ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55338

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 10, 6, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C8 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, -0.002, 0.014, 0.031, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N3 A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.006, 0.019, 0.045, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.019 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.039 std_dev=0.029
N2 A 0, -0.022, 0.043, 0.108, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.043 std_dev=0.065
C2 B 0, 0.094, 0.259, 0.424, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.259 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.083, 0.255, 0.428, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.255 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.093, 0.275, 0.456, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.275 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.085, 0.278, 0.471, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.278 std_dev=0.193
O2 B 0, 0.116, 0.313, 0.510, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.313 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.087, 0.293, 0.498, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.293 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.088, 0.297, 0.506, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.297 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.100, 0.347, 0.595, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.347 std_dev=0.247
N4 B 0, 0.084, 0.356, 0.629, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.356 std_dev=0.272
O4' B 0, -0.033, 0.445, 0.923, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.445 std_dev=0.478
C4' B 0, -0.081, 0.491, 1.064, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.491 std_dev=0.573
O4' A 0, -0.353, 0.243, 0.840, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.243 std_dev=0.597
C2' B 0, -0.103, 0.501, 1.106, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.501 std_dev=0.604
C2' A 0, -0.353, 0.323, 0.999, 2.929 max_d=2.929 avg_d=0.323 std_dev=0.676
C3' B 0, -0.309, 0.464, 1.238, 3.490 max_d=3.490 avg_d=0.464 std_dev=0.773
O2' A 0, -0.292, 0.493, 1.278, 3.489 max_d=3.489 avg_d=0.493 std_dev=0.785
O2' B 0, -0.002, 0.807, 1.617, 3.828 max_d=3.828 avg_d=0.807 std_dev=0.810
C4' A 0, -0.537, 0.381, 1.298, 3.938 max_d=3.938 avg_d=0.381 std_dev=0.917
C3' A 0, -0.575, 0.476, 1.528, 4.514 max_d=4.514 avg_d=0.476 std_dev=1.051
O3' B 0, -0.528, 0.611, 1.751, 5.117 max_d=5.117 avg_d=0.611 std_dev=1.140
C5' B 0, -0.507, 0.744, 1.996, 5.515 max_d=5.515 avg_d=0.744 std_dev=1.252
O3' A 0, -0.839, 0.699, 2.237, 6.583 max_d=6.583 avg_d=0.699 std_dev=1.538
O5' B 0, -0.680, 0.888, 2.456, 6.779 max_d=6.779 avg_d=0.888 std_dev=1.568
C5' A 0, -0.912, 0.675, 2.261, 6.790 max_d=6.790 avg_d=0.675 std_dev=1.586
O5' A 0, -1.026, 0.766, 2.559, 7.711 max_d=7.711 avg_d=0.766 std_dev=1.792
P B 0, -1.193, 1.103, 3.399, 9.881 max_d=9.881 avg_d=1.103 std_dev=2.296
OP2 B 0, -1.316, 1.187, 3.689, 10.793 max_d=10.793 avg_d=1.187 std_dev=2.503
P A 0, -1.638, 0.903, 3.443, 10.763 max_d=10.763 avg_d=0.903 std_dev=2.541
OP1 B 0, -1.393, 1.243, 3.879, 11.340 max_d=11.340 avg_d=1.243 std_dev=2.636
OP2 A 0, -1.721, 0.953, 3.626, 11.335 max_d=11.335 avg_d=0.953 std_dev=2.674
OP1 A 0, -1.840, 1.072, 3.984, 12.343 max_d=12.343 avg_d=1.072 std_dev=2.912

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.04 0.14 0.17 0.09
C2 0.04 0.00 0.21 0.29 0.01 0.47 0.01 0.86 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.27 0.38 0.70 0.03 0.88 1.16 0.96
