ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55319

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 10, 7, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N6 A 0, -0.001, 0.019, 0.040, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.019 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.006, 0.100, 0.195, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.100 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.007, 0.177, 0.346, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.177 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.073, 0.282, 0.491, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.282 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.092, 0.302, 0.512, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.302 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.107, 0.322, 0.537, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.322 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.099, 0.355, 0.610, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.355 std_dev=0.255
P A 0, 0.094, 0.369, 0.643, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.369 std_dev=0.274
N9 B 0, 0.131, 0.406, 0.680, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.406 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.005, 0.280, 0.556, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.280 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.152, 0.443, 0.734, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.443 std_dev=0.291
O5' A 0, 0.217, 0.513, 0.809, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.513 std_dev=0.296
O2' A 0, -0.086, 0.212, 0.510, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.212 std_dev=0.298
OP1 A 0, 0.349, 0.649, 0.948, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.649 std_dev=0.300
C3' B 0, 0.170, 0.490, 0.809, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.490 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.034, 0.356, 0.677, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.356 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.142, 0.464, 0.787, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.464 std_dev=0.322
C6 B 0, -0.024, 0.315, 0.653, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.315 std_dev=0.338
C8 B 0, 0.106, 0.444, 0.783, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.444 std_dev=0.338
C3' A 0, -0.143, 0.211, 0.566, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.211 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.161, 0.519, 0.877, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.519 std_dev=0.358
O4' B 0, 0.153, 0.514, 0.874, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.514 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.040, 0.419, 0.797, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.419 std_dev=0.378
O3' B 0, 0.164, 0.583, 1.003, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.583 std_dev=0.419
N6 B 0, -0.092, 0.331, 0.754, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.331 std_dev=0.423
C5' B 0, 0.158, 0.586, 1.013, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.586 std_dev=0.427
O5' B 0, 0.107, 0.612, 1.118, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.612 std_dev=0.505
O2' B 0, -0.033, 0.565, 1.164, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.565 std_dev=0.598
OP2 A 0, -0.172, 0.514, 1.201, 3.246 max_d=3.246 avg_d=0.514 std_dev=0.687
O3' A 0, -0.380, 0.324, 1.028, 3.349 max_d=3.349 avg_d=0.324 std_dev=0.704
P B 0, -0.021, 0.733, 1.487, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.733 std_dev=0.754
OP2 B 0, -0.045, 0.808, 1.661, 3.882 max_d=3.882 avg_d=0.808 std_dev=0.853
