ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55329

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 2, 6, 3, 3, 1, 4, 1, 1, 0, 0, 2, 4, 2, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.047, 0.073, 0.099, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.073 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.003, 0.214, 0.424, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.214 std_dev=0.210
C2' A 0, -0.018, 0.196, 0.410, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.196 std_dev=0.214
O2' B 0, 0.200, 0.466, 0.732, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.466 std_dev=0.266
O2' A 0, -0.054, 0.255, 0.565, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.255 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.208, 0.530, 0.852, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.530 std_dev=0.322
C3' A 0, 0.028, 0.363, 0.697, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.363 std_dev=0.335
C4' A 0, 0.022, 0.357, 0.693, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.357 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.292, 0.643, 0.994, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.643 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.290, 0.649, 1.008, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.649 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.215, 0.602, 0.988, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.602 std_dev=0.387
C4' B 0, 0.293, 0.725, 1.156, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.725 std_dev=0.431
N1 B 0, 0.199, 0.648, 1.098, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.648 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.265, 0.718, 1.171, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.718 std_dev=0.453
C2 B 0, 0.192, 0.658, 1.123, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.658 std_dev=0.466
O3' A 0, 0.033, 0.517, 1.000, 2.772 max_d=2.772 avg_d=0.517 std_dev=0.483
O2 B 0, 0.224, 0.708, 1.192, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.708 std_dev=0.484
C5' A 0, 0.087, 0.584, 1.081, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.584 std_dev=0.497
C6 B 0, 0.297, 0.796, 1.295, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.796 std_dev=0.499
N3 B 0, 0.202, 0.722, 1.241, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.722 std_dev=0.520
C5 B 0, 0.317, 0.858, 1.398, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.858 std_dev=0.540
C5' B 0, 0.310, 0.854, 1.397, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.854 std_dev=0.544
C4 B 0, 0.210, 0.774, 1.337, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.774 std_dev=0.563
O5' B 0, 0.313, 0.879, 1.444, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.879 std_dev=0.565
O5' A 0, 0.182, 0.818, 1.453, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.818 std_dev=0.636
O4 B 0, 0.207, 0.858, 1.508, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.858 std_dev=0.650
P B 0, 0.373, 1.078, 1.783, 3.489 max_d=3.489 avg_d=1.078 std_dev=0.705
P A 0, 0.126, 0.846, 1.567, 3.349 max_d=3.349 avg_d=0.846 std_dev=0.720
OP2 B 0, 0.411, 1.145, 1.880, 3.811 max_d=3.811 avg_d=1.145 std_dev=0.734
OP1 B 0, 0.412, 1.199, 1.985, 3.952 max_d=3.952 avg_d=1.199 std_dev=0.786
OP1 A 0, 0.229, 1.370, 2.511, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.370 std_dev=1.141
OP2 A 0, 0.267, 1.862, 3.458, 5.833 max_d=5.833 avg_d=1.862 std_dev=1.595

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.01 0.14 0.01 0.17 0.50 0.41 0.21
C2 0.04 0.00 0.10 0.16 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.15 0.06 0.32 0.71 0.75 0.37
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.11 0.03 0.08 0.06 0.17 0.01 0.03 0.02 0.34 0.51 0.28 0.29
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.15 0.01 0.12 0.03 0.10 0.08 0.18 0.16 0.18 0.02 0.01 0.01 0.34 0.39 0.28 0.21
C4 0.04 0.02 0.05 0.15 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.12 0.05 0.42 0.85 1.10 0.53
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.09 0.11 0.08 0.11 0.03 0.01 0.02 0.26 0.29 0.06
C5 0.03 0.02 0.09 0.12 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.10 0.05 0.42 0.85 1.07 0.54
C5' 0.07 0.18 0.11 0.03 0.25 0.01 0.23 0.00 0.19 0.15 0.23 0.27 0.17 0.04 0.08 0.02 0.01 0.30 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.10 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.05 0.37 0.76 0.83 0.44
N1 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.08 0.03 0.29 0.66 0.66 0.34
N3 0.04 0.01 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.06 0.38 0.79 0.96 0.46
N4 0.04 0.02 0.06 0.16 0.01 0.11 0.01 0.27 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.17 0.14 0.06 0.46 0.88 1.23 0.59
O2 0.07 0.01 0.17 0.18 0.02 0.08 0.02 0.17 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.13 0.23 0.11 0.28 0.65 0.63 0.31
