ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55346

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.033 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.005, 0.033, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.012, 0.044, 0.075, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.009, 0.041, 0.074, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.033
N7 A 0, -0.001, 0.032, 0.066, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.032 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.010, 0.047, 0.084, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N2 A 0, -0.005, 0.057, 0.119, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.057 std_dev=0.062
C6 B 0, 0.126, 0.358, 0.590, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.358 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.131, 0.373, 0.615, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.373 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.145, 0.419, 0.693, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.419 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.038, 0.369, 0.699, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.369 std_dev=0.330
N3 B 0, 0.081, 0.445, 0.810, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.445 std_dev=0.364
C2 B 0, 0.066, 0.451, 0.836, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.451 std_dev=0.385
C1' B 0, 0.192, 0.591, 0.989, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.591 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.212, 0.648, 1.083, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.648 std_dev=0.435
N4 B 0, 0.028, 0.500, 0.972, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.500 std_dev=0.472
C3' B 0, 0.280, 0.775, 1.270, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.775 std_dev=0.495
O4' B 0, 0.294, 0.808, 1.322, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.808 std_dev=0.514
O3' B 0, 0.359, 0.901, 1.443, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.901 std_dev=0.542
O2 B 0, 0.077, 0.636, 1.194, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.636 std_dev=0.559
C4' B 0, 0.320, 0.891, 1.462, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.891 std_dev=0.571
O2' B 0, 0.130, 0.852, 1.573, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.852 std_dev=0.721
C5' B 0, 0.329, 1.170, 2.011, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.170 std_dev=0.841
C2' A 0, -0.294, 0.746, 1.786, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.746 std_dev=1.040
O4' A 0, -0.362, 0.682, 1.726, 2.608 max_d=2.608 avg_d=0.682 std_dev=1.044
O3' A 0, -0.089, 1.012, 2.112, 3.229 max_d=3.229 avg_d=1.012 std_dev=1.101
C3' A 0, -0.299, 0.915, 2.129, 3.330 max_d=3.330 avg_d=0.915 std_dev=1.214
O5' B 0, 0.072, 1.310, 2.549, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.310 std_dev=1.238
C4' A 0, -0.419, 0.898, 2.214, 3.474 max_d=3.474 avg_d=0.898 std_dev=1.316
O2' A 0, -0.354, 1.219, 2.792, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.219 std_dev=1.573
P B 0, -0.228, 1.761, 3.751, 5.364 max_d=5.364 avg_d=1.761 std_dev=1.989
OP2 B 0, -0.356, 1.844, 4.045, 5.950 max_d=5.950 avg_d=1.844 std_dev=2.201
OP1 B 0, -0.336, 1.975, 4.285, 6.175 max_d=6.175 avg_d=1.975 std_dev=2.311
C5' A 0, -0.743, 1.609, 3.960, 6.007 max_d=6.007 avg_d=1.609 std_dev=2.351
O5' A 0, -0.571, 1.967, 4.504, 6.730 max_d=6.730 avg_d=1.967 std_dev=2.537
P A 0, -0.815, 2.672, 6.158, 9.057 max_d=9.057 avg_d=2.672 std_dev=3.487
OP2 A 0, -0.660, 3.146, 6.953, 10.476 max_d=10.476 avg_d=3.146 std_dev=3.807
OP1 A 0, -1.122, 3.226, 7.573, 11.300 max_d=11.300 avg_d=3.226 std_dev=4.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.28 0.03 0.41 0.22 0.22
