ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C2' B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.000, 0.214, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.000, 0.219, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C2' A 0, 0.000, 0.255, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.000, 0.274, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O4' A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N6 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C1' B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
N9 B 0, 0.000, 0.356, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C3' A 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
C4' A 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
N7 B 0, 0.000, 0.549, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C8 B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.554
C3' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O4' B 0, 0.000, 0.616, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.616 std_dev=0.616
O3' B 0, 0.000, 0.686, 1.372, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.686 std_dev=0.686
O3' A 0, 0.000, 0.733, 1.466, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.733 std_dev=0.733
C5' A 0, 0.000, 0.754, 1.509, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.754 std_dev=0.754
C4' B 0, 0.000, 0.767, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.767 std_dev=0.767
O5' A 0, 0.000, 0.788, 1.576, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.788 std_dev=0.788
OP1 A 0, 0.000, 0.951, 1.901, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.951 std_dev=0.951
O5' B 0, 0.000, 1.081, 2.162, 2.162 max_d=2.162 avg_d=1.081 std_dev=1.081
P A 0, 0.000, 1.151, 2.302, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.151 std_dev=1.151
C5' B 0, 0.000, 1.156, 2.311, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.156 std_dev=1.156
OP2 B 0, 0.000, 1.346, 2.692, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.346 std_dev=1.346
P B 0, 0.000, 1.348, 2.697, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.348 std_dev=1.348
OP2 A 0, 0.000, 1.615, 3.230, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.615 std_dev=1.615
OP1 B 0, 0.000, 1.632, 3.264, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.632 std_dev=1.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.03
C2 0.00 0.00 0.14 0.17 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.21 0.06 0.06 0.00 0.04 0.04
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.13 0.13 0.10 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.19 0.08 0.19 0.14 0.20 0.13 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.04
C4 0.00 0.00 0.09 0.14 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.03 0.06 0.00 0.04 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.06 0.02 0.11 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.08 0.16 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.12 0.00 0.02 0.10
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.11 0.14 0.07 0.02 0.14 0.15 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.11 0.19 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.23 0.01 0.13 0.01 0.05 0.12
C8 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.13 0.01 0.01 0.10
N1 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.24 0.04 0.10 0.01 0.01 0.08
N3 0.00 0.00 0.13 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01
N6 0.02 0.00 0.10 0.20 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.25 0.01 0.17 0.03 0.10 0.17
N7 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.04 0.16 0.00 0.07 0.15
N9 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02
O3' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.15 0.01 0.18 0.00 0.23 0.09 0.24 0.16 0.25 0.15 0.08 0.02 0.00 0.00 0.05 0.08 0.25 0.10
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.17 0.06
O5' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.00 0.12 0.00 0.13 0.13 0.10 0.03 0.17 0.16 0.05 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.04 0.04 0.13 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.10 0.07 0.06 0.05 0.25 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.10 0.00 0.12 0.10 0.08 0.01 0.17 0.15 0.03 0.02 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.05 0.21 0.00 0.12 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.11 0.26 0.02 0.38 0.49 0.59 0.48
C2 0.07 0.04 0.06 0.21 0.07 0.19 0.08 0.34 0.07 0.09 0.05 0.05 0.08 0.09 0.08 0.04 0.25 0.10 0.46 0.65 0.73 0.61
