ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55362

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 14, 11, 22, 24, 19, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.025, 0.045, 0.066, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.045 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C4 B 0, 0.208, 0.343, 0.478, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.343 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.260, 0.404, 0.547, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.404 std_dev=0.144
N9 B 0, 0.219, 0.382, 0.545, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.382 std_dev=0.163
C6 B 0, 0.282, 0.470, 0.658, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.470 std_dev=0.188
N7 B 0, 0.357, 0.557, 0.756, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.557 std_dev=0.199
C8 B 0, 0.313, 0.515, 0.717, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.515 std_dev=0.202
O4' A 0, 0.121, 0.328, 0.535, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.328 std_dev=0.207
N3 B 0, 0.254, 0.470, 0.686, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.470 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.296, 0.521, 0.746, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.521 std_dev=0.225
C2' A 0, 0.169, 0.402, 0.636, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.402 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.225, 0.463, 0.702, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.463 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.292, 0.544, 0.797, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.544 std_dev=0.252
N6 B 0, 0.349, 0.623, 0.897, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.623 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.246, 0.540, 0.834, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.540 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.220, 0.553, 0.885, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.553 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.209, 0.591, 0.973, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.591 std_dev=0.382
C4' A 0, 0.305, 0.734, 1.163, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.734 std_dev=0.429
O5' A 0, 0.333, 0.768, 1.203, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.768 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.324, 0.792, 1.260, 3.015 max_d=3.015 avg_d=0.792 std_dev=0.468
C5' B 0, 0.142, 0.616, 1.090, 4.194 max_d=4.194 avg_d=0.616 std_dev=0.474
O2' B 0, 0.396, 0.888, 1.381, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.888 std_dev=0.492
O2' A 0, 0.434, 0.937, 1.440, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.937 std_dev=0.503
P A 0, 0.292, 0.824, 1.356, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.824 std_dev=0.532
O5' B 0, 0.302, 0.921, 1.540, 3.880 max_d=3.880 avg_d=0.921 std_dev=0.619
C3' A 0, 0.476, 1.157, 1.838, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.157 std_dev=0.681
P B 0, 0.363, 1.059, 1.754, 5.048 max_d=5.048 avg_d=1.059 std_dev=0.695
C3' B 0, 0.524, 1.228, 1.932, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.228 std_dev=0.704
OP1 B 0, 0.723, 1.858, 2.994, 6.841 max_d=6.841 avg_d=1.858 std_dev=1.136
OP1 A 0, 0.797, 1.942, 3.087, 4.158 max_d=4.158 avg_d=1.942 std_dev=1.145
OP2 A 0, 0.837, 2.047, 3.256, 3.657 max_d=3.657 avg_d=2.047 std_dev=1.210
O3' A 0, 0.829, 2.145, 3.461, 3.356 max_d=3.356 avg_d=2.145 std_dev=1.316
OP2 B 0, 0.772, 2.118, 3.463, 6.886 max_d=6.886 avg_d=2.118 std_dev=1.345
O3' B 0, 0.915, 2.313, 3.712, 3.635 max_d=3.635 avg_d=2.313 std_dev=1.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.16 0.02 0.68 0.13 0.26
C2 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.26 0.07 0.10 0.01 0.97 0.55 0.24
