ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 7, 2, 8, 11, 27, 10, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.021, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.040, 0.052, 0.064, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.052 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.037, 0.049, 0.061, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.033 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.042, 0.059, 0.075, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.059 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.033, 0.051, 0.070, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.051 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.051, 0.070, 0.088, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.070 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.026, 0.044, 0.063, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.044 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.031, 0.052, 0.072, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.052 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.067, 0.087, 0.108, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.087 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.070, 0.110, 0.149, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.110 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.200, 0.324, 0.449, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.324 std_dev=0.125
C6 B 0, 0.389, 0.517, 0.646, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.517 std_dev=0.128
N1 B 0, 0.329, 0.497, 0.665, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.497 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.404, 0.577, 0.751, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.577 std_dev=0.173
O5' B 0, 0.696, 0.877, 1.058, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.877 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.393, 0.585, 0.777, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.585 std_dev=0.192
C5' A 0, 0.286, 0.485, 0.685, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.485 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.302, 0.508, 0.714, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.508 std_dev=0.206
P B 0, 0.475, 0.688, 0.902, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.688 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.574, 0.793, 1.012, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.793 std_dev=0.219
C2' A 0, 0.192, 0.423, 0.655, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.423 std_dev=0.232
P A 0, 0.516, 0.763, 1.011, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.763 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.581, 0.857, 1.133, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.857 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.327, 0.608, 0.889, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.608 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.760, 1.069, 1.379, 1.500 max_d=1.500 avg_d=1.069 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.599, 0.916, 1.233, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.916 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.624, 0.968, 1.312, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.968 std_dev=0.344
O2 B 0, 0.832, 1.240, 1.647, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.240 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.864, 1.277, 1.691, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.277 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.665, 1.078, 1.492, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.078 std_dev=0.413
C4' B 0, 0.599, 1.019, 1.439, 1.518 max_d=1.518 avg_d=1.019 std_dev=0.420
OP1 A 0, 1.484, 1.929, 2.374, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.929 std_dev=0.445
N4 B 0, 0.810, 1.266, 1.721, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.266 std_dev=0.456
O2' A 0, 0.383, 0.857, 1.331, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.857 std_dev=0.474
OP2 A 0, 1.535, 2.066, 2.597, 2.826 max_d=2.826 avg_d=2.066 std_dev=0.531
