ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55330

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 3, 3, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.025, 0.047, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.047 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.022, 0.063, 0.105, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.063 std_dev=0.042
O4' A 0, -0.003, 0.198, 0.399, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.198 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.029, 0.236, 0.442, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.236 std_dev=0.207
C4' A 0, 0.019, 0.337, 0.656, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.337 std_dev=0.319
O2' B 0, 0.546, 0.884, 1.221, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.884 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.534, 0.880, 1.225, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.880 std_dev=0.345
C3' A 0, 0.003, 0.383, 0.763, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.383 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.619, 1.001, 1.384, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.001 std_dev=0.382
O2' A 0, -0.025, 0.360, 0.744, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.360 std_dev=0.385
O2 B 0, 0.548, 0.936, 1.324, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.936 std_dev=0.388
C1' B 0, 0.627, 1.020, 1.413, 1.743 max_d=1.743 avg_d=1.020 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.651, 1.044, 1.437, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.044 std_dev=0.393
N3 B 0, 0.690, 1.093, 1.496, 1.848 max_d=1.848 avg_d=1.093 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.554, 0.961, 1.368, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.961 std_dev=0.407
C4 B 0, 0.768, 1.186, 1.604, 1.937 max_d=1.937 avg_d=1.186 std_dev=0.418
C6 B 0, 0.730, 1.153, 1.576, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.153 std_dev=0.423
C5' A 0, 0.096, 0.527, 0.957, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.527 std_dev=0.430
C5 B 0, 0.769, 1.207, 1.644, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.207 std_dev=0.437
O3' B 0, 0.512, 0.960, 1.407, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.960 std_dev=0.447
O4 B 0, 0.825, 1.280, 1.734, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.280 std_dev=0.454
O4' B 0, 0.717, 1.174, 1.630, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.174 std_dev=0.456
C4' B 0, 0.678, 1.149, 1.620, 1.866 max_d=1.866 avg_d=1.149 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.711, 1.205, 1.699, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.205 std_dev=0.494
C5' B 0, 0.766, 1.301, 1.835, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.301 std_dev=0.534
OP2 B 0, 0.941, 1.495, 2.050, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.495 std_dev=0.555
P B 0, 0.945, 1.501, 2.056, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.501 std_dev=0.555
O3' A 0, -0.052, 0.589, 1.231, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.589 std_dev=0.642
OP1 B 0, 1.037, 1.696, 2.355, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.696 std_dev=0.659
O5' A 0, 0.067, 0.748, 1.429, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.748 std_dev=0.681
P A 0, 0.017, 0.875, 1.733, 3.244 max_d=3.244 avg_d=0.875 std_dev=0.858
OP1 A 0, 0.173, 1.499, 2.826, 4.842 max_d=4.842 avg_d=1.499 std_dev=1.326
OP2 A 0, 0.163, 1.667, 3.172, 5.851 max_d=5.851 avg_d=1.667 std_dev=1.504

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.18 0.01 0.20 0.40 0.31 0.22
C2 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.13 0.06 0.30 0.66 0.67 0.42
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.14 0.13 0.03 0.07 0.04 0.21 0.00 0.02 0.01 0.36 0.58 0.25 0.36
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.19 0.00 0.20 0.02 0.18 0.13 0.19 0.21 0.17 0.02 0.01 0.02 0.28 0.45 0.21 0.20
C4 0.03 0.01 0.04 0.19 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.10 0.05 0.41 0.86 1.06 0.62
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.06 0.17 0.02 0.00 0.02 0.27 0.31 0.03
C5 0.03 0.01 0.11 0.20 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.14 0.06 0.43 0.84 1.06 0.65
C5' 0.07 0.09 0.14 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.12 0.18 0.08 0.05 0.13 0.02 0.01 0.37 0.39 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.18 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.13 0.06 0.38 0.69 0.81 0.53
N1 0.02 0.01 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.08 0.03 0.29 0.59 0.59 0.40
N3 0.03 0.00 0.07 0.19 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.11 0.06 0.36 0.78 0.88 0.53
N4 0.04 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.25 0.12 0.06 0.44 0.93 1.20 0.69
