Doublet Group distance statistics: 55322

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6	A	0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N6	A	0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.020
O4'	A	0, 0.093, 0.200, 0.307, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.200 std_dev=0.107
C2'	A	0, 0.094, 0.215, 0.336, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.215 std_dev=0.121
C4'	A	0, 0.154, 0.327, 0.499, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.327 std_dev=0.172
O2'	A	0, 0.094, 0.269, 0.443, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.269 std_dev=0.174
C3'	A	0, 0.177, 0.368, 0.559, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.368 std_dev=0.191
C5	B	0, 0.143, 0.339, 0.536, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.339 std_dev=0.197
N7	B	0, 0.127, 0.367, 0.607, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.367 std_dev=0.240
O3'	A	0, 0.235, 0.508, 0.781, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.508 std_dev=0.273
C5'	A	0, 0.257, 0.537, 0.816, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.537 std_dev=0.279
O5'	A	0, 0.271, 0.558, 0.844, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.558 std_dev=0.286
C2	B	0, 0.179, 0.479, 0.779, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.479 std_dev=0.300
C8	B	0, 0.180, 0.503, 0.827, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.503 std_dev=0.323
N1	B	0, 0.047, 0.412, 0.776, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.412 std_dev=0.364
C4	B	0, 0.094, 0.463, 0.832, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.463 std_dev=0.369
C6	B	0, 0.075, 0.452, 0.830, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.452 std_dev=0.378
N9	B	0, 0.274, 0.706, 1.138, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.706 std_dev=0.432
P	A	0, 0.446, 0.927, 1.407, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.927 std_dev=0.481
N3	B	0, 0.106, 0.592, 1.077, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.592 std_dev=0.486
OP2	A	0, 0.477, 1.021, 1.564, 1.602 max_d=1.602 avg_d=1.021 std_dev=0.544
N6	B	0, 0.320, 0.865, 1.410, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.865 std_dev=0.545
OP1	A	0, 0.583, 1.187, 1.790, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.187 std_dev=0.603
C1'	B	0, 0.522, 1.153, 1.783, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.153 std_dev=0.631
C2'	B	0, 0.663, 1.392, 2.121, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.392 std_dev=0.729
O4'	B	0, 0.496, 1.260, 2.025, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.260 std_dev=0.765
C3'	B	0, 0.630, 1.443, 2.255, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.443 std_dev=0.813
C4'	B	0, 0.558, 1.447, 2.335, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.447 std_dev=0.889
O2'	B	0, 0.863, 1.768, 2.672, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.768 std_dev=0.905
C5'	B	0, 0.401, 1.361, 2.320, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.361 std_dev=0.960
O3'	B	0, 0.809, 1.832, 2.854, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.832 std_dev=1.022
O5'	B	0, 1.314, 2.880, 4.446, 4.509 max_d=4.509 avg_d=2.880 std_dev=1.566
P	B	0, 2.028, 4.205, 6.381, 6.276 max_d=6.276 avg_d=4.205 std_dev=2.177
OP1	B	0, 1.924, 4.110, 6.297, 6.581 max_d=6.581 avg_d=4.110 std_dev=2.186
OP2	B	0, 2.701, 5.514, 8.327, 7.964 max_d=7.964 avg_d=5.514 std_dev=2.813

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.12	0.15	0.17	0.12
C2	0.02	0.00	0.05	0.08	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.12	0.09	0.02	0.20	0.29	0.35	0.26
C2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.03	0.02	0.03	0.03	0.04	0.03	0.05	0.05	0.05	0.03	0.02	0.00	0.02	0.02	0.04	0.13	0.07	0.05
