ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55351

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N9 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.003, 0.014, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.017
N2 A 0, -0.004, 0.019, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.023
C8 A 0, -0.001, 0.030, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.001, 0.031, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2 B 0, -0.001, 0.082, 0.165, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.082 std_dev=0.083
N3 B 0, -0.023, 0.093, 0.209, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.093 std_dev=0.116
C2 B 0, -0.019, 0.103, 0.225, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.103 std_dev=0.122
C4 B 0, -0.046, 0.146, 0.337, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.146 std_dev=0.191
O4' A 0, -0.048, 0.148, 0.343, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.148 std_dev=0.195
N4 B 0, -0.043, 0.161, 0.365, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.161 std_dev=0.204
N1 B 0, -0.042, 0.166, 0.374, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.166 std_dev=0.208
O3' B 0, -0.042, 0.185, 0.411, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.185 std_dev=0.226
C2' B 0, -0.042, 0.189, 0.420, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.189 std_dev=0.231
C3' B 0, -0.045, 0.188, 0.422, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.188 std_dev=0.233
O2' B 0, -0.027, 0.208, 0.444, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.208 std_dev=0.236
C1' B 0, -0.052, 0.194, 0.441, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.194 std_dev=0.246
C5 B 0, -0.065, 0.201, 0.467, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.201 std_dev=0.266
C6 B 0, -0.061, 0.210, 0.481, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.210 std_dev=0.271
C2' A 0, -0.073, 0.198, 0.469, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.198 std_dev=0.271
C4' A 0, -0.068, 0.213, 0.494, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.213 std_dev=0.281
OP1 B 0, -0.054, 0.230, 0.513, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.230 std_dev=0.283
C4' B 0, -0.063, 0.227, 0.516, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.227 std_dev=0.289
O4' B 0, -0.055, 0.235, 0.524, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.235 std_dev=0.290
O5' B 0, -0.077, 0.231, 0.539, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.231 std_dev=0.308
C5' B 0, -0.075, 0.246, 0.566, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.246 std_dev=0.320
P B 0, -0.085, 0.299, 0.683, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.299 std_dev=0.384
OP2 A 0, -0.089, 0.301, 0.691, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.301 std_dev=0.390
C3' A 0, -0.106, 0.301, 0.708, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.301 std_dev=0.407
O2' A 0, -0.116, 0.300, 0.716, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.300 std_dev=0.416
P A 0, -0.101, 0.324, 0.749, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.324 std_dev=0.425
OP2 B 0, -0.123, 0.370, 0.862, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.370 std_dev=0.492
C5' A 0, -0.145, 0.410, 0.966, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.410 std_dev=0.556
OP1 A 0, -0.175, 0.468, 1.110, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.468 std_dev=0.643
O3' A 0, -0.164, 0.492, 1.148, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.492 std_dev=0.656
O5' A 0, -0.175, 0.500, 1.175, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.500 std_dev=0.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.52 0.05 0.17
C2 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.20 0.06 0.18 0.01 0.31 0.02 0.08
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.12 0.20 0.16 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.37 0.10 0.05
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.17 0.04 0.15 0.10 0.15 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.23 0.20 0.06
C4 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.05 0.20 0.00 0.35 0.02 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.03 0.03 0.01 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.39 0.07 0.08
C5 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.04 0.28 0.00 0.22 0.01 0.02
C5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.18 0.19 0.14 0.06 0.07 0.22 0.11 0.03 0.01 0.02 0.00 0.22 0.18 0.10 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.29 0.00 0.15 0.02 0.01
C8 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.01 0.29 0.01 0.33 0.02 0.06
N1 0.01 0.00 0.12 0.04 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.11 0.06 0.24 0.01 0.22 0.01 0.03
N2 0.02 0.00 0.20 0.15 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.28 0.07 0.15 0.02 0.33 0.02 0.09