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.02 0.08 0.11 0.15 0.28 0.21 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.14 0.07 0.19 0.13 0.12
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.20 0.00 0.18 0.02 0.23 0.09 0.27 0.30 0.27 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.20 0.23 0.25 0.11 0.16
C4 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.25 0.00 0.41 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.20 0.22 0.03 0.23 0.39 0.27
C4' 0.01 0.47 0.02 0.00 0.25 0.00 0.16 0.01 0.25 0.18 0.38 0.55 0.45 0.10 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.22 0.11 0.18 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.16 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.09 0.20 0.03 0.13 0.19 0.12
C5' 0.03 0.86 0.02 0.02 0.41 0.01 0.27 0.00 0.44 0.30 0.69 1.06 0.78 0.19 0.10 0.06 0.03 0.01 0.01 0.37 0.13 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.23 0.02 0.25 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.24 0.17 0.21 0.01 0.23 0.35 0.24
C8 0.02 0.02 0.11 0.09 0.01 0.18 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.16 0.08 0.21 0.64 0.04 0.64 0.65 0.65
N1 0.02 0.01 0.15 0.27 0.01 0.38 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.29 0.47 0.02 0.62 0.84 0.67
N2 0.07 0.00 0.28 0.30 0.02 0.55 0.01 1.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.49 0.29 0.44 0.99 0.04 1.30 1.65 1.38
N3 0.04 0.01 0.21 0.27 0.01 0.45 0.01 0.78 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.34 0.24 0.39 0.64 0.03 0.73 0.96 0.81
N7 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.10 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.12 0.55 0.04 0.55 0.58 0.56
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.24 0.04 0.20 0.20 0.17
O2' 0.02 0.36 0.01 0.02 0.15 0.06 0.06 0.06 0.12 0.16 0.26 0.49 0.34 0.10 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07 0.14 0.15 0.08
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.18 0.02 0.19 0.03 0.24 0.08 0.27 0.29 0.24 0.12 0.08 0.05 0.00 0.02 0.17 0.25 0.26 0.13 0.16
O4' 0.00 0.38 0.01 0.01 0.20 0.00 0.09 0.01 0.17 0.21 0.29 0.44 0.39 0.12 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.14 0.11 0.22 0.08
O5' 0.13 0.70 0.14 0.20 0.22 0.02 0.20 0.01 0.21 0.64 0.47 0.99 0.64 0.55 0.24 0.09 0.17 0.10 0.00 0.20 0.02 0.02 0.00
O6 0.04 0.03 0.07 0.23 0.03 0.22 0.03 0.37 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.25 0.14 0.20 0.00 0.15 0.23 0.15
OP1 0.14 0.88 0.19 0.25 0.23 0.11 0.13 0.13 0.23 0.64 0.62 1.30 0.73 0.55 0.20 0.14 0.26 0.11 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 1.16 0.13 0.11 0.39 0.18 0.19 0.24 0.35 0.65 0.84 1.65 0.96 0.58 0.20 0.15 0.13 0.22 0.02 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.96 0.12 0.16 0.27 0.03 0.12 0.02 0.24 0.65 0.67 1.38 0.81 0.56 0.17 0.08 0.16 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.16 0.63 0.30 0.16 0.32 0.15 0.73 0.15 0.15 0.16 0.20 0.21 0.85 0.52 0.48 0.81 1.06 1.17 1.18
C2 0.15 0.10 0.41 0.51 0.09 0.15 0.13 0.17 0.14 0.11 0.10 0.13 0.15 0.31 0.65 0.30 0.26 0.36 0.40 0.26
C2' 0.50 0.51 0.12 0.33 0.46 0.93 0.46 1.37 0.46 0.50 0.48 0.46 0.55 0.33 0.11 1.08 1.43 1.60 1.65 1.75
C3' 0.27 0.43 0.26 0.13 0.36 0.70 0.28 1.22 0.23 0.30 0.44 0.40 0.57 0.52 0.22 0.83 1.35 1.65 1.76 1.82
C4 0.16 0.12 0.53 0.38 0.13 0.19 0.15 0.39 0.14 0.13 0.10 0.17 0.19 0.58 0.55 0.39 0.40 0.48 0.60 0.59
C4' 0.36 0.14 0.90 0.58 0.17 0.09 0.27 0.58 0.35 0.27 0.15 0.19 0.18 1.17 0.88 0.23 0.72 1.15 1.28 1.26
C5 0.17 0.15 0.44 0.32 0.16 0.19 0.19 0.37 0.17 0.15 0.12 0.20 0.21 0.48 0.46 0.35 0.40 0.46 0.59 0.56
C5' 0.67 0.29 1.23 1.00 0.35 0.39 0.58 0.17 0.70 0.56 0.23 0.28 0.17 1.45 1.34 0.20 0.32 0.81 1.02 0.91
C6 0.17 0.16 0.35 0.35 0.15 0.17 0.22 0.23 0.20 0.17 0.14 0.16 0.20 0.33 0.47 0.30 0.25 0.27 0.33 0.29