C3'	0.02	0.08	0.01	0.00	0.08	0.01	0.12	0.02	0.12	0.13	0.10	0.06	0.14	0.13	0.09	0.02	0.01	0.02	0.06	0.15	0.08	0.07
C4	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.05	0.01	0.12	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.06	0.09	0.01	0.22	0.30	0.34	0.26
C4'	0.00	0.04	0.02	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.08	0.08	0.06	0.03	0.09	0.09	0.05	0.08	0.04	0.00	0.01	0.10	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.12	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.13	0.01	0.27	0.38	0.44	0.34
C5'	0.04	0.11	0.03	0.02	0.12	0.01	0.16	0.00	0.17	0.17	0.14	0.09	0.19	0.18	0.11	0.08	0.04	0.02	0.00	0.09	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.12	0.02	0.08	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.13	0.02	0.27	0.40	0.46	0.36
C8	0.01	0.01	0.03	0.13	0.00	0.08	0.00	0.17	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.15	0.01	0.30	0.38	0.41	0.34
N1	0.02	0.01	0.05	0.10	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.10	0.11	0.02	0.24	0.36	0.42	0.32
N3	0.02	0.01	0.05	0.06	0.00	0.03	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.11	0.07	0.02	0.18	0.25	0.30	0.22
N6	0.03	0.02	0.05	0.14	0.02	0.09	0.02	0.19	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.05	0.16	0.03	0.30	0.46	0.52	0.40
N7	0.01	0.01	0.03	0.13	0.01	0.09	0.00	0.18	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.16	0.01	0.31	0.43	0.49	0.39
N9	0.00	0.01	0.02	0.09	0.00	0.05	0.01	0.11	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.09	0.00	0.21	0.27	0.30	0.24
O2'	0.02	0.12	0.00	0.02	0.06	0.08	0.04	0.08	0.06	0.03	0.10	0.11	0.05	0.01	0.01	0.00	0.03	0.10	0.08	0.17	0.10	0.08
O3'	0.03	0.09	0.02	0.01	0.09	0.04	0.13	0.04	0.13	0.15	0.11	0.07	0.16	0.16	0.09	0.03	0.00	0.04	0.10	0.23	0.17	0.15
O4'	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.00	0.10	0.04	0.00	0.10	0.12	0.13	0.10
O5'	0.12	0.20	0.04	0.06	0.22	0.01	0.27	0.00	0.27	0.30	0.24	0.18	0.30	0.31	0.21	0.08	0.10	0.10	0.00	0.03	0.02	0.00
OP1	0.15	0.29	0.13	0.15	0.30	0.10	0.38	0.09	0.40	0.38	0.36	0.25	0.46	0.43	0.27	0.17	0.23	0.12	0.03	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.35	0.07	0.08	0.34	0.03	0.44	0.02	0.46	0.41	0.42	0.30	0.52	0.49	0.30	0.10	0.17	0.13	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.26	0.05	0.07	0.26	0.02	0.34	0.01	0.36	0.34	0.32	0.22	0.40	0.39	0.24	0.08	0.15	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.31	0.25	0.32	0.20	0.25	0.14	0.29	0.17	0.11	0.27	0.27	0.17	0.09	0.16	0.24	0.40	0.19	0.48	0.65	0.89	0.56
C2	0.05	0.12	0.09	0.14	0.04	0.08	0.03	0.09	0.03	0.08	0.12	0.09	0.04	0.09	0.05	0.10	0.19	0.06	0.33	0.71	1.14	0.54
C2'	0.18	0.22	0.23	0.26	0.17	0.20	0.11	0.21	0.09	0.12	0.15	0.21	0.08	0.09	0.16	0.24	0.34	0.16	0.40	0.60	0.82	0.44
C3'	0.16	0.18	0.21	0.25	0.14	0.18	0.09	0.19	0.07	0.11	0.11	0.19	0.07	0.08	0.14	0.23	0.33	0.16	0.39	0.56	0.79	0.42
C4	0.08	0.22	0.15	0.22	0.10	0.15	0.06	0.19	0.09	0.05	0.19	0.18	0.12	0.06	0.07	0.15	0.30	0.09	0.42	0.69	1.06	0.58
C4'	0.17	0.25	0.25	0.32	0.16	0.24	0.11	0.28	0.12	0.09	0.19	0.23	0.14	0.07	0.15	0.25	0.42	0.17	0.45	0.55	0.78	0.49
C5	0.08	0.23	0.16	0.23	0.10	0.16	0.06	0.20	0.10	0.07	0.20	0.19	0.12	0.08	0.07	0.16	0.31	0.10	0.45	0.72	1.13	0.63
C5'	0.18	0.26	0.27	0.36	0.18	0.27	0.13	0.32	0.15	0.10	0.21	0.24	0.15	0.09	0.16	0.25	0.46	0.18	0.50	0.57	0.78	0.54
C6	0.06	0.19	0.13	0.19	0.07	0.13	0.05	0.16	0.07	0.09	0.17	0.15	0.08	0.10	0.06	0.13	0.27	0.08	0.41	0.74	1.20	0.63
C8	0.14	0.30	0.23	0.31	0.16	0.24	0.11	0.28	0.15	0.07	0.25	0.26	0.17	0.07	0.12	0.23	0.40	0.16	0.51	0.69	1.04	0.64
N1	0.06	0.14	0.10	0.15	0.04	0.10	0.04	0.11	0.03	0.10	0.13	0.10	0.04	0.11	0.06	0.11	0.21	0.07	0.36	0.73	1.21	0.59
N3	0.06	0.16	0.11	0.17	0.07	0.10	0.04	0.13	0.06	0.05	0.15	0.12	0.07	0.05	0.05	0.12	0.23	0.06	0.36	0.69	1.05	0.53
