ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55334

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 18, 13, 9, 6, 5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.012, 0.033, 0.055, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.003, 0.029, 0.056, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.029 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.011, 0.064, 0.117, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.064 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.034, 0.104, 0.174, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.104 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.026, 0.097, 0.168, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.097 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.042, 0.141, 0.241, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.141 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.050, 0.152, 0.253, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.152 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.053, 0.189, 0.325, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.189 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.067, 0.219, 0.371, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.219 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.150, 0.307, 0.463, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.307 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.075, 0.239, 0.403, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.239 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.172, 0.337, 0.502, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.337 std_dev=0.165
C5 B 0, 0.127, 0.299, 0.470, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.299 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.127, 0.301, 0.475, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.301 std_dev=0.174
P A 0, 0.106, 0.291, 0.476, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.291 std_dev=0.185
N3 B 0, 0.160, 0.350, 0.540, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.350 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.199, 0.393, 0.587, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.393 std_dev=0.194
N4 B 0, 0.118, 0.313, 0.509, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.313 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.174, 0.370, 0.567, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.370 std_dev=0.196
OP1 A 0, 0.170, 0.391, 0.611, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.391 std_dev=0.220
OP2 A 0, 0.183, 0.409, 0.635, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.409 std_dev=0.226
O2 B 0, 0.182, 0.442, 0.703, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.442 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.194, 0.471, 0.749, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.471 std_dev=0.278
O4' B 0, 0.191, 0.469, 0.747, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.469 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.294, 0.588, 0.882, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.588 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.193, 0.522, 0.852, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.522 std_dev=0.330
C4' B 0, 0.184, 0.533, 0.881, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.533 std_dev=0.348
P B 0, 0.229, 0.580, 0.931, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.580 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.139, 0.509, 0.879, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.509 std_dev=0.370
O5' B 0, 0.189, 0.573, 0.956, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.573 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.180, 0.603, 1.027, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.603 std_dev=0.424
O3' B 0, 0.101, 0.548, 0.995, 2.579 max_d=2.579 avg_d=0.548 std_dev=0.447
C5' B 0, 0.160, 0.622, 1.085, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.622 std_dev=0.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.10 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.11 0.01 0.11 0.15 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.10 0.11 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.11 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.12 0.01 0.11 0.14 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.09 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.13 0.02 0.13 0.16 0.13
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.13 0.01 0.14 0.17 0.13
C8 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.14 0.02 0.12 0.14 0.12
N1 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.13 0.01 0.13 0.17 0.12
N2 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.09 0.04 0.11 0.02 0.11 0.15 0.10
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.10 0.01 0.11 0.13 0.09
N7 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.15 0.03 0.15 0.17 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.12 0.09
