ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55367

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 3, 8, 3, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.045, 0.122, 0.199, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.122 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.046, 0.132, 0.219, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.132 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.098, 0.203, 0.308, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.203 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.069, 0.195, 0.321, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.195 std_dev=0.126
C3' A 0, 0.075, 0.205, 0.335, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.205 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.097, 0.268, 0.440, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.268 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.288, 0.471, 0.654, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.471 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.298, 0.486, 0.674, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.486 std_dev=0.188
C6 B 0, 0.285, 0.474, 0.662, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.474 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.289, 0.494, 0.699, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.494 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.322, 0.528, 0.734, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.528 std_dev=0.206
N7 B 0, 0.278, 0.487, 0.697, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.487 std_dev=0.210
N6 B 0, 0.280, 0.492, 0.704, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.492 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.314, 0.528, 0.742, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.528 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.271, 0.486, 0.700, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.486 std_dev=0.215
OP2 B 0, 0.252, 0.473, 0.693, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.473 std_dev=0.221
C5' A 0, 0.136, 0.362, 0.587, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.362 std_dev=0.225
C8 B 0, 0.259, 0.484, 0.710, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.484 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.293, 0.529, 0.765, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.529 std_dev=0.236
O5' A 0, 0.188, 0.434, 0.680, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.434 std_dev=0.246
P B 0, 0.224, 0.482, 0.741, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.482 std_dev=0.259
O5' B 0, 0.236, 0.507, 0.778, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.507 std_dev=0.271
OP1 B 0, 0.279, 0.553, 0.826, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.553 std_dev=0.273
O3' B 0, 0.290, 0.592, 0.894, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.592 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.202, 0.509, 0.817, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.509 std_dev=0.308
P A 0, 0.221, 0.568, 0.915, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.568 std_dev=0.347
OP1 A 0, 0.186, 0.580, 0.974, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.580 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.119, 0.516, 0.913, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.516 std_dev=0.397
C4' B 0, 0.187, 0.603, 1.018, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.603 std_dev=0.416
OP2 A 0, 0.252, 0.676, 1.099, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.676 std_dev=0.424
C5' B 0, 0.162, 0.620, 1.077, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.620 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.206, 0.678, 1.149, 2.611 max_d=2.611 avg_d=0.678 std_dev=0.471
O2' B 0, -0.088, 0.645, 1.378, 4.219 max_d=4.219 avg_d=0.645 std_dev=0.733

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.04 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.11 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.17 0.00 0.19 0.24 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.02 0.06
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.06 0.10 0.13 0.10 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.12 0.04 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.13 0.01 0.18 0.17 0.15
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.23 0.22 0.19
C5' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.13 0.06 0.14 0.16 0.12 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.17 0.00 0.24 0.28 0.22
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.11 0.01 0.22 0.15 0.16
N1 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04 0.18 0.00 0.21 0.29 0.21
N2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.05 0.18 0.00 0.24 0.26 0.20
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.14 0.01 0.16 0.16 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.14 0.01 0.25 0.21 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.18 0.11 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.04 0.05
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.12 0.16 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.16 0.08 0.09
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.08 0.06 0.05
