ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55320

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 2, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.026, 0.053, 0.081, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.012, 0.063, 0.114, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.063 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.112, 0.232, 0.351, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.232 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.075, 0.195, 0.315, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.195 std_dev=0.120
O4' A 0, 0.034, 0.201, 0.369, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.201 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.435, 0.643, 0.851, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.643 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.480, 0.727, 0.973, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.727 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.411, 0.665, 0.918, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.665 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.472, 0.730, 0.988, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.730 std_dev=0.258
C3' A 0, 0.078, 0.349, 0.621, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.349 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.462, 0.739, 1.016, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.739 std_dev=0.277
N1 B 0, 0.441, 0.723, 1.006, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.723 std_dev=0.283
C4' A 0, 0.033, 0.333, 0.634, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.333 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.418, 0.722, 1.025, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.722 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.359, 0.741, 1.124, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.741 std_dev=0.382
N7 B 0, 0.370, 0.767, 1.164, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.767 std_dev=0.397
N6 B 0, 0.550, 0.952, 1.354, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.952 std_dev=0.402
O3' A 0, 0.131, 0.541, 0.951, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.541 std_dev=0.410
C5' A 0, 0.062, 0.522, 0.983, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.522 std_dev=0.460
C1' B 0, 0.487, 0.955, 1.422, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.955 std_dev=0.467
O4' B 0, 0.587, 1.177, 1.767, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.177 std_dev=0.590
C2' B 0, 0.678, 1.276, 1.874, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.276 std_dev=0.598
O5' B 0, 0.504, 1.148, 1.792, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.148 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.714, 1.420, 2.126, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.420 std_dev=0.706
O2' B 0, 0.836, 1.553, 2.269, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.553 std_dev=0.716
C4' B 0, 0.700, 1.428, 2.156, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.428 std_dev=0.728
O5' A 0, -0.056, 0.714, 1.485, 3.431 max_d=3.431 avg_d=0.714 std_dev=0.771
C5' B 0, 0.739, 1.519, 2.299, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.519 std_dev=0.780
P B 0, 0.359, 1.167, 1.974, 2.842 max_d=2.842 avg_d=1.167 std_dev=0.807
O3' B 0, 0.957, 1.892, 2.828, 3.423 max_d=3.423 avg_d=1.892 std_dev=0.935
P A 0, 0.147, 1.086, 2.025, 4.267 max_d=4.267 avg_d=1.086 std_dev=0.939
OP1 B 0, 0.866, 1.866, 2.866, 3.941 max_d=3.941 avg_d=1.866 std_dev=1.000
OP2 A 0, 0.251, 1.284, 2.316, 4.334 max_d=4.334 avg_d=1.284 std_dev=1.032
OP1 A 0, 0.235, 1.351, 2.467, 5.108 max_d=5.108 avg_d=1.351 std_dev=1.116
OP2 B 0, 0.103, 1.390, 2.678, 4.781 max_d=4.781 avg_d=1.390 std_dev=1.288

