ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55343

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 3, 2, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.020, 0.031, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.026, 0.039, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.039 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.028, 0.041, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.041 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.021, 0.035, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.030, 0.045, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.045 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.032, 0.046, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.046 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.033, 0.048, 0.064, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.048 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.048, 0.073, 0.097, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.073 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.048, 0.075, 0.101, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.075 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.337, 0.610, 0.883, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.610 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.573, 0.889, 1.204, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.889 std_dev=0.315
C5 B 0, 0.507, 0.827, 1.146, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.827 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.543, 0.867, 1.190, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.867 std_dev=0.323
O2 B 0, 0.640, 0.982, 1.324, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.982 std_dev=0.342
N3 B 0, 0.553, 0.896, 1.238, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.896 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.582, 0.931, 1.280, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.931 std_dev=0.349
C2' A 0, 0.065, 0.416, 0.767, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.416 std_dev=0.351
C6 B 0, 0.543, 0.912, 1.281, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.912 std_dev=0.369
C3' B 0, 0.877, 1.248, 1.618, 1.707 max_d=1.707 avg_d=1.248 std_dev=0.370
N4 B 0, 0.764, 1.137, 1.510, 1.628 max_d=1.628 avg_d=1.137 std_dev=0.373
O4' A 0, 0.092, 0.478, 0.864, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.478 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.845, 1.240, 1.635, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.240 std_dev=0.395
C1' B 0, 0.806, 1.210, 1.614, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.210 std_dev=0.404
C4' A 0, 0.184, 0.589, 0.994, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.589 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.954, 1.373, 1.791, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.373 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.878, 1.311, 1.744, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.311 std_dev=0.433
C5' B 0, 0.858, 1.313, 1.768, 1.866 max_d=1.866 avg_d=1.313 std_dev=0.455
O5' B 0, 0.805, 1.279, 1.753, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.279 std_dev=0.474
O5' A 0, 0.337, 0.819, 1.301, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.819 std_dev=0.482
O3' A 0, 0.257, 0.802, 1.346, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.802 std_dev=0.544
P A 0, 0.497, 1.054, 1.612, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.054 std_dev=0.557
O3' B 0, 1.056, 1.620, 2.184, 2.780 max_d=2.780 avg_d=1.620 std_dev=0.564
O2' B 0, 1.092, 1.661, 2.230, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.661 std_dev=0.569
O2' A 0, 0.082, 0.702, 1.322, 2.052 max_d=2.052 avg_d=0.702 std_dev=0.620
P B 0, 0.951, 1.585, 2.218, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.585 std_dev=0.634