C3' A 0, 0.376, 0.950, 1.524, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.950 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.692, 1.351, 2.009, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.351 std_dev=0.658
OP2 B 0, 0.923, 1.742, 2.561, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.742 std_dev=0.819
O3' B 0, 0.995, 1.993, 2.991, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.993 std_dev=0.998
OP1 B 0, 0.823, 1.851, 2.880, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.851 std_dev=1.028
O3' A 0, 0.628, 1.796, 2.963, 2.994 max_d=2.994 avg_d=1.796 std_dev=1.167

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.31 0.01 0.23 0.02 0.82 0.10 0.37
C2 0.03 0.00 0.20 0.22 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.28 0.08 0.20 0.01 1.18 0.28 0.43
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.11 0.03 0.06 0.22 0.10 0.09 0.16 0.24 0.20 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.49 0.08 0.66 0.40 0.57
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.25 0.00 0.35 0.02 0.35 0.35 0.30 0.19 0.18 0.40 0.23 0.02 0.01 0.03 0.08 0.39 0.17 0.18 0.10
C4 0.01 0.01 0.11 0.25 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.05 0.19 0.01 1.19 0.26 0.43
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.12 0.06 0.07 0.05 0.12 0.06 0.33 0.03 0.00 0.02 0.10 0.17 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.35 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.04 0.18 0.01 1.36 0.43 0.44
C5' 0.11 0.11 0.22 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.14 0.17 0.12 0.11 0.11 0.17 0.12 0.13 0.23 0.02 0.01 0.16 0.14 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.35 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.20 0.05 0.18 0.01 1.40 0.49 0.45
C8 0.01 0.01 0.09 0.35 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.21 0.05 0.19 0.02 1.32 0.34 0.43
N1 0.03 0.01 0.16 0.30 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.21 0.07 0.19 0.01 1.31 0.41 0.44
N2 0.05 0.01 0.24 0.19 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.37 0.10 0.21 0.03 1.12 0.24 0.42
N3 0.03 0.01 0.20 0.18 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.31 0.08 0.21 0.02 1.09 0.19 0.42
N7 0.01 0.01 0.05 0.40 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.26 0.04 0.19 0.02 1.44 0.51 0.44
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.13 0.02 0.20 0.02 1.11 0.17 0.41
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.28 0.33 0.32 0.13 0.35 0.25 0.34 0.29 0.27 0.31 0.20 0.00 0.10 0.20 0.34 0.37 0.45 0.38 0.44
O3' 0.31 0.28 0.06 0.01 0.17 0.03 0.18 0.23 0.20 0.21 0.21 0.37 0.31 0.26 0.13 0.10 0.00 0.22 0.28 0.25 0.66 0.34 0.38
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.04 0.02 0.20 0.22 0.00 0.07 0.05 0.66 0.14 0.22
O5' 0.23 0.20 0.49 0.08 0.19 0.02 0.18 0.01 0.18 0.19 0.19 0.21 0.21 0.19 0.20 0.34 0.28 0.07 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.39 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.37 0.25 0.05 0.19 0.00 1.47 0.59 0.45
OP1 0.82 1.18 0.66 0.17 1.19 0.17 1.36 0.14 1.40 1.32 1.31 1.12 1.09 1.44 1.11 0.45 0.66 0.66 0.02 1.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.28 0.40 0.18 0.26 0.23 0.43 0.40 0.49 0.34 0.41 0.24 0.19 0.51 0.17 0.38 0.34 0.14 0.02 0.59 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.43 0.57 0.10 0.43 0.06 0.44 0.02 0.45 0.43 0.44 0.42 0.42 0.44 0.41 0.44 0.38 0.22 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.16 0.13 0.71 0.18 0.41 0.19 0.29 0.14 0.09 0.18 0.24 0.23 0.57 1.07 0.17 0.13 0.70 0.59 0.39
C2 0.14 0.19 0.17 0.66 0.13 0.31 0.18 0.21 0.17 0.14 0.21 0.15 0.25 0.45 0.66 0.14 0.17 1.20 0.97 0.27
C2' 0.13 0.16 0.19 0.77 0.20 0.47 0.18 0.37 0.13 0.11 0.19 0.26 0.20 0.45 1.13 0.22 0.23 0.71 0.66 0.35
C3' 0.79 0.71 0.93 0.14 0.46 0.34 0.44 0.43 0.58 0.72 0.59 0.37 0.80 1.13 0.51 0.61 0.66 0.69 0.20 0.86
C4 0.12 0.15 0.15 0.72 0.10 0.39 0.15 0.25 0.15 0.10 0.17 0.14 0.21 0.50 0.80 0.16 0.13 1.00 0.80 0.30
C4' 0.43 0.39 0.55 0.23 0.22 0.14 0.22 0.30 0.28 0.37 0.31 0.21 0.49 0.83 0.89 0.28 0.54 0.55 0.30 0.84