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.17 0.19 0.18
C2 0.05 0.00 0.14 0.18 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.14 0.22 0.08 0.28 0.34 0.45 0.35
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.12 0.14 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.26 0.14 0.16
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.18 0.08 0.19 0.16 0.19 0.12 0.09 0.02 0.01 0.01 0.21 0.33 0.16 0.19
C4 0.03 0.02 0.08 0.14 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.04 0.30 0.36 0.41 0.37
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.06 0.05 0.13 0.12 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.10 0.14 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.18 0.04 0.41 0.50 0.56 0.50
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.13 0.06 0.23 0.21 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.10 0.21 0.05 0.42 0.53 0.62 0.53
C8 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.11 0.02 0.19 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.09 0.08 0.43 0.49 0.46 0.49
N1 0.04 0.00 0.12 0.19 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.13 0.23 0.06 0.36 0.45 0.55 0.45
N3 0.06 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.18 0.08 0.23 0.27 0.36 0.29
N6 0.04 0.02 0.07 0.19 0.02 0.13 0.03 0.23 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.09 0.23 0.08 0.49 0.64 0.73 0.63
N7 0.02 0.03 0.02 0.12 0.01 0.12 0.01 0.21 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.14 0.07 0.48 0.58 0.61 0.58
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.29 0.32 0.33 0.33
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.07 0.06 0.07 0.05 0.10 0.04 0.13 0.13 0.09 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.08 0.21 0.12 0.09
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.05 0.21 0.09 0.23 0.18 0.23 0.14 0.08 0.06 0.00 0.02 0.20 0.43 0.24 0.23
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.02 0.07 0.02 0.00 0.10 0.16 0.23 0.20
O5' 0.13 0.28 0.16 0.21 0.30 0.02 0.41 0.01 0.42 0.43 0.36 0.23 0.49 0.48 0.29 0.08 0.20 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.34 0.26 0.33 0.36 0.10 0.50 0.11 0.53 0.49 0.45 0.27 0.64 0.58 0.32 0.21 0.43 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.45 0.14 0.16 0.41 0.14 0.56 0.21 0.62 0.46 0.55 0.36 0.73 0.61 0.33 0.12 0.24 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.35 0.16 0.19 0.37 0.05 0.50 0.01 0.53 0.49 0.45 0.29 0.63 0.58 0.33 0.09 0.23 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.30 0.35 0.37 0.19 0.24 0.20 0.21 0.20 0.22 0.21 0.27 0.34 0.26 0.19 0.33 0.47 0.17 0.47 1.04 0.61 0.52
C2 0.17 0.29 0.21 0.26 0.13 0.19 0.14 0.21 0.18 0.26 0.31 0.19 0.20 0.26 0.16 0.18 0.34 0.24 0.52 1.17 0.75 0.60
C2' 0.23 0.33 0.31 0.32 0.21 0.24 0.19 0.25 0.19 0.20 0.23 0.30 0.30 0.24 0.20 0.30 0.39 0.21 0.53 1.10 0.66 0.60
C3' 0.26 0.31 0.31 0.31 0.23 0.26 0.22 0.28 0.22 0.24 0.22 0.30 0.32 0.27 0.24 0.30 0.37 0.26 0.54 1.10 0.67 0.62
C4 0.12 0.31 0.25 0.28 0.14 0.15 0.15 0.15 0.15 0.22 0.29 0.23 0.20 0.25 0.13 0.21 0.38 0.15 0.48 1.15 0.66 0.56
C4' 0.22 0.25 0.34 0.36 0.18 0.24 0.20 0.22 0.23 0.20 0.18 0.25 0.37 0.25 0.18 0.34 0.45 0.19 0.47 0.98 0.58 0.51
C5 0.12 0.33 0.22 0.26 0.14 0.15 0.14 0.16 0.17 0.22 0.32 0.24 0.20 0.25 0.13 0.19 0.35 0.16 0.49 1.18 0.67 0.58
C5' 0.21 0.24 0.33 0.34 0.18 0.22 0.20 0.20 0.23 0.20 0.18 0.24 0.36 0.26 0.18 0.33 0.44 0.19 0.47 1.00 0.58 0.52
C6 0.14 0.32 0.20 0.25 0.13 0.18 0.14 0.21 0.19 0.25 0.34 0.22 0.22 0.25 0.14 0.16 0.33 0.22 0.52 1.21 0.73 0.61
C8 0.15 0.34 0.28 0.31 0.17 0.17 0.17 0.15 0.17 0.21 0.27 0.27 0.24 0.25 0.15 0.26 0.40 0.14 0.46 1.14 0.62 0.55
