ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55364

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 5, 13, 12, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.019, 0.027, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.020, 0.030, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.036, 0.047, 0.059, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.047 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.032, 0.046, 0.059, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.046 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.038, 0.053, 0.069, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.038, 0.054, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.054 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.053, 0.075, 0.097, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.075 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.047, 0.069, 0.091, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.061, 0.084, 0.108, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.084 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.071, 0.104, 0.137, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.104 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.071, 0.105, 0.139, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.105 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.096, 0.138, 0.179, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.138 std_dev=0.042
C4 B 0, 0.541, 0.747, 0.953, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.747 std_dev=0.206
N7 B 0, 0.490, 0.698, 0.906, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.698 std_dev=0.208
N9 B 0, 0.436, 0.648, 0.859, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.648 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.640, 0.861, 1.083, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.861 std_dev=0.222
C8 B 0, 0.373, 0.602, 0.832, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.602 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.527, 0.768, 1.009, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.768 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.460, 0.729, 0.997, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.729 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.440, 0.708, 0.977, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.708 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.694, 0.973, 1.252, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.973 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.713, 0.999, 1.285, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.999 std_dev=0.286
C6 B 0, 0.588, 0.906, 1.225, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.906 std_dev=0.319
N6 B 0, 0.691, 1.017, 1.344, 1.453 max_d=1.453 avg_d=1.017 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.670, 1.002, 1.334, 1.338 max_d=1.338 avg_d=1.002 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.301, 0.656, 1.010, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.656 std_dev=0.354
C2' A 0, 0.172, 0.533, 0.894, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.533 std_dev=0.361
C4' B 0, 0.250, 0.632, 1.013, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.632 std_dev=0.381
O5' B 0, 0.949, 1.347, 1.745, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.347 std_dev=0.398
O4' A 0, -0.158, 0.255, 0.669, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.255 std_dev=0.414
C3' A 0, 0.034, 0.455, 0.876, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.455 std_dev=0.421
C4' A 0, 0.340, 0.762, 1.184, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.762 std_dev=0.422
C5' B 0, 0.392, 0.822, 1.252, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.822 std_dev=0.430
OP2 B 0, 1.181, 1.669, 2.158, 2.754 max_d=2.754 avg_d=1.669 std_dev=0.489
O2' B 0, 1.505, 2.012, 2.518, 2.717 max_d=2.717 avg_d=2.012 std_dev=0.507
O3' A 0, 0.048, 0.591, 1.135, 2.843 max_d=2.843 avg_d=0.591 std_dev=0.544
O3' B 0, 1.445, 2.002, 2.560, 2.504 max_d=2.504 avg_d=2.002 std_dev=0.557
P B 0, 1.662, 2.239, 2.816, 3.107 max_d=3.107 avg_d=2.239 std_dev=0.577
O2' A 0, 0.490, 1.079, 1.667, 4.129 max_d=4.129 avg_d=1.079 std_dev=0.589
C5' A 0, 0.804, 1.624, 2.445, 5.974 max_d=5.974 avg_d=1.624 std_dev=0.820
