ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55353

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.018, 0.060, 0.103, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.060 std_dev=0.043
O2' A 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.079 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.024, 0.083, 0.143, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.083 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.027, 0.092, 0.157, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.092 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.037, 0.127, 0.217, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.127 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.068, 0.234, 0.400, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.234 std_dev=0.166
C2' B 0, 0.077, 0.262, 0.448, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.262 std_dev=0.185
OP2 B 0, 0.077, 0.264, 0.450, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.264 std_dev=0.187
O2' B 0, 0.077, 0.264, 0.451, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.264 std_dev=0.187
C1' B 0, 0.078, 0.267, 0.456, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.267 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.079, 0.270, 0.462, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.270 std_dev=0.191
C4 B 0, 0.079, 0.271, 0.462, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.271 std_dev=0.191
OP1 B 0, 0.078, 0.271, 0.464, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.271 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.080, 0.274, 0.468, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.274 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.080, 0.275, 0.469, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.275 std_dev=0.194
N4 B 0, 0.081, 0.276, 0.470, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.276 std_dev=0.195
P B 0, 0.080, 0.276, 0.473, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.276 std_dev=0.196
O5' A 0, 0.082, 0.281, 0.479, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.281 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.082, 0.281, 0.480, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.281 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.082, 0.282, 0.481, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.282 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.083, 0.283, 0.483, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.283 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.083, 0.283, 0.483, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.283 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.084, 0.288, 0.491, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.288 std_dev=0.204
C5' B 0, 0.088, 0.301, 0.514, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.301 std_dev=0.213
O3' B 0, 0.088, 0.301, 0.515, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.301 std_dev=0.213
O2 B 0, 0.089, 0.304, 0.519, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.304 std_dev=0.215
P A 0, 0.090, 0.309, 0.527, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.309 std_dev=0.218
OP1 A 0, 0.092, 0.315, 0.537, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.315 std_dev=0.223
OP2 A 0, 0.097, 0.333, 0.568, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.333 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.099, 0.341, 0.583, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.341 std_dev=0.242

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.09
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.07
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.08 0.08
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.09 0.09
N2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.06 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03
O5' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08
OP1 0.03 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.00 0.08 0.04 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.09 0.10 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.09 0.10 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01
C2 0.07 0.04 0.09 0.09 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.10 0.10 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01
C2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.09 0.09 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.08 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02
C4 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.08 0.08 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01
C4' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.07 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02
C5 0.03 0.02 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.08 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04
C6 0.05 0.02 0.08 0.07 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00
C8 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.09 0.10 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02
N1 0.07 0.04 0.09 0.09 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.04 0.10 0.10 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01
N2 0.09 0.06 0.11 0.11 0.03 0.09 0.05 0.07 0.07 0.08 0.04 0.01 0.06 0.11 0.11 0.08 0.05 0.01 0.02 0.02
N3 0.05 0.01 0.08 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.09 0.09 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01
N7 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.08 0.04 0.06 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
N9 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.02 0.06 0.00 0.04 0.03 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.08 0.08 0.04 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.07 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01
O4' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
O6 0.05 0.02 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00