ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55318

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 5, 3, 3, 9, 3, 5, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.022, 0.051, 0.079, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.051 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.006, 0.037, 0.068, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.037 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.016, 0.052, 0.088, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.052 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.018, 0.057, 0.097, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.057 std_dev=0.040
C6 B 0, 0.209, 0.387, 0.566, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.387 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.309, 0.494, 0.678, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.494 std_dev=0.184
N6 B 0, 0.316, 0.519, 0.721, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.519 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.277, 0.521, 0.764, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.521 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.282, 0.535, 0.787, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.535 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.268, 0.524, 0.780, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.524 std_dev=0.256
C5 B 0, 0.233, 0.492, 0.751, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.492 std_dev=0.259
C2' A 0, 0.229, 0.511, 0.794, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.511 std_dev=0.283
O2' A 0, 0.237, 0.528, 0.819, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.528 std_dev=0.291
O4' A 0, 0.247, 0.553, 0.859, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.553 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.419, 0.818, 1.218, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.818 std_dev=0.400
C2' B 0, 1.070, 1.476, 1.882, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.476 std_dev=0.406
C4' A 0, 0.521, 0.935, 1.349, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.935 std_dev=0.414
N7 B 0, 0.373, 0.796, 1.219, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.796 std_dev=0.423
O5' A 0, 1.403, 1.834, 2.266, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.834 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.598, 1.030, 1.462, 1.710 max_d=1.710 avg_d=1.030 std_dev=0.432
C3' B 0, 1.274, 1.728, 2.182, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.728 std_dev=0.454
C3' A 0, 0.418, 0.878, 1.337, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.878 std_dev=0.459
O4' B 0, 0.897, 1.382, 1.867, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.382 std_dev=0.485
C4' B 0, 1.222, 1.715, 2.208, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.715 std_dev=0.493
C8 B 0, 0.462, 0.959, 1.456, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.959 std_dev=0.497
O3' B 0, 1.336, 1.886, 2.437, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.886 std_dev=0.551
C5' B 0, 1.787, 2.361, 2.936, 3.151 max_d=3.151 avg_d=2.361 std_dev=0.574
O5' B 0, 2.053, 2.641, 3.228, 3.373 max_d=3.373 avg_d=2.641 std_dev=0.587
O3' A 0, 0.430, 1.053, 1.675, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.053 std_dev=0.623
P A 0, 2.088, 2.730, 3.372, 4.105 max_d=4.105 avg_d=2.730 std_dev=0.642
C5' A 0, 1.142, 1.858, 2.574, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.858 std_dev=0.716
OP1 A 0, 2.815, 3.611, 4.408, 5.251 max_d=5.251 avg_d=3.611 std_dev=0.796
P B 0, 2.308, 3.145, 3.981, 4.629 max_d=4.629 avg_d=3.145 std_dev=0.836
O2' B 0, 0.864, 1.702, 2.539, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.702 std_dev=0.838
OP2 A 0, 4.314, 5.297, 6.281, 6.630 max_d=6.630 avg_d=5.297 std_dev=0.984
OP2 B 0, 2.362, 3.831, 5.299, 6.739 max_d=6.739 avg_d=3.831 std_dev=1.468