O5' A 0, 0.785, 1.803, 2.822, 7.357 max_d=7.357 avg_d=1.803 std_dev=1.019
OP1 B 0, 2.553, 3.610, 4.667, 4.775 max_d=4.775 avg_d=3.610 std_dev=1.057
P A 0, 0.970, 2.405, 3.840, 10.333 max_d=10.333 avg_d=2.405 std_dev=1.435
OP2 A 0, 1.480, 2.961, 4.442, 11.049 max_d=11.049 avg_d=2.961 std_dev=1.481
OP1 A 0, 2.571, 4.145, 5.719, 11.585 max_d=11.585 avg_d=4.145 std_dev=1.574

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.17 0.02 0.26 0.31 0.12
C2 0.02 0.00 0.18 0.19 0.01 0.27 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.34 0.18 0.50 0.01 0.55 0.62 0.54
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.12 0.10 0.09 0.15 0.22 0.18 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.29 0.09 0.41 0.20 0.23
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.10 0.20 0.14 0.26 0.19 0.17 0.08 0.02 0.01 0.01 0.28 0.11 0.54 0.18 0.33
C4 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.20 0.10 0.28 0.01 0.24 0.33 0.15
C4' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.13 0.00 0.09 0.01 0.13 0.15 0.21 0.35 0.26 0.11 0.04 0.11 0.02 0.01 0.01 0.12 0.21 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.12 0.06 0.31 0.01 0.27 0.41 0.19
C5' 0.05 0.54 0.12 0.02 0.26 0.01 0.20 0.00 0.29 0.26 0.43 0.68 0.49 0.21 0.11 0.07 0.10 0.02 0.01 0.26 0.13 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.13 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.09 0.33 0.01 0.25 0.38 0.19
C8 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.15 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.10 0.47 0.02 0.56 0.71 0.51
N1 0.02 0.00 0.15 0.14 0.01 0.21 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.26 0.14 0.42 0.01 0.40 0.48 0.38
N2 0.03 0.00 0.22 0.26 0.01 0.35 0.01 0.68 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.42 0.22 0.67 0.02 0.82 0.91 0.81
N3 0.02 0.00 0.18 0.19 0.01 0.26 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.33 0.17 0.44 0.01 0.46 0.51 0.44
N7 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.07 0.06 0.44 0.02 0.51 0.67 0.45
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.02 0.27 0.02 0.30 0.40 0.21
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.21 0.11 0.21 0.07 0.26 0.13 0.30 0.33 0.27 0.16 0.11 0.00 0.06 0.08 0.32 0.26 0.50 0.23 0.28
O3' 0.18 0.34 0.03 0.01 0.20 0.02 0.12 0.10 0.16 0.08 0.26 0.42 0.33 0.07 0.11 0.06 0.00 0.13 0.23 0.13 0.72 0.25 0.40
O4' 0.00 0.18 0.02 0.01 0.10 0.01 0.06 0.02 0.09 0.10 0.14 0.22 0.17 0.06 0.02 0.08 0.13 0.00 0.14 0.08 0.18 0.43 0.20
O5' 0.17 0.50 0.29 0.28 0.28 0.01 0.31 0.01 0.33 0.47 0.42 0.67 0.44 0.44 0.27 0.32 0.23 0.14 0.00 0.35 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.13 0.08 0.35 0.00 0.26 0.41 0.21
OP1 0.26 0.55 0.41 0.54 0.24 0.21 0.27 0.13 0.25 0.56 0.40 0.82 0.46 0.51 0.30 0.50 0.72 0.18 0.03 0.26 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.62 0.20 0.18 0.33 0.23 0.41 0.24 0.38 0.71 0.48 0.91 0.51 0.67 0.40 0.23 0.25 0.43 0.02 0.41 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.54 0.23 0.33 0.15 0.06 0.19 0.02 0.19 0.51 0.38 0.81 0.44 0.45 0.21 0.28 0.40 0.20 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.34 0.25 0.21 0.20 0.17 0.13 0.35 0.15 0.16 0.29 0.29 0.11 0.16 0.17 0.65 0.20 0.16 0.33 0.43 0.31 0.31
C2 0.29 0.13 0.24 0.18 0.13 0.21 0.13 0.38 0.21 0.13 0.14 0.21 0.34 0.16 0.18 0.67 0.35 0.26 0.32 0.70 0.42 0.38
C2' 0.30 0.54 0.30 0.19 0.36 0.23 0.31 0.43 0.41 0.22 0.54 0.46 0.39 0.22 0.28 0.67 0.21 0.25 0.24 0.37 0.25 0.23
C3' 0.24 0.47 0.25 0.27 0.28 0.24 0.23 0.42 0.31 0.22 0.46 0.39 0.27 0.22 0.23 0.62 0.23 0.23 0.26 0.43 0.26 0.26
C4 0.23 0.23 0.25 0.19 0.15 0.16 0.09 0.34 0.07 0.14 0.15 0.23 0.19 0.16 0.16 0.68 0.21 0.17 0.33 0.56 0.37 0.34
C4' 0.28 0.37 0.30 0.28 0.28 0.26 0.26 0.42 0.30 0.26 0.37 0.32 0.29 0.26 0.26 0.67 0.28 0.26 0.31 0.48 0.29 0.28
C5 0.22 0.18 0.26 0.21 0.14 0.17 0.08 0.34 0.08 0.14 0.14 0.19 0.15 0.14 0.16 0.69 0.21 0.17 0.36 0.63 0.44 0.40
C5' 0.46 0.61 0.45 0.38 0.49 0.40 0.47 0.56 0.54 0.40 0.63 0.55 0.54 0.40 0.45 0.79 0.43 0.43 0.34 0.60 0.40 0.37
C6 0.25 0.12 0.27 0.18 0.11 0.17 0.09 0.35 0.13 0.13 0.12 0.14 0.19 0.13 0.17 0.73 0.22 0.18 0.38 0.78 0.51 0.48