OP1 B 0, -0.130, 0.850, 1.830, 4.502 max_d=4.502 avg_d=0.850 std_dev=0.980

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.20 0.51 0.17 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.27 0.05 0.28 0.40 0.30 0.11
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.13 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.24 0.41 0.21 0.25
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.16 0.02 0.14 0.22 0.10 0.07 0.18 0.23 0.12 0.02 0.01 0.02 0.15 0.37 0.28 0.12
C4 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.14 0.03 0.30 0.41 0.29 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.03 0.04 0.06 0.10 0.04 0.16 0.02 0.01 0.02 0.40 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.02 0.35 0.34 0.35 0.10
C5' 0.06 0.08 0.13 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.08 0.15 0.16 0.10 0.06 0.12 0.01 0.01 0.28 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.09 0.04 0.35 0.31 0.37 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.12 0.03 0.38 0.39 0.31 0.10
N1 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.18 0.04 0.32 0.34 0.35 0.10
N3 0.02 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.28 0.05 0.26 0.44 0.27 0.12
N6 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.06 0.04 0.38 0.26 0.42 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.16 0.12 0.02 0.40 0.29 0.38 0.11
N9 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.01 0.30 0.46 0.25 0.12
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.18 0.16 0.19 0.06 0.22 0.12 0.23 0.21 0.22 0.16 0.12 0.00 0.04 0.10 0.17 0.39 0.23 0.22
O3' 0.17 0.27 0.03 0.01 0.14 0.02 0.05 0.12 0.09 0.12 0.18 0.28 0.06 0.12 0.06 0.04 0.00 0.12 0.29 0.48 0.34 0.27
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.10 0.12 0.00 0.15 0.57 0.23 0.16
O5' 0.20 0.28 0.24 0.15 0.30 0.02 0.35 0.01 0.35 0.38 0.32 0.26 0.38 0.40 0.30 0.17 0.29 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.51 0.40 0.41 0.37 0.41 0.40 0.34 0.28 0.31 0.39 0.34 0.44 0.26 0.29 0.46 0.39 0.48 0.57 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.30 0.21 0.28 0.29 0.22 0.35 0.20 0.37 0.31 0.35 0.27 0.42 0.38 0.25 0.23 0.34 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.11 0.25 0.12 0.11 0.08 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.12 0.22 0.27 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.25 0.16 0.17 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.38 0.18 0.18 0.32 0.37 0.21 0.24
C2 0.22 0.16 0.25 0.22 0.20 0.23 0.20 0.32 0.19 0.23 0.17 0.18 0.20 0.23 0.22 0.47 0.23 0.23 0.33 0.24 0.29 0.17
C2' 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.14 0.18 0.15 0.13 0.14 0.11 0.19 0.15 0.12 0.27 0.16 0.14 0.28 0.39 0.20 0.26
C3' 0.36 0.36 0.30 0.25 0.34 0.33 0.32 0.40 0.31 0.32 0.33 0.36 0.27 0.31 0.34 0.56 0.41 0.38 0.50 0.65 0.24 0.49
C4 0.19 0.14 0.20 0.19 0.17 0.18 0.18 0.29 0.17 0.20 0.15 0.15 0.17 0.20 0.19 0.43 0.19 0.19 0.34 0.29 0.23 0.20
C4' 0.23 0.19 0.19 0.15 0.20 0.19 0.19 0.27 0.18 0.20 0.18 0.20 0.17 0.20 0.21 0.45 0.24 0.24 0.36 0.47 0.17 0.32
C5 0.20 0.15 0.21 0.20 0.18 0.20 0.20 0.31 0.18 0.22 0.15 0.16 0.19 0.22 0.20 0.43 0.20 0.21 0.35 0.28 0.24 0.21
C5' 0.24 0.22 0.19 0.14 0.22 0.19 0.22 0.26 0.21 0.23 0.22 0.22 0.21 0.22 0.23 0.44 0.23 0.26 0.38 0.48 0.19 0.35
C6 0.22 0.15 0.25 0.22 0.19 0.23 0.21 0.34 0.18 0.25 0.15 0.16 0.18 0.24 0.22 0.46 0.22 0.24 0.37 0.26 0.27 0.21
C8 0.18 0.15 0.18 0.18 0.17 0.17 0.19 0.28 0.18 0.20 0.16 0.16 0.20 0.20 0.18 0.39 0.18 0.19 0.34 0.34 0.20 0.23
N1 0.24 0.16 0.27 0.24 0.21 0.25 0.21 0.35 0.19 0.26 0.17 0.18 0.19 0.25 0.23 0.47 0.24 0.25 0.36 0.25 0.30 0.20
