Doublet Group distance statistics: 55321

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N9	A	0, 0.014, 0.033, 0.053, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.029, 0.052, 0.075, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.052 std_dev=0.023
N7	A	0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.046 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.024, 0.056, 0.088, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.056 std_dev=0.032
C2'	A	0, 0.086, 0.216, 0.346, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.216 std_dev=0.130
O4'	A	0, 0.050, 0.199, 0.348, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.199 std_dev=0.149
O2'	A	0, 0.045, 0.242, 0.439, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.242 std_dev=0.197
C4'	A	0, 0.124, 0.369, 0.613, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.369 std_dev=0.244
C3'	A	0, 0.155, 0.418, 0.681, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.418 std_dev=0.263
C4	B	0, 0.374, 0.691, 1.008, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.691 std_dev=0.317
C6	B	0, 0.271, 0.604, 0.937, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.604 std_dev=0.333
C5	B	0, 0.331, 0.665, 0.999, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.665 std_dev=0.334
N3	B	0, 0.363, 0.700, 1.036, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.700 std_dev=0.337
N1	B	0, 0.313, 0.656, 0.999, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.656 std_dev=0.343
C2	B	0, 0.342, 0.698, 1.054, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.698 std_dev=0.356
N6	B	0, 0.323, 0.686, 1.049, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.686 std_dev=0.363
C5'	A	0, 0.133, 0.522, 0.911, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.522 std_dev=0.389
O3'	A	0, 0.296, 0.691, 1.086, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.691 std_dev=0.395
N9	B	0, 0.433, 0.844, 1.254, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.844 std_dev=0.411
C1'	B	0, 0.540, 1.000, 1.459, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.000 std_dev=0.460
O4'	B	0, 0.558, 1.045, 1.533, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.045 std_dev=0.488
C5'	B	0, 0.680, 1.185, 1.690, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.185 std_dev=0.505
N7	B	0, 0.289, 0.803, 1.318, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.803 std_dev=0.514
C4'	B	0, 0.680, 1.221, 1.763, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.221 std_dev=0.541
C8	B	0, 0.335, 0.899, 1.463, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.899 std_dev=0.564
C2'	B	0, 0.630, 1.216, 1.802, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.216 std_dev=0.586
C3'	B	0, 0.707, 1.334, 1.961, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.334 std_dev=0.627
O2'	B	0, 0.713, 1.415, 2.118, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.415 std_dev=0.702