C2' 0.03 0.06 0.09 0.22 0.06 0.12 0.08 0.23 0.10 0.07 0.09 0.05 0.11 0.08 0.06 0.09 0.25 0.04 0.39 0.47 0.62 0.49
C3' 0.02 0.00 0.02 0.14 0.01 0.05 0.05 0.16 0.07 0.03 0.05 0.01 0.10 0.05 0.01 0.17 0.16 0.02 0.32 0.39 0.56 0.42
C4 0.04 0.02 0.06 0.22 0.04 0.16 0.05 0.30 0.05 0.06 0.02 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.27 0.06 0.43 0.59 0.69 0.57
C4' 0.10 0.09 0.06 0.08 0.07 0.01 0.04 0.10 0.03 0.05 0.06 0.10 0.00 0.03 0.07 0.24 0.10 0.08 0.23 0.29 0.43 0.32
C5 0.04 0.02 0.06 0.22 0.04 0.16 0.05 0.30 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.27 0.06 0.44 0.62 0.71 0.59
C5' 0.12 0.11 0.09 0.04 0.09 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06 0.06 0.12 0.01 0.03 0.08 0.28 0.06 0.10 0.21 0.26 0.41 0.30
C6 0.06 0.04 0.06 0.22 0.05 0.18 0.06 0.32 0.06 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.26 0.08 0.45 0.65 0.73 0.61
C8 0.01 0.00 0.06 0.23 0.02 0.14 0.03 0.27 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.28 0.03 0.41 0.56 0.66 0.54
N1 0.07 0.05 0.06 0.21 0.07 0.19 0.07 0.34 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.04 0.25 0.10 0.46 0.66 0.74 0.62
N3 0.05 0.03 0.06 0.22 0.05 0.18 0.07 0.32 0.06 0.08 0.03 0.03 0.08 0.08 0.06 0.06 0.26 0.08 0.44 0.61 0.70 0.58
N6 0.05 0.04 0.06 0.21 0.05 0.17 0.06 0.32 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.26 0.08 0.45 0.66 0.74 0.61
N7 0.02 0.01 0.06 0.23 0.03 0.15 0.04 0.29 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.09 0.28 0.04 0.43 0.59 0.69 0.57
N9 0.02 0.00 0.06 0.22 0.02 0.14 0.03 0.27 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.09 0.27 0.04 0.41 0.55 0.65 0.53
O2' 0.00 0.04 0.07 0.19 0.01 0.07 0.02 0.17 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.31 0.37 0.51 0.40
O3' 0.06 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.00 0.05 0.03 0.10 0.03 0.02 0.23 0.07 0.07 0.24 0.28 0.49 0.34
O4' 0.06 0.09 0.01 0.14 0.05 0.06 0.04 0.18 0.04 0.03 0.07 0.08 0.02 0.02 0.04 0.18 0.19 0.04 0.30 0.39 0.48 0.39
O5' 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.00 0.01 0.12 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04 0.00 0.05 0.25 0.10 0.06 0.27 0.35 0.50 0.37
OP1 0.03 0.04 0.07 0.19 0.04 0.10 0.05 0.20 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.11 0.22 0.03 0.34 0.40 0.54 0.43
OP2 0.07 0.06 0.09 0.02 0.05 0.02 0.03 0.10 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.05 0.26 0.02 0.05 0.23 0.30 0.45 0.34
P 0.08 0.07 0.08 0.05 0.05 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.00 0.05 0.27 0.06 0.07 0.25 0.32 0.47 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.13 0.11
C2 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.00 0.23 0.24 0.36 0.29
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.13 0.13 0.09 0.17 0.15 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.25 0.26 0.35 0.30
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.11 0.07 0.02 0.11 0.12 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.02 0.32 0.39 0.48 0.40
C5' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.20 0.20 0.16 0.09 0.24 0.24 0.12 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.18 0.01 0.33 0.41 0.52 0.43
C8 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.03 0.32 0.36 0.41 0.38
N1 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.15 0.00 0.29 0.34 0.46 0.37
N3 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.01 0.20 0.18 0.30 0.24
N6 0.00 0.00 0.02 0.17 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.20 0.02 0.37 0.50 0.60 0.49
N7 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.03 0.37 0.46 0.54 0.46
N9 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.22 0.22 0.28 0.26
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.01 0.11 0.12 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.03
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.18 0.14 0.15 0.08 0.20 0.18 0.09 0.03 0.00 0.00 0.05 0.16 0.13 0.11
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.06 0.09 0.10
O5' 0.09 0.23 0.02 0.02 0.25 0.00 0.32 0.00 0.33 0.32 0.29 0.20 0.37 0.37 0.22 0.05 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.24 0.04 0.08 0.26 0.02 0.39 0.02 0.41 0.36 0.34 0.18 0.50 0.46 0.22 0.03 0.16 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.36 0.01 0.07 0.35 0.01 0.48 0.00 0.52 0.41 0.46 0.30 0.60 0.54 0.28 0.01 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.29 0.01 0.05 0.30 0.01 0.40 0.00 0.43 0.38 0.37 0.24 0.49 0.46 0.26 0.03 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00