Doublet Group distance statistics: 55347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 5, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N7	A	0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9	A	0, 0.018, 0.028, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8	A	0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O6	A	0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1'	A	0, -0.001, 0.015, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N2	A	0, 0.002, 0.023, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C6	B	0, 0.509, 0.822, 1.135, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.822 std_dev=0.313
C1'	B	0, 0.405, 0.798, 1.191, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.798 std_dev=0.393
N1	B	0, 0.385, 0.780, 1.176, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.780 std_dev=0.395
C5	B	0, 0.685, 1.117, 1.549, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.117 std_dev=0.432
C2	B	0, 0.758, 1.327, 1.896, 1.791 max_d=1.791 avg_d=1.327 std_dev=0.569
C4	B	0, 0.866, 1.454, 2.043, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.454 std_dev=0.589
N3	B	0, 0.980, 1.628, 2.277, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.628 std_dev=0.649
O2	B	0, 1.071, 1.750, 2.429, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.750 std_dev=0.679
N4	B	0, 1.156, 1.892, 2.629, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.892 std_dev=0.737
O4'	A	0, 0.170, 0.975, 1.781, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.975 std_dev=0.806
C2'	A	0, 0.366, 1.200, 2.033, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.200 std_dev=0.833
O4'	B	0, 0.246, 1.140, 2.034, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.140 std_dev=0.894
O2'	A	0, 1.143, 2.143, 3.143, 3.805 max_d=3.805 avg_d=2.143 std_dev=1.000
C2'	B	0, 0.273, 1.278, 2.283, 3.446 max_d=3.446 avg_d=1.278 std_dev=1.005
C4'	A	0, 0.274, 1.320, 2.365, 3.470 max_d=3.470 avg_d=1.320 std_dev=1.046
O2'	B	0, 0.650, 1.843, 3.036, 4.652 max_d=4.652 avg_d=1.843 std_dev=1.193
C3'	A	0, 0.046, 1.362, 2.679, 4.009 max_d=4.009 avg_d=1.362 std_dev=1.316
C4'	B	0, 0.184, 1.590, 2.996, 4.372 max_d=4.372 avg_d=1.590 std_dev=1.406
O3'	A	0, 0.294, 1.938, 3.581, 5.153 max_d=5.153 avg_d=1.938 std_dev=1.643
C3'	B	0, -0.255, 1.431, 3.118, 4.892 max_d=4.892 avg_d=1.431 std_dev=1.686
C5'	A	0, -0.009, 2.100, 4.208, 6.454 max_d=6.454 avg_d=2.100 std_dev=2.109
O3'	B	0, -0.181, 1.957, 4.095, 6.632 max_d=6.632 avg_d=1.957 std_dev=2.138
C5'	B	0, -0.028, 2.378, 4.784, 7.172 max_d=7.172 avg_d=2.378 std_dev=2.406
O5'	A	0, -0.375, 2.305, 4.986, 7.647 max_d=7.647 avg_d=2.305 std_dev=2.681
O5'	B	0, -0.316, 2.475, 5.266, 8.020 max_d=8.020 avg_d=2.475 std_dev=2.791
