ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55335

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 5, 4, 0, 2, 0, 2, 6, 17, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.028, 0.050, 0.072, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.050 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.031, 0.054, 0.076, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.054 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.045, 0.088, 0.130, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.088 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.076, 0.231, 0.387, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.231 std_dev=0.156
O4' A 0, 0.050, 0.206, 0.363, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.206 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.296, 0.486, 0.676, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.486 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.183, 0.384, 0.585, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.384 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.348, 0.569, 0.790, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.569 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.261, 0.507, 0.753, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.507 std_dev=0.246
C3' A 0, 0.055, 0.312, 0.568, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.312 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.363, 0.665, 0.967, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.665 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.318, 0.631, 0.944, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.631 std_dev=0.313
C5' A 0, 0.363, 0.691, 1.019, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.691 std_dev=0.328
O3' A 0, 0.089, 0.482, 0.875, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.482 std_dev=0.393
C2 B 0, 0.500, 0.915, 1.331, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.915 std_dev=0.416
N3 B 0, 0.513, 0.935, 1.357, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.935 std_dev=0.422
O5' A 0, 0.315, 0.764, 1.213, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.764 std_dev=0.449
P A 0, 0.513, 1.021, 1.530, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.021 std_dev=0.508
N4 B 0, 0.574, 1.092, 1.609, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.092 std_dev=0.517
C1' B 0, 0.655, 1.231, 1.808, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.231 std_dev=0.576
O4' B 0, 0.791, 1.425, 2.059, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.425 std_dev=0.634
OP2 A 0, 0.657, 1.336, 2.015, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.336 std_dev=0.679
O2 B 0, 0.756, 1.442, 2.129, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.442 std_dev=0.687
OP1 A 0, 0.828, 1.608, 2.389, 4.333 max_d=4.333 avg_d=1.608 std_dev=0.781
OP2 B 0, 1.259, 2.150, 3.040, 5.196 max_d=5.196 avg_d=2.150 std_dev=0.890
C4' B 0, 1.015, 1.962, 2.910, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.962 std_dev=0.947
C2' B 0, 0.799, 1.795, 2.791, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.795 std_dev=0.996
O5' B 0, 1.262, 2.307, 3.352, 4.108 max_d=4.108 avg_d=2.307 std_dev=1.045
C3' B 0, 0.807, 1.871, 2.936, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.871 std_dev=1.065
C5' B 0, 1.261, 2.328, 3.394, 3.964 max_d=3.964 avg_d=2.328 std_dev=1.066
P B 0, 1.392, 2.573, 3.753, 4.959 max_d=4.959 avg_d=2.573 std_dev=1.180
O2' B 0, 1.110, 2.354, 3.598, 4.477 max_d=4.477 avg_d=2.354 std_dev=1.244
O3' B 0, 1.055, 2.412, 3.769, 4.111 max_d=4.111 avg_d=2.412 std_dev=1.357