O3'	B	0, 0.866, 1.712, 2.558, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.712 std_dev=0.846
O5'	A	0, 1.109, 2.186, 3.264, 3.356 max_d=3.356 avg_d=2.186 std_dev=1.077
O5'	B	0, 0.985, 2.267, 3.550, 4.387 max_d=4.387 avg_d=2.267 std_dev=1.282
OP2	B	0, 0.910, 2.305, 3.700, 4.908 max_d=4.908 avg_d=2.305 std_dev=1.395
P	B	0, 0.959, 2.432, 3.906, 5.159 max_d=5.159 avg_d=2.432 std_dev=1.474
OP1	A	0, 1.642, 3.152, 4.663, 4.919 max_d=4.919 avg_d=3.152 std_dev=1.510
P	A	0, 1.408, 2.944, 4.480, 4.404 max_d=4.404 avg_d=2.944 std_dev=1.536
OP1	B	0, 1.084, 2.787, 4.491, 6.203 max_d=6.203 avg_d=2.787 std_dev=1.703
OP2	A	0, 1.654, 3.364, 5.074, 4.781 max_d=4.781 avg_d=3.364 std_dev=1.710

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.16	0.41	0.29	0.25
C2	0.02	0.00	0.13	0.15	0.01	0.05	0.01	0.10	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.16	0.17	0.05	0.34	0.61	0.61	0.46
C2'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.07	0.02	0.05	0.02	0.07	0.07	0.10	0.13	0.06	0.06	0.03	0.01	0.02	0.01	0.25	0.58	0.30	0.33
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.12	0.01	0.15	0.03	0.16	0.16	0.16	0.13	0.17	0.17	0.09	0.03	0.01	0.01	0.33	0.64	0.25	0.37
C4	0.02	0.01	0.07	0.12	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.12	0.03	0.40	0.63	0.60	0.50
C4'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.06	0.00	0.10	0.01	0.10	0.13	0.07	0.05	0.12	0.13	0.07	0.06	0.03	0.01	0.03	0.27	0.21	0.09
C5	0.01	0.01	0.05	0.15	0.00	0.10	0.00	0.18	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.16	0.03	0.57	0.79	0.79	0.69
C5'	0.03	0.10	0.02	0.03	0.12	0.01	0.18	0.00	0.18	0.20	0.14	0.08	0.22	0.22	0.11	0.05	0.04	0.02	0.01	0.15	0.33	0.04
C6	0.02	0.02	0.07	0.16	0.01	0.10	0.01	0.18	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.17	0.03	0.56	0.81	0.85	0.70
C8	0.01	0.01	0.07	0.16	0.01	0.13	0.01	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.18	0.07	0.64	0.79	0.71	0.72
N1	0.02	0.01	0.10	0.16	0.01	0.07	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.17	0.04	0.46	0.72	0.75	0.59
N3	0.02	0.00	0.13	0.13	0.01	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.15	0.05	0.28	0.55	0.52	0.39
N6	0.02	0.02	0.06	0.17	0.01	0.12	0.01	0.22	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.20	0.04	0.65	0.92	0.98	0.81
N7	0.01	0.01	0.06	0.17	0.01	0.13	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.20	0.06	0.70	0.90	0.89	0.83
N9	0.01	0.01	0.03	0.09	0.00	0.07	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.08	0.02	0.40	0.60	0.50	0.47
O2'	0.02	0.16	0.01	0.03	0.08	0.06	0.05	0.05	0.08	0.06	0.12	0.15	0.06	0.04	0.03	0.00	0.05	0.06	0.10	0.48	0.22	0.20
O3'	0.02	0.17	0.02	0.01	0.12	0.03	0.16	0.04	0.17	0.18	0.17	0.15	0.20	0.20	0.08	0.05	0.00	0.02	0.28	0.69	0.26	0.34
O4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.07	0.04	0.05	0.04	0.06	0.02	0.06	0.02	0.00	0.10	0.21	0.28	0.17
