ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55352

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.010, 0.037, 0.065, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.022, 0.076, 0.131, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.076 std_dev=0.054
O6 A 0, 0.028, 0.100, 0.172, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.100 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.039, 0.134, 0.229, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.134 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.039, 0.135, 0.230, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.135 std_dev=0.095
OP2 B 0, 0.071, 0.243, 0.415, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.243 std_dev=0.172
O2' A 0, 0.078, 0.267, 0.455, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.267 std_dev=0.189
C3' A 0, 0.083, 0.282, 0.481, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.282 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.105, 0.358, 0.611, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.358 std_dev=0.253
C4' A 0, 0.112, 0.383, 0.654, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.383 std_dev=0.271
P B 0, 0.117, 0.400, 0.684, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.400 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.136, 0.467, 0.797, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.467 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.144, 0.493, 0.842, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.493 std_dev=0.349
O4' B 0, 0.154, 0.525, 0.897, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.525 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.159, 0.544, 0.929, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.544 std_dev=0.385
C1' B 0, 0.166, 0.566, 0.966, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.566 std_dev=0.400
C5 B 0, 0.171, 0.584, 0.997, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.584 std_dev=0.413
O5' B 0, 0.172, 0.588, 1.004, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.588 std_dev=0.416
O5' A 0, 0.175, 0.599, 1.023, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.599 std_dev=0.424
C5' A 0, 0.176, 0.600, 1.024, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.600 std_dev=0.424
N1 B 0, 0.176, 0.602, 1.027, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.602 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.179, 0.610, 1.042, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.610 std_dev=0.432
C3' B 0, 0.181, 0.618, 1.055, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.618 std_dev=0.437
C4 B 0, 0.189, 0.645, 1.102, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.645 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.193, 0.659, 1.125, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.659 std_dev=0.466
O2' B 0, 0.197, 0.672, 1.147, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.672 std_dev=0.475
N4 B 0, 0.201, 0.685, 1.169, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.685 std_dev=0.484
C2 B 0, 0.208, 0.710, 1.211, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.710 std_dev=0.502
N3 B 0, 0.222, 0.760, 1.297, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.760 std_dev=0.537
O3' B 0, 0.230, 0.786, 1.342, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.786 std_dev=0.556
O2 B 0, 0.241, 0.824, 1.406, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.824 std_dev=0.582
P A 0, 0.245, 0.835, 1.426, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.835 std_dev=0.591
OP2 A 0, 0.275, 0.939, 1.602, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.939 std_dev=0.664
OP1 A 0, 0.321, 1.096, 1.870, 1.656 max_d=1.656 avg_d=1.096 std_dev=0.775

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01
C2 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.16 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.03 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.10 0.04 0.03 0.01 0.11 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.12 0.01 0.14 0.20 0.17
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.14 0.14 0.10 0.02 0.02 0.17 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.19 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.14 0.00 0.19 0.26 0.21
C8 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.05 0.09 0.03 0.10 0.11 0.12
N1 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.10 0.02 0.14 0.23 0.17
N2 0.04 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.15 0.09
N3 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.07
N7 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.11 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.14 0.04 0.18 0.21 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.06 0.08 0.04 0.04
O5' 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.01 0.12 0.01 0.14 0.09 0.10 0.04 0.02 0.14 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.06 0.19 0.00 0.27 0.34 0.28