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.15 0.11 0.16 0.04 0.14 0.09 0.13 0.17 0.13 0.00 0.06 0.09 0.20 0.44 0.28 0.22
O3' 0.14 0.15 0.03 0.01 0.12 0.03 0.10 0.08 0.09 0.08 0.15 0.14 0.23 0.06 0.00 0.12 0.30 0.39 0.48 0.20
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.11 0.09 0.12 0.00 0.12 0.42 0.41 0.20
O5' 0.17 0.32 0.34 0.34 0.42 0.02 0.42 0.01 0.37 0.29 0.38 0.46 0.28 0.20 0.30 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.50 0.71 0.51 0.39 0.85 0.26 0.85 0.30 0.76 0.66 0.79 0.88 0.65 0.44 0.39 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.75 0.28 0.28 1.10 0.29 1.07 0.40 0.83 0.66 0.96 1.23 0.63 0.28 0.48 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.37 0.29 0.21 0.53 0.06 0.54 0.02 0.44 0.34 0.46 0.59 0.31 0.22 0.20 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.18 0.13 0.11 0.19 0.10 0.18 0.10 0.16 0.16 0.19 0.20 0.11 0.15 0.21 0.12 0.10 0.13 0.13 0.10
C2 0.12 0.19 0.12 0.09 0.19 0.08 0.17 0.09 0.15 0.15 0.20 0.21 0.08 0.12 0.20 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08
C2' 0.21 0.21 0.21 0.20 0.20 0.22 0.19 0.22 0.20 0.20 0.21 0.23 0.20 0.21 0.21 0.24 0.21 0.22 0.23 0.21
C3' 0.29 0.26 0.25 0.24 0.24 0.30 0.24 0.31 0.26 0.26 0.25 0.27 0.26 0.22 0.24 0.34 0.29 0.29 0.29 0.29
C4 0.14 0.15 0.12 0.13 0.17 0.17 0.15 0.17 0.14 0.13 0.17 0.16 0.17 0.16 0.20 0.18 0.11 0.11 0.13 0.12
C4' 0.14 0.15 0.12 0.12 0.15 0.15 0.13 0.16 0.13 0.13 0.16 0.17 0.12 0.17 0.17 0.18 0.13 0.14 0.13 0.13
C5 0.14 0.15 0.12 0.12 0.18 0.16 0.16 0.16 0.15 0.14 0.18 0.15 0.14 0.15 0.20 0.18 0.11 0.10 0.13 0.12
C5' 0.25 0.25 0.22 0.21 0.24 0.25 0.22 0.26 0.23 0.24 0.25 0.26 0.22 0.22 0.25 0.29 0.22 0.23 0.22 0.23
C6 0.11 0.15 0.09 0.09 0.17 0.12 0.16 0.12 0.14 0.13 0.17 0.15 0.09 0.14 0.19 0.14 0.09 0.09 0.11 0.09
N1 0.11 0.16 0.10 0.08 0.18 0.08 0.16 0.09 0.14 0.14 0.18 0.18 0.08 0.13 0.19 0.11 0.08 0.10 0.11 0.08
N3 0.10 0.18 0.09 0.09 0.18 0.12 0.15 0.12 0.14 0.14 0.20 0.20 0.11 0.14 0.21 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09
N4 0.22 0.16 0.18 0.18 0.18 0.24 0.17 0.23 0.17 0.17 0.18 0.16 0.24 0.20 0.21 0.26 0.16 0.15 0.17 0.17
O2 0.18 0.22 0.18 0.13 0.21 0.09 0.20 0.08 0.19 0.20 0.22 0.24 0.16 0.14 0.22 0.14 0.10 0.12 0.14 0.09
O2' 0.24 0.26 0.21 0.19 0.26 0.20 0.25 0.19 0.24 0.25 0.27 0.28 0.22 0.20 0.27 0.24 0.19 0.20 0.20 0.19
O3' 0.33 0.27 0.29 0.32 0.26 0.38 0.27 0.41 0.30 0.30 0.26 0.28 0.30 0.33 0.26 0.40 0.38 0.41 0.38 0.39
O4' 0.13 0.18 0.15 0.16 0.21 0.13 0.20 0.15 0.18 0.16 0.21 0.19 0.13 0.22 0.23 0.12 0.14 0.17 0.14 0.14
O5' 0.45 0.50 0.39 0.36 0.51 0.37 0.49 0.37 0.47 0.48 0.52 0.51 0.38 0.33 0.53 0.44 0.37 0.37 0.40 0.38
OP1 0.85 0.85 0.79 0.79 0.87 0.84 0.87 0.84 0.86 0.85 0.86 0.84 0.80 0.74 0.87 0.87 0.82 0.80 0.81 0.84
OP2 1.12 1.26 1.01 0.94 1.28 0.95 1.22 0.93 1.18 1.19 1.29 1.28 0.95 0.83 1.32 1.08 1.00 0.91 1.08 0.99
P 0.52 0.56 0.45 0.43 0.58 0.47 0.56 0.46 0.54 0.54 0.58 0.57 0.45 0.38 0.59 0.53 0.46 0.44 0.50 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.08 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.04 0.11 0.12 0.12 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.11 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.07 0.11 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.10 0.09 0.06
C4 0.03 0.02 0.06 0.08 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.05 0.15 0.15 0.17 0.15
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03
C5 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.11 0.01 0.05 0.16 0.15 0.16 0.16
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.10 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.02 0.05 0.14 0.12 0.12 0.12
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.10 0.10 0.10 0.09
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.09 0.02 0.04 0.13 0.14 0.15 0.13
O2 0.05 0.01 0.11 0.11 0.02 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.13 0.03 0.06 0.10 0.12 0.12 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.07 0.03 0.05 0.10 0.06 0.05
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.04 0.10 0.04 0.09 0.13 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.15 0.13 0.11
O4 0.03 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.11 0.00 0.05 0.15 0.16 0.19 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.11 0.09 0.09
O5' 0.07 0.11 0.04 0.07 0.15 0.02 0.16 0.01 0.14 0.10 0.13 0.10 0.05 0.12 0.15 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.12 0.08 0.10 0.15 0.08 0.15 0.09 0.12 0.10 0.14 0.12 0.10 0.15 0.16 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.12 0.07 0.09 0.17 0.03 0.16 0.02 0.12 0.10 0.15 0.12 0.06 0.13 0.19 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.04 0.06 0.15 0.03 0.16 0.03 0.12 0.09 0.13 0.10 0.05 0.11 0.17 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00