ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.007, 0.036, 0.064, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.010, 0.039, 0.069, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.014, 0.044, 0.074, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.044 std_dev=0.030
N2 A 0, -0.006, 0.052, 0.111, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.052 std_dev=0.058
C4 B 0, 0.212, 0.430, 0.647, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.430 std_dev=0.217
N9 B 0, 0.207, 0.518, 0.828, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.518 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.143, 0.457, 0.771, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.457 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.283, 0.620, 0.957, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.620 std_dev=0.337
C8 B 0, 0.243, 0.602, 0.960, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.602 std_dev=0.359
N7 B 0, 0.203, 0.595, 0.988, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.595 std_dev=0.393
C2 B 0, 0.247, 0.713, 1.178, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.713 std_dev=0.466
C6 B 0, 0.162, 0.639, 1.116, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.639 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.285, 0.777, 1.269, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.777 std_dev=0.492
N1 B 0, 0.166, 0.720, 1.274, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.720 std_dev=0.554
N6 B 0, 0.202, 0.877, 1.552, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.877 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.463, 1.179, 1.896, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.179 std_dev=0.717
C2' B 0, 0.486, 1.355, 2.223, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.355 std_dev=0.868
O2' B 0, 0.710, 1.713, 2.716, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.713 std_dev=1.003
C4' B 0, 0.718, 1.727, 2.736, 3.750 max_d=3.750 avg_d=1.727 std_dev=1.009
C3' B 0, 0.551, 1.639, 2.727, 4.248 max_d=4.248 avg_d=1.639 std_dev=1.088
O3' A 0, 0.519, 1.612, 2.705, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.612 std_dev=1.093
O4' A 0, -0.014, 1.132, 2.278, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.132 std_dev=1.146
C2' A 0, 0.010, 1.175, 2.340, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.175 std_dev=1.165
C3' A 0, 0.166, 1.500, 2.835, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.500 std_dev=1.335
C4' A 0, 0.116, 1.483, 2.849, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.483 std_dev=1.367
O3' B 0, 0.663, 2.058, 3.453, 5.501 max_d=5.501 avg_d=2.058 std_dev=1.395
C5' B 0, 0.931, 2.339, 3.746, 5.160 max_d=5.160 avg_d=2.339 std_dev=1.408
OP2 B 0, 1.185, 2.679, 4.174, 4.720 max_d=4.720 avg_d=2.679 std_dev=1.494
P B 0, 1.134, 2.718, 4.302, 5.659 max_d=5.659 avg_d=2.718 std_dev=1.584
O5' B 0, 0.763, 2.416, 4.069, 5.879 max_d=5.879 avg_d=2.416 std_dev=1.653
OP1 B 0, 1.176, 2.834, 4.492, 5.490 max_d=5.490 avg_d=2.834 std_dev=1.658
O2' A 0, 0.161, 1.908, 3.654, 4.242 max_d=4.242 avg_d=1.908 std_dev=1.747
C5' A 0, 0.175, 2.786, 5.397, 6.285 max_d=6.285 avg_d=2.786 std_dev=2.611
O5' A 0, -0.044, 3.287, 6.618, 7.785 max_d=7.785 avg_d=3.287 std_dev=3.331
P A 0, -0.137, 4.485, 9.106, 10.656 max_d=10.656 avg_d=4.485 std_dev=4.622
OP2 A 0, 0.056, 4.837, 9.617, 11.203 max_d=11.203 avg_d=4.837 std_dev=4.781
OP1 A 0, -0.246, 5.124, 10.494, 12.415 max_d=12.415 avg_d=5.124 std_dev=5.370

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.03 0.06 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.34 0.00 0.48 0.03 0.55 0.39 0.43