OP1 B 0, 2.081, 3.567, 5.053, 6.464 max_d=6.464 avg_d=3.567 std_dev=1.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.13 0.41 0.13
C2 0.04 0.00 0.19 0.27 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.34 0.03 0.34 0.22 0.34 0.20
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.11 0.07 0.16 0.18 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.33 0.27 0.16
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.14 0.00 0.10 0.02 0.16 0.13 0.23 0.24 0.14 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.36 0.45 0.18 0.26
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.16 0.02 0.37 0.22 0.34 0.20
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.11 0.11 0.08 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.17 0.37 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.12 0.04 0.47 0.27 0.31 0.26
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.15 0.13 0.17 0.15 0.16 0.12 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.19 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.20 0.04 0.47 0.28 0.32 0.28
C8 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.14 0.05 0.50 0.27 0.32 0.25
N1 0.03 0.00 0.16 0.23 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.30 0.03 0.41 0.25 0.33 0.25
N3 0.04 0.00 0.18 0.24 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.29 0.04 0.30 0.20 0.35 0.17
N6 0.03 0.01 0.10 0.14 0.02 0.08 0.02 0.16 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.19 0.06 0.52 0.31 0.33 0.33
N7 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.10 0.05 0.54 0.29 0.31 0.31
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.36 0.20 0.35 0.17
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.12 0.12 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.24 0.32 0.09
O3' 0.02 0.34 0.02 0.01 0.16 0.03 0.12 0.04 0.20 0.14 0.30 0.29 0.19 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.30 0.57 0.15 0.30
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.07 0.52 0.21
O5' 0.17 0.34 0.27 0.36 0.37 0.01 0.47 0.01 0.47 0.50 0.41 0.30 0.52 0.54 0.36 0.08 0.30 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.13 0.22 0.33 0.45 0.22 0.17 0.27 0.19 0.28 0.27 0.25 0.20 0.31 0.29 0.20 0.24 0.57 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.34 0.27 0.18 0.34 0.37 0.31 0.37 0.32 0.32 0.33 0.35 0.33 0.31 0.35 0.32 0.15 0.52 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.20 0.16 0.26 0.20 0.07 0.26 0.02 0.28 0.25 0.25 0.17 0.33 0.31 0.17 0.09 0.30 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.27 0.57 0.69 0.22 0.30 0.17 0.38 0.16 0.18 0.21 0.27 0.16 0.16 0.22 0.28 0.53 0.19 0.78 0.43 1.73 0.94
C2 0.13 0.21 0.14 0.38 0.12 0.17 0.13 0.31 0.14 0.19 0.22 0.16 0.14 0.20 0.13 0.47 0.26 0.14 0.63 0.37 1.88 0.88
C2' 0.25 0.26 0.57 0.58 0.20 0.21 0.16 0.24 0.16 0.17 0.18 0.26 0.21 0.16 0.20 0.35 0.41 0.21 0.60 0.37 1.43 0.72
C3' 0.29 0.28 0.66 0.62 0.23 0.22 0.19 0.23 0.20 0.20 0.21 0.29 0.25 0.19 0.24 0.47 0.44 0.23 0.57 0.37 1.35 0.67
C4 0.14 0.24 0.30 0.54 0.14 0.22 0.12 0.36 0.13 0.13 0.21 0.20 0.13 0.14 0.12 0.26 0.40 0.12 0.73 0.39 1.89 0.96
C4' 0.35 0.29 0.79 0.79 0.26 0.34 0.16 0.36 0.12 0.20 0.17 0.32 0.13 0.14 0.27 0.56 0.63 0.22 0.74 0.40 1.52 0.85
C5 0.13 0.23 0.26 0.54 0.14 0.23 0.12 0.39 0.13 0.14 0.21 0.19 0.13 0.15 0.12 0.32 0.41 0.12 0.76 0.42 1.99 1.00
C5' 0.38 0.29 0.86 0.85 0.27 0.39 0.17 0.41 0.11 0.22 0.16 0.34 0.14 0.15 0.30 0.64 0.73 0.25 0.79 0.44 1.55 0.89
C6 0.12 0.22 0.16 0.46 0.12 0.21 0.12 0.38 0.14 0.17 0.22 0.17 0.13 0.18 0.12 0.45 0.34 0.13 0.72 0.41 2.03 0.99
C8 0.19 0.25 0.47 0.67 0.18 0.29 0.13 0.41 0.14 0.13 0.20 0.24 0.14 0.13 0.16 0.22 0.53 0.14 0.82 0.45 1.93 1.03
N1 0.14 0.21 0.14 0.38 0.12 0.19 0.13 0.35 0.14 0.20 0.22 0.16 0.14 0.20 0.14 0.53 0.28 0.14 0.65 0.38 1.97 0.93
N3 0.12 0.22 0.21 0.46 0.13 0.19 0.12 0.31 0.13 0.15 0.22 0.18 0.13 0.16 0.12 0.32 0.32 0.13 0.67 0.37 1.82 0.89
