ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55336

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 6, 9, 12, 9, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.021, 0.036, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.021, 0.043, 0.064, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.049, 0.100, 0.151, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.100 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.045, 0.102, 0.160, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.102 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.064, 0.145, 0.226, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.145 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.157, 0.259, 0.361, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.259 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.084, 0.187, 0.289, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.187 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.114, 0.257, 0.400, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.257 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.166, 0.310, 0.455, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.310 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.203, 0.351, 0.498, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.351 std_dev=0.148
C4 B 0, 0.257, 0.414, 0.571, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.414 std_dev=0.157
N1 B 0, 0.213, 0.380, 0.547, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.380 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.349, 0.530, 0.711, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.530 std_dev=0.181
N4 B 0, 0.311, 0.497, 0.683, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.497 std_dev=0.186
C2 B 0, 0.368, 0.559, 0.749, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.559 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.397, 0.591, 0.786, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.591 std_dev=0.194
O4' B 0, 0.261, 0.470, 0.679, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.470 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.218, 0.431, 0.643, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.431 std_dev=0.213
O5' A 0, 0.471, 0.685, 0.899, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.685 std_dev=0.214
O2 B 0, 0.486, 0.742, 0.999, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.742 std_dev=0.256
C2' B 0, 0.267, 0.537, 0.807, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.537 std_dev=0.270
P A 0, 0.657, 0.927, 1.197, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.927 std_dev=0.270
C3' B 0, 0.362, 0.661, 0.960, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.661 std_dev=0.299
C4' B 0, 0.288, 0.590, 0.892, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.590 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.748, 1.058, 1.367, 1.589 max_d=1.589 avg_d=1.058 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.192, 0.524, 0.856, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.524 std_dev=0.332
O2' B 0, 0.330, 0.675, 1.019, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.675 std_dev=0.344
OP2 B 0, 0.099, 0.456, 0.812, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.456 std_dev=0.357
OP1 A 0, 0.820, 1.180, 1.541, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.180 std_dev=0.360
P B 0, 0.108, 0.471, 0.835, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.471 std_dev=0.364
C5' B 0, 0.236, 0.603, 0.969, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.603 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.698, 1.069, 1.441, 1.838 max_d=1.838 avg_d=1.069 std_dev=0.372
OP1 B 0, 0.098, 0.511, 0.923, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.511 std_dev=0.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.20 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.11 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.18 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.12 0.01 0.14 0.23 0.16
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.03 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.16 0.26 0.18
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.12 0.01 0.13 0.19 0.14
N1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.13 0.24 0.16
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.04 0.08 0.02 0.09 0.19 0.11
N3 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.08 0.01 0.09 0.17 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.13 0.01 0.17 0.24 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.09 0.15 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.12 0.06 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.10 0.14 0.11 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.02 0.09 0.10 0.06
O5' 0.05 0.09 0.03 0.05 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.11 0.08 0.08 0.13 0.09 0.04 0.08 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.13 0.00 0.19 0.28 0.20