C5 0.17 0.14 0.26 0.71 0.08 0.40 0.17 0.25 0.18 0.13 0.14 0.11 0.21 0.45 0.68 0.19 0.13 0.97 0.74 0.27
C5' 0.22 0.22 0.37 0.33 0.15 0.27 0.19 0.32 0.15 0.17 0.16 0.21 0.35 0.62 1.09 0.15 0.44 0.30 0.41 0.66
C6 0.20 0.16 0.31 0.66 0.14 0.36 0.21 0.22 0.18 0.15 0.11 0.20 0.24 0.38 0.54 0.19 0.14 1.07 0.82 0.24
C8 0.14 0.17 0.19 0.77 0.11 0.48 0.18 0.32 0.19 0.12 0.17 0.12 0.26 0.54 0.93 0.24 0.14 0.68 0.51 0.33
N1 0.18 0.19 0.24 0.65 0.11 0.32 0.21 0.20 0.18 0.15 0.16 0.14 0.27 0.40 0.55 0.16 0.16 1.18 0.93 0.25
N2 0.15 0.21 0.15 0.64 0.18 0.28 0.19 0.20 0.18 0.15 0.25 0.22 0.27 0.45 0.64 0.15 0.20 1.26 1.05 0.28
N3 0.12 0.18 0.12 0.69 0.16 0.34 0.15 0.23 0.15 0.12 0.21 0.21 0.22 0.50 0.77 0.14 0.16 1.12 0.92 0.30
N7 0.20 0.16 0.31 0.73 0.12 0.46 0.18 0.30 0.21 0.15 0.18 0.14 0.25 0.46 0.73 0.25 0.14 0.79 0.58 0.29
N9 0.09 0.15 0.11 0.75 0.13 0.43 0.17 0.29 0.16 0.09 0.17 0.17 0.23 0.55 0.95 0.18 0.12 0.81 0.65 0.34
O2' 0.47 0.54 0.31 0.93 0.73 0.70 0.75 0.58 0.63 0.54 0.63 0.80 0.48 0.32 1.20 0.59 0.52 0.68 1.02 0.35
O3' 1.16 0.83 1.29 0.64 0.48 1.00 0.54 1.19 0.82 0.95 0.61 0.35 0.92 1.38 0.19 1.14 1.33 1.30 0.86 1.67
O4' 0.20 0.24 0.27 0.53 0.15 0.29 0.16 0.25 0.14 0.18 0.20 0.20 0.33 0.71 1.04 0.14 0.31 0.60 0.21 0.61
O5' 0.09 0.15 0.27 0.48 0.22 0.47 0.34 0.45 0.27 0.09 0.13 0.28 0.31 0.62 1.14 0.25 0.19 0.34 0.21 0.26
O6 0.24 0.16 0.38 0.61 0.22 0.36 0.23 0.22 0.19 0.17 0.14 0.33 0.26 0.32 0.42 0.21 0.14 1.05 0.78 0.23
OP1 0.56 0.84 0.57 0.43 0.95 0.29 0.84 0.19 0.73 0.73 0.95 1.03 0.80 0.55 1.06 0.40 0.45 0.20 0.76 0.67
OP2 0.63 0.81 0.73 0.24 0.47 0.31 0.29 0.49 0.32 0.58 0.71 0.42 1.08 1.08 0.50 0.32 0.34 0.67 0.36 0.35
P 0.29 0.25 0.21 0.62 0.44 0.69 0.54 0.56 0.51 0.35 0.32 0.48 0.18 0.19 1.39 0.51 0.15 0.48 0.18 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.34 0.00 0.19 0.70 0.10 0.24
C2 0.03 0.00 0.07 0.17 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.27 0.06 0.11 0.95 0.55 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.25 0.07 0.02 0.07 0.06 0.12 0.01 0.02 0.02 0.53 0.74 0.36 0.60
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.41 0.00 0.49 0.02 0.44 0.24 0.28 0.45 0.09 0.02 0.01 0.02 0.12 0.17 0.11 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.41 0.00 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.13 0.04 0.28 1.05 1.03 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.19 0.09 0.08 0.17 0.07 0.30 0.02 0.01 0.02 0.13 0.23 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.49 0.01 0.21 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.29 0.06 0.34 1.05 1.04 0.18
C5' 0.09 0.06 0.25 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.15 0.06 0.09 0.19 0.10 0.07 0.23 0.02 0.01 0.20 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.44 0.01 0.19 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.23 0.07 0.24 0.99 0.70 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.11 0.02 0.11 0.90 0.44 0.16
N3 0.02 0.00 0.07 0.28 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.13 0.05 0.17 1.02 0.81 0.13
N4 0.02 0.01 0.06 0.45 0.01 0.17 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.19 0.05 0.34 1.06 1.21 0.23
O2 0.05 0.01 0.12 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.37 0.54 0.10 0.16 0.90 0.38 0.22
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.36 0.30 0.29 0.07 0.23 0.23 0.38 0.37 0.37 0.00 0.04 0.21 0.41 0.59 0.35 0.51
O3' 0.34 0.27 0.02 0.01 0.13 0.02 0.29 0.23 0.23 0.11 0.13 0.19 0.54 0.04 0.00 0.25 0.24 0.56 0.22 0.30
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.10 0.21 0.25 0.00 0.10 0.46 0.10 0.10
O5' 0.19 0.11 0.53 0.12 0.28 0.02 0.34 0.01 0.24 0.11 0.17 0.34 0.16 0.41 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.70 0.95 0.74 0.17 1.05 0.13 1.05 0.20 0.99 0.90 1.02 1.06 0.90 0.59 0.56 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.55 0.36 0.11 1.03 0.23 1.04 0.43 0.70 0.44 0.81 1.21 0.38 0.35 0.22 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.16 0.60 0.10 0.16 0.03 0.18 0.02 0.11 0.16 0.13 0.23 0.22 0.51 0.30 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00