O2' 0.03 0.08 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.10 0.08 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.11 0.11 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.03 0.04 0.00 0.02 0.13 0.08 0.16 0.18 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.08 0.10 0.06
O5' 0.06 0.11 0.04 0.07 0.12 0.02 0.13 0.01 0.13 0.14 0.13 0.11 0.10 0.15 0.11 0.05 0.13 0.07 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.03 0.13 0.00 0.16 0.19 0.15
OP1 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.15 0.10 0.11 0.16 0.08 0.02 0.16 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.15 0.11 0.13 0.14 0.07 0.16 0.04 0.17 0.14 0.17 0.15 0.13 0.17 0.12 0.11 0.18 0.10 0.02 0.19 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.05 0.08 0.10 0.03 0.13 0.02 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.09 0.06 0.14 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.19 0.18 0.12 0.17 0.09 0.19 0.10 0.11 0.13 0.16 0.13 0.32 0.20 0.21 0.22 0.31 0.30 0.26
C2 0.13 0.11 0.16 0.15 0.08 0.13 0.15 0.11 0.16 0.11 0.11 0.12 0.15 0.23 0.16 0.12 0.12 0.16 0.23 0.15
C2' 0.14 0.11 0.21 0.21 0.14 0.17 0.10 0.16 0.11 0.11 0.13 0.19 0.11 0.33 0.26 0.19 0.18 0.26 0.26 0.22
C3' 0.12 0.12 0.20 0.18 0.18 0.16 0.15 0.19 0.11 0.11 0.16 0.23 0.12 0.33 0.25 0.22 0.23 0.33 0.31 0.28
C4 0.12 0.12 0.17 0.17 0.12 0.15 0.11 0.15 0.11 0.10 0.14 0.15 0.15 0.30 0.18 0.17 0.20 0.23 0.27 0.22
C4' 0.13 0.13 0.17 0.17 0.15 0.19 0.13 0.25 0.11 0.11 0.15 0.19 0.13 0.32 0.19 0.25 0.29 0.40 0.34 0.33
C5 0.12 0.15 0.17 0.18 0.15 0.16 0.13 0.18 0.11 0.11 0.17 0.16 0.18 0.30 0.18 0.18 0.22 0.23 0.28 0.22
C5' 0.18 0.17 0.18 0.21 0.18 0.26 0.17 0.35 0.15 0.16 0.18 0.21 0.17 0.31 0.19 0.32 0.39 0.51 0.42 0.43
C6 0.10 0.16 0.16 0.16 0.15 0.13 0.13 0.13 0.12 0.09 0.18 0.17 0.20 0.25 0.18 0.12 0.18 0.18 0.25 0.18
C8 0.16 0.15 0.20 0.21 0.15 0.21 0.13 0.26 0.12 0.13 0.16 0.17 0.17 0.34 0.20 0.26 0.30 0.34 0.32 0.30
N1 0.10 0.12 0.15 0.14 0.11 0.12 0.14 0.10 0.14 0.08 0.14 0.15 0.17 0.22 0.16 0.10 0.13 0.15 0.23 0.15
N2 0.16 0.14 0.16 0.16 0.12 0.16 0.19 0.15 0.19 0.15 0.12 0.12 0.17 0.21 0.16 0.15 0.12 0.15 0.22 0.14
N3 0.13 0.11 0.17 0.16 0.09 0.14 0.13 0.13 0.15 0.11 0.12 0.12 0.14 0.27 0.18 0.14 0.15 0.20 0.25 0.18
N7 0.16 0.18 0.20 0.22 0.16 0.22 0.15 0.26 0.13 0.14 0.18 0.18 0.20 0.34 0.21 0.25 0.30 0.30 0.31 0.28
N9 0.14 0.13 0.18 0.18 0.13 0.17 0.11 0.20 0.10 0.11 0.14 0.16 0.15 0.32 0.19 0.21 0.24 0.30 0.30 0.26
O2' 0.16 0.13 0.23 0.24 0.14 0.19 0.12 0.17 0.15 0.14 0.13 0.18 0.13 0.32 0.28 0.18 0.16 0.23 0.23 0.19
O3' 0.13 0.13 0.24 0.24 0.19 0.17 0.16 0.18 0.12 0.12 0.16 0.25 0.12 0.36 0.33 0.19 0.19 0.28 0.25 0.23
O4' 0.14 0.13 0.18 0.18 0.13 0.19 0.11 0.24 0.10 0.11 0.14 0.16 0.14 0.33 0.19 0.24 0.28 0.38 0.33 0.31
O5' 0.23 0.21 0.21 0.24 0.22 0.30 0.21 0.39 0.20 0.20 0.22 0.24 0.21 0.31 0.20 0.37 0.42 0.51 0.41 0.43
O6 0.12 0.21 0.19 0.19 0.18 0.15 0.15 0.16 0.14 0.13 0.22 0.19 0.25 0.24 0.21 0.13 0.20 0.18 0.25 0.19
OP1 0.25 0.23 0.23 0.28 0.24 0.35 0.24 0.48 0.23 0.23 0.24 0.26 0.23 0.29 0.23 0.41 0.49 0.60 0.43 0.50
OP2 0.27 0.24 0.25 0.32 0.24 0.37 0.23 0.49 0.23 0.24 0.24 0.24 0.25 0.30 0.24 0.41 0.50 0.54 0.40 0.47
P 0.25 0.22 0.23 0.28 0.22 0.34 0.22 0.46 0.21 0.22 0.23 0.24 0.23 0.30 0.22 0.40 0.47 0.55 0.41 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.09 0.12 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.06 0.11 0.09 0.12 0.15 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.04 0.09 0.03 0.04 0.05 0.07 0.00 0.03 0.02 0.10 0.19 0.15 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.20 0.14 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.05 0.04 0.12 0.16 0.25 0.16
C4' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.02 0.12 0.04 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.07 0.06 0.15 0.21 0.30 0.21
C5' 0.02 0.12 0.04 0.02 0.11 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.13 0.13 0.17 0.07 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.07 0.09 0.16 0.20 0.28 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.10 0.13 0.19 0.12
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.05 0.09 0.11 0.13 0.19 0.11
N4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.14 0.05 0.05 0.13 0.18 0.27 0.17
O2 0.05 0.01 0.07 0.04 0.02 0.11 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.18 0.11 0.18 0.12 0.16 0.12 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.13 0.09 0.17 0.07 0.16 0.07 0.12 0.14 0.18 0.00 0.05 0.05 0.07 0.22 0.15 0.12
O3' 0.06 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.11 0.05 0.00 0.03 0.11 0.33 0.25 0.23
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.09 0.05 0.18 0.05 0.03 0.00 0.14 0.11 0.21 0.14
O5' 0.09 0.09 0.10 0.05 0.12 0.02 0.15 0.01 0.16 0.10 0.11 0.13 0.12 0.07 0.11 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.12 0.19 0.20 0.16 0.12 0.21 0.07 0.20 0.13 0.13 0.18 0.16 0.22 0.33 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.15 0.15 0.14 0.25 0.04 0.30 0.02 0.28 0.19 0.19 0.27 0.12 0.15 0.25 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.09 0.12 0.12 0.16 0.04 0.21 0.02 0.20 0.12 0.11 0.17 0.10 0.12 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00