C2 0.06 0.00 0.30 0.75 0.01 0.60 0.01 0.85 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.52 0.34 1.04 0.01 1.06 2.31 1.41
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.14 0.01 0.05 0.20 0.10 0.19 0.21 0.37 0.31 0.14 0.03 0.00 0.06 0.01 0.39 0.08 0.43 0.30 0.47
C3' 0.02 0.75 0.01 0.00 0.37 0.00 0.21 0.01 0.35 0.28 0.58 0.92 0.72 0.17 0.07 0.02 0.02 0.02 0.09 0.28 0.32 0.19 0.13
C4 0.03 0.01 0.14 0.37 0.00 0.26 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.23 0.17 0.23 0.01 0.22 1.09 0.33
C4' 0.02 0.60 0.01 0.00 0.26 0.00 0.09 0.01 0.21 0.37 0.44 0.76 0.58 0.26 0.04 0.20 0.04 0.01 0.01 0.14 0.22 0.17 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.07 0.34 0.02 0.77 0.76 0.20
C5' 0.10 0.85 0.20 0.01 0.25 0.01 0.14 0.00 0.20 0.77 0.57 1.16 0.78 0.62 0.22 0.04 0.20 0.01 0.01 0.16 0.20 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.35 0.01 0.21 0.01 0.20 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.27 0.24 0.14 0.26 0.01 0.45 1.25 0.31
C8 0.01 0.01 0.19 0.28 0.01 0.37 0.02 0.77 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.26 0.21 1.17 0.05 1.71 0.49 1.16
N1 0.05 0.00 0.21 0.58 0.01 0.44 0.01 0.57 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.41 0.26 0.67 0.01 0.52 1.97 0.97
N2 0.09 0.01 0.37 0.92 0.01 0.76 0.01 1.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.40 0.68 0.39 1.48 0.01 1.80 2.92 2.01
N3 0.06 0.01 0.31 0.72 0.00 0.58 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.47 0.34 0.91 0.01 0.86 1.92 1.17
N7 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.26 0.01 0.62 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.18 0.13 0.99 0.05 1.69 0.25 1.00
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.13 0.02 0.44 0.03 0.73 0.32 0.34
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.22 0.20 0.22 0.04 0.27 0.15 0.31 0.40 0.30 0.19 0.12 0.00 0.08 0.12 0.32 0.26 0.43 0.31 0.47
O3' 0.21 0.52 0.06 0.02 0.23 0.04 0.14 0.20 0.24 0.26 0.41 0.68 0.47 0.18 0.13 0.08 0.00 0.16 0.30 0.20 0.69 0.24 0.25
O4' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.14 0.21 0.26 0.39 0.34 0.13 0.02 0.12 0.16 0.00 0.11 0.10 0.27 0.27 0.08
O5' 0.28 1.04 0.39 0.09 0.23 0.01 0.34 0.01 0.26 1.17 0.67 1.48 0.91 0.99 0.44 0.32 0.30 0.11 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.28 0.01 0.14 0.02 0.16 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.26 0.20 0.10 0.31 0.00 0.76 1.07 0.20
OP1 0.41 1.06 0.43 0.32 0.22 0.22 0.77 0.20 0.45 1.71 0.52 1.80 0.86 1.69 0.73 0.43 0.69 0.27 0.01 0.76 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 2.31 0.30 0.19 1.09 0.17 0.76 0.31 1.25 0.49 1.97 2.92 1.92 0.25 0.32 0.31 0.24 0.27 0.02 1.07 0.01 0.00 0.00
P 0.22 1.41 0.47 0.13 0.33 0.04 0.20 0.02 0.31 1.16 0.97 2.01 1.17 1.00 0.34 0.47 0.25 0.08 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.21 0.36 0.21 0.22 0.44 0.19 0.72 0.09 0.17 0.22 0.34 0.31 0.53 0.39 0.49 0.23 0.32 0.70 0.49
C2 0.11 0.18 0.15 0.20 0.17 0.19 0.19 0.39 0.17 0.06 0.26 0.29 0.27 0.49 0.23 0.23 0.54 0.43 0.40 0.42
C2' 0.64 0.56 0.64 1.01 0.66 0.75 0.77 0.54 0.79 0.66 0.58 0.65 0.49 0.59 1.26 0.62 1.01 0.53 0.16 0.43
C3' 0.45 0.33 0.61 1.07 0.34 0.67 0.32 0.45 0.35 0.36 0.33 0.39 0.33 0.63 1.55 0.41 0.92 0.66 0.35 0.39
C4 0.18 0.22 0.20 0.18 0.16 0.23 0.16 0.45 0.14 0.11 0.25 0.24 0.30 0.53 0.26 0.29 0.35 0.15 0.20 0.17
C4' 0.31 0.39 0.19 0.44 0.48 0.31 0.49 0.72 0.44 0.38 0.44 0.51 0.36 0.29 1.03 0.59 0.29 0.39 0.92 0.73
C5 0.15 0.25 0.18 0.16 0.08 0.17 0.18 0.37 0.17 0.12 0.24 0.09 0.36 0.56 0.19 0.22 0.34 0.12 0.23 0.14
C5' 0.09 0.33 0.59 0.93 0.70 0.15 0.79 0.48 0.58 0.32 0.51 0.82 0.21 0.83 1.69 0.44 0.27 0.44 0.80 0.63
