ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 5, 1, 5, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.006, 0.009, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.020, 0.031, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.021, 0.034, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.020, 0.063, 0.105, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.063 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.036, 0.079, 0.122, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.079 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.043, 0.109, 0.175, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.109 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.042, 0.112, 0.183, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.112 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.047, 0.122, 0.198, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.122 std_dev=0.075
O5' A 0, 0.100, 0.204, 0.307, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.204 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.069, 0.185, 0.302, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.185 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.060, 0.178, 0.296, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.178 std_dev=0.118
P A 0, 0.166, 0.314, 0.462, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.314 std_dev=0.148
N3 B 0, 0.138, 0.318, 0.499, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.318 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.142, 0.324, 0.505, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.324 std_dev=0.181
OP1 A 0, 0.189, 0.371, 0.554, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.371 std_dev=0.182
OP2 A 0, 0.196, 0.384, 0.572, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.384 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.152, 0.349, 0.546, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.349 std_dev=0.197
N1 B 0, 0.167, 0.367, 0.567, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.367 std_dev=0.200
C2' B 0, 0.164, 0.370, 0.576, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.370 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.163, 0.377, 0.591, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.377 std_dev=0.214
O2' B 0, 0.188, 0.405, 0.622, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.405 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.166, 0.386, 0.606, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.386 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.170, 0.392, 0.614, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.392 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.185, 0.408, 0.631, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.408 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.167, 0.392, 0.618, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.392 std_dev=0.225
O3' B 0, 0.177, 0.415, 0.653, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.415 std_dev=0.238
O5' B 0, 0.156, 0.402, 0.648, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.402 std_dev=0.246
C8 B 0, 0.176, 0.426, 0.675, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.426 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.187, 0.443, 0.699, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.443 std_dev=0.256
N6 B 0, 0.228, 0.486, 0.743, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.486 std_dev=0.258
C4' B 0, 0.176, 0.434, 0.693, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.434 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.177, 0.436, 0.695, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.436 std_dev=0.259
OP2 B 0, 0.132, 0.393, 0.653, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.393 std_dev=0.261
P B 0, 0.144, 0.405, 0.666, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.405 std_dev=0.261
C5' B 0, 0.170, 0.440, 0.710, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.440 std_dev=0.270
OP1 B 0, 0.151, 0.436, 0.720, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.436 std_dev=0.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.06 0.00 0.10 0.15 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.15 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.16 0.12
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.17 0.12
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.11 0.16 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.11 0.16 0.12
