ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55325

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C2 A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
N3 A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C1' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N6 B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C3' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
P A 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.000, 0.268, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.000, 0.274, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C5' B 0, 0.000, 0.293, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.293 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N7 B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
OP1 A 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
OP2 A 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O3' A 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
N9 B 0, 0.000, 0.327, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.327 std_dev=0.327
O5' B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C8 B 0, 0.000, 0.347, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.347 std_dev=0.347
P B 0, 0.000, 0.362, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
C4' B 0, 0.000, 0.370, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O2' B 0, 0.000, 0.405, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
OP1 B 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
O3' B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03
C2 0.09 0.00 0.09 0.13 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.19 0.08 0.06 0.10 0.11 0.11
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.13 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C4 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.07 0.11 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
C5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03
C8 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02
N1 0.07 0.01 0.06 0.09 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.16 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08
N3 0.09 0.00 0.10 0.13 0.00 0.11 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.10 0.18 0.08 0.06 0.10 0.11 0.11
N6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02
N9 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
O3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.03 0.16 0.18 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.10 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.10 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.11 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.11 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.11 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.11 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.07 0.13 0.06 0.08 0.09 0.10 0.01 0.07 0.09 0.06 0.15 0.12 0.06 0.04 0.06 0.06
C2 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.04 0.11 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.05 0.03 0.13 0.10 0.04 0.02 0.05 0.04
C3' 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.11 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02
C4 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.05 0.03 0.09 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03
C4' 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.05 0.10 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.05 0.06 0.04 0.14 0.10 0.05 0.03 0.05 0.04
C5 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03 0.10 0.03 0.02 0.05 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01
C5' 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.05 0.02 0.12 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02
C6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02
C8 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.13 0.06 0.06 0.10 0.10 0.02 0.05 0.07 0.06 0.14 0.11 0.05 0.02 0.04 0.04
N1 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02
N6 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04
N7 0.05 0.09 0.04 0.06 0.06 0.08 0.04 0.11 0.04 0.03 0.07 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02
N9 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.10 0.04 0.07 0.08 0.07 0.13 0.11 0.06 0.03 0.05 0.05
O2' 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.02 0.12 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.05 0.04 0.13 0.10 0.04 0.02 0.05 0.04
O3' 0.05 0.02 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.02 0.03 0.00 0.12 0.09 0.03 0.01 0.04 0.03
O4' 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.06 0.08 0.08 0.10 0.02 0.08 0.09 0.06 0.15 0.12 0.06 0.04 0.06 0.06
O5' 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.07 0.06 0.08 0.02 0.07 0.08 0.05 0.14 0.11 0.05 0.03 0.04 0.04
OP1 0.08 0.05 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.10 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.05 0.07 0.03 0.15 0.11 0.05 0.03 0.06 0.05
OP2 0.05 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.11 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02
P 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.12 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C5' 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
O3' 0.04 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05
O5' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00