ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55348

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.015, 0.036, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.017, 0.051, 0.086, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.051 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.052, 0.130, 0.208, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.130 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.047, 0.142, 0.237, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.142 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.100, 0.252, 0.404, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.252 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.051, 0.207, 0.363, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.207 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.094, 0.330, 0.567, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.330 std_dev=0.237
O3' A 0, 0.079, 0.384, 0.689, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.384 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.091, 0.504, 0.917, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.504 std_dev=0.413
C6 B 0, 0.121, 0.552, 0.983, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.552 std_dev=0.431
C4 B 0, 0.140, 0.581, 1.021, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.581 std_dev=0.440
O4' B 0, 0.204, 0.649, 1.094, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.649 std_dev=0.445
N1 B 0, 0.155, 0.616, 1.078, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.616 std_dev=0.461
O3' B 0, 0.312, 0.791, 1.270, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.791 std_dev=0.479
C5' A 0, -0.010, 0.532, 1.075, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.532 std_dev=0.543
N3 B 0, 0.141, 0.693, 1.245, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.693 std_dev=0.552
C2 B 0, 0.141, 0.697, 1.253, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.697 std_dev=0.556
N4 B 0, 0.115, 0.696, 1.277, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.696 std_dev=0.581
C4' B 0, 0.203, 0.790, 1.378, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.790 std_dev=0.587
C1' B 0, 0.151, 0.759, 1.366, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.759 std_dev=0.608
C3' B 0, 0.050, 0.720, 1.390, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.720 std_dev=0.670
C5' B 0, 0.149, 0.841, 1.534, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.841 std_dev=0.693
O2 B 0, 0.176, 0.911, 1.645, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.911 std_dev=0.734
OP1 B 0, 0.173, 0.947, 1.722, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.947 std_dev=0.775
O5' B 0, 0.100, 0.878, 1.657, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.878 std_dev=0.779
P B 0, 0.038, 0.853, 1.668, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.853 std_dev=0.815
OP2 A 0, 0.128, 0.957, 1.785, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.957 std_dev=0.828
O5' A 0, 0.187, 1.016, 1.844, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.016 std_dev=0.829
C2' B 0, 0.063, 0.899, 1.735, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.899 std_dev=0.836
P A 0, 0.088, 0.942, 1.795, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.942 std_dev=0.854
OP1 A 0, 0.098, 1.116, 2.133, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.116 std_dev=1.017
O2' B 0, 0.319, 1.407, 2.496, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.407 std_dev=1.088
OP2 B 0, -0.205, 1.027, 2.258, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.027 std_dev=1.231

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.03 0.27 0.12 0.19
C2 0.04 0.00 0.08 0.13 0.01 0.09 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.47 0.01 0.43 0.37 0.39
