ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55365

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 10, 8, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.024, 0.054, 0.085, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.030, 0.067, 0.104, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.067 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.019, 0.057, 0.095, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.057 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.032, 0.081, 0.130, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.081 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.039, 0.089, 0.140, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.089 std_dev=0.051
O5' A 0, 0.049, 0.121, 0.193, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.121 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.035, 0.108, 0.181, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.108 std_dev=0.073
P A 0, 0.090, 0.190, 0.291, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.101
OP1 A 0, 0.127, 0.236, 0.345, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.236 std_dev=0.109
OP2 A 0, 0.138, 0.256, 0.374, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.256 std_dev=0.118
N7 B 0, 0.149, 0.274, 0.399, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.274 std_dev=0.125
C1' B 0, 0.240, 0.370, 0.500, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.370 std_dev=0.130
O3' B 0, 0.265, 0.398, 0.530, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.398 std_dev=0.132
N9 B 0, 0.182, 0.315, 0.447, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.315 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.240, 0.373, 0.506, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.373 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.270, 0.404, 0.537, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.404 std_dev=0.133
O5' B 0, 0.215, 0.350, 0.484, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.350 std_dev=0.134
O4' B 0, 0.260, 0.396, 0.533, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.396 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.204, 0.342, 0.481, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.342 std_dev=0.138
C8 B 0, 0.138, 0.277, 0.416, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.277 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.160, 0.301, 0.442, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.301 std_dev=0.141
C4' B 0, 0.273, 0.418, 0.562, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.418 std_dev=0.144
C5' B 0, 0.274, 0.425, 0.576, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.425 std_dev=0.151
P B 0, 0.249, 0.408, 0.568, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.408 std_dev=0.159
O2' B 0, 0.242, 0.401, 0.561, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.401 std_dev=0.160
N6 B 0, 0.206, 0.371, 0.537, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.371 std_dev=0.165
C6 B 0, 0.188, 0.354, 0.520, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.354 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.264, 0.433, 0.602, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.433 std_dev=0.169
OP2 B 0, 0.206, 0.380, 0.554, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.380 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.276, 0.456, 0.636, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.456 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.244, 0.439, 0.633, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.439 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.276, 0.471, 0.667, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.471 std_dev=0.195

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.09 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.08 0.06
N2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.00 0.06 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.06 0.11 0.07
OP1 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.10 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06
C2 0.10 0.16 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.15 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07
C2' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.05 0.11 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05
C3' 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05
C4 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07
C4' 0.08 0.12 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.05 0.13 0.09 0.13 0.11 0.15 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06
C5 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.07 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09
C5' 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.13 0.09 0.13 0.10 0.15 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07
C6 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.10 0.13 0.07 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09
C8 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.10 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09
N1 0.10 0.15 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.14 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08
N2 0.10 0.17 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.08 0.13 0.10 0.16 0.14 0.14 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07
N3 0.09 0.14 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.09 0.14 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07
N7 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10
N9 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07
O2' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.11 0.08 0.13 0.09 0.06 0.10 0.08 0.09 0.06 0.07 0.09 0.06
O3' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.05 0.06 0.07 0.05
O4' 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.06 0.13 0.09 0.14 0.11 0.15 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06
O5' 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.07 0.09 0.07 0.05 0.07 0.10 0.10 0.09
O6 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.15 0.09 0.10 0.11 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11
OP1 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.13 0.10 0.06 0.12 0.08 0.06 0.09 0.15 0.13 0.12
OP2 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.11 0.08 0.14 0.09 0.07 0.10 0.14 0.12 0.12
P 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.11 0.07 0.05 0.08 0.13 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.09 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.08 0.08 0.10 0.08
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.08 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.08 0.09 0.08
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
N6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.09 0.09 0.11 0.09
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.11 0.13 0.10
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.05 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.03 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.13 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.08 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00