ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55366

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 5, 6, 4, 2, 0, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.024, 0.040, 0.056, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.028, 0.047, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.047 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.034, 0.054, 0.073, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.054 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.032, 0.054, 0.075, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.054 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.037, 0.063, 0.090, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.063 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.051, 0.078, 0.105, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.078 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.031, 0.059, 0.087, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.059 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.010, 0.047, 0.085, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.047 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.059, 0.103, 0.148, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.103 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.069, 0.127, 0.184, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.127 std_dev=0.058
C1' B 0, 0.129, 0.388, 0.647, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.388 std_dev=0.259
N9 B 0, 0.188, 0.456, 0.725, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.456 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.331, 0.606, 0.882, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.606 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.323, 0.613, 0.903, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.613 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.513, 0.804, 1.095, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.804 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.323, 0.670, 1.017, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.670 std_dev=0.347
N7 B 0, 0.347, 0.697, 1.047, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.697 std_dev=0.350
C2 B 0, 0.662, 1.025, 1.387, 1.605 max_d=1.605 avg_d=1.025 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.655, 1.041, 1.427, 1.854 max_d=1.854 avg_d=1.041 std_dev=0.386
C6 B 0, 0.465, 0.855, 1.244, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.855 std_dev=0.389
N6 B 0, 0.460, 0.934, 1.408, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.934 std_dev=0.474
O4' B 0, 0.053, 0.615, 1.177, 2.462 max_d=2.462 avg_d=0.615 std_dev=0.562
O4' A 0, -0.259, 0.343, 0.944, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.343 std_dev=0.602
C2' B 0, -0.176, 0.456, 1.088, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.456 std_dev=0.632
C2' A 0, -0.169, 0.470, 1.109, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.470 std_dev=0.639
C4' B 0, -0.069, 0.659, 1.388, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.659 std_dev=0.728
C4' A 0, -0.399, 0.397, 1.193, 3.276 max_d=3.276 avg_d=0.397 std_dev=0.796