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.22 0.10 0.08 0.15 0.22 0.18 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.48 0.08 0.68 0.35 0.56
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.24 0.00 0.34 0.01 0.35 0.37 0.28 0.16 0.15 0.41 0.24 0.02 0.01 0.02 0.05 0.39 0.18 0.10 0.09
C4 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.11 0.04 0.10 0.01 0.97 0.51 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.15 0.07 0.05 0.04 0.15 0.08 0.31 0.03 0.00 0.02 0.12 0.10 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.34 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.10 0.04 0.16 0.01 1.08 0.73 0.22
C5' 0.08 0.06 0.22 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.06 0.06 0.12 0.06 0.09 0.21 0.02 0.01 0.12 0.15 0.38 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.10 0.05 0.17 0.00 1.11 0.81 0.23
C8 0.01 0.01 0.08 0.37 0.00 0.15 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.21 0.04 0.18 0.02 1.04 0.58 0.21
N1 0.02 0.00 0.15 0.28 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.13 0.06 0.13 0.01 1.06 0.71 0.23
N2 0.03 0.01 0.22 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.37 0.08 0.10 0.02 0.94 0.50 0.24
N3 0.03 0.01 0.18 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.30 0.07 0.10 0.01 0.91 0.43 0.24
N7 0.01 0.01 0.05 0.41 0.01 0.15 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.24 0.03 0.23 0.02 1.13 0.81 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.06 0.02 0.09 0.02 0.90 0.38 0.23
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.27 0.31 0.32 0.09 0.35 0.25 0.33 0.26 0.25 0.31 0.20 0.00 0.04 0.21 0.36 0.38 0.53 0.37 0.48
O3' 0.30 0.26 0.02 0.01 0.11 0.03 0.10 0.21 0.10 0.21 0.13 0.37 0.30 0.24 0.06 0.04 0.00 0.23 0.20 0.17 0.56 0.26 0.30
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.03 0.02 0.21 0.23 0.00 0.08 0.05 0.47 0.13 0.12
O5' 0.16 0.10 0.48 0.05 0.10 0.02 0.16 0.01 0.17 0.18 0.13 0.10 0.10 0.23 0.09 0.36 0.20 0.08 0.00 0.22 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.39 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.17 0.05 0.22 0.00 1.15 0.94 0.23
OP1 0.68 0.97 0.68 0.18 0.97 0.10 1.08 0.15 1.11 1.04 1.06 0.94 0.91 1.13 0.90 0.53 0.56 0.47 0.02 1.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.55 0.35 0.10 0.51 0.19 0.73 0.38 0.81 0.58 0.71 0.50 0.43 0.81 0.38 0.37 0.26 0.13 0.02 0.94 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.24 0.56 0.09 0.23 0.03 0.22 0.01 0.23 0.21 0.23 0.24 0.24 0.22 0.23 0.48 0.30 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.24 0.16 0.73 0.17 0.40 0.21 0.35 0.24 0.21 0.25 0.21 0.28 0.25 0.14 0.47 1.04 0.19 0.29 0.76 0.63 0.52
C2 0.16 0.33 0.19 0.55 0.18 0.27 0.13 0.25 0.21 0.19 0.32 0.27 0.19 0.18 0.15 0.47 0.51 0.18 0.26 1.10 0.98 0.35
C2' 0.14 0.19 0.20 0.84 0.16 0.48 0.18 0.42 0.20 0.19 0.20 0.18 0.23 0.23 0.14 0.38 1.16 0.23 0.35 0.77 0.67 0.50
C3' 0.64 0.43 0.69 0.27 0.50 0.43 0.42 0.60 0.34 0.55 0.36 0.49 0.28 0.44 0.58 0.87 0.61 0.63 0.76 0.85 0.54 0.96
C4 0.13 0.28 0.17 0.61 0.16 0.30 0.14 0.25 0.20 0.16 0.26 0.25 0.22 0.19 0.11 0.48 0.66 0.14 0.22 0.98 0.77 0.39
C4' 0.32 0.16 0.37 0.39 0.21 0.30 0.21 0.50 0.17 0.33 0.15 0.19 0.21 0.29 0.28 0.63 0.95 0.36 0.70 0.75 0.60 0.96
C5 0.13 0.27 0.19 0.52 0.13 0.27 0.12 0.21 0.14 0.18 0.21 0.24 0.19 0.22 0.11 0.47 0.48 0.13 0.18 0.98 0.66 0.37
C5' 0.18 0.14 0.26 0.45 0.12 0.33 0.14 0.44 0.15 0.20 0.13 0.14 0.20 0.21 0.15 0.48 1.14 0.24 0.64 0.55 0.62 0.81
C6 0.14 0.30 0.20 0.45 0.13 0.23 0.12 0.18 0.13 0.18 0.22 0.25 0.20 0.22 0.11 0.45 0.32 0.14 0.17 1.06 0.74 0.32
C8 0.19 0.22 0.21 0.63 0.18 0.37 0.21 0.29 0.19 0.29 0.19 0.21 0.22 0.29 0.20 0.49 0.79 0.21 0.25 0.78 0.44 0.47
N1 0.16 0.33 0.19 0.48 0.17 0.23 0.13 0.21 0.15 0.20 0.29 0.27 0.16 0.22 0.15 0.46 0.37 0.16 0.21 1.11 0.90 0.32
N2 0.19 0.34 0.19 0.55 0.20 0.27 0.17 0.27 0.23 0.22 0.34 0.27 0.22 0.21 0.19 0.47 0.50 0.22 0.30 1.13 1.08 0.36
