ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55371

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 3, 0, 0, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.016, 0.040, 0.065, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.010, 0.038, 0.067, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.010, 0.043, 0.075, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.043 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.009, 0.053, 0.097, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.053 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.132, 0.238, 0.345, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.238 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.092, 0.227, 0.362, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.227 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.387, 0.652, 0.918, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.652 std_dev=0.266
O2' A 0, 0.365, 0.642, 0.919, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.642 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.558, 0.847, 1.135, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.847 std_dev=0.288
C2 B 0, 0.284, 0.617, 0.949, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.617 std_dev=0.332
N3 B 0, 0.498, 0.837, 1.175, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.837 std_dev=0.338
C4' A 0, 0.553, 0.896, 1.239, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.896 std_dev=0.343
N6 B 0, 0.626, 0.978, 1.330, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.978 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.644, 1.006, 1.368, 1.426 max_d=1.426 avg_d=1.006 std_dev=0.362
C3' A 0, 0.632, 0.999, 1.365, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.999 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.625, 0.993, 1.362, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.993 std_dev=0.368
N9 B 0, 0.774, 1.270, 1.766, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.270 std_dev=0.496
N7 B 0, 0.762, 1.264, 1.767, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.264 std_dev=0.502
C8 B 0, 0.825, 1.394, 1.962, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.394 std_dev=0.569
C5' A 0, 0.823, 1.393, 1.963, 2.122 max_d=2.122 avg_d=1.393 std_dev=0.570
C2' B 0, 0.834, 1.410, 1.987, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.410 std_dev=0.577
C1' B 0, 0.867, 1.445, 2.022, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.445 std_dev=0.577
O5' A 0, 1.130, 1.729, 2.328, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.729 std_dev=0.599
O2' B 0, 0.838, 1.502, 2.166, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.502 std_dev=0.664
O3' A 0, 1.004, 1.689, 2.374, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.689 std_dev=0.685
O4' B 0, 1.041, 1.746, 2.452, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.746 std_dev=0.706
OP2 B 0, 1.533, 2.295, 3.056, 3.235 max_d=3.235 avg_d=2.295 std_dev=0.762
C3' B 0, 0.939, 1.736, 2.533, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.736 std_dev=0.797
C4' B 0, 1.073, 1.893, 2.714, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.893 std_dev=0.820
P A 0, 1.287, 2.113, 2.938, 3.236 max_d=3.236 avg_d=2.113 std_dev=0.826
O5' B 0, 1.166, 2.030, 2.893, 3.298 max_d=3.298 avg_d=2.030 std_dev=0.863
C5' B 0, 1.212, 2.136, 3.060, 3.224 max_d=3.224 avg_d=2.136 std_dev=0.924
O3' B 0, 0.986, 1.938, 2.890, 3.911 max_d=3.911 avg_d=1.938 std_dev=0.952
P B 0, 1.429, 2.459, 3.489, 4.085 max_d=4.085 avg_d=2.459 std_dev=1.030
OP2 A 0, 1.899, 3.103, 4.308, 4.187 max_d=4.187 avg_d=3.103 std_dev=1.204
OP1 A 0, 1.810, 3.337, 4.863, 5.195 max_d=5.195 avg_d=3.337 std_dev=1.526
OP1 B 0, 2.294, 4.401, 6.508, 6.577 max_d=6.577 avg_d=4.401 std_dev=2.107

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.04 0.82 0.67 0.42
C2 0.06 0.00 0.07 0.06 0.01 0.20 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.10 0.19 0.31 0.03 1.16 0.48 0.48