N6	0.07	0.20	0.14	0.21	0.08	0.15	0.05	0.18	0.07	0.11	0.17	0.15	0.08	0.12	0.07	0.14	0.28	0.10	0.43	0.76	1.25	0.67
N7	0.11	0.27	0.20	0.28	0.14	0.21	0.09	0.26	0.13	0.07	0.23	0.23	0.15	0.08	0.10	0.20	0.37	0.13	0.50	0.71	1.12	0.66
N9	0.13	0.28	0.21	0.28	0.15	0.21	0.10	0.25	0.13	0.06	0.24	0.24	0.15	0.06	0.12	0.21	0.37	0.14	0.47	0.67	1.00	0.59
O2'	0.17	0.18	0.22	0.23	0.15	0.18	0.11	0.17	0.11	0.12	0.11	0.19	0.16	0.10	0.15	0.24	0.31	0.16	0.34	0.51	0.75	0.35
O3'	0.21	0.20	0.19	0.19	0.18	0.18	0.15	0.17	0.13	0.16	0.15	0.21	0.12	0.14	0.19	0.24	0.26	0.22	0.32	0.48	0.72	0.31
O4'	0.24	0.38	0.33	0.41	0.25	0.34	0.18	0.38	0.21	0.14	0.32	0.34	0.21	0.12	0.21	0.30	0.50	0.25	0.55	0.65	0.85	0.61
O5'	0.28	0.33	0.38	0.48	0.27	0.39	0.21	0.44	0.20	0.21	0.28	0.33	0.15	0.18	0.26	0.34	0.59	0.29	0.61	0.74	0.81	0.67
OP1	0.25	0.32	0.36	0.47	0.26	0.37	0.23	0.43	0.23	0.21	0.29	0.31	0.20	0.20	0.24	0.30	0.58	0.26	0.60	0.71	0.79	0.65
OP2	0.34	0.39	0.43	0.54	0.34	0.46	0.29	0.52	0.28	0.29	0.34	0.38	0.22	0.26	0.33	0.39	0.65	0.36	0.68	0.85	0.81	0.76
P	0.28	0.33	0.38	0.49	0.27	0.40	0.22	0.46	0.22	0.21	0.28	0.33	0.17	0.18	0.26	0.34	0.60	0.30	0.62	0.74	0.79	0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.10	0.31	0.20	0.08
C2	0.01	0.00	0.18	0.25	0.01	0.10	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.33	0.03	0.30	0.48	0.60	0.31
C2'	0.00	0.18	0.00	0.01	0.09	0.01	0.04	0.02	0.08	0.08	0.14	0.18	0.05	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.12	0.21	0.15	0.04
C3'	0.01	0.25	0.01	0.00	0.14	0.00	0.09	0.01	0.15	0.10	0.21	0.24	0.12	0.06	0.04	0.01	0.01	0.01	0.16	0.23	0.19	0.05
C4	0.01	0.01	0.09	0.14	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.17	0.02	0.24	0.46	0.60	0.27
C4'	0.00	0.10	0.01	0.00	0.05	0.00	0.04	0.01	0.06	0.05	0.09	0.09	0.06	0.04	0.02	0.05	0.01	0.00	0.02	0.23	0.19	0.13
C5	0.00	0.01	0.04	0.09	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.12	0.01	0.27	0.57	0.83	0.36
C5'	0.02	0.12	0.02	0.01	0.08	0.01	0.08	0.00	0.10	0.08	0.12	0.11	0.10	0.07	0.04	0.05	0.02	0.03	0.02	0.11	0.34	0.02
C6	0.00	0.00	0.08	0.15	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.19	0.01	0.31	0.62	0.88	0.41
C8	0.01	0.01	0.08	0.10	0.00	0.05	0.01	0.08	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.10	0.03	0.22	0.53	0.76	0.31
N1	0.01	0.00	0.14	0.21	0.01	0.09	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.28	0.02	0.31	0.56	0.76	0.38
N3	0.02	0.00	0.18	0.24	0.00	0.09	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.29	0.03	0.26	0.42	0.49	0.25
N6	0.01	0.00	0.05	0.12	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.16	0.02	0.32	0.70	1.01	0.47
N7	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.04	0.00	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.06	0.02	0.26	0.63	0.95	0.40
N9	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.00	0.19	0.41	0.51	0.20
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.03	0.05	0.01	0.05	0.02	0.05	0.06	0.08	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.04	0.03	0.37	0.10	0.22
O3'	0.01	0.33	0.02	0.01	0.17	0.01	0.12	0.02	0.19	0.10	0.28	0.29	0.16	0.06	0.04	0.02	0.00	0.01	0.12	0.49	0.28	0.12
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.08	0.35	0.10	0.13
O5'	0.10	0.30	0.12	0.16	0.24	0.02	0.27	0.02	0.31	0.22	0.31	0.26	0.32	0.26	0.19	0.03	0.12	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.31	0.48	0.21	0.23	0.46	0.23	0.57	0.11	0.62	0.53	0.56	0.42	0.70	0.63	0.41	0.37	0.49	0.35	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.60	0.15	0.19	0.60	0.19	0.83	0.34	0.88	0.76	0.76	0.49	1.01	0.95	0.51	0.10	0.28	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.31	0.04	0.05	0.27	0.13	0.36	0.02	0.41	0.31	0.38	0.25	0.47	0.40	0.20	0.22	0.12	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00