0.25 0.11 0.03 0.01 0.02 0.38 0.51 0.20 0.32
C4 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.15 0.47 0.50 0.61 0.47
C4' 0.02 0.41 0.02 0.01 0.18 0.00 0.11 0.01 0.17 0.27 0.31 0.39 0.14 0.21 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.23 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.08 0.60 0.63 0.88 0.62
C5' 0.05 0.65 0.03 0.03 0.29 0.01 0.25 0.00 0.33 0.46 0.51 0.59 0.31 0.40 0.17 0.09 0.07 0.02 0.01 0.29 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.17 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.19 0.14 0.59 0.67 0.87 0.64
C8 0.02 0.02 0.07 0.29 0.01 0.27 0.01 0.46 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.27 0.16 0.80 0.73 1.10 0.81
N1 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.31 0.01 0.51 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.27 0.23 0.57 0.68 0.77 0.66
N3 0.02 0.00 0.15 0.39 0.00 0.39 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.34 0.29 0.53 0.59 0.64 0.60
N6 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.21 0.10 0.66 0.77 1.05 0.74
N7 0.01 0.02 0.06 0.25 0.01 0.21 0.01 0.40 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.26 0.09 0.80 0.80 1.22 0.86
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.48 0.45 0.63 0.44
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.10 0.09 0.07 0.09 0.10 0.11 0.15 0.19 0.09 0.09 0.04 0.00 0.07 0.09 0.13 0.33 0.10 0.15
O3' 0.02 0.36 0.03 0.01 0.15 0.03 0.16 0.07 0.19 0.27 0.27 0.34 0.21 0.26 0.10 0.07 0.00 0.02 0.30 0.60 0.19 0.30
O4' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.14 0.16 0.23 0.29 0.10 0.09 0.02 0.09 0.02 0.00 0.17 0.26 0.27 0.15
O5' 0.24 0.59 0.29 0.38 0.47 0.02 0.60 0.01 0.59 0.80 0.57 0.53 0.66 0.80 0.48 0.13 0.30 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.68 0.38 0.51 0.50 0.23 0.63 0.29 0.67 0.73 0.68 0.59 0.77 0.80 0.45 0.33 0.60 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.75 0.24 0.20 0.61 0.22 0.88 0.37 0.87 1.10 0.77 0.64 1.05 1.22 0.63 0.10 0.19 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.70 0.25 0.32 0.47 0.06 0.62 0.02 0.64 0.81 0.66 0.60 0.74 0.86 0.44 0.15 0.30 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00