ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55368

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 9, 7, 5, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.019 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.027 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.010, 0.047, 0.084, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.025, 0.081, 0.137, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.081 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.026, 0.089, 0.151, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.089 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.055, 0.123, 0.191, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.123 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.041, 0.119, 0.198, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.119 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.032, 0.146, 0.260, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.146 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.066, 0.181, 0.297, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.181 std_dev=0.116
O5' B 0, 0.106, 0.231, 0.356, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.231 std_dev=0.125
N6 B 0, 0.076, 0.211, 0.346, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.211 std_dev=0.135
C6 B 0, 0.066, 0.202, 0.338, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.202 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.087, 0.225, 0.363, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.225 std_dev=0.138
C5 B 0, 0.049, 0.199, 0.349, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.199 std_dev=0.150
C2 B 0, 0.090, 0.240, 0.391, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.240 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.051, 0.204, 0.356, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.204 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.074, 0.228, 0.381, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.228 std_dev=0.154
N9 B 0, 0.041, 0.211, 0.382, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.211 std_dev=0.171
N7 B 0, 0.048, 0.223, 0.398, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.223 std_dev=0.175
O5' A 0, -0.007, 0.171, 0.349, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.171 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.053, 0.231, 0.410, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.231 std_dev=0.178
O3' B 0, 0.077, 0.263, 0.448, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.263 std_dev=0.185
C8 B 0, 0.043, 0.230, 0.416, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.230 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.045, 0.249, 0.453, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.249 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.035, 0.248, 0.461, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.248 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.023, 0.243, 0.463, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.243 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.028, 0.259, 0.489, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.259 std_dev=0.230
O2' B 0, 0.066, 0.301, 0.536, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.301 std_dev=0.235
OP2 A 0, -0.025, 0.238, 0.501, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.238 std_dev=0.263
P A 0, -0.051, 0.213, 0.476, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.213 std_dev=0.263
C5' B 0, -0.048, 0.284, 0.616, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.284 std_dev=0.332
P B 0, -0.073, 0.263, 0.599, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.263 std_dev=0.336
OP1 A 0, -0.073, 0.279, 0.632, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.279 std_dev=0.352
OP1 B 0, -0.302, 0.396, 1.094, 3.898 max_d=3.898 avg_d=0.396 std_dev=0.698
OP2 B 0, -0.371, 0.357, 1.086, 4.017 max_d=4.017 avg_d=0.357 std_dev=0.729

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.14 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.11 0.15 0.10
C8 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.12 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.10 0.14 0.09
N2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.06 0.01 0.07 0.12 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.11 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.12 0.15 0.11
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.11 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.00 0.12 0.16 0.11