C2 0.07 0.00 0.34 0.40 0.01 0.59 0.01 1.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.42 0.36 0.85 0.01 1.07 1.28 1.13
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.17 0.01 0.08 0.22 0.13 0.23 0.25 0.41 0.34 0.16 0.04 0.00 0.02 0.02 0.37 0.10 0.47 0.54 0.40
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.11 0.01 0.26 0.01 0.18 0.67 0.20 0.59 0.41 0.59 0.24 0.01 0.01 0.02 0.10 0.27 0.31 0.24 0.10
C4 0.03 0.01 0.17 0.11 0.00 0.22 0.01 0.45 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.23 0.19 0.58 0.02 0.69 0.66 0.60
C4' 0.01 0.59 0.01 0.01 0.22 0.00 0.14 0.01 0.16 0.52 0.39 0.78 0.58 0.42 0.14 0.30 0.02 0.01 0.02 0.15 0.22 0.19 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.10 0.07 0.90 0.01 1.10 1.12 0.97
C5' 0.08 1.13 0.22 0.01 0.45 0.01 0.31 0.00 0.40 0.83 0.79 1.52 1.07 0.71 0.24 0.07 0.19 0.02 0.01 0.36 0.34 0.34 0.02
C6 0.04 0.00 0.13 0.18 0.01 0.16 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.12 0.14 0.75 0.00 0.96 0.99 0.83
C8 0.03 0.01 0.23 0.67 0.00 0.52 0.01 0.83 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.26 0.20 1.53 0.02 1.78 1.79 1.65
N1 0.06 0.00 0.25 0.20 0.01 0.39 0.01 0.79 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.27 0.26 0.62 0.01 0.81 0.89 0.79
N2 0.10 0.01 0.41 0.59 0.02 0.78 0.01 1.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.26 0.54 0.43 1.29 0.02 1.67 1.99 1.75
N3 0.07 0.01 0.34 0.41 0.00 0.58 0.00 1.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.24 0.44 0.37 0.78 0.01 0.93 1.12 0.99
N7 0.01 0.01 0.16 0.59 0.01 0.42 0.00 0.71 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.25 0.12 1.47 0.02 1.80 1.90 1.66
N9 0.00 0.02 0.04 0.24 0.01 0.14 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.12 0.01 0.82 0.02 0.93 0.83 0.81
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.29 0.30 0.38 0.07 0.40 0.33 0.35 0.26 0.24 0.40 0.24 0.00 0.04 0.24 0.28 0.45 0.37 0.53 0.28
O3' 0.34 0.42 0.02 0.01 0.23 0.02 0.10 0.19 0.12 0.26 0.27 0.54 0.44 0.25 0.12 0.04 0.00 0.23 0.32 0.10 0.47 0.33 0.30
O4' 0.00 0.36 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.02 0.14 0.20 0.26 0.43 0.37 0.12 0.01 0.24 0.23 0.00 0.44 0.09 0.47 0.29 0.36
O5' 0.48 0.85 0.37 0.10 0.58 0.02 0.90 0.01 0.75 1.53 0.62 1.29 0.78 1.47 0.82 0.28 0.32 0.44 0.00 0.92 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.27 0.02 0.15 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.10 0.09 0.92 0.00 1.21 1.28 1.06
OP1 0.55 1.07 0.47 0.31 0.69 0.22 1.10 0.34 0.96 1.78 0.81 1.67 0.93 1.80 0.93 0.37 0.47 0.47 0.01 1.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 1.28 0.54 0.24 0.66 0.19 1.12 0.34 0.99 1.79 0.89 1.99 1.12 1.90 0.83 0.53 0.33 0.29 0.02 1.28 0.01 0.00 0.01
P 0.43 1.13 0.40 0.10 0.60 0.02 0.97 0.02 0.83 1.65 0.79 1.75 0.99 1.66 0.81 0.28 0.30 0.36 0.01 1.06 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.51 0.18 0.48 0.24 0.22 0.17 0.31 0.30 0.23 0.51 0.39 0.24 0.24 0.15 0.43 0.45 0.13 0.48 0.98 1.22 0.79
C2 0.30 0.20 0.42 0.54 0.16 0.36 0.19 0.28 0.19 0.27 0.12 0.24 0.33 0.29 0.23 0.53 0.55 0.29 0.38 0.65 0.95 0.52
C2' 0.44 0.69 0.34 0.66 0.55 0.54 0.63 0.49 0.76 0.57 0.80 0.58 0.88 0.63 0.50 0.43 0.54 0.53 0.57 1.22 0.97 0.68
C3' 0.38 0.40 0.33 0.78 0.38 0.61 0.43 0.61 0.43 0.52 0.43 0.35 0.48 0.54 0.42 0.34 0.65 0.50 0.73 1.62 0.75 0.84
C4 0.15 0.37 0.21 0.49 0.17 0.25 0.08 0.31 0.16 0.19 0.33 0.31 0.12 0.20 0.12 0.49 0.48 0.13 0.48 0.85 1.14 0.70
C4' 0.33 0.73 0.22 0.42 0.47 0.31 0.48 0.51 0.67 0.33 0.79 0.58 0.73 0.38 0.35 0.71 0.40 0.32 0.64 1.34 1.02 0.87