N1 0.18 0.30 0.20 0.25 0.13 0.21 0.14 0.24 0.20 0.27 0.33 0.19 0.24 0.25 0.17 0.17 0.33 0.26 0.54 1.20 0.77 0.62
N3 0.13 0.29 0.24 0.28 0.12 0.16 0.14 0.17 0.14 0.23 0.29 0.20 0.16 0.26 0.14 0.20 0.37 0.17 0.49 1.14 0.70 0.57
N6 0.16 0.33 0.19 0.25 0.13 0.21 0.15 0.25 0.21 0.26 0.35 0.22 0.24 0.25 0.15 0.16 0.32 0.25 0.54 1.22 0.75 0.63
N7 0.13 0.34 0.25 0.28 0.16 0.15 0.16 0.16 0.18 0.22 0.31 0.26 0.22 0.25 0.14 0.21 0.37 0.15 0.48 1.18 0.64 0.57
N9 0.15 0.32 0.29 0.32 0.17 0.18 0.17 0.16 0.17 0.21 0.26 0.26 0.25 0.25 0.15 0.26 0.41 0.14 0.47 1.11 0.62 0.54
O2' 0.21 0.26 0.34 0.35 0.17 0.24 0.18 0.22 0.23 0.18 0.14 0.26 0.39 0.23 0.17 0.33 0.43 0.18 0.47 0.95 0.58 0.50
O3' 0.31 0.29 0.32 0.31 0.26 0.30 0.25 0.32 0.25 0.28 0.22 0.31 0.33 0.29 0.28 0.31 0.34 0.32 0.55 1.06 0.68 0.63
O4' 0.24 0.28 0.38 0.41 0.21 0.28 0.23 0.25 0.24 0.24 0.19 0.28 0.39 0.29 0.21 0.37 0.52 0.20 0.48 0.99 0.59 0.49
O5' 0.20 0.24 0.26 0.28 0.20 0.18 0.25 0.20 0.25 0.28 0.21 0.23 0.35 0.32 0.21 0.23 0.37 0.23 0.48 1.13 0.65 0.61
OP1 0.32 0.27 0.31 0.33 0.32 0.29 0.37 0.30 0.35 0.41 0.29 0.27 0.42 0.43 0.34 0.30 0.42 0.36 0.45 1.12 0.64 0.61
OP2 0.30 0.30 0.29 0.32 0.30 0.29 0.34 0.33 0.32 0.40 0.30 0.28 0.38 0.42 0.33 0.25 0.38 0.36 0.57 1.29 0.78 0.76
P 0.22 0.26 0.28 0.31 0.23 0.21 0.27 0.22 0.26 0.30 0.24 0.24 0.34 0.33 0.24 0.25 0.41 0.26 0.49 1.14 0.67 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.47 0.35 0.22
C2 0.05 0.00 0.12 0.12 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.04 0.33 0.86 0.45 0.39
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.11 0.11 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.17 0.44 0.20 0.19
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.12 0.15 0.12 0.11 0.15 0.15 0.07 0.02 0.01 0.02 0.23 0.37 0.16 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.35 0.82 0.43 0.39
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.06 0.07 0.09 0.11 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.18 0.29 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.15 0.03 0.44 0.95 0.53 0.47
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.13 0.17 0.10 0.08 0.16 0.19 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.26 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.03 0.45 1.01 0.57 0.50
C8 0.03 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.17 0.06 0.46 0.82 0.46 0.43
N1 0.04 0.01 0.11 0.12 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.15 0.02 0.40 0.96 0.53 0.46
N3 0.05 0.01 0.11 0.11 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.14 0.04 0.29 0.77 0.40 0.35
N6 0.03 0.01 0.10 0.15 0.02 0.09 0.03 0.16 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.11 0.20 0.05 0.50 1.09 0.66 0.56
N7 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.19 0.06 0.50 0.97 0.56 0.51
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.33 0.71 0.38 0.34
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.05 0.14 0.14 0.11 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.08 0.27 0.25 0.12
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.09 0.03 0.15 0.03 0.17 0.17 0.15 0.14 0.20 0.19 0.07 0.06 0.00 0.02 0.27 0.26 0.25 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.20 0.31 0.44 0.20
O5' 0.19 0.33 0.17 0.23 0.35 0.03 0.44 0.01 0.45 0.46 0.40 0.29 0.50 0.50 0.33 0.08 0.27 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.47 0.86 0.44 0.37 0.82 0.18 0.95 0.26 1.01 0.82 0.96 0.77 1.09 0.97 0.71 0.27 0.26 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.45 0.20 0.16 0.43 0.29 0.53 0.33 0.57 0.46 0.53 0.40 0.66 0.56 0.38 0.25 0.25 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.39 0.19 0.19 0.39 0.07 0.47 0.01 0.50 0.43 0.46 0.35 0.56 0.51 0.34 0.12 0.18 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00