ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55355

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N7 A 0, -0.002, 0.014, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C8 A 0, -0.002, 0.018, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.019
O6 A 0, -0.001, 0.020, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.021
C2 B 0, -0.011, 0.112, 0.236, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.112 std_dev=0.124
N3 B 0, -0.013, 0.114, 0.240, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.114 std_dev=0.126
O2 B 0, -0.006, 0.137, 0.280, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.137 std_dev=0.143
C4 B 0, -0.075, 0.223, 0.522, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.223 std_dev=0.298
N1 B 0, -0.081, 0.246, 0.573, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.246 std_dev=0.327
C2' A 0, -0.084, 0.244, 0.571, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.244 std_dev=0.328
O4' A 0, -0.092, 0.236, 0.565, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.236 std_dev=0.328
O2' A 0, -0.091, 0.300, 0.692, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.300 std_dev=0.391
N4 B 0, -0.108, 0.314, 0.736, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.314 std_dev=0.422
C5 B 0, -0.120, 0.314, 0.747, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.314 std_dev=0.434
C6 B 0, -0.127, 0.327, 0.781, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.327 std_dev=0.454
C1' B 0, -0.125, 0.348, 0.821, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.348 std_dev=0.473
C2' B 0, -0.130, 0.353, 0.837, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.353 std_dev=0.483
C4' A 0, -0.140, 0.360, 0.861, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.360 std_dev=0.501
C3' A 0, -0.142, 0.375, 0.892, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.375 std_dev=0.517
C3' B 0, -0.144, 0.386, 0.916, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.386 std_dev=0.530
O2' B 0, -0.156, 0.418, 0.991, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.418 std_dev=0.573
O5' A 0, -0.159, 0.434, 1.026, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.434 std_dev=0.592
O3' B 0, -0.163, 0.432, 1.026, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.432 std_dev=0.595
P A 0, -0.168, 0.442, 1.052, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.442 std_dev=0.610
O4' B 0, -0.170, 0.462, 1.094, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.462 std_dev=0.632
OP1 A 0, -0.174, 0.460, 1.095, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.460 std_dev=0.635
OP2 A 0, -0.174, 0.474, 1.123, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.474 std_dev=0.648
O5' B 0, -0.170, 0.499, 1.168, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.499 std_dev=0.669
C4' B 0, -0.178, 0.495, 1.169, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.495 std_dev=0.673
C5' B 0, -0.195, 0.537, 1.270, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.537 std_dev=0.732
O3' A 0, -0.199, 0.536, 1.270, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.536 std_dev=0.735
C5' A 0, -0.242, 0.621, 1.485, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.621 std_dev=0.863
P B 0, -0.279, 0.748, 1.775, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.748 std_dev=1.027
OP2 B 0, -0.318, 0.848, 2.013, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.848 std_dev=1.165
OP1 B 0, -0.373, 0.964, 2.301, 2.854 max_d=2.854 avg_d=0.964 std_dev=1.337

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.34 0.19
C2 0.01 0.00 0.18 0.25 0.01 0.16 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.31 0.09 0.30 0.01 0.12 0.02 0.13
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.04 0.11 0.11 0.23 0.18 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.16 0.02
C3' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.00 0.09 0.07 0.18 0.32 0.25 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.06 0.16 0.03 0.13
C4 0.00 0.01 0.07 0.11 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.12 0.01 0.01 0.17 0.01
C4' 0.01 0.16 0.03 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.14 0.17 0.14 0.06 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.11 0.04 0.19 0.05
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.04 0.09 0.04
C5' 0.07 0.33 0.01 0.00 0.26 0.00 0.29 0.00 0.32 0.19 0.34 0.31 0.29 0.25 0.18 0.06 0.10 0.03 0.00 0.34 0.14 0.11 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.23 0.00 0.11 0.01 0.12
C8 0.00 0.00 0.11 0.07 0.00 0.02 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.06 0.01 0.02 0.06 0.21 0.08
N1 0.00 0.00 0.11 0.18 0.00 0.14 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.22 0.06 0.30 0.01 0.15 0.05 0.16
N2 0.01 0.00 0.23 0.32 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.42 0.12 0.38 0.01 0.18 0.06 0.19
N3 0.01 0.00 0.18 0.25 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.28 0.11 0.20 0.00 0.04 0.16 0.02
N7 0.00 0.01 0.08 0.04 0.00 0.06 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.05 0.08 0.02 0.01 0.13 0.01