N3 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.25 0.19 0.06 0.15 0.01 0.38 0.03 0.11
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.02 0.33 0.01 0.17 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.19 0.00 0.42 0.03 0.12
O2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.03 0.10 0.03 0.14 0.04 0.22 0.32 0.25 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05 0.12 0.41 0.12 0.04
O3' 0.04 0.20 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.17 0.11 0.28 0.19 0.15 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.13 0.36 0.17
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.60 0.12 0.25
O5' 0.08 0.18 0.05 0.03 0.20 0.01 0.28 0.00 0.29 0.29 0.24 0.15 0.15 0.33 0.19 0.05 0.04 0.03 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.05 0.33 0.00 0.05 0.05 0.06
OP1 0.52 0.31 0.37 0.23 0.35 0.39 0.22 0.18 0.15 0.33 0.22 0.33 0.38 0.17 0.42 0.41 0.13 0.60 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.02 0.10 0.20 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.12 0.36 0.12 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.08 0.05 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.11 0.01 0.12 0.04 0.17 0.25 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.04 0.07 0.14 0.06 0.19 0.08 0.14 0.05 0.07 0.18 0.04 0.06 0.08 0.03 0.04 0.16 0.32 0.19
C2 0.06 0.03 0.08 0.10 0.04 0.10 0.02 0.12 0.02 0.04 0.01 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08 0.13 0.15 0.23 0.18
C2' 0.10 0.07 0.09 0.10 0.12 0.09 0.18 0.07 0.17 0.11 0.08 0.12 0.03 0.09 0.11 0.09 0.08 0.01 0.28 0.10
C3' 0.18 0.15 0.21 0.20 0.16 0.14 0.19 0.08 0.20 0.17 0.14 0.14 0.13 0.22 0.24 0.13 0.07 0.16 0.48 0.23
C4 0.04 0.02 0.08 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.06 0.01 0.03 0.14 0.06 0.09 0.11 0.06 0.09 0.14 0.23 0.16
C4' 0.06 0.08 0.08 0.03 0.14 0.03 0.16 0.10 0.14 0.09 0.10 0.16 0.04 0.09 0.05 0.01 0.08 0.33 0.53 0.34
C5 0.02 0.01 0.07 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.07 0.02 0.04 0.13 0.06 0.08 0.10 0.03 0.05 0.10 0.15 0.09
C5' 0.09 0.15 0.16 0.05 0.19 0.07 0.18 0.20 0.15 0.13 0.17 0.20 0.13 0.18 0.08 0.02 0.17 0.54 0.62 0.47
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.09 0.03 0.06 0.08 0.11 0.08
C8 0.02 0.03 0.05 0.06 0.15 0.04 0.20 0.04 0.17 0.07 0.07 0.17 0.05 0.07 0.10 0.01 0.01 0.09 0.17 0.08
N1 0.04 0.03 0.07 0.09 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.07 0.05 0.08 0.10 0.06 0.10 0.12 0.16 0.13
N2 0.06 0.03 0.09 0.11 0.01 0.11 0.01 0.14 0.04 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.09 0.15 0.17 0.24 0.21
N3 0.06 0.03 0.09 0.11 0.07 0.11 0.07 0.13 0.01 0.03 0.02 0.12 0.06 0.09 0.11 0.09 0.13 0.17 0.27 0.21
N7 0.02 0.03 0.05 0.06 0.13 0.03 0.17 0.02 0.14 0.07 0.07 0.14 0.05 0.07 0.09 0.02 0.01 0.07 0.11 0.05
N9 0.02 0.01 0.06 0.08 0.14 0.07 0.18 0.08 0.12 0.04 0.06 0.17 0.05 0.08 0.10 0.04 0.05 0.14 0.25 0.15
O2' 0.09 0.03 0.07 0.11 0.08 0.12 0.16 0.13 0.16 0.09 0.03 0.08 0.01 0.07 0.12 0.11 0.15 0.12 0.15 0.01
O3' 0.29 0.21 0.33 0.36 0.17 0.33 0.22 0.30 0.27 0.25 0.17 0.13 0.20 0.35 0.42 0.29 0.26 0.08 0.36 0.05
O4' 0.07 0.02 0.09 0.15 0.12 0.17 0.14 0.20 0.08 0.01 0.05 0.16 0.07 0.10 0.17 0.12 0.15 0.33 0.47 0.33
O5' 0.10 0.20 0.20 0.01 0.23 0.16 0.19 0.34 0.16 0.16 0.23 0.25 0.19 0.22 0.00 0.07 0.29 0.65 0.63 0.54
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03
OP1 0.16 0.10 0.20 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.05 0.10 0.05 0.01 0.13 0.37 0.02 0.09 0.16 0.41 0.55 0.35
OP2 0.02 0.03 0.05 0.01 0.09 0.07 0.11 0.11 0.10 0.05 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.31 0.35 0.23
P 0.07 0.07 0.11 0.01 0.08 0.05 0.09 0.13 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05 0.17 0.00 0.01 0.12 0.37 0.43 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.10 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.10 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.18 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.11 0.20 0.11
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.08 0.16 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.08
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.14 0.10
N4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.11 0.20 0.12
O2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.15 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07
O5' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.01 0.03 0.05 0.07 0.09 0.05 0.11 0.04 0.08 0.03 0.06 0.11 0.01 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.10 0.06 0.10 0.18 0.02 0.20 0.02 0.16 0.10 0.14 0.20 0.07 0.06 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.01 0.03 0.11 0.03 0.11 0.02 0.10 0.08 0.10 0.12 0.08 0.01 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00