OP2	B	0, 0.378, 3.717, 7.055, 10.575 max_d=10.575 avg_d=3.717 std_dev=3.338
P	B	0, 0.146, 3.590, 7.035, 10.660 max_d=10.660 avg_d=3.590 std_dev=3.444
P	A	0, -0.912, 2.895, 6.703, 10.708 max_d=10.708 avg_d=2.895 std_dev=3.807
OP1	B	0, 0.515, 4.458, 8.402, 12.430 max_d=12.430 avg_d=4.458 std_dev=3.943
OP2	A	0, -1.152, 2.801, 6.754, 11.214 max_d=11.214 avg_d=2.801 std_dev=3.953
OP1	A	0, -0.818, 3.602, 8.022, 12.398 max_d=12.398 avg_d=3.602 std_dev=4.420

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.28	0.00	0.16	0.01	0.13	0.27	0.11
C2	0.04	0.00	0.13	0.13	0.01	0.41	0.00	0.87	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.20	0.17	0.45	1.40	0.00	1.57	1.77	1.63
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.07	0.01	0.04	0.17	0.06	0.05	0.11	0.16	0.13	0.03	0.01	0.00	0.02	0.04	0.50	0.05	0.53	0.43	0.44
C3'	0.02	0.13	0.00	0.00	0.13	0.00	0.26	0.01	0.23	0.39	0.14	0.21	0.13	0.40	0.20	0.01	0.00	0.01	0.23	0.29	0.32	0.16	0.12
C4	0.02	0.01	0.07	0.13	0.00	0.12	0.00	0.28	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.07	0.22	0.60	0.00	0.51	0.51	0.52
C4'	0.01	0.41	0.01	0.00	0.12	0.00	0.06	0.00	0.05	0.40	0.25	0.58	0.41	0.32	0.10	0.23	0.02	0.00	0.02	0.04	0.11	0.30	0.06
C5	0.01	0.00	0.04	0.26	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.30	0.08	0.08	0.29	0.01	0.07	0.15	0.05
C5'	0.03	0.87	0.17	0.01	0.28	0.00	0.05	0.00	0.16	0.66	0.57	1.20	0.82	0.53	0.12	0.05	0.19	0.01	0.00	0.04	0.13	0.29	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.23	0.00	0.05	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.27	0.14	0.17	0.51	0.00	0.37	0.38	0.41
C8	0.01	0.00	0.05	0.39	0.00	0.40	0.01	0.66	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.41	0.10	0.28	0.72	0.02	0.89	1.13	0.96
N1	0.03	0.00	0.11	0.14	0.01	0.25	0.00	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.18	0.17	0.33	1.01	0.01	1.09	1.21	1.14
N2	0.04	0.00	0.16	0.21	0.00	0.58	0.00	1.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.31	0.21	0.55	1.84	0.01	2.24	2.57	2.30
N3	0.03	0.00	0.13	0.13	0.00	0.41	0.00	0.82	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.20	0.14	0.45	1.31	0.00	1.36	1.49	1.42
N7	0.01	0.00	0.03	0.40	0.00	0.32	0.00	0.53	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.42	0.09	0.17	0.58	0.02	0.78	1.00	0.80
N9	0.00	0.01	0.01	0.20	0.00	0.10	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.22	0.10	0.02	0.16	0.01	0.09	0.31	0.13
O2'	0.01	0.20	0.00	0.01	0.17	0.23	0.30	0.05	0.27	0.41	0.18	0.31	0.20	0.42	0.22	0.00	0.04	0.15	0.35	0.33	0.45	0.51	0.37
O3'	0.28	0.17	0.02	0.00	0.07	0.02	0.08	0.19	0.14	0.10	0.17	0.21	0.14	0.09	0.10	0.04	0.00	0.16	0.18	0.16	0.35	0.31	0.21
O4'	0.00	0.45	0.04	0.01	0.22	0.00	0.08	0.01	0.17	0.28	0.33	0.55	0.45	0.17	0.02	0.15	0.16	0.00	0.07	0.11	0.07	0.38	0.19