OP1 B 0, 1.707, 3.435, 5.164, 5.707 max_d=5.707 avg_d=3.435 std_dev=1.728

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.17 0.02 0.15 0.31 0.18
C2 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.19 0.05 0.30 0.02 0.29 0.50 0.32
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.05 0.07 0.08 0.12 0.19 0.16 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.07 0.18 0.18 0.12
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.03 0.12 0.11 0.15 0.20 0.15 0.10 0.06 0.02 0.01 0.03 0.24 0.11 0.24 0.15 0.17
C4 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.31 0.02 0.29 0.48 0.32
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.03 0.01 0.02 0.08 0.11 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.37 0.02 0.39 0.57 0.39
C5' 0.06 0.15 0.05 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.21 0.18 0.13 0.13 0.24 0.15 0.07 0.06 0.03 0.01 0.24 0.16 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.12 0.03 0.39 0.00 0.42 0.61 0.42
C8 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.06 0.37 0.03 0.36 0.50 0.37
N1 0.03 0.01 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.16 0.04 0.35 0.01 0.36 0.57 0.38
N2 0.04 0.01 0.19 0.20 0.02 0.07 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.24 0.07 0.27 0.03 0.26 0.48 0.30
N3 0.03 0.01 0.16 0.15 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.05 0.26 0.02 0.25 0.45 0.28
N7 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.09 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.05 0.40 0.03 0.43 0.59 0.43
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.28 0.02 0.26 0.42 0.28
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.13 0.19 0.14 0.08 0.05 0.00 0.07 0.06 0.09 0.10 0.17 0.17 0.07
O3' 0.05 0.19 0.02 0.01 0.10 0.03 0.10 0.06 0.12 0.12 0.16 0.24 0.17 0.12 0.05 0.07 0.00 0.05 0.25 0.13 0.30 0.25 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.06 0.05 0.00 0.18 0.04 0.16 0.33 0.20
O5' 0.17 0.30 0.16 0.24 0.31 0.02 0.37 0.01 0.39 0.37 0.35 0.27 0.26 0.40 0.28 0.09 0.25 0.18 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.11 0.02 0.08 0.02 0.24 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.10 0.13 0.04 0.42 0.00 0.48 0.66 0.46
OP1 0.15 0.29 0.18 0.24 0.29 0.11 0.39 0.16 0.42 0.36 0.36 0.26 0.25 0.43 0.26 0.17 0.30 0.16 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.50 0.18 0.15 0.48 0.22 0.57 0.27 0.61 0.50 0.57 0.48 0.45 0.59 0.42 0.17 0.25 0.33 0.02 0.66 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.32 0.12 0.17 0.32 0.04 0.39 0.02 0.42 0.37 0.38 0.30 0.28 0.43 0.28 0.07 0.23 0.20 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.18 0.35 0.47 0.16 0.30 0.23 0.40 0.20 0.17 0.15 0.24 0.25 0.59 0.47 0.19 0.45 0.57 1.02 0.58
C2 0.31 0.27 0.49 0.74 0.27 0.56 0.24 0.65 0.28 0.21 0.38 0.36 0.40 0.60 0.77 0.37 0.74 0.59 0.67 0.44
C2' 0.28 0.28 0.45 0.52 0.18 0.31 0.25 0.33 0.20 0.22 0.22 0.32 0.39 0.57 0.53 0.22 0.44 0.62 1.11 0.66
C3' 0.31 0.41 0.43 0.44 0.26 0.27 0.23 0.33 0.21 0.29 0.41 0.27 0.52 0.59 0.43 0.23 0.43 0.79 1.20 0.80
C4 0.21 0.18 0.30 0.50 0.18 0.36 0.24 0.48 0.23 0.16 0.22 0.26 0.25 0.61 0.47 0.22 0.55 0.46 0.86 0.44
C4' 0.28 0.32 0.38 0.38 0.25 0.25 0.26 0.36 0.25 0.26 0.32 0.26 0.40 0.63 0.37 0.22 0.44 0.78 1.14 0.76
C5 0.17 0.22 0.22 0.38 0.13 0.32 0.22 0.51 0.21 0.14 0.24 0.17 0.31 0.68 0.31 0.19 0.55 0.51 0.85 0.47
C5' 0.40 0.44 0.48 0.35 0.40 0.32 0.39 0.42 0.38 0.39 0.46 0.44 0.48 0.77 0.33 0.35 0.52 0.88 1.12 0.81
C6 0.19 0.32 0.21 0.43 0.16 0.39 0.22 0.61 0.24 0.16 0.33 0.18 0.45 0.74 0.35 0.24 0.70 0.57 0.72 0.49
C8 0.15 0.15 0.24 0.29 0.13 0.26 0.20 0.47 0.18 0.13 0.17 0.19 0.21 0.66 0.24 0.16 0.43 0.70 1.04 0.65