C6 0.10 0.20 0.15 0.16 0.10 0.12 0.23 0.31 0.18 0.08 0.20 0.14 0.32 0.53 0.14 0.15 0.44 0.22 0.16 0.25
C8 0.26 0.31 0.28 0.19 0.13 0.27 0.16 0.47 0.17 0.20 0.26 0.14 0.43 0.61 0.28 0.33 0.18 0.32 0.67 0.36
N1 0.07 0.17 0.13 0.18 0.08 0.13 0.23 0.33 0.18 0.04 0.20 0.15 0.29 0.51 0.16 0.16 0.53 0.38 0.31 0.40
N2 0.10 0.19 0.14 0.24 0.21 0.20 0.19 0.39 0.18 0.07 0.29 0.36 0.27 0.46 0.26 0.23 0.63 0.60 0.61 0.57
N3 0.16 0.19 0.19 0.20 0.22 0.24 0.17 0.46 0.15 0.09 0.27 0.36 0.26 0.50 0.28 0.30 0.45 0.32 0.27 0.31
N7 0.21 0.32 0.22 0.19 0.12 0.21 0.16 0.37 0.18 0.19 0.28 0.09 0.45 0.61 0.21 0.25 0.24 0.21 0.48 0.20
N9 0.25 0.24 0.27 0.18 0.18 0.30 0.17 0.54 0.12 0.15 0.24 0.25 0.33 0.54 0.32 0.36 0.21 0.18 0.49 0.27
O2' 0.86 0.95 0.66 0.88 1.26 0.87 1.42 0.78 1.31 1.03 1.07 1.31 0.79 0.61 0.98 0.91 1.16 0.65 0.51 0.73
O3' 0.48 0.42 0.54 0.94 0.47 0.65 0.51 0.53 0.51 0.46 0.44 0.50 0.39 0.56 1.39 0.48 0.94 0.79 0.51 0.54
O4' 0.79 0.70 0.49 0.26 0.58 0.83 0.62 1.20 0.76 0.75 0.63 0.49 0.70 0.48 0.37 1.08 0.55 0.61 1.06 0.92
O5' 0.74 0.35 1.38 1.79 0.57 0.94 0.65 0.42 0.31 0.37 0.33 0.81 0.53 1.58 2.51 0.45 0.85 0.69 0.38 0.38
O6 0.11 0.19 0.15 0.14 0.21 0.11 0.26 0.26 0.20 0.09 0.20 0.27 0.33 0.53 0.14 0.12 0.43 0.20 0.16 0.25
OP1 1.68 0.99 2.54 2.61 0.29 1.74 0.42 0.94 0.37 1.01 0.46 0.73 1.44 3.12 3.42 1.20 1.18 0.84 0.31 0.51
OP2 0.38 0.69 1.24 1.82 1.82 1.13 1.78 0.76 0.99 0.46 1.31 2.34 0.32 1.68 2.88 0.26 1.09 1.21 0.37 0.65
P 1.05 0.27 1.90 2.30 0.80 1.44 0.88 0.83 0.24 0.37 0.31 1.22 0.63 2.31 3.26 0.73 1.15 0.99 0.28 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.27 0.00 0.33 0.32 0.17 0.31
C2 0.01 0.00 0.11 0.04 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.32 0.08 0.65 0.66 0.53 0.70
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.17 0.12 0.02 0.08 0.04 0.21 0.01 0.03 0.03 0.11 0.17 0.56 0.21
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.24 0.00 0.36 0.01 0.36 0.14 0.10 0.26 0.17 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.45 0.15
C4 0.02 0.00 0.04 0.24 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.12 0.03 0.95 1.04 1.04 1.07
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.04 0.22 0.02 0.00 0.01 0.15 0.29 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.26 0.07 1.01 1.09 1.10 1.09
C5' 0.06 0.09 0.17 0.01 0.13 0.00 0.12 0.00 0.08 0.06 0.12 0.15 0.09 0.08 0.17 0.01 0.01 0.33 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.11 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.25 0.09 0.89 0.89 0.79 0.88
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.01 0.65 0.64 0.46 0.65
N3 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.22 0.06 0.81 0.86 0.79 0.90
N4 0.02 0.01 0.04 0.26 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.14 0.03 1.02 1.17 1.22 1.18
O2 0.02 0.01 0.21 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.47 0.57 0.13 0.47 0.48 0.35 0.55
O2' 0.01 0.38 0.01 0.02 0.34 0.22 0.23 0.08 0.16 0.19 0.41 0.36 0.47 0.00 0.04 0.15 0.07 0.18 0.68 0.22
O3' 0.27 0.32 0.03 0.01 0.12 0.02 0.26 0.17 0.25 0.15 0.22 0.14 0.57 0.04 0.00 0.18 0.21 0.33 0.51 0.30
O4' 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.13 0.15 0.18 0.00 0.33 0.47 0.17 0.40
O5' 0.33 0.65 0.11 0.05 0.95 0.01 1.01 0.01 0.89 0.65 0.81 1.02 0.47 0.07 0.21 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.66 0.17 0.14 1.04 0.15 1.09 0.33 0.89 0.64 0.86 1.17 0.48 0.18 0.33 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.53 0.56 0.45 1.04 0.29 1.10 0.31 0.79 0.46 0.79 1.22 0.35 0.68 0.51 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.70 0.21 0.15 1.07 0.04 1.09 0.02 0.88 0.65 0.90 1.18 0.55 0.22 0.30 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00