O2' B 0, -0.268, 0.543, 1.354, 3.522 max_d=3.522 avg_d=0.543 std_dev=0.811
C3' B 0, -0.278, 0.600, 1.478, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.600 std_dev=0.878
O2' A 0, -0.089, 0.822, 1.734, 3.959 max_d=3.959 avg_d=0.822 std_dev=0.912
C3' A 0, -0.358, 0.564, 1.486, 3.813 max_d=3.813 avg_d=0.564 std_dev=0.922
O3' A 0, -0.201, 0.879, 1.959, 4.647 max_d=4.647 avg_d=0.879 std_dev=1.080
O3' B 0, -0.523, 0.750, 2.023, 5.217 max_d=5.217 avg_d=0.750 std_dev=1.273
C5' B 0, -0.473, 0.984, 2.440, 6.101 max_d=6.101 avg_d=0.984 std_dev=1.457
C5' A 0, -0.882, 0.666, 2.214, 6.211 max_d=6.211 avg_d=0.666 std_dev=1.548
O5' B 0, -0.682, 1.100, 2.882, 7.260 max_d=7.260 avg_d=1.100 std_dev=1.782
O5' A 0, -1.040, 0.781, 2.602, 7.248 max_d=7.248 avg_d=0.781 std_dev=1.821
P B 0, -0.902, 1.579, 4.059, 10.227 max_d=10.227 avg_d=1.579 std_dev=2.481
P A 0, -1.519, 1.053, 3.626, 10.176 max_d=10.176 avg_d=1.053 std_dev=2.573
OP2 A 0, -1.553, 1.126, 3.805, 10.566 max_d=10.566 avg_d=1.126 std_dev=2.679
OP2 B 0, -1.091, 1.636, 4.363, 10.880 max_d=10.880 avg_d=1.636 std_dev=2.727
OP1 B 0, -0.953, 1.934, 4.822, 12.034 max_d=12.034 avg_d=1.934 std_dev=2.888
OP1 A 0, -1.793, 1.256, 4.306, 12.091 max_d=12.091 avg_d=1.256 std_dev=3.050

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.22 0.00 0.09 0.03 0.12 0.14 0.08
C2 0.04 0.00 0.18 0.18 0.01 0.33 0.02 0.63 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.17 0.29 0.85 0.02 1.02 1.17 1.05
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.13 0.09 0.08 0.14 0.22 0.17 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.28 0.08 0.33 0.37 0.30
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.12 0.33 0.09 0.29 0.18 0.31 0.14 0.03 0.01 0.01 0.10 0.17 0.16 0.13 0.08
C4 0.02 0.01 0.08 0.05 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.12 0.15 0.30 0.02 0.31 0.33 0.31
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.06 0.30 0.20 0.46 0.32 0.24 0.07 0.18 0.03 0.00 0.01 0.04 0.10 0.09 0.03
C5 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.26 0.11 0.06 0.14 0.01 0.14 0.20 0.14
C5' 0.04 0.63 0.13 0.02 0.22 0.01 0.08 0.00 0.15 0.47 0.42 0.87 0.60 0.39 0.10 0.09 0.13 0.01 0.01 0.09 0.10 0.06 0.02
C6 0.03 0.02 0.09 0.12 0.02 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.29 0.12 0.11 0.20 0.01 0.19 0.21 0.21
C8 0.03 0.02 0.08 0.33 0.01 0.30 0.01 0.47 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.14 0.17 0.63 0.02 0.69 0.82 0.73
N1 0.03 0.01 0.14 0.09 0.01 0.20 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.13 0.21 0.56 0.02 0.67 0.76 0.69
N2 0.06 0.01 0.22 0.29 0.02 0.46 0.02 0.87 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.26 0.22 0.35 1.16 0.03 1.48 1.72 1.50
N3 0.04 0.01 0.17 0.18 0.00 0.32 0.02 0.60 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.18 0.29 0.80 0.03 0.89 0.99 0.92
N7 0.03 0.02 0.06 0.31 0.01 0.24 0.01 0.39 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.15 0.10 0.54 0.02 0.65 0.80 0.66
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.12 0.01 0.14 0.03 0.15 0.21 0.16