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.08 0.10 0.08 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.30 0.07 0.35 0.16 0.22
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.04 0.13 0.06 0.13 0.13 0.11 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.30 0.14 0.40 0.13 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.11 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.49 0.01 0.43 0.33 0.39
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.17 0.12 0.08 0.07 0.19 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.17 0.15 0.22 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.16 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.03 0.54 0.01 0.49 0.43 0.47
C5' 0.10 0.31 0.04 0.04 0.32 0.01 0.41 0.00 0.43 0.39 0.38 0.28 0.26 0.46 0.27 0.04 0.09 0.02 0.01 0.46 0.32 0.39 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.13 0.01 0.15 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.16 0.02 0.55 0.00 0.53 0.49 0.50
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.17 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.55 0.02 0.45 0.32 0.43
N1 0.04 0.00 0.08 0.13 0.02 0.12 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.03 0.52 0.01 0.49 0.45 0.45
N2 0.05 0.01 0.10 0.13 0.01 0.08 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.17 0.04 0.44 0.02 0.41 0.35 0.36
N3 0.04 0.01 0.08 0.11 0.00 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.44 0.01 0.39 0.30 0.34
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.19 0.01 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04 0.57 0.02 0.51 0.45 0.50
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.47 0.02 0.39 0.25 0.34
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04 0.08 0.02 0.11 0.13 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.13 0.08 0.20 0.09 0.08
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.11 0.03 0.13 0.09 0.16 0.08 0.16 0.17 0.12 0.12 0.07 0.04 0.00 0.03 0.20 0.18 0.35 0.10 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.27 0.03 0.17 0.15 0.07
O5' 0.33 0.47 0.30 0.30 0.49 0.01 0.54 0.01 0.55 0.55 0.52 0.44 0.44 0.57 0.47 0.13 0.20 0.27 0.00 0.58 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.17 0.01 0.46 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.18 0.03 0.58 0.00 0.57 0.55 0.54
OP1 0.27 0.43 0.35 0.40 0.43 0.15 0.49 0.32 0.53 0.45 0.49 0.41 0.39 0.51 0.39 0.20 0.35 0.17 0.01 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.37 0.16 0.13 0.33 0.22 0.43 0.39 0.49 0.32 0.45 0.35 0.30 0.45 0.25 0.09 0.10 0.15 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.39 0.22 0.24 0.39 0.08 0.47 0.03 0.50 0.43 0.45 0.36 0.34 0.50 0.34 0.08 0.16 0.07 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.37 0.21 0.49 0.19 0.28 0.13 0.34 0.14 0.23 0.39 0.17 0.48 0.53 0.43 0.17 0.49 0.20 0.29 0.35
C2 0.30 0.21 0.39 0.64 0.23 0.39 0.22 0.39 0.15 0.19 0.14 0.41 0.37 0.46 0.48 0.22 0.59 0.32 0.37 0.46
C2' 0.34 0.51 0.30 0.57 0.31 0.35 0.15 0.31 0.18 0.34 0.54 0.28 0.64 0.41 0.45 0.27 0.48 0.22 0.20 0.33
C3' 0.37 0.58 0.28 0.62 0.48 0.44 0.25 0.43 0.26 0.40 0.65 0.55 0.68 0.31 0.55 0.36 0.48 0.09 0.20 0.34
C4 0.22 0.27 0.21 0.53 0.07 0.31 0.20 0.37 0.17 0.19 0.23 0.09 0.37 0.54 0.46 0.14 0.56 0.25 0.40 0.44
C4' 0.28 0.49 0.17 0.63 0.42 0.50 0.23 0.59 0.21 0.32 0.56 0.52 0.58 0.36 0.61 0.37 0.49 0.13 0.38 0.43
C5 0.20 0.18 0.20 0.48 0.11 0.29 0.27 0.40 0.25 0.19 0.15 0.09 0.24 0.65 0.46 0.09 0.59 0.27 0.53 0.50
C5' 0.47 0.57 0.36 0.84 0.59 0.79 0.47 0.92 0.45 0.48 0.65 0.69 0.61 0.40 0.88 0.65 0.64 0.46 0.64 0.65
C6 0.23 0.14 0.22 0.53 0.19 0.32 0.32 0.42 0.30 0.21 0.08 0.20 0.17 0.67 0.49 0.09 0.66 0.34 0.59 0.56
