ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55341

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 8, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.046 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.048 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.010, 0.044, 0.078, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.044 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.006, 0.040, 0.074, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.040 std_dev=0.034
N1 B 0, 0.236, 0.377, 0.519, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.377 std_dev=0.142
C6 B 0, 0.231, 0.377, 0.524, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.377 std_dev=0.146
C1' B 0, 0.251, 0.420, 0.589, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.420 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.294, 0.486, 0.678, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.486 std_dev=0.192
C5 B 0, 0.221, 0.443, 0.665, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.443 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.258, 0.496, 0.733, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.496 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.222, 0.470, 0.717, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.470 std_dev=0.248
O2 B 0, 0.360, 0.641, 0.923, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.641 std_dev=0.282
N4 B 0, 0.216, 0.588, 0.961, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.588 std_dev=0.373
C2' B 0, 0.782, 1.198, 1.615, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.198 std_dev=0.417
O4' B 0, 0.967, 1.386, 1.805, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.386 std_dev=0.419
C2' A 0, 1.060, 1.553, 2.046, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.553 std_dev=0.493
O4' A 0, 1.078, 1.574, 2.071, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.574 std_dev=0.496
O2' A 0, 1.324, 1.898, 2.472, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.898 std_dev=0.574
C3' B 0, 1.251, 1.895, 2.539, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.895 std_dev=0.644
O2' B 0, 1.125, 1.771, 2.417, 2.423 max_d=2.423 avg_d=1.771 std_dev=0.646
C4' B 0, 1.417, 2.071, 2.725, 2.656 max_d=2.656 avg_d=2.071 std_dev=0.654
C3' A 0, 1.609, 2.335, 3.060, 2.910 max_d=2.910 avg_d=2.335 std_dev=0.725
C4' A 0, 1.593, 2.347, 3.100, 2.984 max_d=2.984 avg_d=2.347 std_dev=0.753
O5' A 0, 2.085, 2.910, 3.735, 3.662 max_d=3.662 avg_d=2.910 std_dev=0.825
O3' B 0, 1.520, 2.366, 3.211, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.366 std_dev=0.846
O3' A 0, 2.273, 3.193, 4.112, 3.977 max_d=3.977 avg_d=3.193 std_dev=0.920
O5' B 0, 0.969, 1.920, 2.872, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.920 std_dev=0.951
C5' B 0, 1.926, 2.889, 3.853, 3.840 max_d=3.840 avg_d=2.889 std_dev=0.963
P A 0, 2.550, 3.558, 4.566, 4.510 max_d=4.510 avg_d=3.558 std_dev=1.008
OP2 A 0, 2.793, 3.867, 4.940, 4.741 max_d=4.741 avg_d=3.867 std_dev=1.073
OP1 A 0, 2.613, 3.690, 4.768, 4.775 max_d=4.775 avg_d=3.690 std_dev=1.077
C5' A 0, 2.340, 3.425, 4.510, 4.371 max_d=4.371 avg_d=3.425 std_dev=1.085
OP1 B 0, 1.875, 2.994, 4.114, 4.126 max_d=4.126 avg_d=2.994 std_dev=1.120
P B 0, 1.242, 2.364, 3.486, 4.036 max_d=4.036 avg_d=2.364 std_dev=1.122
OP2 B 0, 0.990, 2.367, 3.744, 4.462 max_d=4.462 avg_d=2.367 std_dev=1.377

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.20 0.04 0.18 0.25 0.15
C2 0.04 0.00 0.23 0.19 0.01 0.10 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.24 0.18 0.32 0.03 0.29 0.36 0.30
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.10 0.12 0.10 0.19 0.27 0.22 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.16 0.11 0.18 0.33 0.16
