ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 4, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.022, 0.050, 0.077, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.050 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.008, 0.037, 0.067, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.037 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.026, 0.056, 0.086, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.042 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.017, 0.047, 0.078, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.032, 0.064, 0.096, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.064 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.023, 0.071, 0.120, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.071 std_dev=0.048
N3 B 0, 0.186, 0.416, 0.646, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.416 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.195, 0.449, 0.702, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.449 std_dev=0.253
O2 B 0, 0.219, 0.489, 0.758, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.489 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.153, 0.424, 0.695, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.424 std_dev=0.271
N4 B 0, 0.192, 0.464, 0.735, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.464 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.168, 0.488, 0.808, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.488 std_dev=0.320
C5 B 0, 0.100, 0.454, 0.808, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.454 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.215, 0.569, 0.924, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.569 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.112, 0.488, 0.865, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.488 std_dev=0.376
O4' B 0, 0.170, 0.680, 1.191, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.680 std_dev=0.510
C2' B 0, 0.133, 0.808, 1.483, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.808 std_dev=0.675
C3' B 0, 0.132, 0.814, 1.497, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.814 std_dev=0.683
C4' B 0, 0.124, 0.867, 1.610, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.867 std_dev=0.743
O2' B 0, 0.162, 0.987, 1.813, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.987 std_dev=0.826
C3' A 0, 0.028, 0.905, 1.781, 2.534 max_d=2.534 avg_d=0.905 std_dev=0.876
O3' A 0, 0.406, 1.297, 2.189, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.297 std_dev=0.892
C4' A 0, 0.036, 0.942, 1.847, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.942 std_dev=0.905
C5' B 0, 0.062, 0.975, 1.889, 2.516 max_d=2.516 avg_d=0.975 std_dev=0.914
O4' A 0, -0.163, 0.769, 1.701, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.769 std_dev=0.932
O3' B 0, 0.140, 1.110, 2.080, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.110 std_dev=0.970
C2' A 0, -0.136, 0.858, 1.853, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.858 std_dev=0.995
O5' B 0, -0.060, 1.150, 2.360, 3.711 max_d=3.711 avg_d=1.150 std_dev=1.210
P B 0, -0.173, 1.329, 2.830, 4.784 max_d=4.784 avg_d=1.329 std_dev=1.502
O2' A 0, -0.112, 1.493, 3.098, 4.401 max_d=4.401 avg_d=1.493 std_dev=1.605
C5' A 0, -0.082, 1.922, 3.926, 5.613 max_d=5.613 avg_d=1.922 std_dev=2.004
OP1 B 0, -0.224, 1.856, 3.936, 6.045 max_d=6.045 avg_d=1.856 std_dev=2.080
O5' A 0, -0.232, 2.222, 4.676, 6.925 max_d=6.925 avg_d=2.222 std_dev=2.454
OP2 B 0, -0.501, 2.054, 4.610, 7.169 max_d=7.169 avg_d=2.054 std_dev=2.556
P A 0, -1.029, 2.614, 6.257, 9.641 max_d=9.641 avg_d=2.614 std_dev=3.643
OP2 A 0, -1.071, 2.715, 6.501, 10.320 max_d=10.320 avg_d=2.715 std_dev=3.786
OP1 A 0, -0.574, 3.520, 7.613, 11.161 max_d=11.161 avg_d=3.520 std_dev=4.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.34 0.04 0.48 0.56 0.25