O5'	0.16	0.34	0.25	0.33	0.40	0.03	0.57	0.01	0.56	0.64	0.46	0.28	0.65	0.70	0.40	0.10	0.28	0.10	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.41	0.61	0.58	0.64	0.63	0.27	0.79	0.15	0.81	0.79	0.72	0.55	0.92	0.90	0.60	0.48	0.69	0.21	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.29	0.61	0.30	0.25	0.60	0.21	0.79	0.33	0.85	0.71	0.75	0.52	0.98	0.89	0.50	0.22	0.26	0.28	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.25	0.46	0.33	0.37	0.50	0.09	0.69	0.04	0.70	0.72	0.59	0.39	0.81	0.83	0.47	0.20	0.34	0.17	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.22	0.26	0.28	0.28	0.19	0.22	0.23	0.21	0.22	0.25	0.18	0.23	0.37	0.29	0.21	0.31	0.36	0.20	0.72	0.95	0.88	0.80
C2	0.28	0.35	0.33	0.37	0.29	0.29	0.28	0.31	0.30	0.28	0.35	0.32	0.28	0.28	0.28	0.32	0.44	0.28	0.84	1.03	0.92	0.83
C2'	0.19	0.23	0.24	0.25	0.17	0.19	0.18	0.20	0.20	0.17	0.16	0.22	0.32	0.21	0.17	0.27	0.30	0.18	0.68	0.86	0.85	0.73
C3'	0.19	0.21	0.22	0.23	0.17	0.19	0.18	0.20	0.20	0.17	0.16	0.21	0.31	0.21	0.16	0.25	0.29	0.18	0.65	0.83	0.84	0.71
C4	0.22	0.30	0.28	0.31	0.23	0.22	0.23	0.23	0.23	0.24	0.27	0.26	0.27	0.26	0.22	0.28	0.38	0.22	0.77	0.99	0.89	0.80
C4'	0.17	0.15	0.22	0.23	0.12	0.17	0.20	0.18	0.21	0.23	0.09	0.15	0.37	0.28	0.15	0.27	0.30	0.15	0.64	0.87	0.85	0.75
C5	0.21	0.29	0.27	0.31	0.22	0.22	0.22	0.24	0.23	0.23	0.27	0.26	0.25	0.25	0.21	0.26	0.38	0.21	0.77	0.98	0.89	0.78
C5'	0.17	0.14	0.23	0.24	0.12	0.18	0.20	0.19	0.20	0.23	0.08	0.15	0.36	0.28	0.15	0.27	0.32	0.15	0.65	0.88	0.86	0.77
C6	0.22	0.31	0.28	0.33	0.24	0.24	0.23	0.28	0.25	0.24	0.30	0.27	0.24	0.25	0.23	0.26	0.41	0.23	0.80	1.01	0.92	0.79
C8	0.19	0.25	0.25	0.28	0.18	0.19	0.21	0.20	0.20	0.22	0.20	0.22	0.30	0.25	0.19	0.28	0.35	0.18	0.72	0.95	0.87	0.76
N1	0.27	0.34	0.31	0.37	0.28	0.28	0.27	0.32	0.29	0.27	0.34	0.31	0.28	0.28	0.27	0.29	0.44	0.27	0.83	1.03	0.94	0.81
N3	0.26	0.33	0.30	0.33	0.26	0.25	0.26	0.26	0.26	0.26	0.32	0.30	0.27	0.27	0.26	0.30	0.41	0.25	0.81	1.01	0.90	0.82
N6	0.22	0.31	0.27	0.34	0.23	0.25	0.23	0.29	0.25	0.24	0.30	0.27	0.25	0.25	0.22	0.25	0.41	0.23	0.80	1.00	0.93	0.78
N7	0.18	0.26	0.25	0.28	0.19	0.19	0.20	0.21	0.21	0.21	0.23	0.23	0.26	0.24	0.19	0.26	0.36	0.18	0.73	0.96	0.88	0.76
N9	0.21	0.27	0.27	0.29	0.20	0.21	0.22	0.21	0.21	0.23	0.22	0.24	0.32	0.27	0.21	0.29	0.36	0.20	0.73	0.96	0.88	0.79
O2'	0.16	0.18	0.22	0.23	0.13	0.17	0.21	0.17	0.27	0.19	0.17	0.17	0.42	0.26	0.14	0.26	0.29	0.14	0.63	0.80	0.81	0.69
O3'	0.24	0.26	0.25	0.27	0.22	0.23	0.21	0.26	0.24	0.19	0.24	0.27	0.32	0.21	0.21	0.25	0.30	0.24	0.61	0.74	0.78	0.64
O4'	0.23	0.25	0.29	0.30	0.20	0.24	0.25	0.24	0.24	0.29	0.18	0.23	0.40	0.34	0.22	0.34	0.38	0.22	0.72	0.96	0.89	0.83
O5'	0.14	0.12	0.18	0.20	0.13	0.12	0.21	0.11	0.22	0.21	0.13	0.12	0.34	0.27	0.14	0.22	0.28	0.13	0.62	0.80	0.85	0.71
OP1	0.47	0.44	0.37	0.38	0.45	0.43	0.48	0.44	0.48	0.49	0.44	0.45	0.55	0.51	0.46	0.42	0.41	0.51	0.78	0.84	0.89	0.79
OP2	0.27	0.22	0.19	0.20	0.30	0.24	0.41	0.24	0.42	0.42	0.30	0.21	0.55	0.48	0.33	0.22	0.22	0.32	0.69	0.83	0.94	0.77