O2' 0.02 0.25 0.01 0.03 0.19 0.18 0.26 0.09 0.29 0.24 0.27 0.26 0.21 0.28 0.15 0.00 0.06 0.13 0.24 0.31 0.32 0.45 0.29
O3' 0.22 0.17 0.04 0.01 0.12 0.03 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.22 0.18 0.15 0.12 0.06 0.00 0.14 0.16 0.13 0.20 0.17 0.16
O4' 0.00 0.29 0.02 0.01 0.15 0.00 0.06 0.01 0.11 0.17 0.21 0.35 0.29 0.10 0.01 0.13 0.14 0.00 0.07 0.08 0.08 0.14 0.09
O5' 0.09 0.85 0.28 0.10 0.30 0.01 0.14 0.01 0.20 0.63 0.56 1.16 0.80 0.54 0.14 0.24 0.16 0.07 0.00 0.15 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.17 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.31 0.13 0.08 0.15 0.00 0.14 0.18 0.13
OP1 0.12 1.02 0.33 0.16 0.31 0.10 0.14 0.10 0.19 0.69 0.67 1.48 0.89 0.65 0.15 0.32 0.20 0.08 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 1.17 0.37 0.13 0.33 0.09 0.20 0.06 0.21 0.82 0.76 1.72 0.99 0.80 0.21 0.45 0.17 0.14 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.08 1.05 0.30 0.08 0.31 0.03 0.14 0.02 0.21 0.73 0.69 1.50 0.92 0.66 0.16 0.29 0.16 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.37 0.60 0.34 0.17 0.38 0.20 0.75 0.20 0.26 0.27 0.32 0.23 0.29 0.14 0.72 0.58 0.60 0.75 0.93 1.08 1.06
C2 0.16 0.38 0.44 0.69 0.22 0.25 0.14 0.38 0.20 0.18 0.31 0.35 0.16 0.18 0.13 0.28 0.85 0.24 0.77 0.96 1.16 0.82
C2' 0.46 0.63 0.19 0.18 0.43 0.82 0.29 1.20 0.29 0.33 0.46 0.65 0.22 0.30 0.38 0.28 0.26 1.04 1.16 1.28 1.36 1.43
C3' 0.33 0.83 0.28 0.12 0.51 0.71 0.40 1.21 0.49 0.28 0.68 0.76 0.41 0.29 0.35 0.50 0.33 0.90 1.35 1.60 1.80 1.81
C4 0.09 0.37 0.50 0.46 0.14 0.13 0.13 0.26 0.14 0.27 0.27 0.33 0.16 0.29 0.10 0.47 0.64 0.41 0.39 0.42 0.73 0.45
C4' 0.37 0.39 0.97 0.62 0.18 0.11 0.18 0.60 0.18 0.40 0.32 0.29 0.18 0.33 0.30 1.25 0.96 0.24 0.77 1.19 1.40 1.32
C5 0.10 0.39 0.38 0.35 0.13 0.14 0.12 0.22 0.12 0.27 0.29 0.31 0.15 0.31 0.10 0.37 0.49 0.35 0.44 0.50 0.83 0.49
C5' 0.77 0.41 1.38 1.10 0.27 0.52 0.25 0.12 0.17 0.68 0.39 0.22 0.19 0.50 0.58 1.71 1.52 0.28 0.39 0.83 1.23 0.98
C6 0.12 0.40 0.29 0.40 0.19 0.14 0.10 0.23 0.19 0.20 0.35 0.34 0.15 0.23 0.10 0.23 0.51 0.24 0.59 0.78 1.08 0.68
C8 0.14 0.33 0.46 0.23 0.14 0.33 0.24 0.61 0.22 0.31 0.24 0.25 0.29 0.36 0.17 0.56 0.37 0.49 0.70 0.82 1.11 0.93
N1 0.16 0.40 0.32 0.56 0.23 0.24 0.16 0.41 0.23 0.16 0.34 0.35 0.19 0.16 0.13 0.20 0.68 0.19 0.81 1.08 1.34 0.94
N2 0.21 0.36 0.44 0.83 0.25 0.42 0.18 0.66 0.22 0.16 0.31 0.35 0.20 0.16 0.18 0.25 1.02 0.21 1.07 1.36 1.47 1.19
N3 0.12 0.36 0.55 0.65 0.18 0.12 0.12 0.15 0.15 0.23 0.27 0.34 0.13 0.23 0.11 0.44 0.85 0.35 0.44 0.51 0.75 0.42
N7 0.13 0.35 0.37 0.23 0.12 0.24 0.20 0.42 0.17 0.30 0.25 0.26 0.26 0.35 0.15 0.43 0.35 0.41 0.55 0.61 0.94 0.68
N9 0.12 0.36 0.54 0.35 0.15 0.29 0.20 0.55 0.19 0.29 0.26 0.31 0.23 0.32 0.15 0.61 0.54 0.52 0.59 0.68 0.92 0.79
O2' 0.63 0.54 0.15 0.36 0.39 1.10 0.23 1.49 0.19 0.37 0.34 0.60 0.24 0.33 0.44 0.17 0.18 1.23 1.32 1.53 1.42 1.58
O3' 0.53 0.78 0.10 0.47 0.56 1.10 0.43 1.71 0.45 0.37 0.61 0.78 0.38 0.36 0.47 0.25 0.21 1.14 1.85 2.31 2.26 2.42
O4' 0.57 0.32 1.16 0.82 0.41 0.21 0.39 0.37 0.29 0.56 0.26 0.37 0.28 0.50 0.51 1.35 1.07 0.14 0.47 0.79 0.98 0.90
O5' 0.74 0.70 1.33 1.19 0.20 0.63 0.16 0.20 0.33 0.67 0.67 0.40 0.34 0.44 0.52 1.55 1.62 0.33 0.26 0.47 1.04 0.70