O5' 0.04 0.17 0.02 0.03 0.13 0.01 0.15 0.00 0.17 0.11 0.18 0.18 0.14 0.14 0.09 0.02 0.06 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.18 0.00 0.26 0.31 0.24
OP1 0.12 0.19 0.13 0.12 0.18 0.07 0.23 0.03 0.24 0.22 0.21 0.24 0.16 0.25 0.18 0.12 0.16 0.08 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.24 0.02 0.04 0.17 0.05 0.22 0.06 0.28 0.15 0.29 0.26 0.16 0.21 0.11 0.04 0.08 0.06 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.06 0.06 0.15 0.02 0.19 0.01 0.22 0.16 0.21 0.20 0.14 0.19 0.12 0.05 0.09 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.20 0.37 0.18 0.14 0.25 0.13 0.24 0.16 0.13 0.19 0.18 0.15 0.11 0.13 0.47 0.19 0.37 0.14 0.17 0.20 0.15
C2 0.18 0.13 0.25 0.16 0.16 0.24 0.17 0.22 0.15 0.20 0.13 0.14 0.18 0.20 0.18 0.37 0.18 0.31 0.19 0.17 0.22 0.16
C2' 0.16 0.21 0.41 0.20 0.16 0.30 0.13 0.32 0.15 0.13 0.19 0.20 0.13 0.11 0.14 0.54 0.20 0.41 0.14 0.13 0.12 0.11
C3' 0.14 0.17 0.39 0.20 0.13 0.25 0.10 0.27 0.12 0.11 0.15 0.16 0.11 0.10 0.12 0.46 0.20 0.34 0.14 0.17 0.16 0.14
C4 0.17 0.16 0.29 0.16 0.12 0.27 0.13 0.25 0.15 0.16 0.18 0.13 0.16 0.14 0.15 0.47 0.17 0.38 0.16 0.18 0.20 0.16
C4' 0.12 0.13 0.35 0.19 0.11 0.18 0.09 0.18 0.10 0.11 0.13 0.13 0.10 0.09 0.11 0.33 0.19 0.25 0.17 0.18 0.23 0.17
C5 0.19 0.19 0.27 0.17 0.13 0.30 0.13 0.28 0.16 0.16 0.21 0.15 0.17 0.14 0.16 0.53 0.18 0.41 0.16 0.19 0.20 0.17
C5' 0.13 0.12 0.33 0.20 0.12 0.17 0.11 0.17 0.11 0.15 0.12 0.12 0.11 0.14 0.13 0.29 0.19 0.21 0.20 0.20 0.24 0.19
C6 0.21 0.17 0.25 0.18 0.16 0.29 0.15 0.26 0.16 0.17 0.19 0.16 0.19 0.16 0.17 0.49 0.20 0.38 0.17 0.19 0.20 0.17
C8 0.18 0.24 0.31 0.16 0.13 0.35 0.12 0.33 0.17 0.12 0.23 0.19 0.16 0.10 0.12 0.64 0.17 0.48 0.17 0.19 0.18 0.17
N1 0.20 0.15 0.24 0.17 0.16 0.27 0.17 0.23 0.17 0.19 0.16 0.16 0.19 0.18 0.18 0.42 0.19 0.34 0.18 0.18 0.21 0.17
N2 0.18 0.14 0.24 0.17 0.17 0.23 0.18 0.21 0.16 0.21 0.14 0.15 0.19 0.22 0.18 0.31 0.18 0.28 0.21 0.17 0.22 0.17
N3 0.17 0.12 0.28 0.16 0.14 0.24 0.15 0.22 0.14 0.19 0.14 0.12 0.15 0.19 0.17 0.38 0.18 0.32 0.18 0.17 0.21 0.16
N7 0.20 0.23 0.28 0.18 0.13 0.34 0.12 0.32 0.17 0.14 0.23 0.17 0.17 0.11 0.15 0.62 0.19 0.46 0.17 0.19 0.19 0.17
N9 0.16 0.20 0.32 0.15 0.12 0.29 0.12 0.27 0.16 0.13 0.21 0.16 0.15 0.11 0.12 0.53 0.17 0.42 0.15 0.18 0.19 0.16
O2' 0.21 0.23 0.42 0.24 0.20 0.33 0.17 0.38 0.18 0.17 0.21 0.23 0.16 0.16 0.19 0.48 0.23 0.42 0.20 0.12 0.07 0.10
O3' 0.15 0.17 0.40 0.22 0.13 0.27 0.10 0.31 0.11 0.11 0.15 0.17 0.10 0.10 0.12 0.43 0.21 0.35 0.17 0.21 0.17 0.16
O4' 0.15 0.14 0.35 0.21 0.12 0.19 0.10 0.18 0.12 0.16 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.34 0.21 0.26 0.20 0.18 0.23 0.17
O5' 0.15 0.17 0.36 0.20 0.16 0.18 0.16 0.18 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.18 0.16 0.38 0.20 0.24 0.19 0.19 0.23 0.18
O6 0.22 0.18 0.24 0.20 0.16 0.31 0.15 0.28 0.17 0.17 0.19 0.17 0.20 0.16 0.18 0.52 0.22 0.39 0.18 0.19 0.20 0.17
OP1 0.17 0.20 0.43 0.26 0.17 0.20 0.17 0.19 0.18 0.18 0.20 0.19 0.19 0.18 0.17 0.51 0.27 0.26 0.20 0.17 0.18 0.16
OP2 0.13 0.16 0.28 0.16 0.14 0.18 0.15 0.18 0.16 0.16 0.17 0.15 0.18 0.17 0.14 0.27 0.17 0.22 0.19 0.25 0.28 0.22
P 0.15 0.16 0.36 0.21 0.15 0.18 0.15 0.18 0.15 0.17 0.15 0.15 0.15 0.17 0.15 0.39 0.21 0.23 0.19 0.20 0.22 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.12 0.05
C2 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.08 0.11 0.10 0.19 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.12 0.23 0.26 0.16
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.25 0.21 0.15
C4 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.04 0.11 0.09 0.17 0.11
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.13 0.16 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.12 0.11 0.23 0.14
C5' 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.16 0.02 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.12 0.12 0.24 0.15
C8 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.06 0.04 0.12 0.10 0.21 0.13
N1 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.11 0.07 0.12 0.11 0.22 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.07 0.11 0.10 0.16 0.10
N6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.12 0.15 0.27 0.17
N7 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.07 0.02 0.12 0.13 0.25 0.16
N9 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.10 0.08 0.15 0.09
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.08 0.10 0.04 0.16 0.06 0.21 0.15 0.22 0.04 0.16 0.07 0.00 0.18 0.06 0.21 0.23 0.26 0.25
O3' 0.08 0.12 0.03 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06 0.11 0.12 0.09 0.07 0.08 0.18 0.00 0.04 0.04 0.24 0.22 0.14
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.08 0.09 0.20 0.06
O5' 0.08 0.11 0.12 0.06 0.11 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.21 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.10 0.23 0.25 0.09 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.13 0.08 0.23 0.24 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.19 0.26 0.21 0.17 0.16 0.23 0.16 0.24 0.21 0.22 0.16 0.27 0.25 0.15 0.26 0.22 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.16 0.15 0.11 0.03 0.14 0.01 0.15 0.13 0.14 0.10 0.17 0.16 0.09 0.25 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00