C8 0.19 0.16 0.51 0.24 0.18 0.29 0.18 0.64 0.15 0.16 0.14 0.24 0.23 0.69 0.40 0.42 0.76 0.99 1.18 1.10
N1 0.18 0.13 0.33 0.42 0.09 0.16 0.19 0.19 0.20 0.16 0.11 0.11 0.17 0.25 0.54 0.27 0.28 0.38 0.42 0.29
N2 0.19 0.11 0.34 0.59 0.13 0.21 0.11 0.31 0.12 0.12 0.12 0.19 0.15 0.18 0.72 0.25 0.53 0.71 0.78 0.59
N3 0.13 0.11 0.55 0.50 0.11 0.14 0.13 0.23 0.12 0.10 0.11 0.14 0.16 0.51 0.67 0.36 0.19 0.23 0.32 0.30
N7 0.18 0.17 0.45 0.25 0.18 0.25 0.20 0.52 0.17 0.16 0.15 0.25 0.23 0.56 0.39 0.38 0.61 0.77 0.94 0.87
N9 0.18 0.14 0.57 0.31 0.16 0.26 0.16 0.60 0.14 0.14 0.14 0.20 0.21 0.72 0.50 0.43 0.67 0.85 1.01 0.98
O2' 0.60 0.51 0.15 0.46 0.48 1.08 0.52 1.53 0.55 0.56 0.47 0.46 0.52 0.28 0.23 1.19 1.51 1.74 1.67 1.82
O3' 0.55 0.66 0.12 0.47 0.52 1.06 0.43 1.63 0.42 0.53 0.62 0.53 0.83 0.28 0.19 1.12 1.76 2.17 2.10 2.29
O4' 0.61 0.38 1.16 0.81 0.27 0.24 0.39 0.30 0.50 0.50 0.26 0.19 0.36 1.39 1.05 0.12 0.43 0.79 0.96 0.90
O5' 0.87 0.29 1.44 1.27 0.23 0.73 0.51 0.25 0.73 0.63 0.21 0.23 0.24 1.72 1.69 0.47 0.12 0.49 0.93 0.65
O6 0.19 0.19 0.30 0.32 0.19 0.17 0.25 0.22 0.23 0.19 0.18 0.20 0.22 0.28 0.42 0.27 0.26 0.29 0.34 0.28
OP1 0.98 0.23 1.46 1.45 0.23 1.03 0.68 0.64 0.92 0.72 0.11 0.12 0.15 1.75 1.98 0.71 0.36 0.32 0.71 0.37
OP2 1.15 0.44 1.62 1.68 0.42 1.21 0.88 0.90 1.13 0.93 0.22 0.19 0.22 1.75 2.04 0.89 0.70 0.42 0.27 0.25
P 1.16 0.41 1.69 1.70 0.36 1.20 0.80 0.80 1.07 0.90 0.17 0.13 0.20 1.91 2.19 0.87 0.52 0.23 0.48 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.10 0.22 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.02 0.22 0.02 0.32 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.10 0.21 0.42 0.41 0.50 0.44
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.24 0.09
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.23 0.02 0.26 0.07 0.10 0.09 0.30 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.22 0.11
C4 0.03 0.02 0.04 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05 0.20 0.22 0.35 0.22
C4' 0.01 0.22 0.02 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.29 0.04 0.16 0.07 0.44 0.06 0.02 0.00 0.02 0.13 0.15 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.23 0.01 0.24 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.21 0.16 0.55 0.64 0.79 0.66
C5' 0.02 0.32 0.01 0.02 0.11 0.01 0.41 0.00 0.46 0.07 0.26 0.12 0.69 0.06 0.04 0.01 0.01 0.17 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.26 0.01 0.29 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.22 0.23 0.61 0.64 0.76 0.67
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.17 0.13 0.28 0.15
N3 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.08 0.16 0.35 0.36 0.46 0.38
N4 0.03 0.03 0.04 0.09 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.11 0.06 0.20 0.25 0.36 0.23
O2 0.04 0.01 0.10 0.30 0.03 0.44 0.02 0.69 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.25 0.24 0.39 0.87 0.90 0.98 0.94
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.05 0.06 0.13 0.06 0.15 0.03 0.09 0.05 0.25 0.00 0.05 0.06 0.07 0.13 0.22 0.09
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.21 0.04 0.22 0.06 0.08 0.11 0.24 0.05 0.00 0.02 0.16 0.17 0.24 0.16
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.23 0.03 0.16 0.06 0.39 0.06 0.02 0.00 0.12 0.13 0.17 0.06
O5' 0.11 0.42 0.05 0.09 0.20 0.02 0.55 0.01 0.61 0.17 0.35 0.20 0.87 0.07 0.16 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.41 0.10 0.11 0.22 0.13 0.64 0.17 0.64 0.13 0.36 0.25 0.90 0.13 0.17 0.13 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.22 0.50 0.24 0.22 0.35 0.15 0.79 0.09 0.76 0.28 0.46 0.36 0.98 0.22 0.24 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.44 0.09 0.11 0.22 0.03 0.66 0.02 0.67 0.15 0.38 0.23 0.94 0.09 0.16 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00