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.15 0.01 0.19 0.02 0.21 0.17 0.21 0.20 0.17 0.19 0.11 0.02 0.01 0.02 0.19 0.23 0.23 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.12 0.15 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.09 0.38 0.03 0.34 0.35 0.33
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.12 0.07 0.13 0.10 0.11 0.04 0.16 0.03 0.01 0.03 0.09 0.13 0.24 0.04
C5 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.04 0.51 0.03 0.47 0.48 0.47
C5' 0.05 0.15 0.10 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.15 0.13 0.18 0.14 0.15 0.07 0.06 0.10 0.02 0.01 0.16 0.21 0.26 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.11 0.17 0.07 0.51 0.01 0.49 0.53 0.49
C8 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.12 0.01 0.15 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.21 0.11 0.12 0.57 0.05 0.48 0.41 0.48
N1 0.04 0.01 0.19 0.21 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.12 0.21 0.13 0.42 0.02 0.40 0.46 0.40
N2 0.06 0.01 0.27 0.20 0.02 0.13 0.02 0.18 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.23 0.29 0.22 0.26 0.04 0.23 0.34 0.24
N3 0.05 0.01 0.22 0.17 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.22 0.17 0.28 0.02 0.25 0.31 0.25
N7 0.02 0.02 0.05 0.19 0.01 0.11 0.01 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.20 0.13 0.07 0.61 0.06 0.55 0.54 0.56
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.06 0.02 0.38 0.04 0.32 0.30 0.31
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.07 0.16 0.12 0.06 0.11 0.21 0.12 0.23 0.16 0.20 0.09 0.00 0.06 0.11 0.07 0.13 0.16 0.36 0.10
O3' 0.15 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.10 0.17 0.11 0.21 0.29 0.22 0.13 0.06 0.06 0.00 0.11 0.18 0.19 0.33 0.17 0.19
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.12 0.13 0.22 0.17 0.07 0.02 0.11 0.11 0.00 0.23 0.06 0.24 0.31 0.22
O5' 0.20 0.32 0.16 0.19 0.38 0.03 0.51 0.01 0.51 0.57 0.42 0.26 0.28 0.61 0.38 0.07 0.18 0.23 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.11 0.23 0.03 0.09 0.03 0.16 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.13 0.19 0.06 0.59 0.00 0.58 0.63 0.58
OP1 0.18 0.29 0.18 0.23 0.34 0.13 0.47 0.21 0.49 0.48 0.40 0.23 0.25 0.55 0.32 0.16 0.33 0.24 0.02 0.58 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.36 0.33 0.21 0.35 0.24 0.48 0.26 0.53 0.41 0.46 0.34 0.31 0.54 0.30 0.36 0.17 0.31 0.02 0.63 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.30 0.16 0.16 0.33 0.04 0.47 0.01 0.49 0.48 0.40 0.24 0.25 0.56 0.31 0.10 0.19 0.22 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.28 0.25 0.38 0.21 0.24 0.22 0.43 0.18 0.20 0.27 0.26 0.37 0.61 0.42 0.16 0.41 0.36 0.47 0.37
C2 0.22 0.19 0.26 0.40 0.26 0.25 0.22 0.31 0.11 0.12 0.22 0.38 0.32 0.54 0.45 0.16 0.44 0.31 0.47 0.41
C2' 0.30 0.39 0.25 0.33 0.32 0.21 0.29 0.37 0.26 0.30 0.40 0.35 0.47 0.58 0.39 0.25 0.36 0.37 0.47 0.29
C3' 0.49 0.58 0.39 0.37 0.63 0.39 0.61 0.47 0.55 0.53 0.62 0.71 0.60 0.67 0.44 0.50 0.42 0.50 0.56 0.48
C4 0.21 0.25 0.25 0.40 0.17 0.25 0.19 0.41 0.13 0.16 0.21 0.26 0.35 0.64 0.43 0.15 0.45 0.32 0.50 0.41
C4' 0.36 0.44 0.31 0.39 0.51 0.31 0.51 0.43 0.44 0.40 0.48 0.59 0.48 0.63 0.45 0.37 0.46 0.43 0.55 0.51
C5 0.20 0.23 0.26 0.41 0.12 0.29 0.17 0.46 0.13 0.16 0.18 0.16 0.31 0.71 0.44 0.16 0.49 0.36 0.58 0.48
C5' 0.47 0.55 0.40 0.47 0.63 0.41 0.63 0.47 0.56 0.51 0.59 0.71 0.56 0.69 0.55 0.50 0.61 0.51 0.69 0.68
C6 0.19 0.17 0.25 0.42 0.15 0.30 0.18 0.43 0.11 0.11 0.13 0.21 0.25 0.71 0.45 0.16 0.53 0.38 0.63 0.52
C8 0.22 0.29 0.29 0.39 0.20 0.29 0.20 0.51 0.19 0.21 0.28 0.19 0.34 0.71 0.43 0.19 0.46 0.40 0.55 0.45
N1 0.21 0.17 0.26 0.41 0.24 0.28 0.21 0.34 0.11 0.11 0.20 0.32 0.28 0.61 0.45 0.16 0.49 0.36 0.55 0.47