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.06 0.00 0.10 0.15 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.05 0.00 0.09 0.14 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.12 0.17 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.14 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.10 0.07
O5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.00 0.14 0.18 0.13
OP1 0.06 0.10 0.03 0.02 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.08 0.04 0.03 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.15 0.09 0.06 0.15 0.05 0.16 0.02 0.17 0.16 0.16 0.15 0.14 0.17 0.14 0.07 0.04 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.06 0.03 0.10 0.03 0.12 0.00 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.09 0.05 0.02 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.07 0.12 0.13 0.11 0.12 0.15 0.13 0.16 0.16 0.12 0.07 0.20 0.18 0.12 0.13 0.13 0.11 0.14 0.16 0.18 0.16
C2 0.13 0.12 0.16 0.17 0.07 0.16 0.09 0.16 0.12 0.14 0.14 0.09 0.15 0.13 0.11 0.17 0.18 0.14 0.17 0.18 0.18 0.17
C2' 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.18 0.14 0.19 0.17 0.17 0.11 0.22 0.19 0.14 0.13 0.14 0.13 0.15 0.16 0.19 0.16
C3' 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.18 0.14 0.20 0.18 0.17 0.12 0.23 0.20 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.17 0.19 0.17
C4 0.13 0.05 0.15 0.16 0.10 0.15 0.14 0.16 0.12 0.17 0.06 0.06 0.16 0.18 0.14 0.16 0.16 0.14 0.17 0.18 0.20 0.18
C4' 0.11 0.10 0.12 0.13 0.13 0.12 0.16 0.13 0.18 0.16 0.14 0.09 0.21 0.18 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.16 0.19 0.16
C5 0.16 0.08 0.17 0.18 0.12 0.17 0.15 0.18 0.11 0.20 0.06 0.08 0.15 0.21 0.16 0.17 0.18 0.17 0.19 0.21 0.22 0.20
C5' 0.11 0.09 0.12 0.12 0.12 0.12 0.16 0.13 0.17 0.16 0.13 0.09 0.21 0.18 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.16 0.19 0.16
C6 0.16 0.10 0.18 0.20 0.11 0.19 0.12 0.20 0.08 0.21 0.11 0.09 0.12 0.20 0.16 0.18 0.20 0.18 0.20 0.22 0.23 0.21
C8 0.15 0.08 0.15 0.16 0.14 0.16 0.18 0.16 0.17 0.20 0.10 0.10 0.22 0.22 0.16 0.16 0.16 0.16 0.18 0.19 0.21 0.19
N1 0.15 0.12 0.18 0.19 0.07 0.18 0.07 0.19 0.11 0.17 0.14 0.08 0.15 0.15 0.13 0.18 0.20 0.17 0.19 0.21 0.21 0.20
N2 0.13 0.16 0.16 0.17 0.11 0.16 0.12 0.16 0.16 0.11 0.17 0.13 0.17 0.12 0.10 0.17 0.18 0.14 0.16 0.17 0.17 0.16
N3 0.12 0.09 0.14 0.15 0.08 0.14 0.11 0.15 0.11 0.14 0.11 0.07 0.14 0.15 0.11 0.15 0.16 0.13 0.15 0.17 0.18 0.16
N7 0.16 0.09 0.17 0.18 0.14 0.18 0.18 0.18 0.16 0.22 0.09 0.10 0.21 0.23 0.17 0.17 0.18 0.17 0.19 0.21 0.23 0.21
N9 0.13 0.05 0.14 0.15 0.12 0.14 0.16 0.15 0.15 0.18 0.09 0.07 0.19 0.19 0.14 0.15 0.15 0.13 0.16 0.18 0.20 0.17
O2' 0.13 0.15 0.13 0.14 0.15 0.13 0.18 0.14 0.19 0.17 0.18 0.13 0.21 0.19 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.16 0.18 0.16
O3' 0.14 0.16 0.14 0.15 0.16 0.14 0.19 0.15 0.21 0.18 0.19 0.14 0.24 0.20 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.17 0.19 0.17
O4' 0.10 0.07 0.11 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.16 0.15 0.12 0.07 0.20 0.18 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.16 0.18 0.16
O5' 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.14 0.11 0.07 0.18 0.16 0.11 0.11 0.11 0.10 0.14 0.16 0.19 0.16
O6 0.18 0.12 0.19 0.21 0.12 0.21 0.13 0.22 0.10 0.22 0.14 0.11 0.13 0.21 0.17 0.19 0.21 0.20 0.22 0.25 0.25 0.24
OP1 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.15 0.15 0.12 0.09 0.19 0.17 0.12 0.11 0.13 0.11 0.16 0.20 0.23 0.19
OP2 0.14 0.14 0.13 0.15 0.14 0.15 0.16 0.17 0.17 0.17 0.15 0.13 0.20 0.18 0.15 0.12 0.15 0.14 0.19 0.23 0.25 0.22
P 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.12 0.14 0.14 0.15 0.15 0.12 0.10 0.19 0.17 0.12 0.11 0.13 0.12 0.17 0.20 0.22 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.12 0.14 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.11 0.13 0.16 0.14
C8 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.10 0.11 0.11 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.10 0.11 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.15 0.18 0.16
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.12 0.13 0.15 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
O5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.10 0.10 0.07 0.12 0.12 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.09 0.05 0.06 0.09 0.04 0.12 0.03 0.13 0.11 0.11 0.07 0.15 0.13 0.07 0.06 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.13 0.04 0.05 0.11 0.01 0.14 0.01 0.16 0.11 0.15 0.10 0.18 0.15 0.08 0.04 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.12 0.08 0.16 0.14 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00