OP1 0.02 0.07 0.05 0.07 0.07 0.03 0.10 0.03 0.11 0.10 0.10 0.07 0.06 0.12 0.06 0.06 0.11 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.12 0.05 0.06 0.11 0.01 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.09 0.04 0.08 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.06 0.03 0.07 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.15 0.10 0.07 0.10 0.08 0.23 0.08 0.12 0.08 0.10 0.11 0.14 0.07 0.26 0.12 0.09 0.10 0.34 0.14 0.05
C2 0.11 0.15 0.14 0.12 0.10 0.09 0.06 0.16 0.08 0.07 0.12 0.14 0.08 0.08 0.09 0.22 0.16 0.08 0.12 0.62 0.09 0.17
C2' 0.10 0.10 0.20 0.15 0.08 0.06 0.08 0.15 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.13 0.07 0.29 0.16 0.07 0.14 0.36 0.05 0.08
C3' 0.07 0.07 0.13 0.08 0.08 0.13 0.12 0.26 0.11 0.18 0.08 0.07 0.14 0.19 0.10 0.23 0.09 0.14 0.05 0.17 0.17 0.01
C4 0.07 0.11 0.12 0.09 0.06 0.09 0.08 0.21 0.08 0.12 0.09 0.11 0.11 0.15 0.06 0.23 0.13 0.08 0.10 0.51 0.16 0.10
C4' 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.19 0.12 0.34 0.10 0.18 0.08 0.07 0.12 0.17 0.11 0.19 0.07 0.17 0.04 0.08 0.21 0.04
C5 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.11 0.12 0.23 0.11 0.15 0.09 0.10 0.14 0.18 0.08 0.19 0.12 0.09 0.09 0.49 0.25 0.09
C5' 0.17 0.09 0.12 0.16 0.14 0.29 0.16 0.44 0.14 0.23 0.10 0.10 0.15 0.22 0.17 0.13 0.12 0.26 0.10 0.08 0.36 0.11
C6 0.07 0.12 0.09 0.09 0.06 0.09 0.10 0.19 0.10 0.12 0.10 0.10 0.14 0.15 0.06 0.17 0.13 0.07 0.10 0.54 0.23 0.10
C8 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.16 0.14 0.30 0.12 0.20 0.09 0.09 0.14 0.20 0.13 0.21 0.09 0.15 0.08 0.35 0.35 0.07
N1 0.09 0.14 0.11 0.10 0.07 0.08 0.05 0.17 0.06 0.08 0.11 0.13 0.10 0.10 0.06 0.19 0.15 0.07 0.11 0.60 0.14 0.15
N2 0.13 0.16 0.16 0.13 0.13 0.10 0.11 0.14 0.11 0.10 0.15 0.16 0.08 0.09 0.12 0.23 0.17 0.11 0.13 0.65 0.11 0.20
N3 0.10 0.13 0.15 0.12 0.09 0.09 0.06 0.18 0.07 0.08 0.11 0.13 0.08 0.09 0.08 0.24 0.15 0.08 0.12 0.57 0.08 0.15
N7 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.15 0.16 0.28 0.13 0.21 0.10 0.10 0.15 0.21 0.14 0.18 0.10 0.14 0.08 0.40 0.36 0.08
N9 0.07 0.10 0.12 0.08 0.07 0.11 0.10 0.25 0.09 0.15 0.09 0.10 0.12 0.16 0.07 0.24 0.12 0.09 0.09 0.41 0.22 0.06
O2' 0.13 0.12 0.22 0.17 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.29 0.17 0.09 0.15 0.31 0.16 0.12
O3' 0.07 0.07 0.16 0.11 0.08 0.09 0.12 0.18 0.11 0.17 0.08 0.07 0.14 0.17 0.09 0.23 0.10 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00
O4' 0.09 0.09 0.11 0.09 0.07 0.17 0.10 0.31 0.09 0.15 0.08 0.08 0.11 0.16 0.09 0.22 0.09 0.14 0.06 0.20 0.22 0.02
O5' 0.26 0.14 0.22 0.28 0.21 0.40 0.23 0.54 0.19 0.31 0.15 0.16 0.20 0.28 0.26 0.13 0.21 0.35 0.15 0.10 0.43 0.07
O6 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08 0.09 0.12 0.19 0.13 0.13 0.11 0.10 0.15 0.15 0.08 0.13 0.13 0.08 0.10 0.52 0.29 0.09
OP1 0.42 0.25 0.37 0.48 0.33 0.58 0.32 0.67 0.28 0.40 0.25 0.28 0.27 0.36 0.38 0.25 0.44 0.51 0.31 0.14 0.43 0.11
OP2 0.41 0.27 0.41 0.46 0.35 0.51 0.35 0.58 0.31 0.42 0.28 0.30 0.31 0.39 0.40 0.31 0.38 0.47 0.21 0.13 0.56 0.13
P 0.36 0.21 0.33 0.41 0.28 0.50 0.28 0.60 0.24 0.36 0.21 0.24 0.24 0.33 0.33 0.22 0.35 0.44 0.22 0.10 0.48 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.37 0.22 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.09 0.52 0.23 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.17 0.50 0.20
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.10 0.55 0.24
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.56 0.14 0.14
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.21 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.67 0.10 0.22
C5' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.04 0.10 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.68 0.10 0.22
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.70 0.15 0.28
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.08 0.61 0.14 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.09 0.47 0.25 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.74 0.14 0.27
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.75 0.19 0.30
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.54 0.11 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.22 0.15 0.61 0.26
O3' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.09 0.54 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.38 0.07 0.14
O5' 0.08 0.09 0.20 0.16 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.22 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.37 0.52 0.17 0.10 0.56 0.13 0.67 0.04 0.68 0.70 0.61 0.47 0.74 0.75 0.54 0.15 0.09 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.23 0.50 0.55 0.14 0.21 0.10 0.12 0.10 0.15 0.14 0.25 0.14 0.19 0.11 0.61 0.54 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.20 0.24 0.14 0.03 0.22 0.01 0.22 0.28 0.15 0.08 0.27 0.30 0.15 0.26 0.21 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00