OP2 B 0, 0.864, 1.507, 2.150, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.507 std_dev=0.643
C5' A 0, 0.241, 0.987, 1.733, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.987 std_dev=0.746
OP1 B 0, 1.019, 1.834, 2.648, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.834 std_dev=0.815
OP1 A 0, 0.689, 1.737, 2.784, 3.527 max_d=3.527 avg_d=1.737 std_dev=1.048
OP2 A 0, 0.516, 1.778, 3.041, 3.699 max_d=3.699 avg_d=1.778 std_dev=1.263

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.22 0.00 0.18 0.03 0.25 0.79 0.26
C2 0.02 0.00 0.19 0.12 0.01 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.48 0.21 0.25 0.01 0.42 0.61 0.24
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04 0.09 0.07 0.15 0.13 0.23 0.19 0.10 0.03 0.00 0.07 0.02 0.23 0.06 0.66 1.31 0.66
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.18 0.08 0.18 0.13 0.16 0.06 0.02 0.02 0.01 0.47 0.11 0.82 1.27 0.77
C4 0.02 0.01 0.09 0.06 0.00 0.08 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.30 0.11 0.27 0.02 0.42 0.69 0.23
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.11 0.09 0.12 0.15 0.11 0.09 0.05 0.05 0.06 0.01 0.02 0.12 0.14 0.58 0.20
C5 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.21 0.05 0.32 0.02 0.53 0.70 0.24
C5' 0.07 0.30 0.09 0.02 0.23 0.01 0.25 0.00 0.29 0.20 0.31 0.32 0.26 0.23 0.16 0.06 0.04 0.04 0.01 0.30 0.38 0.43 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.26 0.09 0.32 0.01 0.56 0.64 0.24
C8 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.09 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.09 0.13 0.35 0.03 0.48 0.89 0.25
N1 0.03 0.00 0.13 0.08 0.01 0.12 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.39 0.16 0.28 0.01 0.50 0.60 0.24
N2 0.03 0.00 0.23 0.18 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.53 0.58 0.26 0.23 0.02 0.39 0.59 0.25
N3 0.03 0.00 0.19 0.13 0.00 0.11 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.47 0.21 0.23 0.01 0.37 0.64 0.24
N7 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.09 0.00 0.23 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.08 0.36 0.03 0.57 0.80 0.25
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.18 0.01 0.26 0.03 0.38 0.79 0.24
O2' 0.02 0.44 0.00 0.02 0.23 0.05 0.14 0.06 0.22 0.15 0.35 0.53 0.42 0.09 0.06 0.00 0.08 0.04 0.31 0.17 0.87 1.40 0.77
O3' 0.22 0.48 0.07 0.02 0.30 0.06 0.21 0.04 0.26 0.09 0.39 0.58 0.47 0.10 0.18 0.08 0.00 0.17 0.55 0.21 1.12 1.19 0.83
O4' 0.00 0.21 0.02 0.01 0.11 0.01 0.05 0.04 0.09 0.13 0.16 0.26 0.21 0.08 0.01 0.04 0.17 0.00 0.39 0.07 0.39 0.53 0.33
O5' 0.18 0.25 0.23 0.47 0.27 0.02 0.32 0.01 0.32 0.35 0.28 0.23 0.23 0.36 0.26 0.31 0.55 0.39 0.00 0.34 0.03 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.02 0.12 0.02 0.30 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.17 0.21 0.07 0.34 0.00 0.61 0.63 0.25
OP1 0.25 0.42 0.66 0.82 0.42 0.14 0.53 0.38 0.56 0.48 0.50 0.39 0.37 0.57 0.38 0.87 1.12 0.39 0.03 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.79 0.61 1.31 1.27 0.69 0.58 0.70 0.43 0.64 0.89 0.60 0.59 0.64 0.80 0.79 1.40 1.19 0.53 0.01 0.63 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.24 0.66 0.77 0.23 0.20 0.24 0.02 0.24 0.25 0.24 0.25 0.24 0.25 0.24 0.77 0.83 0.33 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.23 0.27 0.40 0.26 0.42 0.15 0.50 0.24 0.18 0.34 0.40 0.29 0.27 0.48 0.38 0.54 0.65 0.69 0.64
C2 0.26 0.24 0.29 0.34 0.22 0.32 0.39 0.35 0.35 0.24 0.26 0.25 0.36 0.31 0.36 0.31 0.37 0.42 0.41 0.37
C2' 0.26 0.31 0.31 0.52 0.49 0.53 0.26 0.65 0.17 0.19 0.48 0.71 0.33 0.32 0.64 0.42 0.68 0.81 0.83 0.80
C3' 0.28 0.32 0.34 0.54 0.47 0.54 0.27 0.65 0.18 0.21 0.47 0.67 0.35 0.36 0.70 0.43 0.66 0.85 0.82 0.81
C4 0.24 0.24 0.27 0.35 0.15 0.35 0.24 0.39 0.29 0.18 0.31 0.25 0.33 0.27 0.40 0.32 0.42 0.49 0.46 0.44
C4' 0.21 0.28 0.25 0.35 0.33 0.31 0.21 0.36 0.19 0.18 0.38 0.44 0.33 0.26 0.48 0.30 0.39 0.57 0.56 0.53