O5'	0.16	1.40	0.50	0.23	0.60	0.02	0.29	0.00	0.51	0.72	1.01	1.84	1.31	0.58	0.16	0.35	0.18	0.07	0.00	0.36	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.00	0.05	0.29	0.00	0.04	0.01	0.04	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.33	0.16	0.11	0.36	0.00	0.13	0.10	0.16
OP1	0.13	1.57	0.53	0.32	0.51	0.11	0.07	0.13	0.37	0.89	1.09	2.24	1.36	0.78	0.09	0.45	0.35	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00
OP2	0.27	1.77	0.43	0.16	0.51	0.30	0.15	0.29	0.38	1.13	1.21	2.57	1.49	1.00	0.31	0.51	0.31	0.38	0.01	0.10	0.01	0.00	0.00
P	0.11	1.63	0.44	0.12	0.52	0.06	0.05	0.01	0.41	0.96	1.14	2.30	1.42	0.80	0.13	0.37	0.21	0.19	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.20	0.94	0.70	0.34	0.35	0.29	0.92	0.20	0.13	0.32	0.40	0.18	1.29	1.16	0.72	1.01	1.58	1.75	1.77
C2	0.30	0.15	0.95	1.26	0.14	0.60	0.16	0.62	0.19	0.20	0.13	0.23	0.20	0.76	1.35	0.12	0.96	0.86	0.79	0.66
C2'	0.75	0.92	0.23	0.17	0.78	1.01	0.73	1.54	0.73	0.82	0.88	0.73	1.02	0.51	0.64	1.48	1.60	1.93	2.09	2.23
C3'	0.68	1.09	0.23	0.04	0.98	0.99	0.81	1.69	0.74	0.85	1.12	0.99	1.27	0.70	0.71	1.43	1.98	2.49	2.82	2.83
C4	0.25	0.09	0.97	0.94	0.22	0.19	0.21	0.26	0.15	0.12	0.15	0.31	0.19	1.02	1.18	0.30	0.24	0.48	0.67	0.66
C4'	0.43	0.25	1.29	1.00	0.31	0.06	0.21	0.78	0.27	0.21	0.40	0.41	0.35	1.85	1.66	0.39	1.14	2.01	2.22	2.15
C5	0.31	0.21	0.85	0.83	0.14	0.19	0.18	0.21	0.17	0.21	0.10	0.26	0.32	0.88	1.00	0.19	0.26	0.46	0.64	0.59
C5'	1.00	0.25	1.84	1.68	0.26	0.77	0.50	0.08	0.74	0.63	0.32	0.32	0.29	2.41	2.46	0.38	0.54	1.53	1.90	1.63
C6	0.35	0.32	0.78	0.91	0.09	0.38	0.18	0.25	0.24	0.29	0.22	0.15	0.39	0.68	0.98	0.09	0.56	0.31	0.26	0.21
C8	0.23	0.09	0.85	0.60	0.23	0.23	0.21	0.77	0.13	0.11	0.15	0.33	0.21	1.09	0.91	0.47	0.85	1.47	1.73	1.60
N1	0.34	0.27	0.83	1.10	0.08	0.58	0.17	0.59	0.25	0.29	0.20	0.15	0.32	0.62	1.13	0.18	0.98	0.84	0.82	0.69
N2	0.29	0.14	0.93	1.44	0.14	0.84	0.14	1.07	0.21	0.20	0.14	0.21	0.16	0.67	1.48	0.25	1.51	1.59	1.56	1.36
N3	0.24	0.10	1.05	1.19	0.22	0.38	0.21	0.27	0.16	0.12	0.18	0.29	0.14	0.99	1.40	0.22	0.43	0.26	0.18	0.16
N7	0.29	0.19	0.80	0.63	0.16	0.11	0.18	0.52	0.15	0.19	0.09	0.28	0.33	0.94	0.86	0.31	0.54	1.05	1.29	1.16
N9	0.19	0.08	0.95	0.75	0.27	0.19	0.23	0.66	0.14	0.07	0.22	0.36	0.14	1.17	1.10	0.51	0.69	1.20	1.43	1.38
O2'	1.15	0.95	0.29	0.50	0.70	1.56	0.79	2.03	0.93	1.03	0.76	0.55	1.02	0.12	0.33	1.95	1.96	2.27	2.12	2.47
O3'	1.15	1.28	0.39	0.74	1.09	1.74	1.03	2.54	1.06	1.17	1.20	1.03	1.44	0.20	0.08	2.01	2.90	3.49	3.50	3.77
O4'	0.84	0.35	1.72	1.38	0.21	0.44	0.38	0.39	0.56	0.59	0.17	0.18	0.33	2.18	1.87	0.09	0.59	1.42	1.61	1.53
O5'	1.35	0.40	2.23	2.25	0.38	1.29	0.86	0.59	1.15	0.99	0.19	0.18	0.21	2.54	3.01	0.78	0.25	0.79	1.23	0.90
O6	0.37	0.39	0.68	0.82	0.21	0.38	0.23	0.28	0.28	0.34	0.35	0.11	0.46	0.56	0.84	0.15	0.61	0.36	0.32	0.28
