ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55354

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.001, 0.027, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.014, 0.078, 0.142, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.017, 0.090, 0.162, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.090 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.020, 0.095, 0.170, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.095 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.035, 0.125, 0.216, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.125 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.030, 0.128, 0.225, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.128 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.041, 0.178, 0.316, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.178 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.049, 0.194, 0.339, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.194 std_dev=0.145
O3' A 0, 0.063, 0.222, 0.381, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.222 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.061, 0.227, 0.394, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.227 std_dev=0.167
N4 B 0, 0.070, 0.237, 0.405, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.237 std_dev=0.168
P A 0, 0.073, 0.255, 0.438, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.255 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.043, 0.233, 0.423, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.046, 0.249, 0.452, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.048, 0.253, 0.458, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.253 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.079, 0.286, 0.494, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.286 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.060, 0.280, 0.500, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.280 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.055, 0.288, 0.521, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.288 std_dev=0.233
OP2 A 0, 0.058, 0.292, 0.526, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.292 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.067, 0.307, 0.548, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.307 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.043, 0.288, 0.532, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.288 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.094, 0.341, 0.589, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.341 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.014, 0.262, 0.510, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.262 std_dev=0.248
C4' B 0, 0.100, 0.352, 0.605, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.352 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.076, 0.337, 0.598, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.337 std_dev=0.261
O2' B 0, 0.019, 0.299, 0.579, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.299 std_dev=0.280
C5' B 0, 0.126, 0.441, 0.755, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.441 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.134, 0.461, 0.789, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.461 std_dev=0.327
O2 B 0, 0.024, 0.358, 0.693, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.358 std_dev=0.335
P B 0, 0.163, 0.576, 0.990, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.576 std_dev=0.414
OP2 B 0, 0.171, 0.679, 1.187, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.679 std_dev=0.508
OP1 B 0, 0.201, 0.725, 1.249, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.725 std_dev=0.524

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.07 0.06 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.04 0.03 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.04 0.02
C5' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.07 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.00 0.05 0.03 0.06
N2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.15 0.13
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.07 0.02 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.07 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06
O5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.09 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03
OP1 0.03 0.07 0.07 0.09 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.09 0.07 0.03 0.03 0.07 0.13 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.03 0.15 0.02 0.06 0.05 0.02 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.13 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.07 0.11 0.11 0.06 0.11 0.19 0.13 0.21 0.11 0.09 0.05 0.17 0.10 0.10 0.11 0.16 0.16 0.17 0.16
C2 0.09 0.18 0.10 0.11 0.07 0.12 0.06 0.15 0.05 0.08 0.17 0.06 0.24 0.11 0.10 0.10 0.17 0.22 0.16 0.18
C2' 0.10 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.18 0.10 0.20 0.09 0.08 0.05 0.17 0.10 0.06 0.09 0.12 0.12 0.12 0.12
C3' 0.07 0.12 0.06 0.04 0.05 0.04 0.15 0.06 0.16 0.06 0.12 0.06 0.23 0.09 0.04 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07
C4 0.03 0.11 0.03 0.02 0.04 0.04 0.16 0.09 0.16 0.03 0.12 0.05 0.18 0.05 0.01 0.03 0.13 0.18 0.17 0.16
C4' 0.07 0.13 0.07 0.07 0.05 0.07 0.13 0.08 0.15 0.05 0.13 0.06 0.24 0.09 0.08 0.06 0.10 0.08 0.08 0.09
C5 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.05 0.19 0.10 0.17 0.06 0.08 0.07 0.11 0.05 0.02 0.05 0.14 0.20 0.20 0.18
C5' 0.07 0.18 0.06 0.02 0.09 0.03 0.08 0.03 0.10 0.07 0.17 0.09 0.28 0.11 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03
C6 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.14 0.10 0.12 0.01 0.08 0.04 0.12 0.05 0.02 0.01 0.13 0.23 0.20 0.18
C8 0.15 0.07 0.12 0.11 0.14 0.12 0.24 0.14 0.24 0.16 0.07 0.11 0.06 0.11 0.08 0.14 0.16 0.19 0.22 0.19
N1 0.06 0.13 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.13 0.06 0.05 0.13 0.05 0.18 0.08 0.07 0.07 0.16 0.24 0.18 0.19
N2 0.16 0.22 0.16 0.18 0.10 0.20 0.01 0.22 0.03 0.14 0.20 0.08 0.28 0.16 0.17 0.18 0.22 0.26 0.17 0.22
N3 0.05 0.17 0.07 0.06 0.05 0.07 0.10 0.11 0.09 0.05 0.17 0.06 0.25 0.08 0.06 0.06 0.14 0.18 0.14 0.15
N7 0.12 0.06 0.09 0.08 0.14 0.10 0.24 0.12 0.22 0.13 0.06 0.13 0.05 0.09 0.06 0.12 0.15 0.20 0.22 0.19
N9 0.10 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.20 0.12 0.21 0.10 0.09 0.06 0.15 0.08 0.07 0.10 0.15 0.17 0.18 0.17
O2' 0.13 0.02 0.12 0.11 0.08 0.11 0.20 0.12 0.22 0.12 0.04 0.06 0.12 0.12 0.09 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14
O3' 0.06 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.14 0.04 0.16 0.06 0.11 0.06 0.21 0.09 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04
O4' 0.08 0.13 0.09 0.12 0.04 0.10 0.15 0.13 0.18 0.07 0.14 0.05 0.25 0.09 0.11 0.09 0.15 0.15 0.16 0.16
O5' 0.08 0.20 0.09 0.03 0.11 0.03 0.07 0.03 0.08 0.09 0.20 0.11 0.29 0.11 0.00 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02
O6 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.13 0.09 0.11 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.03 0.12 0.24 0.22 0.19
OP1 0.04 0.14 0.06 0.00 0.06 0.02 0.08 0.07 0.09 0.04 0.14 0.07 0.23 0.09 0.00 0.00 0.07 0.09 0.09 0.07
OP2 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.14 0.12 0.16 0.04 0.05 0.05 0.11 0.03 0.00 0.06 0.11 0.11 0.07 0.08
P 0.02 0.12 0.04 0.00 0.05 0.02 0.09 0.06 0.10 0.03 0.11 0.05 0.19 0.06 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.07 0.07 0.16 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.09 0.13 0.21 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.09 0.14 0.21 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.08 0.10 0.16 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.08 0.10 0.19 0.13
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.09 0.16 0.23 0.16
O2 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.05 0.06 0.04 0.14 0.09
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04
O5' 0.04 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.07 0.02 0.04 0.13 0.04 0.14 0.03 0.10 0.06 0.10 0.16 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.16 0.02 0.03 0.21 0.00 0.21 0.00 0.16 0.14 0.19 0.23 0.14 0.00 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.02 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.12 0.10 0.13 0.16 0.09 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00