OP1 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.14 0.06 0.19 0.10 0.14 0.04 0.02 0.18 0.02 0.08 0.06 0.08 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.16 0.01 0.02 0.12 0.02 0.20 0.02 0.26 0.11 0.23 0.15 0.11 0.21 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.11 0.01 0.01 0.09 0.02 0.17 0.02 0.21 0.12 0.17 0.09 0.07 0.20 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.28 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.15 0.08 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.19 0.15 0.02 0.02 0.08 0.10 0.08
C2 0.06 0.02 0.14 0.05 0.10 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.19 0.12 0.02 0.11 0.02 0.08 0.02
C2' 0.05 0.07 0.13 0.06 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.06 0.02 0.09 0.17 0.11 0.04 0.03 0.07 0.08 0.07
C3' 0.04 0.08 0.11 0.03 0.03 0.06 0.03 0.11 0.02 0.03 0.08 0.03 0.10 0.14 0.08 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02
C4 0.08 0.04 0.16 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.01 0.06 0.04 0.20 0.16 0.00 0.05 0.07 0.10 0.06
C4' 0.04 0.06 0.12 0.04 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.16 0.10 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01
C5 0.12 0.09 0.20 0.13 0.06 0.05 0.10 0.01 0.11 0.11 0.06 0.02 0.08 0.22 0.20 0.04 0.04 0.08 0.11 0.07
C5' 0.01 0.04 0.08 0.01 0.01 0.10 0.04 0.16 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.11 0.05 0.10 0.11 0.06 0.08 0.06
C6 0.15 0.10 0.23 0.16 0.07 0.07 0.12 0.02 0.15 0.14 0.07 0.02 0.09 0.25 0.22 0.07 0.07 0.06 0.10 0.05
C8 0.11 0.09 0.18 0.12 0.08 0.04 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.20 0.18 0.02 0.01 0.10 0.10 0.09
N1 0.12 0.05 0.20 0.11 0.01 0.04 0.04 0.03 0.08 0.08 0.00 0.06 0.04 0.23 0.18 0.03 0.11 0.03 0.08 0.02
N2 0.01 0.10 0.08 0.01 0.16 0.05 0.10 0.09 0.06 0.05 0.16 0.19 0.09 0.16 0.07 0.05 0.14 0.03 0.06 0.03
N3 0.04 0.02 0.12 0.05 0.09 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.07 0.16 0.02 0.17 0.12 0.03 0.08 0.04 0.09 0.03
N7 0.13 0.11 0.20 0.15 0.11 0.06 0.13 0.01 0.13 0.13 0.10 0.08 0.10 0.22 0.21 0.05 0.01 0.11 0.10 0.09
N9 0.08 0.05 0.16 0.09 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.05 0.19 0.16 0.01 0.02 0.09 0.10 0.08
O2' 0.05 0.05 0.13 0.06 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.03 0.07 0.08 0.18 0.13 0.04 0.04 0.08 0.09 0.07
O3' 0.05 0.11 0.11 0.04 0.05 0.05 0.02 0.10 0.01 0.05 0.12 0.06 0.14 0.15 0.09 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04
O4' 0.06 0.04 0.14 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.18 0.14 0.02 0.03 0.06 0.07 0.06
O5' 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.13 0.05 0.19 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.13 0.14 0.09 0.12 0.09
O6 0.20 0.15 0.28 0.22 0.11 0.13 0.17 0.06 0.21 0.19 0.11 0.06 0.14 0.29 0.29 0.12 0.06 0.07 0.10 0.06
OP1 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.16 0.04 0.24 0.06 0.01 0.09 0.08 0.09 0.05 0.03 0.15 0.18 0.17 0.21 0.16
OP2 0.08 0.00 0.04 0.11 0.01 0.20 0.06 0.26 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.03 0.08 0.18 0.23 0.18 0.25 0.18
P 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.17 0.06 0.23 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.16 0.20 0.15 0.20 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.12 0.15 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.17 0.20 0.27 0.21
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.25 0.11
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.21 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.13 0.20 0.26 0.21
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.13 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.06 0.10 0.19 0.27 0.19
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.06 0.02
C6 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.07 0.12 0.19 0.28 0.19
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.15 0.19 0.27 0.19
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.16 0.21 0.27 0.22
N4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.12 0.20 0.23 0.20
O2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.18 0.21 0.27 0.21
O2' 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.22 0.07
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.15 0.03 0.19 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.00 0.14 0.13 0.17 0.10
O5' 0.12 0.17 0.02 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.12 0.15 0.16 0.12 0.18 0.01 0.15 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.20 0.11 0.09 0.20 0.08 0.19 0.07 0.19 0.19 0.21 0.20 0.21 0.06 0.03 0.13 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.27 0.25 0.21 0.26 0.13 0.27 0.06 0.28 0.27 0.27 0.23 0.27 0.22 0.19 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.21 0.11 0.07 0.21 0.04 0.19 0.02 0.19 0.19 0.22 0.20 0.21 0.07 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00