P	0.16	0.15	0.11	0.14	0.18	0.09	0.28	0.10	0.30	0.29	0.20	0.14	0.44	0.35	0.20	0.17	0.23	0.20	0.60	0.77	0.83	0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03	0.05	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.21	0.24	0.51	0.24
C2	0.04	0.00	0.14	0.19	0.01	0.06	0.01	0.12	0.03	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.15	0.23	0.06	0.54	0.61	0.63	0.53
C2'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.08	0.02	0.06	0.02	0.08	0.09	0.11	0.14	0.08	0.08	0.04	0.01	0.02	0.01	0.26	0.32	0.56	0.34
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.14	0.01	0.17	0.02	0.19	0.17	0.19	0.17	0.21	0.18	0.10	0.03	0.01	0.02	0.35	0.40	0.51	0.39
C4	0.02	0.01	0.08	0.14	0.00	0.06	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.15	0.02	0.56	0.60	0.62	0.51
C4'	0.01	0.06	0.02	0.01	0.06	0.00	0.12	0.01	0.11	0.16	0.08	0.05	0.15	0.16	0.07	0.06	0.03	0.01	0.01	0.18	0.37	0.11
C5	0.02	0.01	0.06	0.17	0.00	0.12	0.00	0.25	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.19	0.03	0.72	0.80	0.70	0.66
C5'	0.03	0.12	0.02	0.02	0.15	0.01	0.25	0.00	0.25	0.28	0.19	0.08	0.31	0.32	0.15	0.06	0.06	0.01	0.01	0.27	0.35	0.02
C6	0.03	0.03	0.08	0.19	0.01	0.11	0.01	0.25	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.10	0.22	0.02	0.75	0.86	0.74	0.72
C8	0.02	0.01	0.09	0.17	0.00	0.16	0.01	0.28	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.06	0.18	0.08	0.70	0.72	0.65	0.58
N1	0.03	0.01	0.11	0.19	0.01	0.08	0.01	0.19	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.02	0.13	0.23	0.04	0.66	0.76	0.69	0.64
N3	0.05	0.01	0.14	0.17	0.00	0.05	0.01	0.08	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.14	0.20	0.07	0.46	0.50	0.59	0.45
N6	0.03	0.04	0.08	0.21	0.01	0.15	0.01	0.31	0.01	0.04	0.03	0.02	0.00	0.04	0.03	0.10	0.24	0.04	0.84	0.99	0.82	0.82
N7	0.02	0.01	0.08	0.18	0.01	0.16	0.00	0.32	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.07	0.20	0.06	0.80	0.89	0.74	0.73
N9	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.07	0.01	0.15	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.10	0.01	0.50	0.52	0.59	0.43
O2'	0.02	0.15	0.01	0.03	0.08	0.06	0.08	0.06	0.10	0.06	0.13	0.14	0.10	0.07	0.03	0.00	0.04	0.06	0.08	0.19	0.48	0.19
O3'	0.02	0.23	0.02	0.01	0.15	0.03	0.19	0.06	0.22	0.18	0.23	0.20	0.24	0.20	0.10	0.04	0.00	0.02	0.33	0.46	0.49	0.35
O4'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.08	0.04	0.07	0.04	0.06	0.01	0.06	0.02	0.00	0.14	0.11	0.46	0.17
O5'	0.21	0.54	0.26	0.35	0.56	0.01	0.72	0.01	0.75	0.70	0.66	0.46	0.84	0.80	0.50	0.08	0.33	0.14	0.00	0.04	0.03	0.00
OP1	0.24	0.61	0.32	0.40	0.60	0.18	0.80	0.27	0.86	0.72	0.76	0.50	0.99	0.89	0.52	0.19	0.46	0.11	0.04	0.00	0.02	0.01
OP2	0.51	0.63	0.56	0.51	0.62	0.37	0.70	0.35	0.74	0.65	0.69	0.59	0.82	0.74	0.59	0.48	0.49	0.46	0.03	0.02	0.00	0.01
P	0.24	0.53	0.34	0.39	0.51	0.11	0.66	0.02	0.72	0.58	0.64	0.45	0.82	0.73	0.43	0.19	0.35	0.17	0.00	0.01	0.01	0.00