N2 0.23 0.19 0.29 0.39 0.31 0.26 0.23 0.27 0.12 0.12 0.26 0.43 0.30 0.44 0.46 0.19 0.43 0.33 0.45 0.39
N3 0.22 0.22 0.25 0.39 0.23 0.24 0.21 0.35 0.12 0.14 0.20 0.36 0.35 0.56 0.44 0.15 0.43 0.29 0.46 0.38
N7 0.21 0.26 0.30 0.40 0.16 0.31 0.18 0.53 0.17 0.19 0.24 0.14 0.31 0.74 0.44 0.20 0.50 0.40 0.63 0.51
N9 0.22 0.28 0.26 0.39 0.19 0.26 0.21 0.45 0.17 0.20 0.27 0.22 0.36 0.66 0.43 0.17 0.43 0.35 0.50 0.41
O2' 0.27 0.33 0.28 0.44 0.20 0.28 0.18 0.44 0.18 0.24 0.31 0.21 0.43 0.47 0.43 0.21 0.53 0.48 0.60 0.41
O3' 0.49 0.60 0.37 0.39 0.62 0.37 0.60 0.43 0.54 0.53 0.64 0.71 0.66 0.58 0.46 0.50 0.42 0.54 0.61 0.49
O4' 0.27 0.33 0.30 0.42 0.33 0.29 0.34 0.45 0.29 0.27 0.34 0.40 0.41 0.65 0.48 0.24 0.47 0.40 0.57 0.50
O5' 0.82 0.83 0.79 0.52 0.94 0.64 1.00 0.67 0.95 0.86 0.86 0.98 0.78 1.14 0.56 0.83 0.79 0.72 0.88 0.88
O6 0.17 0.12 0.26 0.44 0.15 0.34 0.18 0.47 0.15 0.11 0.12 0.17 0.17 0.79 0.47 0.19 0.61 0.45 0.75 0.62
OP1 0.90 0.87 0.86 0.65 0.98 0.80 1.07 0.85 1.04 0.93 0.88 1.00 0.81 1.15 0.66 0.96 0.96 0.94 1.06 1.08
OP2 0.94 0.89 0.92 0.70 0.97 0.81 1.07 0.82 1.05 0.96 0.89 0.95 0.84 1.21 0.72 0.98 1.03 0.90 1.18 1.14
P 0.87 0.85 0.85 0.60 0.95 0.72 1.04 0.75 1.00 0.91 0.87 0.97 0.80 1.17 0.63 0.90 0.93 0.83 1.06 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.25 0.01 0.20 0.18 0.30 0.28
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.02 0.03 0.03 0.15 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.20 0.06 0.30 0.13 0.29 0.21
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.17 0.17 0.04 0.07 0.08 0.21 0.01 0.03 0.03 0.51 0.48 0.63 0.56
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.22 0.01 0.24 0.03 0.22 0.13 0.17 0.24 0.13 0.03 0.01 0.01 0.42 0.41 0.49 0.43
C4 0.02 0.02 0.07 0.22 0.00 0.14 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.30 0.14 0.06 0.48 0.25 0.43 0.28
C4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.19 0.07 0.06 0.15 0.10 0.21 0.04 0.01 0.03 0.18 0.22 0.13
C5 0.04 0.03 0.15 0.24 0.01 0.20 0.00 0.40 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.34 0.18 0.09 0.52 0.28 0.44 0.32
C5' 0.07 0.15 0.17 0.03 0.33 0.01 0.40 0.00 0.35 0.19 0.23 0.37 0.08 0.10 0.17 0.02 0.01 0.16 0.23 0.03
C6 0.04 0.02 0.17 0.22 0.01 0.19 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.16 0.10 0.45 0.19 0.34 0.28
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.07 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.15 0.02 0.31 0.13 0.29 0.24
N3 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.06 0.02 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.16 0.05 0.39 0.18 0.36 0.22
N4 0.03 0.02 0.08 0.24 0.01 0.15 0.02 0.37 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.32 0.16 0.07 0.53 0.31 0.51 0.33
O2 0.07 0.01 0.21 0.13 0.03 0.10 0.04 0.08 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.19 0.32 0.11 0.22 0.14 0.28 0.21
O2' 0.03 0.16 0.01 0.03 0.30 0.21 0.34 0.10 0.30 0.17 0.22 0.32 0.19 0.00 0.09 0.13 0.50 0.50 0.76 0.60
O3' 0.25 0.20 0.03 0.01 0.14 0.04 0.18 0.17 0.16 0.15 0.16 0.16 0.32 0.09 0.00 0.17 0.33 0.46 0.47 0.38
O4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.05 0.07 0.11 0.13 0.17 0.00 0.17 0.14 0.37 0.27
O5' 0.20 0.30 0.51 0.42 0.48 0.03 0.52 0.01 0.45 0.31 0.39 0.53 0.22 0.50 0.33 0.17 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.18 0.13 0.48 0.41 0.25 0.18 0.28 0.16 0.19 0.13 0.18 0.31 0.14 0.50 0.46 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.29 0.63 0.49 0.43 0.22 0.44 0.23 0.34 0.29 0.36 0.51 0.28 0.76 0.47 0.37 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.21 0.56 0.43 0.28 0.13 0.32 0.03 0.28 0.24 0.22 0.33 0.21 0.60 0.38 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00