O2 0.05 0.00 0.21 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.23 0.10 0.26 0.59 0.52 0.34
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.23 0.17 0.24 0.05 0.20 0.13 0.19 0.25 0.14 0.00 0.05 0.12 0.25 0.52 0.26 0.30
O3' 0.18 0.13 0.02 0.01 0.10 0.02 0.14 0.13 0.13 0.08 0.11 0.12 0.23 0.05 0.00 0.13 0.31 0.54 0.40 0.21
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.10 0.12 0.13 0.00 0.20 0.29 0.36 0.20
O5' 0.20 0.30 0.36 0.28 0.41 0.02 0.43 0.01 0.38 0.29 0.36 0.44 0.26 0.25 0.31 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.40 0.66 0.58 0.45 0.86 0.27 0.84 0.37 0.69 0.59 0.78 0.93 0.59 0.52 0.54 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.67 0.25 0.21 1.06 0.31 1.06 0.39 0.81 0.59 0.88 1.20 0.52 0.26 0.40 0.36 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.42 0.36 0.20 0.62 0.03 0.65 0.01 0.53 0.40 0.53 0.69 0.34 0.30 0.21 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.25 0.17 0.16 0.25 0.15 0.23 0.16 0.21 0.22 0.26 0.28 0.17 0.18 0.26 0.19 0.15 0.21 0.17 0.15
C2 0.19 0.25 0.14 0.13 0.24 0.13 0.22 0.13 0.20 0.21 0.26 0.28 0.13 0.16 0.25 0.17 0.12 0.16 0.16 0.12
C2' 0.20 0.25 0.20 0.22 0.24 0.22 0.21 0.25 0.20 0.21 0.26 0.28 0.20 0.29 0.25 0.20 0.21 0.34 0.19 0.22
C3' 0.24 0.27 0.22 0.21 0.28 0.25 0.25 0.27 0.24 0.25 0.29 0.29 0.22 0.23 0.29 0.26 0.22 0.32 0.21 0.24
C4 0.13 0.21 0.15 0.15 0.23 0.13 0.20 0.13 0.17 0.16 0.24 0.23 0.14 0.19 0.25 0.14 0.14 0.17 0.20 0.15
C4' 0.16 0.23 0.14 0.13 0.24 0.14 0.20 0.15 0.17 0.19 0.26 0.26 0.13 0.17 0.26 0.16 0.11 0.20 0.13 0.12
C5 0.12 0.20 0.14 0.14 0.23 0.13 0.19 0.13 0.16 0.16 0.24 0.21 0.13 0.18 0.26 0.13 0.12 0.16 0.19 0.14
C5' 0.20 0.28 0.18 0.16 0.31 0.16 0.26 0.17 0.22 0.23 0.32 0.31 0.16 0.18 0.33 0.19 0.13 0.18 0.15 0.14
C6 0.13 0.21 0.13 0.12 0.23 0.11 0.19 0.12 0.16 0.17 0.24 0.23 0.11 0.16 0.25 0.13 0.11 0.15 0.16 0.11
N1 0.17 0.23 0.14 0.13 0.24 0.13 0.21 0.13 0.19 0.20 0.25 0.26 0.13 0.16 0.25 0.16 0.12 0.17 0.16 0.12
N3 0.16 0.24 0.13 0.13 0.24 0.12 0.21 0.12 0.19 0.20 0.25 0.27 0.12 0.17 0.25 0.15 0.12 0.16 0.18 0.13
N4 0.16 0.19 0.20 0.20 0.23 0.18 0.20 0.17 0.17 0.16 0.23 0.20 0.20 0.23 0.25 0.17 0.19 0.21 0.26 0.20
O2 0.24 0.26 0.18 0.15 0.25 0.17 0.23 0.16 0.22 0.24 0.26 0.29 0.20 0.16 0.25 0.22 0.15 0.18 0.17 0.15
O2' 0.35 0.40 0.24 0.20 0.38 0.24 0.35 0.23 0.34 0.36 0.40 0.44 0.24 0.22 0.39 0.34 0.23 0.28 0.25 0.24
O3' 0.25 0.28 0.23 0.22 0.28 0.24 0.26 0.26 0.25 0.25 0.29 0.30 0.23 0.23 0.29 0.26 0.23 0.29 0.23 0.25
O4' 0.21 0.27 0.20 0.20 0.28 0.17 0.25 0.18 0.23 0.24 0.29 0.29 0.19 0.21 0.30 0.20 0.19 0.21 0.22 0.18
O5' 0.44 0.50 0.41 0.38 0.51 0.40 0.48 0.40 0.46 0.46 0.52 0.51 0.39 0.37 0.53 0.43 0.40 0.37 0.43 0.41
OP1 0.90 0.93 0.81 0.78 0.95 0.85 0.93 0.86 0.91 0.91 0.95 0.92 0.79 0.70 0.98 0.93 0.87 0.82 0.89 0.89
OP2 1.05 1.24 0.97 0.88 1.29 0.88 1.21 0.86 1.14 1.15 1.31 1.26 0.88 0.78 1.34 0.99 0.91 0.83 0.99 0.92
P 0.59 0.68 0.57 0.54 0.71 0.53 0.67 0.52 0.63 0.63 0.72 0.69 0.54 0.51 0.74 0.56 0.54 0.49 0.59 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.11 0.11 0.09
C2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.17 0.17 0.21 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.13 0.11 0.08
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.15 0.11 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.03 0.22 0.25 0.32 0.26
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.03 0.10 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.04 0.22 0.25 0.31 0.26
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.11 0.10 0.05 0.05 0.14 0.03 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.21 0.20 0.22 0.21
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.17 0.16 0.18 0.16
N3 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.20 0.21 0.28 0.22
O2 0.08 0.01 0.08 0.07 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.09 0.16 0.16 0.19 0.15
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.06 0.07 0.04 0.06 0.13 0.10 0.07
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.10 0.06 0.00 0.06 0.02 0.12 0.16 0.12 0.09
O4 0.04 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.22 0.28 0.36 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.08 0.09 0.06
O5' 0.10 0.17 0.07 0.07 0.22 0.03 0.22 0.01 0.21 0.17 0.20 0.16 0.06 0.12 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.17 0.13 0.15 0.25 0.10 0.25 0.09 0.20 0.16 0.21 0.16 0.13 0.16 0.28 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.21 0.11 0.11 0.32 0.06 0.31 0.02 0.22 0.18 0.28 0.19 0.10 0.12 0.36 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.08 0.08 0.26 0.03 0.26 0.02 0.21 0.16 0.22 0.15 0.07 0.09 0.29 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00