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.26 0.07 0.47 0.55 0.25
C3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.15 0.01 0.26 0.02 0.24 0.37 0.14 0.07 0.05 0.37 0.19 0.03 0.01 0.02 0.40 0.30 0.28 0.36 0.20
C4 0.04 0.01 0.05 0.15 0.00 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.08 0.11 0.25 0.02 0.99 0.39 0.39
C4' 0.03 0.20 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.07 0.28 0.10 0.29 0.21 0.24 0.09 0.18 0.03 0.01 0.02 0.12 0.32 0.75 0.31
C5 0.03 0.02 0.04 0.26 0.01 0.10 0.00 0.35 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.23 0.06 0.30 0.02 0.94 0.22 0.32
C5' 0.07 0.19 0.09 0.02 0.20 0.01 0.35 0.00 0.31 0.52 0.20 0.28 0.19 0.53 0.26 0.14 0.10 0.02 0.01 0.40 0.32 0.39 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.24 0.01 0.07 0.01 0.31 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.20 0.10 0.33 0.01 1.02 0.21 0.36
C8 0.02 0.02 0.06 0.37 0.01 0.28 0.02 0.52 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.18 0.37 0.08 0.28 0.05 0.73 0.25 0.24
N1 0.05 0.01 0.06 0.14 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.07 0.15 0.32 0.02 1.12 0.33 0.44
N2 0.07 0.01 0.09 0.07 0.02 0.29 0.02 0.28 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.18 0.21 0.22 0.34 0.03 1.22 0.59 0.54
N3 0.07 0.01 0.07 0.05 0.01 0.21 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.15 0.12 0.19 0.27 0.03 1.10 0.54 0.47
N7 0.02 0.03 0.05 0.37 0.02 0.24 0.01 0.53 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.20 0.39 0.04 0.32 0.05 0.78 0.20 0.24
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.14 0.02 0.20 0.03 0.86 0.41 0.34
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.14 0.18 0.17 0.14 0.18 0.18 0.17 0.18 0.15 0.20 0.12 0.00 0.11 0.15 0.12 0.18 0.75 1.04 0.56
O3' 0.07 0.10 0.04 0.01 0.08 0.03 0.23 0.10 0.20 0.37 0.07 0.21 0.12 0.39 0.14 0.11 0.00 0.07 0.38 0.30 0.38 0.47 0.18
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.08 0.15 0.22 0.19 0.04 0.02 0.15 0.07 0.00 0.24 0.08 0.81 0.75 0.50
O5' 0.13 0.31 0.26 0.40 0.25 0.02 0.30 0.01 0.33 0.28 0.32 0.34 0.27 0.32 0.20 0.12 0.38 0.24 0.00 0.37 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.03 0.07 0.30 0.02 0.12 0.02 0.40 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.18 0.30 0.08 0.37 0.00 0.99 0.19 0.34
OP1 0.82 1.16 0.47 0.28 0.99 0.32 0.94 0.32 1.02 0.73 1.12 1.22 1.10 0.78 0.86 0.75 0.38 0.81 0.02 0.99 0.00 0.02 0.01
OP2 0.67 0.48 0.55 0.36 0.39 0.75 0.22 0.39 0.21 0.25 0.33 0.59 0.54 0.20 0.41 1.04 0.47 0.75 0.03 0.19 0.02 0.00 0.01
P 0.42 0.48 0.25 0.20 0.39 0.31 0.32 0.02 0.36 0.24 0.44 0.54 0.47 0.24 0.34 0.56 0.18 0.50 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.27 0.24 0.53 0.15 0.41 0.17 0.44 0.28 0.14 0.31 0.21 0.36 0.15 0.12 0.32 0.64 0.27 0.47 0.92 0.70 0.47
C2 0.16 0.24 0.17 0.32 0.16 0.23 0.21 0.22 0.22 0.24 0.23 0.18 0.30 0.28 0.18 0.44 0.30 0.17 0.21 0.67 0.81 0.23
C2' 0.35 0.22 0.43 0.70 0.20 0.60 0.15 0.64 0.24 0.22 0.24 0.24 0.35 0.13 0.26 0.43 0.81 0.43 0.68 1.21 0.54 0.68
C3' 0.63 0.30 0.82 1.09 0.35 0.97 0.18 1.02 0.22 0.34 0.23 0.39 0.37 0.16 0.46 0.86 1.29 0.71 1.04 1.11 0.31 0.90
C4 0.11 0.26 0.14 0.37 0.10 0.27 0.10 0.26 0.12 0.19 0.23 0.20 0.12 0.20 0.12 0.38 0.41 0.19 0.23 0.52 0.87 0.21
C4' 0.44 0.25 0.59 0.90 0.19 0.81 0.15 0.89 0.30 0.22 0.30 0.25 0.49 0.14 0.28 0.65 1.13 0.56 0.88 1.04 0.40 0.85
C5 0.18 0.26 0.17 0.35 0.14 0.29 0.15 0.29 0.10 0.25 0.20 0.21 0.10 0.24 0.19 0.44 0.37 0.25 0.26 0.23 0.96 0.25
C5' 0.62 0.42 0.81 1.07 0.38 0.97 0.21 1.01 0.28 0.27 0.35 0.48 0.42 0.11 0.44 0.90 1.37 0.71 0.94 0.79 0.53 0.79
C6 0.23 0.22 0.24 0.35 0.14 0.30 0.15 0.30 0.13 0.24 0.17 0.17 0.17 0.23 0.21 0.53 0.33 0.25 0.27 0.21 0.94 0.25
C8 0.16 0.28 0.11 0.41 0.22 0.32 0.25 0.32 0.24 0.32 0.26 0.26 0.25 0.35 0.21 0.30 0.55 0.31 0.31 0.24 1.03 0.33
N1 0.18 0.21 0.20 0.31 0.14 0.23 0.18 0.22 0.21 0.22 0.21 0.16 0.28 0.24 0.17 0.50 0.29 0.18 0.18 0.41 0.88 0.16