C2 0.08 0.00 0.57 0.43 0.02 0.19 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.54 0.60 0.24 0.95 0.02 1.01 1.18 1.03
C2' 0.01 0.57 0.00 0.01 0.25 0.03 0.08 0.17 0.19 0.37 0.41 0.72 0.57 0.24 0.06 0.01 0.08 0.04 0.52 0.13 0.87 0.76 0.55
C3' 0.03 0.43 0.01 0.00 0.15 0.01 0.07 0.04 0.11 0.35 0.28 0.59 0.41 0.27 0.08 0.03 0.02 0.02 0.31 0.09 0.74 0.78 0.49
C4 0.04 0.02 0.25 0.15 0.00 0.07 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.40 0.13 0.58 0.02 0.54 0.65 0.44
C4' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.22 0.12 0.26 0.18 0.20 0.08 0.08 0.07 0.01 0.03 0.12 0.33 0.47 0.15
C5 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.29 0.10 0.45 0.02 0.39 0.73 0.31
C5' 0.08 0.47 0.17 0.04 0.25 0.01 0.29 0.00 0.29 0.49 0.35 0.63 0.44 0.46 0.22 0.09 0.09 0.05 0.01 0.33 0.33 0.36 0.02
C6 0.04 0.01 0.19 0.11 0.01 0.10 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.27 0.36 0.14 0.57 0.01 0.52 0.78 0.47
C8 0.02 0.02 0.37 0.35 0.01 0.22 0.01 0.49 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.32 0.16 0.09 0.36 0.03 0.49 1.12 0.55
N1 0.06 0.01 0.41 0.28 0.02 0.12 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.42 0.50 0.21 0.79 0.01 0.82 1.00 0.82
N2 0.08 0.00 0.72 0.59 0.02 0.26 0.02 0.63 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.67 0.71 0.27 1.15 0.04 1.32 1.59 1.37
N3 0.08 0.01 0.57 0.41 0.01 0.18 0.01 0.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.50 0.59 0.23 0.87 0.01 0.89 0.97 0.88
N7 0.02 0.02 0.24 0.27 0.01 0.20 0.01 0.46 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.16 0.05 0.34 0.03 0.39 1.02 0.43
N9 0.01 0.03 0.06 0.08 0.01 0.08 0.02 0.22 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.11 0.25 0.02 0.37 0.03 0.40 0.69 0.26
O2' 0.03 0.54 0.01 0.03 0.26 0.08 0.18 0.09 0.27 0.32 0.42 0.67 0.50 0.24 0.11 0.00 0.07 0.05 0.50 0.23 1.02 0.86 0.64
O3' 0.31 0.60 0.08 0.02 0.40 0.07 0.29 0.09 0.36 0.16 0.50 0.71 0.59 0.16 0.25 0.07 0.00 0.23 0.42 0.30 0.68 1.11 0.66
O4' 0.01 0.24 0.04 0.02 0.13 0.01 0.10 0.05 0.14 0.09 0.21 0.27 0.23 0.05 0.02 0.05 0.23 0.00 0.27 0.13 0.36 0.45 0.21
O5' 0.34 0.95 0.52 0.31 0.58 0.03 0.45 0.01 0.57 0.36 0.79 1.15 0.87 0.34 0.37 0.50 0.42 0.27 0.00 0.50 0.03 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.13 0.09 0.02 0.12 0.02 0.33 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.23 0.30 0.13 0.50 0.00 0.43 0.80 0.40
OP1 0.48 1.01 0.87 0.74 0.54 0.33 0.39 0.33 0.52 0.49 0.82 1.32 0.89 0.39 0.40 1.02 0.68 0.36 0.03 0.43 0.00 0.03 0.02
OP2 0.56 1.18 0.76 0.78 0.65 0.47 0.73 0.36 0.78 1.12 1.00 1.59 0.97 1.02 0.69 0.86 1.11 0.45 0.03 0.80 0.03 0.00 0.01
P 0.25 1.03 0.55 0.49 0.44 0.15 0.31 0.02 0.47 0.55 0.82 1.37 0.88 0.43 0.26 0.64 0.66 0.21 0.01 0.40 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.17 0.50 0.26 0.17 0.18 0.13 0.20 0.16 0.20 0.15 0.29 0.20 0.97 0.39 0.07 1.11 0.78 2.44 1.29
C2 0.20 0.17 0.13 0.42 0.07 0.21 0.11 0.20 0.16 0.17 0.12 0.13 0.21 0.63 0.31 0.14 1.00 0.41 1.97 1.03
C2' 0.32 0.18 0.32 0.82 0.22 0.85 0.35 0.91 0.38 0.28 0.18 0.25 0.16 0.63 0.95 0.69 1.85 1.55 3.37 2.13
C3' 0.20 0.21 0.33 0.64 0.24 0.58 0.19 0.61 0.19 0.19 0.24 0.31 0.22 0.68 0.87 0.40 1.57 1.40 3.17 1.90
C4 0.24 0.15 0.26 0.39 0.10 0.23 0.09 0.23 0.12 0.17 0.10 0.22 0.20 0.84 0.37 0.10 1.08 0.62 2.09 1.14
C4' 0.60 0.54 0.66 0.31 0.56 0.35 0.67 0.47 0.67 0.60 0.51 0.51 0.50 0.97 0.51 0.42 1.03 1.04 2.41 1.31
C5 0.19 0.13 0.16 0.48 0.17 0.31 0.17 0.30 0.11 0.12 0.12 0.25 0.20 0.79 0.40 0.14 1.06 0.66 1.86 1.08
C5' 0.79 0.94 0.66 0.49 1.19 0.52 1.25 0.62 1.07 0.93 1.04 1.28 0.84 0.89 0.79 0.69 1.12 1.27 2.41 1.41
C6 0.15 0.14 0.20 0.53 0.17 0.32 0.18 0.29 0.15 0.13 0.14 0.24 0.21 0.57 0.36 0.16 0.99 0.55 1.70 0.99
C8 0.28 0.16 0.46 0.37 0.17 0.31 0.18 0.35 0.08 0.16 0.12 0.26 0.23 1.02 0.46 0.14 1.15 0.93 2.07 1.24