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.25 0.10
O2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.02 0.11 0.09 0.21 0.14 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.22 0.10
O3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.12 0.04 0.05 0.10 0.11 0.09 0.22 0.42 0.28 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.26 0.07 0.28 0.08 0.22
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.12 0.11 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.01 0.23 0.45 0.28
O5' 0.12 0.30 0.03 0.20 0.12 0.02 0.15 0.00 0.23 0.01 0.30 0.38 0.20 0.08 0.01 0.07 0.26 0.22 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.25 0.00 0.14 0.06 0.15
OP1 0.14 0.12 0.04 0.16 0.01 0.04 0.04 0.14 0.11 0.06 0.15 0.18 0.04 0.01 0.07 0.02 0.28 0.23 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.02 0.16 0.03 0.17 0.19 0.09 0.11 0.01 0.21 0.05 0.06 0.16 0.13 0.25 0.22 0.08 0.45 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.13 0.02 0.13 0.01 0.05 0.04 0.02 0.12 0.08 0.16 0.19 0.02 0.01 0.10 0.10 0.22 0.28 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.06 0.19 0.18 0.01 0.17 0.07 0.15 0.13 0.13 0.02 0.08 0.06 0.20 0.17 0.16 0.12 0.23 0.15 0.15
C2 0.06 0.01 0.07 0.09 0.10 0.11 0.11 0.12 0.05 0.01 0.04 0.13 0.04 0.08 0.11 0.11 0.10 0.08 0.14 0.01
C2' 0.11 0.05 0.10 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.07 0.13 0.02 0.07 0.03 0.10 0.07 0.04
C3' 0.13 0.16 0.13 0.17 0.16 0.17 0.13 0.21 0.11 0.14 0.17 0.16 0.16 0.08 0.17 0.16 0.22 0.02 0.01 0.09
C4 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02
C4' 0.18 0.28 0.15 0.13 0.23 0.14 0.17 0.16 0.15 0.21 0.28 0.24 0.30 0.11 0.08 0.18 0.16 0.11 0.07 0.02
C5 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.10 0.09 0.13 0.08 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.11 0.16 0.20 0.18 0.17
C5' 0.48 0.53 0.42 0.40 0.49 0.41 0.45 0.42 0.45 0.51 0.52 0.46 0.52 0.29 0.23 0.48 0.43 0.07 0.11 0.22
C6 0.11 0.03 0.09 0.13 0.02 0.18 0.09 0.23 0.12 0.08 0.02 0.03 0.01 0.07 0.13 0.19 0.25 0.35 0.27 0.27
C8 0.05 0.02 0.07 0.05 0.11 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.19 0.06 0.10 0.05 0.01 0.05 0.05 0.13 0.09
N1 0.11 0.02 0.11 0.15 0.05 0.19 0.01 0.22 0.05 0.06 0.03 0.11 0.03 0.10 0.15 0.19 0.23 0.30 0.11 0.19
N2 0.06 0.01 0.09 0.10 0.15 0.11 0.19 0.11 0.12 0.02 0.06 0.19 0.05 0.11 0.13 0.10 0.06 0.01 0.36 0.13
N3 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.10 0.05 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.19 0.09
N7 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.07 0.15 0.11 0.11 0.05 0.04 0.19 0.04 0.03 0.02 0.09 0.15 0.20 0.25 0.20
N9 0.09 0.04 0.10 0.08 0.03 0.07 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.09 0.05 0.11 0.08 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03
O2' 0.24 0.14 0.21 0.14 0.04 0.18 0.10 0.13 0.16 0.18 0.06 0.03 0.17 0.26 0.11 0.21 0.09 0.23 0.15 0.14
O3' 0.14 0.16 0.15 0.23 0.15 0.21 0.13 0.27 0.12 0.14 0.16 0.16 0.16 0.11 0.25 0.18 0.27 0.05 0.01 0.12
O4' 0.02 0.21 0.05 0.13 0.16 0.09 0.03 0.10 0.01 0.07 0.25 0.18 0.27 0.04 0.17 0.01 0.10 0.31 0.22 0.19
O5' 0.05 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.15 0.03 0.03 0.07 0.21 0.19 0.10
O6 0.15 0.04 0.12 0.17 0.05 0.24 0.16 0.29 0.18 0.12 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.24 0.32 0.50 0.42 0.39
OP1 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.12 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.46 0.46 0.31
OP2 0.04 0.10 0.07 0.00 0.16 0.09 0.18 0.17 0.16 0.10 0.13 0.17 0.07 0.07 0.01 0.05 0.11 0.12 0.34 0.12
P 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.11 0.06 0.11 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.31 0.35 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.13 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.05 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.11 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.16 0.12
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.16 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.09 0.01 0.17 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.04 0.16 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.13 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.15 0.05
N4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.17 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.02 0.08 0.11 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.26 0.08 0.07
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.11 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.38 0.30 0.22
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.18 0.12
O5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.09 0.05 0.20 0.25 0.01 0.18 0.01 0.12 0.04 0.06 0.02 0.04 0.08 0.26 0.38 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.13 0.05 0.16 0.16 0.01 0.17 0.01 0.16 0.13 0.15 0.17 0.11 0.08 0.30 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.05 0.12 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.22 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00