ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55356

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C1' B 0, 0.000, 0.168, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.168 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C2 B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O2 B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
N4 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C2' B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O5' A 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O4' B 0, 0.000, 0.214, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C5' A 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
P A 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP1 A 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP2 A 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O2' B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C4' B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.000, 0.261, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O5' B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C5' B 0, 0.000, 0.351, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.351 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
P B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
OP1 B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.09 0.01 0.09 0.05 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.11 0.00 0.11 0.08 0.10
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.11 0.00 0.11 0.09 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.11 0.00 0.10 0.04 0.08
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09
N2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06
N3 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.09 0.08 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.00
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.03 0.08 0.10 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03
O5' 0.04 0.07 0.03 0.08 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.01 0.13 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.12 0.00 0.12 0.11 0.12
OP1 0.05 0.08 0.01 0.02 0.09 0.04 0.11 0.06 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.12 0.08 0.04 0.08 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05 0.02 0.08 0.00 0.09 0.04 0.08 0.05 0.04 0.09 0.02 0.03 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.03 0.06 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.08 0.09 0.06 0.06 0.11 0.06 0.00 0.11 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.05 0.15 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02
C2 0.09 0.06 0.09 0.06 0.04 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.04 0.02 0.05 0.14 0.03 0.09 0.11 0.06 0.15 0.12
C2' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.08 0.04 0.13 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.02
C3' 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.04 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.04 0.02 0.13 0.02 0.06
C4 0.09 0.03 0.10 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.06 0.01 0.04 0.02 0.15 0.04 0.08 0.09 0.03 0.11 0.09
C4' 0.03 0.10 0.03 0.06 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.11 0.09 0.13 0.08 0.08 0.04 0.01 0.10 0.00 0.03
C5 0.09 0.04 0.12 0.08 0.00 0.10 0.05 0.11 0.08 0.07 0.01 0.04 0.02 0.16 0.07 0.10 0.12 0.06 0.14 0.12
C5' 0.07 0.11 0.06 0.08 0.07 0.09 0.04 0.09 0.04 0.07 0.11 0.07 0.15 0.01 0.10 0.08 0.01 0.11 0.01 0.04
C6 0.10 0.06 0.12 0.09 0.04 0.11 0.08 0.13 0.09 0.09 0.03 0.00 0.04 0.15 0.08 0.11 0.14 0.10 0.18 0.15
C8 0.07 0.03 0.11 0.06 0.06 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.09 0.03 0.16 0.05 0.07 0.08 0.00 0.07 0.06
N1 0.10 0.07 0.10 0.08 0.05 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.05 0.03 0.05 0.14 0.06 0.10 0.13 0.09 0.17 0.15
N2 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.05 0.04 0.06 0.13 0.02 0.09 0.11 0.06 0.15 0.12
N3 0.08 0.04 0.08 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.08 0.09 0.03 0.12 0.09
N7 0.09 0.01 0.13 0.10 0.04 0.10 0.02 0.11 0.06 0.06 0.05 0.08 0.00 0.16 0.09 0.09 0.12 0.05 0.12 0.11
N9 0.07 0.01 0.09 0.04 0.05 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.15 0.02 0.06 0.06 0.01 0.07 0.05
O2' 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.04 0.15 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00
O3' 0.04 0.08 0.05 0.11 0.07 0.10 0.05 0.12 0.04 0.05 0.08 0.07 0.09 0.05 0.15 0.06 0.05 0.18 0.05 0.09
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.12 0.10 0.12 0.13 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
O5' 0.08 0.02 0.10 0.04 0.04 0.04 0.07 0.02 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.07 0.09 0.05 0.06 0.03
O6 0.10 0.06 0.13 0.11 0.05 0.12 0.09 0.15 0.10 0.09 0.04 0.01 0.04 0.15 0.10 0.11 0.16 0.13 0.20 0.18
OP1 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.04
OP2 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.00 0.02 0.05 0.08 0.02 0.01
P 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.07
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.08 0.08
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.10 0.09
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00
O2' 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.09 0.01 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03
O5' 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.06 0.05 0.09 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00