C5 0.20 0.22 0.25 0.33 0.15 0.31 0.23 0.34 0.26 0.13 0.30 0.24 0.34 0.27 0.37 0.27 0.36 0.44 0.38 0.36
C5' 0.29 0.36 0.33 0.39 0.41 0.31 0.37 0.32 0.33 0.29 0.44 0.49 0.40 0.35 0.54 0.32 0.34 0.51 0.42 0.43
C6 0.20 0.19 0.26 0.32 0.14 0.28 0.28 0.29 0.27 0.14 0.22 0.20 0.36 0.29 0.35 0.24 0.30 0.38 0.33 0.29
C8 0.20 0.23 0.26 0.38 0.28 0.36 0.19 0.42 0.21 0.11 0.34 0.38 0.29 0.27 0.47 0.31 0.46 0.58 0.51 0.52
N1 0.23 0.22 0.28 0.33 0.21 0.29 0.36 0.30 0.32 0.21 0.21 0.26 0.37 0.32 0.36 0.26 0.31 0.38 0.35 0.30
N2 0.27 0.26 0.30 0.34 0.30 0.33 0.43 0.35 0.38 0.27 0.26 0.36 0.36 0.33 0.36 0.32 0.37 0.42 0.41 0.36
N3 0.26 0.25 0.28 0.35 0.16 0.35 0.33 0.39 0.34 0.23 0.29 0.20 0.34 0.29 0.38 0.33 0.42 0.48 0.47 0.43
N7 0.18 0.23 0.25 0.34 0.25 0.32 0.22 0.35 0.23 0.10 0.33 0.32 0.31 0.27 0.42 0.26 0.38 0.48 0.38 0.40
N9 0.23 0.24 0.26 0.38 0.24 0.38 0.16 0.44 0.24 0.15 0.34 0.36 0.31 0.26 0.45 0.34 0.48 0.57 0.56 0.54
O2' 0.31 0.30 0.34 0.58 0.56 0.66 0.23 0.86 0.22 0.18 0.53 0.88 0.31 0.34 0.68 0.53 0.89 1.02 1.07 1.04
O3' 0.27 0.34 0.29 0.55 0.53 0.63 0.25 0.83 0.17 0.18 0.54 0.80 0.37 0.32 0.70 0.49 0.83 1.12 1.08 1.07
O4' 0.21 0.24 0.23 0.28 0.23 0.28 0.15 0.32 0.21 0.16 0.32 0.33 0.31 0.24 0.36 0.30 0.37 0.53 0.54 0.49
O5' 0.39 0.47 0.38 0.35 0.51 0.38 0.44 0.47 0.43 0.39 0.56 0.58 0.51 0.38 0.39 0.42 0.52 0.91 0.81 0.78
O6 0.18 0.16 0.25 0.31 0.17 0.26 0.26 0.28 0.24 0.11 0.19 0.23 0.36 0.30 0.37 0.20 0.26 0.34 0.29 0.25
OP1 0.41 0.57 0.47 0.50 0.53 0.50 0.39 0.59 0.37 0.44 0.63 0.59 0.64 0.49 0.66 0.46 0.58 1.01 1.00 0.93
OP2 1.23 0.91 1.17 1.38 0.81 1.55 1.01 1.74 1.18 1.10 0.80 0.69 0.88 1.18 1.44 1.46 1.81 2.33 2.19 2.20
P 0.46 0.32 0.48 0.64 0.27 0.73 0.28 0.88 0.39 0.35 0.34 0.34 0.38 0.52 0.80 0.64 0.90 1.41 1.28 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.11 0.34 0.22
C2 0.03 0.00 0.12 0.17 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.05 0.14 0.16 0.38 0.24
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.03 0.10 0.02 0.12 0.03 0.10 0.06 0.22 0.00 0.03 0.01 0.06 0.13 0.22 0.11
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.17 0.00 0.19 0.02 0.19 0.10 0.18 0.18 0.24 0.02 0.01 0.01 0.08 0.22 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.19 0.03 0.24 0.29 0.45 0.32
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.11 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.06 0.15 0.09
C5 0.02 0.02 0.10 0.19 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.20 0.04 0.27 0.33 0.46 0.34
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.12 0.19 0.05 0.08 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.05 0.24 0.26 0.42 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.14 0.17 0.38 0.24
N3 0.02 0.01 0.10 0.18 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.04 0.19 0.23 0.42 0.28
N4 0.03 0.02 0.06 0.18 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.22 0.03 0.26 0.34 0.47 0.35
O2 0.05 0.01 0.22 0.24 0.02 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.28 0.09 0.09 0.11 0.35 0.21
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.04 0.12 0.09 0.20 0.00 0.07 0.06 0.05 0.15 0.20 0.11
O3' 0.03 0.19 0.03 0.01 0.19 0.03 0.20 0.04 0.19 0.09 0.21 0.22 0.28 0.07 0.00 0.03 0.13 0.37 0.20 0.19
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.09 0.06 0.03 0.00 0.07 0.16 0.35 0.26
O5' 0.08 0.14 0.06 0.08 0.24 0.01 0.27 0.01 0.24 0.14 0.19 0.26 0.09 0.05 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.16 0.13 0.22 0.29 0.06 0.33 0.08 0.26 0.17 0.23 0.34 0.11 0.15 0.37 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.38 0.22 0.13 0.45 0.15 0.46 0.03 0.42 0.38 0.42 0.47 0.35 0.20 0.20 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.24 0.11 0.10 0.32 0.09 0.34 0.02 0.29 0.24 0.28 0.35 0.21 0.11 0.19 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00