N6 0.13 0.22 0.15 0.45 0.12 0.23 0.12 0.41 0.14 0.18 0.22 0.17 0.14 0.18 0.13 0.50 0.35 0.13 0.74 0.43 2.10 1.03
N7 0.16 0.24 0.36 0.62 0.15 0.27 0.12 0.42 0.13 0.13 0.21 0.21 0.13 0.14 0.13 0.25 0.49 0.12 0.81 0.45 2.01 1.05
N9 0.19 0.25 0.45 0.63 0.17 0.26 0.14 0.38 0.14 0.13 0.20 0.23 0.14 0.14 0.16 0.21 0.49 0.15 0.77 0.42 1.85 0.97
O2' 0.27 0.26 0.64 0.60 0.21 0.22 0.15 0.24 0.13 0.17 0.15 0.27 0.17 0.14 0.22 0.43 0.41 0.19 0.59 0.34 1.32 0.69
O3' 0.37 0.32 0.71 0.58 0.32 0.28 0.30 0.31 0.30 0.31 0.29 0.34 0.35 0.31 0.33 0.62 0.40 0.34 0.49 0.51 1.11 0.56
O4' 0.35 0.30 0.73 0.82 0.29 0.41 0.23 0.49 0.20 0.27 0.22 0.33 0.18 0.24 0.30 0.43 0.67 0.27 0.87 0.54 1.75 1.02
O5' 0.30 0.26 0.77 0.80 0.21 0.31 0.16 0.34 0.18 0.17 0.16 0.29 0.30 0.18 0.22 0.54 0.68 0.17 0.74 0.39 1.59 0.86
OP1 0.34 0.25 0.84 0.83 0.24 0.34 0.21 0.33 0.23 0.22 0.20 0.29 0.32 0.23 0.26 0.68 0.73 0.25 0.69 0.41 1.45 0.78
OP2 0.44 0.45 0.82 0.89 0.38 0.45 0.32 0.48 0.32 0.31 0.37 0.45 0.32 0.29 0.38 0.58 0.78 0.34 0.84 0.48 1.78 0.98
P 0.34 0.29 0.84 0.88 0.24 0.36 0.14 0.40 0.13 0.16 0.18 0.32 0.20 0.12 0.25 0.59 0.77 0.19 0.80 0.41 1.68 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.18 0.01 0.14 0.26 0.32 0.16
C2 0.03 0.00 0.40 0.30 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.11 0.24 0.30 0.38 0.88 0.39
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.08 0.19 0.19 0.31 0.39 0.13 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.21 0.29 0.12 0.23
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.28 0.01 0.35 0.02 0.37 0.28 0.35 0.25 0.40 0.34 0.22 0.02 0.01 0.02 0.07 0.14 0.12 0.08
C4 0.02 0.01 0.21 0.28 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.13 0.37 0.31 0.95 0.46
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.08 0.28 0.05 0.13 0.13 0.25 0.10 0.26 0.02 0.01 0.01 0.10 0.19 0.03
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.18 0.05 0.55 0.32 1.37 0.69
C5' 0.03 0.11 0.08 0.02 0.09 0.01 0.24 0.00 0.19 0.44 0.08 0.12 0.27 0.43 0.18 0.16 0.15 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01
C6 0.03 0.01 0.19 0.37 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.19 0.10 0.54 0.34 1.44 0.70
C8 0.01 0.01 0.19 0.28 0.01 0.28 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.17 0.17 0.63 0.31 1.33 0.74
N1 0.03 0.01 0.31 0.35 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.19 0.42 0.36 1.19 0.55
N3 0.03 0.00 0.39 0.25 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.10 0.24 0.24 0.37 0.70 0.31
N6 0.03 0.02 0.13 0.40 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.27 0.24 0.07 0.64 0.38 1.70 0.84
N7 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.25 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.44 0.23 0.10 0.70 0.37 1.63 0.87
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.05 0.01 0.37 0.25 0.85 0.43
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.08 0.26 0.24 0.16 0.18 0.45 0.10 0.25 0.27 0.44 0.20 0.00 0.04 0.18 0.12 0.18 0.12 0.16
O3' 0.18 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.18 0.15 0.19 0.17 0.15 0.10 0.24 0.23 0.05 0.04 0.00 0.08 0.27 0.54 0.28 0.29
O4' 0.01 0.24 0.04 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.10 0.17 0.19 0.24 0.07 0.10 0.01 0.18 0.08 0.00 0.15 0.30 0.22 0.17
O5' 0.14 0.30 0.21 0.07 0.37 0.01 0.55 0.01 0.54 0.63 0.42 0.24 0.64 0.70 0.37 0.12 0.27 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.38 0.29 0.14 0.31 0.10 0.32 0.11 0.34 0.31 0.36 0.37 0.38 0.37 0.25 0.18 0.54 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.88 0.12 0.12 0.95 0.19 1.37 0.34 1.44 1.33 1.19 0.70 1.70 1.63 0.85 0.12 0.28 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.39 0.23 0.08 0.46 0.03 0.69 0.01 0.70 0.74 0.55 0.31 0.84 0.87 0.43 0.16 0.29 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00