C8 0.20 0.26 0.26 0.28 0.17 0.21 0.14 0.34 0.17 0.18 0.25 0.22 0.16 0.16 0.17 0.65 0.26 0.20 0.38 0.48 0.38 0.36
N1 0.29 0.09 0.25 0.18 0.11 0.21 0.13 0.38 0.21 0.14 0.18 0.14 0.29 0.15 0.18 0.71 0.32 0.25 0.36 0.80 0.49 0.46
N2 0.33 0.12 0.25 0.24 0.15 0.27 0.16 0.41 0.27 0.15 0.22 0.21 0.40 0.18 0.20 0.64 0.47 0.33 0.32 0.74 0.43 0.39
N3 0.26 0.21 0.24 0.17 0.15 0.18 0.11 0.36 0.14 0.13 0.09 0.25 0.31 0.16 0.17 0.67 0.28 0.21 0.31 0.59 0.37 0.33
N7 0.20 0.21 0.27 0.28 0.16 0.21 0.12 0.33 0.15 0.17 0.20 0.19 0.16 0.15 0.17 0.66 0.28 0.20 0.38 0.56 0.43 0.40
N9 0.21 0.28 0.25 0.22 0.18 0.18 0.12 0.34 0.12 0.16 0.24 0.26 0.11 0.16 0.17 0.66 0.21 0.17 0.34 0.48 0.35 0.33
O2' 0.53 0.89 0.48 0.31 0.63 0.44 0.56 0.59 0.71 0.39 0.90 0.78 0.65 0.40 0.51 0.80 0.45 0.49 0.40 0.37 0.33 0.36
O3' 0.29 0.65 0.30 0.16 0.35 0.19 0.23 0.37 0.35 0.15 0.59 0.54 0.23 0.14 0.24 0.72 0.23 0.20 0.28 0.38 0.25 0.28
O4' 0.26 0.27 0.28 0.27 0.24 0.24 0.25 0.39 0.26 0.27 0.27 0.26 0.29 0.28 0.25 0.67 0.26 0.26 0.39 0.53 0.38 0.38
O5' 0.35 0.47 0.32 0.60 0.35 0.50 0.33 0.54 0.38 0.38 0.48 0.39 0.37 0.35 0.35 0.50 0.62 0.46 0.40 0.65 0.39 0.37
O6 0.26 0.13 0.29 0.19 0.11 0.17 0.10 0.35 0.13 0.15 0.14 0.13 0.16 0.12 0.17 0.75 0.21 0.18 0.43 0.90 0.61 0.58
OP1 0.46 0.61 0.45 0.51 0.45 0.53 0.45 0.71 0.49 0.50 0.61 0.52 0.48 0.49 0.45 0.71 0.52 0.52 0.45 0.97 0.72 0.66
OP2 0.57 0.72 0.63 0.52 0.56 0.59 0.54 0.80 0.59 0.58 0.71 0.63 0.58 0.57 0.55 0.95 0.52 0.56 0.55 1.07 0.83 0.77
P 0.40 0.63 0.40 0.46 0.42 0.45 0.38 0.60 0.47 0.39 0.63 0.52 0.45 0.37 0.38 0.72 0.50 0.44 0.37 0.86 0.59 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.00 0.18 0.29 0.30 0.09
C2 0.03 0.00 0.16 0.13 0.01 0.05 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.11 0.26 0.24 0.25 0.14
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.23 0.05 0.12 0.11 0.17 0.04 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.37 0.81 0.54 0.52
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.02 0.17 0.19 0.15 0.12 0.20 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.26 0.57 0.26 0.30
C4 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.05 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.14 0.06 0.26 0.21 0.26 0.13
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.10 0.06 0.04 0.09 0.10 0.06 0.20 0.03 0.00 0.03 0.21 0.25 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.05 0.03 0.30 0.17 0.25 0.17
C5' 0.17 0.29 0.23 0.02 0.30 0.01 0.36 0.00 0.36 0.37 0.33 0.26 0.38 0.39 0.30 0.08 0.20 0.03 0.01 0.23 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.17 0.01 0.07 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.06 0.05 0.31 0.18 0.25 0.19
C8 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.10 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.22 0.10 0.07 0.30 0.14 0.28 0.15
N1 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.09 0.29 0.20 0.24 0.17
N3 0.03 0.00 0.17 0.12 0.00 0.04 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.11 0.24 0.25 0.26 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.09 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.25 0.05 0.03 0.34 0.18 0.25 0.22
N7 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.10 0.01 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.10 0.04 0.32 0.15 0.26 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.25 0.21 0.28 0.11
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.15 0.20 0.21 0.08 0.21 0.22 0.19 0.16 0.25 0.25 0.14 0.00 0.06 0.13 0.25 0.90 0.56 0.49
O3' 0.25 0.23 0.04 0.01 0.14 0.03 0.05 0.20 0.06 0.10 0.15 0.25 0.05 0.10 0.10 0.06 0.00 0.23 0.15 0.46 0.24 0.20
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.09 0.11 0.03 0.04 0.01 0.13 0.23 0.00 0.30 0.19 0.40 0.30
O5' 0.18 0.26 0.37 0.26 0.26 0.03 0.30 0.01 0.31 0.30 0.29 0.24 0.34 0.32 0.25 0.25 0.15 0.30 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.29 0.24 0.81 0.57 0.21 0.21 0.17 0.23 0.18 0.14 0.20 0.25 0.18 0.15 0.21 0.90 0.46 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.25 0.54 0.26 0.26 0.25 0.25 0.29 0.25 0.28 0.24 0.26 0.25 0.26 0.28 0.56 0.24 0.40 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.52 0.30 0.13 0.06 0.17 0.02 0.19 0.15 0.17 0.11 0.22 0.19 0.11 0.49 0.20 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00