ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 4, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.056, 0.107, 0.158, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.107 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.064, 0.130, 0.197, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.130 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.087, 0.158, 0.229, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.158 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.063, 0.134, 0.206, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.134 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.092, 0.170, 0.247, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.170 std_dev=0.077
C5' A 0, 0.157, 0.269, 0.380, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.269 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.161, 0.276, 0.391, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.276 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.138, 0.265, 0.393, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.265 std_dev=0.127
N4 B 0, 0.191, 0.345, 0.499, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.345 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.172, 0.326, 0.481, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.326 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.222, 0.377, 0.532, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.377 std_dev=0.155
P A 0, 0.191, 0.346, 0.501, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.346 std_dev=0.155
C2' B 0, 0.236, 0.395, 0.555, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.395 std_dev=0.159
O3' B 0, 0.232, 0.395, 0.559, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.395 std_dev=0.163
O2' B 0, 0.242, 0.407, 0.571, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.407 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.236, 0.403, 0.570, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.403 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.241, 0.412, 0.583, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.412 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.148, 0.319, 0.490, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.319 std_dev=0.171
N1 B 0, 0.218, 0.391, 0.563, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.391 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.174, 0.347, 0.521, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.347 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.193, 0.369, 0.544, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.369 std_dev=0.175
OP1 A 0, 0.194, 0.376, 0.559, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.376 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.248, 0.441, 0.635, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.441 std_dev=0.193
O2 B 0, 0.186, 0.379, 0.572, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.379 std_dev=0.193
C4' B 0, 0.289, 0.503, 0.718, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.503 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.286, 0.512, 0.737, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.512 std_dev=0.225
O5' B 0, 0.294, 0.523, 0.753, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.523 std_dev=0.229
C5' B 0, 0.317, 0.554, 0.792, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.554 std_dev=0.238
OP2 B 0, 0.311, 0.574, 0.838, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.574 std_dev=0.264
P B 0, 0.316, 0.586, 0.855, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.586 std_dev=0.270
OP1 B 0, 0.330, 0.637, 0.944, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.637 std_dev=0.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.07 0.00 0.10 0.10 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.00 0.10 0.12 0.09
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.08 0.00 0.10 0.12 0.09
N2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.05 0.07 0.00 0.10 0.10 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.03 0.10 0.04 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.10 0.06 0.10 0.10 0.07 0.07 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.10 0.08 0.11 0.08 0.04 0.04 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.12 0.08 0.04 0.05 0.11 0.16 0.18 0.15
C2 0.16 0.14 0.15 0.12 0.15 0.12 0.20 0.11 0.20 0.16 0.13 0.13 0.13 0.14 0.09 0.16 0.12 0.15 0.15 0.13
C2' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.12 0.06 0.03 0.05 0.10 0.15 0.16 0.13
C3' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.09 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.12 0.06 0.04 0.04 0.08 0.13 0.14 0.11
C4 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.11 0.06 0.06 0.10 0.17 0.18 0.14
C4' 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.13 0.05 0.04 0.05 0.09 0.13 0.14 0.11
C5 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.07 0.08 0.12 0.19 0.21 0.17
C5' 0.06 0.09 0.05 0.04 0.08 0.04 0.09 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.12 0.06 0.03 0.05 0.07 0.12 0.12 0.09
C6 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.12 0.21 0.20 0.17
C8 0.10 0.13 0.08 0.08 0.13 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.15 0.15 0.10 0.07 0.10 0.15 0.20 0.23 0.19
N1 0.14 0.14 0.13 0.11 0.15 0.11 0.19 0.10 0.18 0.15 0.13 0.14 0.13 0.13 0.09 0.14 0.11 0.18 0.15 0.13
N2 0.21 0.17 0.19 0.18 0.17 0.19 0.23 0.19 0.25 0.21 0.16 0.15 0.16 0.17 0.12 0.23 0.21 0.17 0.21 0.18
N3 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.15 0.08 0.16 0.12 0.09 0.09 0.11 0.13 0.07 0.11 0.09 0.15 0.16 0.12
N7 0.10 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.15 0.13 0.11 0.08 0.10 0.15 0.21 0.24 0.20
N9 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.11 0.10 0.05 0.05 0.11 0.17 0.20 0.16
O2' 0.08 0.11 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.11 0.15 0.07 0.05 0.08 0.11 0.15 0.17 0.14
O3' 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.14 0.06 0.05 0.06 0.08 0.12 0.13 0.10
O4' 0.05 0.07 0.04 0.05 0.08 0.05 0.10 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.11 0.08 0.04 0.05 0.11 0.16 0.18 0.14
O5' 0.03 0.07 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.08 0.08 0.10 0.06 0.00 0.02 0.05 0.12 0.11 0.08
O6 0.12 0.12 0.12 0.10 0.14 0.11 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.10 0.12 0.14 0.23 0.22 0.19
OP1 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.07 0.09 0.06 0.01 0.01 0.05 0.11 0.09 0.07
OP2 0.03 0.06 0.02 0.02 0.08 0.04 0.10 0.07 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.04 0.08 0.12 0.11 0.09
P 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.05 0.11 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.11 0.14 0.17 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.11 0.14 0.16 0.14
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.10 0.12 0.16 0.12
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.11 0.15 0.19 0.15
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.07 0.08 0.12 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.03 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.10 0.11 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.05 0.14 0.04 0.11 0.09 0.12 0.15 0.08 0.08 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.13 0.05 0.05 0.17 0.02 0.16 0.01 0.13 0.11 0.16 0.19 0.12 0.06 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.04 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.15 0.09 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00