N3 0.19 0.15 0.22 0.19 0.17 0.19 0.18 0.29 0.17 0.20 0.16 0.16 0.16 0.19 0.19 0.44 0.20 0.20 0.32 0.27 0.24 0.18
N6 0.23 0.15 0.26 0.23 0.20 0.25 0.21 0.36 0.18 0.26 0.15 0.17 0.19 0.26 0.23 0.46 0.23 0.25 0.38 0.26 0.30 0.23
N7 0.19 0.15 0.19 0.19 0.18 0.19 0.20 0.30 0.18 0.21 0.16 0.15 0.21 0.22 0.19 0.41 0.19 0.20 0.36 0.31 0.22 0.22
N9 0.17 0.15 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.27 0.17 0.18 0.16 0.15 0.18 0.19 0.17 0.40 0.18 0.18 0.33 0.33 0.21 0.22
O2' 0.11 0.09 0.11 0.13 0.16 0.10 0.25 0.20 0.30 0.22 0.22 0.09 0.40 0.28 0.16 0.18 0.15 0.17 0.35 0.48 0.22 0.37
O3' 0.67 0.67 0.61 0.59 0.66 0.65 0.63 0.73 0.60 0.64 0.63 0.67 0.54 0.62 0.66 0.86 0.76 0.69 0.81 0.98 0.53 0.81
O4' 0.21 0.18 0.22 0.21 0.19 0.19 0.18 0.28 0.17 0.19 0.17 0.19 0.16 0.19 0.20 0.44 0.21 0.21 0.34 0.39 0.23 0.26
O5' 0.32 0.31 0.26 0.20 0.32 0.28 0.33 0.37 0.34 0.33 0.33 0.31 0.36 0.34 0.32 0.50 0.32 0.34 0.50 0.61 0.22 0.47
OP1 0.46 0.44 0.47 0.43 0.46 0.45 0.47 0.52 0.47 0.48 0.46 0.44 0.48 0.48 0.47 0.66 0.51 0.46 0.58 0.63 0.32 0.50
OP2 0.30 0.29 0.29 0.31 0.26 0.28 0.23 0.29 0.22 0.23 0.25 0.30 0.19 0.21 0.26 0.42 0.30 0.30 0.35 0.42 0.32 0.32
P 0.30 0.29 0.23 0.16 0.30 0.25 0.31 0.34 0.31 0.30 0.30 0.29 0.32 0.31 0.30 0.48 0.28 0.32 0.47 0.56 0.17 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.09 0.35 0.13 0.14
C2 0.02 0.00 0.14 0.17 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.12 0.06 0.19 0.34 0.20 0.19
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.13 0.05 0.07 0.10 0.15 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.31 0.19 0.17
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.19 0.13 0.19 0.15 0.20 0.16 0.11 0.02 0.01 0.01 0.12 0.27 0.20 0.09
C4 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.03 0.20 0.31 0.21 0.17
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.04 0.16 0.02 0.01 0.01 0.36 0.08 0.13
C5 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.10 0.02 0.25 0.26 0.26 0.17
C5' 0.06 0.09 0.13 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.15 0.19 0.12 0.08 0.17 0.20 0.12 0.07 0.13 0.02 0.01 0.06 0.11 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.19 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.11 0.03 0.25 0.26 0.27 0.18
C8 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.06 0.04 0.26 0.24 0.25 0.16
N1 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.05 0.22 0.29 0.24 0.18
N3 0.02 0.00 0.15 0.15 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.06 0.16 0.35 0.18 0.18
N6 0.02 0.02 0.04 0.20 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.14 0.03 0.27 0.21 0.30 0.17
N7 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.20 0.10 0.03 0.28 0.22 0.29 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.19 0.31 0.19 0.16
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.14 0.16 0.19 0.07 0.21 0.16 0.18 0.13 0.23 0.20 0.11 0.00 0.04 0.10 0.12 0.18 0.25 0.08
O3' 0.17 0.12 0.03 0.01 0.09 0.02 0.10 0.13 0.11 0.06 0.12 0.13 0.14 0.10 0.07 0.04 0.00 0.12 0.12 0.29 0.22 0.09
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.10 0.12 0.00 0.05 0.37 0.10 0.14
O5' 0.09 0.19 0.16 0.12 0.20 0.01 0.25 0.01 0.25 0.26 0.22 0.16 0.27 0.28 0.19 0.12 0.12 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.35 0.34 0.31 0.27 0.31 0.36 0.26 0.06 0.26 0.24 0.29 0.35 0.21 0.22 0.31 0.18 0.29 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.20 0.19 0.20 0.21 0.08 0.26 0.11 0.27 0.25 0.24 0.18 0.30 0.29 0.19 0.25 0.22 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.17 0.09 0.17 0.13 0.17 0.02 0.18 0.16 0.18 0.18 0.17 0.17 0.16 0.08 0.09 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00