N1 0.16 0.16 0.17 0.48 0.10 0.26 0.12 0.23 0.14 0.15 0.11 0.17 0.22 0.53 0.32 0.15 0.98 0.43 1.80 0.98
N2 0.20 0.18 0.12 0.41 0.11 0.18 0.15 0.19 0.18 0.18 0.14 0.08 0.21 0.57 0.29 0.16 0.97 0.32 1.97 0.99
N3 0.24 0.17 0.22 0.38 0.07 0.19 0.11 0.20 0.17 0.20 0.11 0.16 0.20 0.77 0.33 0.12 1.04 0.49 2.11 1.10
N7 0.22 0.14 0.27 0.50 0.20 0.38 0.23 0.39 0.14 0.13 0.14 0.26 0.22 0.95 0.47 0.19 1.10 0.84 1.81 1.13
N9 0.28 0.16 0.42 0.34 0.14 0.23 0.11 0.25 0.11 0.19 0.11 0.25 0.21 0.96 0.41 0.08 1.12 0.77 2.24 1.24
O2' 0.74 0.57 0.58 1.02 0.73 1.23 0.98 1.35 0.96 0.75 0.56 0.71 0.47 0.70 1.01 1.19 2.12 1.82 3.59 2.41
O3' 0.27 0.39 0.40 0.47 0.52 0.53 0.46 0.58 0.36 0.34 0.48 0.63 0.38 0.79 0.68 0.47 1.44 1.30 3.06 1.80
O4' 0.77 0.54 0.86 0.43 0.43 0.56 0.64 0.73 0.78 0.70 0.42 0.28 0.51 1.18 0.40 0.63 0.93 0.97 2.08 1.14
O5' 1.07 1.32 0.87 0.50 1.62 0.71 1.60 0.83 1.37 1.25 1.48 1.76 1.23 1.05 0.73 0.95 1.06 1.39 2.32 1.41
O6 0.17 0.19 0.38 0.58 0.22 0.38 0.23 0.34 0.22 0.19 0.20 0.25 0.23 0.37 0.36 0.20 0.93 0.56 1.50 0.91
OP1 1.20 1.49 1.03 0.57 1.83 0.82 1.74 0.94 1.50 1.40 1.70 2.05 1.40 1.15 0.66 1.13 0.90 1.39 1.98 1.27
OP2 0.42 0.89 0.68 1.14 1.37 0.82 1.02 0.95 0.58 0.59 1.24 1.83 0.86 0.95 1.59 0.32 1.81 2.16 3.25 2.31
P 0.79 1.27 0.58 0.41 1.74 0.35 1.58 0.51 1.21 1.09 1.56 2.05 1.16 0.80 0.88 0.66 1.10 1.54 2.46 1.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.02 0.28 0.01 0.28 0.23 0.43 0.18
C2 0.04 0.00 0.16 0.19 0.02 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.20 0.13 0.53 0.26 0.95 0.44
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.22 0.12 0.03 0.14 0.08 0.25 0.01 0.03 0.02 0.14 0.23 0.22 0.16
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.31 0.01 0.32 0.03 0.27 0.19 0.26 0.34 0.13 0.02 0.01 0.02 0.16 0.19 0.20 0.16
C4 0.04 0.02 0.07 0.31 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.13 0.05 0.84 0.16 1.58 0.78
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.02 0.07 0.13 0.27 0.03 0.01 0.02 0.13 0.09 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.13 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.20 0.06 0.94 0.15 1.68 0.86
C5' 0.13 0.15 0.22 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.12 0.14 0.12 0.20 0.07 0.23 0.03 0.01 0.10 0.06 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.13 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.14 0.10 0.84 0.14 1.34 0.70
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.03 0.04 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.17 0.10 0.02 0.57 0.20 0.93 0.45
N3 0.04 0.01 0.14 0.26 0.01 0.02 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.13 0.11 0.68 0.22 1.27 0.60
N4 0.04 0.03 0.08 0.34 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.31 0.17 0.05 0.91 0.15 1.78 0.87
O2 0.08 0.01 0.25 0.13 0.02 0.13 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.12 0.40 0.22 0.34 0.36 0.66 0.28
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.29 0.27 0.32 0.07 0.28 0.17 0.21 0.31 0.12 0.00 0.09 0.17 0.17 0.09 0.21 0.15
O3' 0.28 0.20 0.03 0.01 0.13 0.03 0.20 0.23 0.14 0.10 0.13 0.17 0.40 0.09 0.00 0.21 0.17 0.55 0.19 0.25
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.10 0.02 0.11 0.05 0.22 0.17 0.21 0.00 0.32 0.28 0.35 0.26
O5' 0.28 0.53 0.14 0.16 0.84 0.02 0.94 0.01 0.84 0.57 0.68 0.91 0.34 0.17 0.17 0.32 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.23 0.26 0.23 0.19 0.16 0.13 0.15 0.10 0.14 0.20 0.22 0.15 0.36 0.09 0.55 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.95 0.22 0.20 1.58 0.09 1.68 0.06 1.34 0.93 1.27 1.78 0.66 0.21 0.19 0.35 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.44 0.16 0.16 0.78 0.05 0.86 0.02 0.70 0.45 0.60 0.87 0.28 0.15 0.25 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00