N2 0.18 0.24 0.17 0.32 0.20 0.23 0.28 0.24 0.30 0.29 0.25 0.20 0.43 0.34 0.21 0.43 0.28 0.19 0.24 0.83 0.75 0.30
N3 0.15 0.25 0.17 0.37 0.14 0.27 0.17 0.27 0.16 0.23 0.24 0.19 0.17 0.25 0.16 0.39 0.38 0.19 0.27 0.77 0.79 0.29
N7 0.25 0.28 0.16 0.39 0.23 0.37 0.24 0.40 0.18 0.37 0.22 0.27 0.17 0.34 0.28 0.39 0.44 0.37 0.39 0.29 1.04 0.42
N9 0.10 0.27 0.15 0.44 0.15 0.31 0.17 0.30 0.23 0.18 0.27 0.22 0.25 0.22 0.10 0.32 0.53 0.22 0.29 0.52 0.89 0.25
O2' 0.33 0.40 0.30 0.62 0.33 0.56 0.39 0.67 0.48 0.32 0.46 0.35 0.58 0.36 0.31 0.24 0.68 0.42 0.74 1.71 0.35 0.95
O3' 0.83 0.27 1.04 1.37 0.37 1.33 0.19 1.50 0.28 0.43 0.25 0.41 0.52 0.18 0.57 1.09 1.60 0.98 1.50 1.67 0.72 1.57
O4' 0.19 0.29 0.28 0.61 0.14 0.49 0.17 0.54 0.30 0.15 0.34 0.22 0.39 0.16 0.12 0.36 0.77 0.32 0.55 0.80 0.71 0.54
O5' 0.32 0.25 0.37 0.78 0.16 0.69 0.16 0.75 0.23 0.29 0.27 0.23 0.37 0.27 0.23 0.37 1.04 0.53 0.72 0.93 1.23 0.80
O6 0.30 0.21 0.33 0.41 0.17 0.37 0.17 0.39 0.15 0.28 0.19 0.17 0.19 0.24 0.26 0.61 0.40 0.33 0.36 0.23 0.97 0.36
OP1 0.60 0.92 0.69 0.86 0.74 0.75 0.76 0.77 0.88 0.62 0.95 0.82 0.92 0.68 0.64 0.72 1.04 0.62 0.75 0.93 1.05 0.79
OP2 0.46 0.39 0.39 0.81 0.37 0.82 0.43 0.90 0.48 0.50 0.44 0.36 0.60 0.52 0.42 0.28 1.00 0.67 0.85 1.11 1.05 0.90
P 0.29 0.40 0.30 0.66 0.27 0.63 0.28 0.71 0.36 0.30 0.41 0.33 0.43 0.30 0.26 0.34 0.86 0.49 0.68 0.91 1.10 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.11 0.45 0.20 0.11
C2 0.04 0.00 0.18 0.26 0.02 0.12 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.22 0.23 0.06 0.17 0.68 0.61 0.18
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03 0.10 0.07 0.11 0.13 0.20 0.05 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.23 0.33 0.34 0.26
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.16 0.01 0.17 0.01 0.19 0.19 0.22 0.24 0.20 0.19 0.11 0.03 0.01 0.02 0.08 0.16 0.10 0.08
C4 0.02 0.02 0.08 0.16 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.09 0.03 0.12 0.73 0.50 0.15
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.14 0.08 0.12 0.07 0.12 0.04 0.18 0.03 0.01 0.02 0.06 0.20 0.03
C5 0.03 0.01 0.03 0.17 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.11 0.03 0.13 0.92 0.58 0.20
C5' 0.04 0.12 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.08 0.22 0.08 0.12 0.13 0.21 0.08 0.08 0.12 0.01 0.01 0.18 0.36 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.19 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.13 0.04 0.13 0.93 0.66 0.20
C8 0.02 0.03 0.11 0.19 0.01 0.14 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.14 0.18 0.05 0.23 0.97 0.43 0.28
N1 0.04 0.01 0.13 0.22 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.23 0.18 0.05 0.13 0.81 0.67 0.18
N3 0.04 0.01 0.20 0.24 0.01 0.12 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.22 0.06 0.17 0.61 0.52 0.17
N6 0.04 0.02 0.05 0.20 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.24 0.15 0.04 0.17 1.04 0.71 0.26
N7 0.02 0.02 0.08 0.19 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.18 0.17 0.05 0.22 1.09 0.57 0.30
N9 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.11 0.06 0.02 0.11 0.70 0.36 0.15
O2' 0.04 0.22 0.01 0.03 0.17 0.18 0.20 0.08 0.22 0.14 0.23 0.19 0.24 0.18 0.11 0.00 0.12 0.14 0.16 0.26 0.33 0.21
O3' 0.13 0.23 0.04 0.01 0.09 0.03 0.11 0.12 0.13 0.18 0.18 0.22 0.15 0.17 0.06 0.12 0.00 0.10 0.18 0.34 0.24 0.17
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.14 0.10 0.00 0.12 0.41 0.16 0.14
O5' 0.11 0.17 0.23 0.08 0.12 0.02 0.13 0.01 0.13 0.23 0.13 0.17 0.17 0.22 0.11 0.16 0.18 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.45 0.68 0.33 0.16 0.73 0.06 0.92 0.18 0.93 0.97 0.81 0.61 1.04 1.09 0.70 0.26 0.34 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.61 0.34 0.10 0.50 0.20 0.58 0.36 0.66 0.43 0.67 0.52 0.71 0.57 0.36 0.33 0.24 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.26 0.08 0.15 0.03 0.20 0.02 0.20 0.28 0.18 0.17 0.26 0.30 0.15 0.21 0.17 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00