N1 0.25 0.34 0.32 0.66 0.22 0.53 0.22 0.70 0.27 0.18 0.40 0.27 0.51 0.62 0.63 0.34 0.80 0.67 0.65 0.52
N2 0.39 0.29 0.65 0.89 0.31 0.68 0.24 0.75 0.29 0.25 0.41 0.42 0.43 0.67 0.98 0.46 0.82 0.73 0.60 0.50
N3 0.29 0.20 0.45 0.66 0.26 0.47 0.25 0.54 0.25 0.21 0.28 0.37 0.29 0.61 0.67 0.31 0.63 0.45 0.77 0.39
N7 0.17 0.19 0.28 0.28 0.15 0.29 0.21 0.52 0.19 0.14 0.19 0.21 0.25 0.74 0.22 0.19 0.46 0.65 0.97 0.60
N9 0.18 0.15 0.28 0.42 0.14 0.29 0.22 0.43 0.20 0.15 0.16 0.20 0.22 0.61 0.38 0.18 0.46 0.56 0.98 0.55
O2' 0.33 0.28 0.54 0.61 0.30 0.39 0.35 0.38 0.29 0.27 0.22 0.46 0.38 0.61 0.65 0.30 0.49 0.59 1.10 0.65
O3' 0.35 0.47 0.48 0.48 0.26 0.28 0.24 0.34 0.21 0.31 0.45 0.26 0.62 0.59 0.48 0.24 0.46 0.89 1.28 0.90
O4' 0.22 0.22 0.32 0.40 0.19 0.27 0.25 0.42 0.23 0.20 0.21 0.22 0.27 0.63 0.38 0.20 0.44 0.69 1.06 0.67
O5' 0.46 0.53 0.56 0.42 0.51 0.39 0.44 0.52 0.43 0.46 0.57 0.57 0.56 0.84 0.45 0.37 0.55 0.99 1.15 0.89
O6 0.25 0.38 0.38 0.34 0.15 0.39 0.22 0.68 0.22 0.21 0.33 0.15 0.53 0.92 0.26 0.26 0.76 0.67 0.70 0.57
OP1 0.56 0.64 0.68 0.46 0.65 0.44 0.55 0.53 0.53 0.57 0.69 0.73 0.68 0.93 0.48 0.45 0.64 1.04 1.09 0.92
OP2 0.58 0.63 0.77 0.52 0.65 0.47 0.57 0.57 0.55 0.58 0.67 0.74 0.65 1.03 0.54 0.45 0.62 1.08 1.06 0.92
P 0.47 0.54 0.62 0.40 0.55 0.38 0.47 0.52 0.46 0.48 0.59 0.64 0.57 0.92 0.43 0.37 0.58 1.05 1.10 0.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.21 0.01 0.18 0.26 0.60 0.19
C2 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.15 0.12 0.30 0.29 0.83 0.37
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.14 0.12 0.17 0.04 0.12 0.08 0.28 0.01 0.03 0.02 0.44 0.51 0.61 0.39
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.23 0.01 0.22 0.03 0.20 0.14 0.21 0.24 0.18 0.02 0.01 0.02 0.36 0.41 0.45 0.23
C4 0.02 0.01 0.07 0.23 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.11 0.03 0.42 0.51 1.02 0.60
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.06 0.07 0.11 0.12 0.20 0.03 0.01 0.03 0.31 0.44 0.10
C5 0.01 0.02 0.14 0.22 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.15 0.09 0.46 0.56 1.03 0.64
C5' 0.04 0.14 0.12 0.03 0.22 0.01 0.27 0.00 0.24 0.13 0.17 0.25 0.15 0.10 0.15 0.01 0.01 0.19 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.20 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.13 0.12 0.41 0.42 0.92 0.51
N1 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.09 0.02 0.30 0.28 0.79 0.36
N3 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.13 0.10 0.36 0.38 0.94 0.49
N4 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.29 0.14 0.04 0.45 0.60 1.06 0.67
O2 0.05 0.01 0.28 0.18 0.02 0.12 0.03 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.26 0.25 0.21 0.25 0.26 0.75 0.28
O2' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.26 0.20 0.33 0.10 0.31 0.16 0.20 0.29 0.26 0.00 0.06 0.14 0.26 0.50 0.58 0.31
O3' 0.21 0.15 0.03 0.01 0.11 0.03 0.15 0.15 0.13 0.09 0.13 0.14 0.25 0.06 0.00 0.13 0.29 0.46 0.38 0.21
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.10 0.04 0.21 0.14 0.13 0.00 0.16 0.24 0.60 0.23
O5' 0.18 0.30 0.44 0.36 0.42 0.03 0.46 0.01 0.41 0.30 0.36 0.45 0.25 0.26 0.29 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.29 0.51 0.41 0.51 0.31 0.56 0.19 0.42 0.28 0.38 0.60 0.26 0.50 0.46 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 0.83 0.61 0.45 1.02 0.44 1.03 0.40 0.92 0.79 0.94 1.06 0.75 0.58 0.38 0.60 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.37 0.39 0.23 0.60 0.10 0.64 0.02 0.51 0.36 0.49 0.67 0.28 0.31 0.21 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00