O6 0.14 0.41 0.21 0.33 0.20 0.16 0.14 0.27 0.25 0.18 0.39 0.33 0.20 0.19 0.13 0.17 0.41 0.20 0.63 0.89 1.18 0.77
OP1 0.96 0.82 1.47 1.47 0.13 1.09 0.07 0.73 0.45 0.80 0.87 0.37 0.51 0.47 0.63 1.80 2.05 0.70 0.31 0.23 0.85 0.35
OP2 0.89 0.97 1.37 1.54 0.13 1.17 0.14 1.01 0.59 0.83 1.04 0.47 0.64 0.49 0.60 1.52 1.97 0.72 0.77 0.67 0.42 0.36
P 1.04 0.72 1.59 1.65 0.21 1.19 0.14 0.85 0.36 0.90 0.76 0.29 0.41 0.57 0.73 1.82 2.19 0.77 0.52 0.26 0.58 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.24 0.16
C2 0.06 0.00 0.12 0.37 0.01 0.41 0.01 0.64 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.27 0.35 0.33 0.82 0.93 1.12 0.94
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.12 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.12 0.23 0.15
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.14 0.00 0.04 0.02 0.11 0.27 0.26 0.36 0.07 0.20 0.06 0.02 0.01 0.01 0.18 0.10 0.23 0.17
C4 0.03 0.01 0.06 0.14 0.00 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.16 0.30 0.33 0.48 0.30
C4' 0.01 0.41 0.01 0.00 0.16 0.00 0.05 0.01 0.12 0.30 0.29 0.41 0.07 0.22 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.32 0.42 0.63 0.38
C5' 0.03 0.64 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.00 0.16 0.51 0.43 0.60 0.12 0.43 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.16 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.12 0.12 0.33 0.44 0.62 0.36
C8 0.02 0.02 0.05 0.27 0.01 0.30 0.02 0.51 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.23 0.22 0.79 0.86 1.08 0.90
N1 0.06 0.00 0.09 0.26 0.02 0.29 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.26 0.24 0.58 0.69 0.87 0.66
N3 0.06 0.01 0.12 0.36 0.01 0.41 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.33 0.35 0.75 0.79 0.92 0.80
N6 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.07 0.02 0.12 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.35 0.52 0.71 0.41
N7 0.02 0.02 0.04 0.20 0.01 0.22 0.01 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.11 0.18 0.15 0.70 0.84 1.10 0.85
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.31 0.33 0.49 0.34
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.11 0.03 0.05 0.03 0.10 0.15 0.20 0.26 0.06 0.11 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.11 0.08
O3' 0.01 0.35 0.01 0.01 0.13 0.02 0.05 0.02 0.12 0.23 0.26 0.33 0.08 0.18 0.05 0.04 0.00 0.02 0.16 0.17 0.24 0.19
O4' 0.01 0.33 0.01 0.01 0.16 0.00 0.05 0.01 0.12 0.22 0.24 0.35 0.07 0.15 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.13 0.12 0.10
O5' 0.14 0.82 0.15 0.18 0.30 0.01 0.32 0.01 0.33 0.79 0.58 0.75 0.35 0.70 0.31 0.06 0.16 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.93 0.12 0.10 0.33 0.08 0.42 0.15 0.44 0.86 0.69 0.79 0.52 0.84 0.33 0.08 0.17 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 1.12 0.23 0.23 0.48 0.08 0.63 0.16 0.62 1.08 0.87 0.92 0.71 1.10 0.49 0.11 0.24 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.94 0.15 0.17 0.30 0.03 0.38 0.02 0.36 0.90 0.66 0.80 0.41 0.85 0.34 0.08 0.19 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00