OP1 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.14 0.11 0.16 0.13 0.13 0.09 0.09 0.17 0.09 0.12 0.14 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.20 0.07 0.07 0.18 0.04 0.23 0.02 0.26 0.19 0.24 0.19 0.17 0.24 0.15 0.06 0.11 0.10 0.02 0.28 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.04 0.04 0.12 0.02 0.16 0.01 0.18 0.14 0.16 0.11 0.10 0.18 0.10 0.04 0.06 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.19 0.20 0.20 0.17 0.18 0.21 0.20 0.22 0.24 0.16 0.28 0.22 0.35 0.22 0.17 0.16 0.16 0.15
C2 0.20 0.22 0.21 0.26 0.09 0.21 0.14 0.23 0.17 0.19 0.18 0.14 0.28 0.22 0.41 0.21 0.25 0.26 0.26 0.25
C2' 0.27 0.29 0.23 0.19 0.24 0.20 0.21 0.22 0.23 0.26 0.29 0.21 0.32 0.29 0.29 0.26 0.17 0.16 0.17 0.15
C3' 0.29 0.32 0.23 0.20 0.29 0.23 0.25 0.28 0.26 0.29 0.32 0.28 0.34 0.29 0.28 0.30 0.14 0.14 0.17 0.13
C4 0.20 0.22 0.18 0.22 0.15 0.17 0.17 0.21 0.19 0.20 0.20 0.12 0.25 0.19 0.38 0.20 0.19 0.19 0.19 0.18
C4' 0.26 0.29 0.20 0.20 0.26 0.21 0.23 0.28 0.23 0.26 0.29 0.25 0.31 0.25 0.32 0.27 0.14 0.15 0.16 0.13
C5 0.19 0.20 0.18 0.23 0.13 0.18 0.16 0.23 0.18 0.19 0.19 0.13 0.23 0.19 0.41 0.19 0.18 0.19 0.19 0.18
C5' 0.27 0.29 0.21 0.22 0.27 0.26 0.25 0.35 0.25 0.27 0.30 0.27 0.31 0.24 0.34 0.29 0.15 0.20 0.21 0.17
C6 0.18 0.19 0.20 0.25 0.11 0.20 0.13 0.23 0.15 0.17 0.17 0.14 0.24 0.20 0.44 0.19 0.21 0.23 0.26 0.23
C8 0.20 0.21 0.17 0.22 0.18 0.19 0.18 0.25 0.19 0.20 0.21 0.17 0.23 0.18 0.39 0.20 0.16 0.17 0.16 0.15
N1 0.19 0.20 0.19 0.26 0.09 0.21 0.13 0.24 0.16 0.17 0.17 0.15 0.26 0.20 0.43 0.20 0.26 0.27 0.29 0.27
N2 0.21 0.21 0.25 0.30 0.10 0.25 0.14 0.26 0.18 0.18 0.17 0.16 0.30 0.26 0.44 0.22 0.29 0.29 0.28 0.27
N3 0.21 0.23 0.20 0.23 0.12 0.19 0.15 0.21 0.19 0.20 0.20 0.11 0.27 0.22 0.38 0.21 0.22 0.21 0.21 0.21
N7 0.19 0.20 0.19 0.25 0.16 0.20 0.17 0.25 0.18 0.19 0.19 0.15 0.22 0.19 0.42 0.19 0.16 0.17 0.16 0.16
N9 0.20 0.23 0.17 0.21 0.18 0.17 0.18 0.22 0.19 0.21 0.22 0.15 0.25 0.19 0.37 0.21 0.17 0.16 0.16 0.15
O2' 0.29 0.31 0.27 0.22 0.23 0.20 0.20 0.20 0.23 0.27 0.29 0.18 0.34 0.34 0.31 0.27 0.21 0.18 0.18 0.18
O3' 0.34 0.36 0.28 0.21 0.32 0.27 0.28 0.29 0.29 0.33 0.36 0.31 0.38 0.35 0.26 0.34 0.15 0.16 0.19 0.15
O4' 0.22 0.25 0.18 0.20 0.21 0.18 0.20 0.25 0.21 0.22 0.25 0.19 0.28 0.21 0.36 0.22 0.15 0.15 0.15 0.14
O5' 0.28 0.29 0.21 0.24 0.28 0.29 0.27 0.38 0.27 0.28 0.30 0.29 0.30 0.23 0.35 0.32 0.17 0.23 0.23 0.19
O6 0.19 0.19 0.24 0.29 0.12 0.23 0.13 0.25 0.14 0.16 0.17 0.15 0.24 0.25 0.49 0.19 0.22 0.25 0.31 0.25
OP1 0.31 0.30 0.25 0.30 0.29 0.37 0.29 0.48 0.30 0.29 0.30 0.30 0.31 0.26 0.39 0.36 0.28 0.39 0.37 0.33
OP2 0.36 0.32 0.34 0.39 0.31 0.43 0.33 0.53 0.34 0.34 0.32 0.30 0.33 0.34 0.49 0.40 0.32 0.38 0.38 0.34
P 0.32 0.31 0.27 0.32 0.30 0.37 0.30 0.47 0.31 0.31 0.31 0.30 0.31 0.28 0.42 0.36 0.26 0.34 0.33 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.12 0.13 0.12 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.05 0.19 0.17 0.15 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.04 0.08 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.12 0.16 0.09 0.10
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.19 0.00 0.20 0.01 0.17 0.11 0.16 0.21 0.11 0.02 0.01 0.01 0.14 0.19 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.08 0.19 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.27 0.05 0.22 0.17 0.17 0.16
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.10 0.03 0.08 0.06 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01
C5 0.02 0.01 0.09 0.20 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.28 0.05 0.22 0.17 0.17 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.01 0.18 0.00 0.14 0.08 0.13 0.18 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.06 0.21 0.17 0.15 0.16
N1 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.18 0.16 0.15 0.15
N3 0.01 0.00 0.08 0.16 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.22 0.05 0.20 0.17 0.16 0.16
N4 0.02 0.01 0.09 0.21 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.31 0.06 0.22 0.17 0.17 0.17
O2 0.04 0.01 0.13 0.11 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.16 0.07 0.18 0.17 0.15 0.15
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05 0.08 0.05 0.02 0.07 0.04 0.15 0.00 0.07 0.05 0.08 0.17 0.09 0.07
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.27 0.06 0.28 0.05 0.22 0.13 0.22 0.31 0.16 0.07 0.00 0.04 0.14 0.26 0.28 0.19
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.00 0.11 0.14 0.14 0.12
O5' 0.12 0.19 0.12 0.14 0.22 0.01 0.22 0.01 0.21 0.18 0.20 0.22 0.18 0.08 0.14 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.17 0.16 0.19 0.17 0.11 0.17 0.15 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.26 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.15 0.09 0.15 0.17 0.09 0.17 0.15 0.15 0.15 0.16 0.17 0.15 0.09 0.28 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.10 0.13 0.16 0.01 0.17 0.02 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.07 0.19 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00