N3 0.15 0.31 0.18 0.62 0.18 0.30 0.15 0.27 0.24 0.15 0.31 0.26 0.25 0.14 0.13 0.48 0.66 0.17 0.27 1.04 0.94 0.39
N7 0.18 0.22 0.22 0.51 0.15 0.31 0.18 0.23 0.17 0.25 0.18 0.21 0.21 0.27 0.17 0.48 0.53 0.18 0.21 0.86 0.47 0.41
N9 0.14 0.25 0.17 0.68 0.17 0.36 0.19 0.29 0.22 0.22 0.24 0.22 0.25 0.25 0.14 0.48 0.85 0.17 0.24 0.85 0.62 0.46
O2' 0.54 0.74 0.45 1.02 0.70 0.71 0.75 0.57 0.78 0.66 0.77 0.70 0.78 0.74 0.64 0.43 1.26 0.54 0.56 0.56 1.02 0.34
O3' 0.99 0.43 1.03 0.56 0.59 0.98 0.40 1.23 0.25 0.71 0.28 0.59 0.19 0.44 0.78 1.11 0.27 1.12 1.35 1.29 1.05 1.65
O4' 0.12 0.19 0.18 0.59 0.11 0.32 0.17 0.37 0.20 0.22 0.20 0.15 0.26 0.24 0.12 0.54 1.05 0.19 0.46 0.73 0.46 0.74
O5' 0.10 0.17 0.18 0.61 0.12 0.51 0.16 0.47 0.16 0.22 0.15 0.16 0.20 0.23 0.12 0.49 1.24 0.27 0.36 0.47 0.39 0.41
O6 0.15 0.28 0.21 0.37 0.13 0.21 0.18 0.18 0.20 0.19 0.21 0.24 0.29 0.25 0.13 0.43 0.22 0.16 0.16 1.05 0.68 0.30
OP1 0.64 1.00 0.67 0.59 0.87 0.47 0.87 0.37 0.95 0.67 1.01 0.94 0.95 0.75 0.74 0.66 1.16 0.51 0.51 0.36 0.66 0.63
OP2 0.53 0.93 0.60 0.17 0.71 0.22 0.63 0.29 0.71 0.42 0.85 0.88 0.65 0.46 0.56 0.93 0.74 0.21 0.31 0.37 0.36 0.24
P 0.38 0.30 0.34 0.74 0.32 0.72 0.34 0.55 0.32 0.43 0.30 0.31 0.34 0.40 0.37 0.32 1.50 0.54 0.25 0.47 0.34 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.15 0.77 0.15 0.24
C2 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.48 0.14 0.22 0.95 0.72 0.14
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.22 0.08 0.09 0.12 0.14 0.08 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.45 0.72 0.31 0.52
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.18 0.00 0.31 0.02 0.29 0.41 0.18 0.07 0.36 0.42 0.22 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.26 0.11
C4 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.28 0.27 0.07 0.24 0.93 0.67 0.12
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.11 0.22 0.08 0.10 0.15 0.21 0.09 0.27 0.03 0.00 0.02 0.19 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.13 0.04 0.37 0.96 0.95 0.18
C5' 0.07 0.12 0.22 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.18 0.25 0.13 0.11 0.23 0.27 0.10 0.07 0.23 0.02 0.01 0.14 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.17 0.06 0.38 0.96 1.06 0.21
C8 0.02 0.01 0.09 0.41 0.01 0.22 0.01 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.20 0.09 0.41 0.96 0.79 0.20
N1 0.02 0.00 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.33 0.10 0.30 0.96 0.93 0.16
N3 0.03 0.00 0.14 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.51 0.14 0.18 0.92 0.56 0.15
N6 0.02 0.01 0.08 0.36 0.01 0.15 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.37 0.13 0.05 0.46 0.94 1.24 0.29
N7 0.01 0.01 0.07 0.42 0.01 0.21 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.20 0.05 0.47 0.97 1.07 0.26
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.16 0.01 0.22 0.90 0.50 0.15
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.28 0.27 0.32 0.07 0.35 0.27 0.36 0.31 0.37 0.32 0.20 0.00 0.06 0.20 0.39 0.63 0.34 0.48
O3' 0.35 0.48 0.04 0.01 0.27 0.03 0.13 0.23 0.17 0.20 0.33 0.51 0.13 0.20 0.16 0.06 0.00 0.24 0.22 0.47 0.38 0.30
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.14 0.05 0.05 0.01 0.20 0.24 0.00 0.09 0.63 0.08 0.16
O5' 0.15 0.22 0.45 0.12 0.24 0.02 0.37 0.01 0.38 0.41 0.30 0.18 0.46 0.47 0.22 0.39 0.22 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.77 0.95 0.72 0.15 0.93 0.19 0.96 0.14 0.96 0.96 0.96 0.92 0.94 0.97 0.90 0.63 0.47 0.63 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.72 0.31 0.26 0.67 0.21 0.95 0.39 1.06 0.79 0.93 0.56 1.24 1.07 0.50 0.34 0.38 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.14 0.52 0.11 0.12 0.06 0.18 0.02 0.21 0.20 0.16 0.15 0.29 0.26 0.15 0.48 0.30 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00