OP1	1.57	0.33	2.30	2.55	0.34	1.84	1.02	1.25	1.39	1.10	0.07	0.09	0.18	2.68	3.55	1.23	0.78	0.18	0.85	0.38
OP2	1.53	0.37	2.17	2.61	0.45	1.85	1.14	1.42	1.49	1.15	0.24	0.26	0.23	2.26	3.30	1.28	1.20	0.65	0.16	0.38
P	1.76	0.52	2.53	2.84	0.51	2.01	1.18	1.41	1.56	1.31	0.17	0.21	0.15	2.79	3.75	1.40	1.01	0.21	0.53	0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.21	0.00	0.13	0.05	0.25	0.14
C2	0.01	0.00	0.10	0.18	0.00	0.33	0.00	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.22	0.14	0.34	0.44	0.66	0.93	0.77
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.12	0.12	0.13	0.03	0.06	0.06	0.19	0.00	0.02	0.02	0.34	0.35	0.33	0.28
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.23	0.00	0.31	0.01	0.30	0.13	0.20	0.25	0.30	0.01	0.00	0.02	0.27	0.41	0.07	0.17
C4	0.01	0.00	0.05	0.23	0.00	0.12	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31	0.09	0.03	0.42	0.25	0.24	0.23
C4'	0.01	0.33	0.01	0.00	0.12	0.00	0.34	0.00	0.40	0.06	0.25	0.13	0.65	0.20	0.03	0.00	0.01	0.14	0.26	0.08
C5	0.01	0.00	0.12	0.31	0.00	0.34	0.00	0.56	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.41	0.04	0.27	1.00	0.93	0.97	0.93
C5'	0.03	0.57	0.12	0.01	0.17	0.00	0.56	0.00	0.63	0.08	0.45	0.19	1.12	0.07	0.15	0.02	0.01	0.22	0.28	0.01
C6	0.01	0.00	0.13	0.30	0.00	0.40	0.00	0.63	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.39	0.07	0.36	1.01	0.91	0.87	0.89
N1	0.01	0.00	0.03	0.13	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.18	0.09	0.01	0.26	0.10	0.17	0.08
N3	0.01	0.00	0.06	0.20	0.00	0.25	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.24	0.14	0.23	0.24	0.50	0.72	0.57
N4	0.01	0.00	0.06	0.25	0.00	0.13	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.34	0.12	0.03	0.45	0.30	0.30	0.28
O2	0.02	0.00	0.19	0.30	0.00	0.65	0.00	1.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.39	0.20	0.63	1.15	1.44	1.81	1.60
O2'	0.02	0.22	0.00	0.01	0.31	0.20	0.41	0.07	0.39	0.18	0.24	0.34	0.39	0.00	0.03	0.14	0.20	0.22	0.39	0.22
O3'	0.21	0.14	0.02	0.00	0.09	0.03	0.04	0.15	0.07	0.09	0.14	0.12	0.20	0.03	0.00	0.12	0.28	0.64	0.26	0.34
O4'	0.00	0.34	0.02	0.02	0.03	0.00	0.27	0.02	0.36	0.01	0.23	0.03	0.63	0.14	0.12	0.00	0.04	0.11	0.37	0.24
O5'	0.13	0.44	0.34	0.27	0.42	0.01	1.00	0.01	1.01	0.26	0.24	0.45	1.15	0.20	0.28	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.05	0.66	0.35	0.41	0.25	0.14	0.93	0.22	0.91	0.10	0.50	0.30	1.44	0.22	0.64	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.25	0.93	0.33	0.07	0.24	0.26	0.97	0.28	0.87	0.17	0.72	0.30	1.81	0.39	0.26	0.37	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.14	0.77	0.28	0.17	0.23	0.08	0.93	0.01	0.89	0.08	0.57	0.28	1.60	0.22	0.34	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00