C8 0.16 0.24 0.22 0.40 0.19 0.25 0.19 0.39 0.20 0.16 0.29 0.27 0.30 0.66 0.44 0.09 0.51 0.19 0.46 0.41
N1 0.27 0.14 0.33 0.62 0.26 0.38 0.28 0.41 0.23 0.19 0.17 0.36 0.23 0.53 0.50 0.18 0.64 0.37 0.48 0.53
N2 0.35 0.19 0.51 0.68 0.29 0.42 0.22 0.39 0.12 0.19 0.20 0.51 0.39 0.46 0.47 0.28 0.57 0.35 0.30 0.44
N3 0.28 0.29 0.32 0.60 0.12 0.36 0.19 0.37 0.13 0.21 0.21 0.29 0.44 0.46 0.47 0.20 0.56 0.27 0.33 0.43
N7 0.19 0.18 0.27 0.38 0.18 0.26 0.26 0.41 0.26 0.18 0.21 0.23 0.21 0.74 0.44 0.07 0.55 0.21 0.58 0.48
N9 0.19 0.30 0.18 0.48 0.14 0.28 0.16 0.36 0.16 0.18 0.32 0.12 0.39 0.56 0.44 0.13 0.51 0.21 0.37 0.40
O2' 0.39 0.53 0.35 0.56 0.29 0.34 0.19 0.28 0.22 0.37 0.52 0.23 0.68 0.48 0.41 0.31 0.49 0.25 0.20 0.33
O3' 0.51 0.71 0.39 0.69 0.58 0.50 0.36 0.44 0.38 0.53 0.76 0.63 0.82 0.32 0.58 0.47 0.53 0.10 0.18 0.38
O4' 0.17 0.35 0.15 0.46 0.24 0.30 0.07 0.41 0.10 0.19 0.41 0.30 0.45 0.57 0.45 0.16 0.46 0.12 0.35 0.36
O5' 0.73 0.95 0.62 0.88 0.98 0.77 0.77 0.74 0.71 0.81 1.04 1.10 0.99 0.61 0.88 0.75 1.13 0.61 1.09 1.06
O6 0.27 0.19 0.27 0.47 0.22 0.31 0.37 0.45 0.39 0.28 0.15 0.19 0.19 0.82 0.50 0.04 0.71 0.40 0.73 0.64
OP1 0.75 0.98 0.63 0.85 1.04 0.74 0.85 0.69 0.77 0.84 1.07 1.16 1.00 0.65 0.90 0.75 1.15 0.66 1.16 1.09
OP2 0.63 0.82 0.57 0.78 0.90 0.66 0.75 0.63 0.67 0.72 0.91 1.00 0.83 0.63 0.87 0.64 1.11 0.62 1.20 1.07
P 0.67 0.89 0.56 0.82 0.95 0.71 0.77 0.68 0.69 0.75 0.98 1.08 0.91 0.60 0.87 0.69 1.12 0.62 1.17 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.31 0.01 0.16 0.21 0.10 0.10
C2 0.04 0.00 0.16 0.25 0.02 0.09 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.27 0.14 0.35 0.33 0.21 0.30
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.18 0.16 0.03 0.12 0.04 0.27 0.01 0.04 0.01 0.30 0.45 0.17 0.26
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.37 0.00 0.38 0.01 0.33 0.23 0.32 0.40 0.20 0.01 0.00 0.01 0.41 0.43 0.33 0.34
C4 0.02 0.02 0.04 0.37 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.34 0.22 0.05 0.44 0.30 0.29 0.40
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.20 0.00 0.24 0.01 0.22 0.11 0.13 0.22 0.10 0.26 0.02 0.00 0.02 0.15 0.21 0.02
C5 0.03 0.02 0.13 0.38 0.01 0.24 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.34 0.27 0.15 0.50 0.27 0.31 0.43
C5' 0.05 0.16 0.18 0.01 0.27 0.01 0.29 0.00 0.22 0.12 0.22 0.32 0.16 0.10 0.19 0.01 0.01 0.22 0.35 0.02
C6 0.05 0.01 0.16 0.33 0.02 0.22 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.29 0.23 0.19 0.45 0.25 0.20 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.16 0.02 0.33 0.28 0.14 0.25
N3 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.24 0.09 0.39 0.32 0.24 0.35
N4 0.03 0.02 0.04 0.40 0.00 0.22 0.02 0.32 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.37 0.26 0.06 0.46 0.31 0.33 0.44
O2 0.09 0.01 0.27 0.20 0.03 0.10 0.03 0.16 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.25 0.44 0.26 0.33 0.36 0.24 0.30
O2' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.34 0.26 0.34 0.10 0.29 0.20 0.31 0.37 0.25 0.00 0.08 0.20 0.26 0.15 0.05 0.15
O3' 0.31 0.27 0.04 0.00 0.22 0.02 0.27 0.19 0.23 0.16 0.24 0.26 0.44 0.08 0.00 0.21 0.38 0.52 0.50 0.43
O4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.19 0.02 0.09 0.06 0.26 0.20 0.21 0.00 0.08 0.08 0.27 0.09
O5' 0.16 0.35 0.30 0.41 0.44 0.02 0.50 0.01 0.45 0.33 0.39 0.46 0.33 0.26 0.38 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.33 0.45 0.43 0.30 0.15 0.27 0.22 0.25 0.28 0.32 0.31 0.36 0.15 0.52 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.21 0.17 0.33 0.29 0.21 0.31 0.35 0.20 0.14 0.24 0.33 0.24 0.05 0.50 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.30 0.26 0.34 0.40 0.02 0.43 0.02 0.34 0.25 0.35 0.44 0.30 0.15 0.43 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00