C5 0.10 0.32 0.18 0.52 0.17 0.31 0.13 0.45 0.22 0.14 0.31 0.26 0.19 0.13 0.08 0.56 0.54 0.15 0.64 0.86 1.24 0.81
C5' 0.67 1.46 0.48 0.49 0.95 0.54 0.90 0.72 1.23 0.55 1.55 1.19 1.24 0.59 0.70 1.02 0.50 0.63 0.85 1.61 1.03 1.06
C6 0.16 0.26 0.27 0.57 0.15 0.37 0.13 0.49 0.17 0.20 0.24 0.22 0.16 0.17 0.13 0.60 0.57 0.22 0.69 0.72 1.17 0.76
C8 0.09 0.42 0.17 0.51 0.22 0.31 0.23 0.52 0.38 0.14 0.46 0.31 0.41 0.12 0.10 0.56 0.56 0.15 0.68 1.08 1.37 0.96
N1 0.28 0.21 0.42 0.58 0.13 0.39 0.16 0.39 0.19 0.26 0.21 0.18 0.25 0.24 0.21 0.58 0.59 0.27 0.53 0.63 1.00 0.60
N2 0.38 0.13 0.53 0.57 0.22 0.44 0.27 0.33 0.33 0.30 0.22 0.25 0.47 0.33 0.29 0.59 0.64 0.39 0.34 0.61 0.84 0.43
N3 0.24 0.34 0.32 0.49 0.18 0.28 0.14 0.22 0.07 0.24 0.20 0.32 0.24 0.28 0.19 0.48 0.47 0.22 0.36 0.75 1.01 0.57
N7 0.09 0.36 0.19 0.52 0.21 0.36 0.24 0.59 0.35 0.11 0.40 0.28 0.36 0.13 0.10 0.61 0.60 0.21 0.77 1.03 1.42 0.99
N9 0.12 0.44 0.16 0.49 0.21 0.24 0.16 0.36 0.30 0.18 0.45 0.34 0.26 0.17 0.12 0.48 0.49 0.10 0.53 0.97 1.23 0.80
O2' 0.68 1.13 0.55 0.72 0.86 0.72 0.94 0.73 1.16 0.81 1.28 0.94 1.31 0.90 0.75 0.64 0.63 0.79 0.83 1.04 1.41 0.95
O3' 0.31 0.37 0.24 0.65 0.34 0.50 0.38 0.53 0.41 0.40 0.41 0.33 0.47 0.43 0.34 0.42 0.56 0.41 0.66 1.49 0.83 0.82
O4' 0.48 0.65 0.36 0.37 0.59 0.41 0.69 0.65 0.78 0.60 0.74 0.58 0.93 0.70 0.54 0.77 0.43 0.51 0.73 1.05 1.36 1.00
O5' 0.57 1.09 0.73 0.92 0.52 0.66 0.44 0.72 0.75 0.65 1.16 0.78 0.75 0.52 0.51 0.98 0.83 0.50 0.97 1.92 1.22 1.14
O6 0.18 0.28 0.28 0.63 0.21 0.48 0.19 0.66 0.21 0.23 0.26 0.25 0.18 0.20 0.18 0.69 0.66 0.32 0.89 0.71 1.26 0.88
OP1 0.81 1.51 1.04 1.17 0.75 0.90 0.62 1.03 0.95 0.92 1.53 1.12 0.86 0.74 0.73 1.31 1.06 0.71 1.32 2.41 1.70 1.60
OP2 0.89 1.57 1.12 1.31 0.76 1.08 0.62 1.25 0.96 1.05 1.58 1.15 0.86 0.83 0.81 1.37 1.19 0.85 1.54 2.67 1.85 1.86
P 0.75 1.63 0.89 0.98 0.81 0.73 0.68 0.84 1.10 0.77 1.67 1.21 1.04 0.61 0.68 1.25 0.90 0.61 1.12 2.17 1.50 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.19 0.45 0.29 0.22
C2 0.03 0.00 0.26 0.16 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.47 0.24 0.24 0.73 0.30 0.25
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.02 0.05 0.23 0.11 0.17 0.20 0.26 0.07 0.10 0.02 0.00 0.05 0.02 0.47 0.57 0.67 0.52
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.18 0.01 0.26 0.02 0.25 0.31 0.20 0.14 0.29 0.33 0.19 0.02 0.01 0.02 0.08 0.70 0.33 0.32
C4 0.01 0.01 0.13 0.18 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.25 0.29 0.13 0.19 0.70 0.32 0.27
C4' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.18 0.10 0.13 0.09 0.16 0.07 0.27 0.03 0.01 0.02 0.40 0.32 0.12
C5 0.01 0.01 0.05 0.26 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.21 0.06 0.21 0.88 0.37 0.34
C5' 0.10 0.24 0.23 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.16 0.27 0.20 0.22 0.18 0.24 0.13 0.11 0.23 0.03 0.00 0.32 0.41 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.26 0.11 0.22 0.94 0.37 0.34
C8 0.01 0.01 0.17 0.31 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.34 0.21 0.14 0.29 0.81 0.41 0.41
N1 0.02 0.00 0.20 0.20 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.37 0.19 0.23 0.85 0.33 0.29
N3 0.02 0.00 0.26 0.14 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.48 0.23 0.23 0.64 0.29 0.24
N6 0.03 0.01 0.07 0.29 0.02 0.09 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.36 0.24 0.08 0.25 1.05 0.41 0.40
N7 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.22 0.07 0.28 0.99 0.44 0.44
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.18 0.01 0.18 0.62 0.32 0.27
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.25 0.27 0.31 0.11 0.33 0.34 0.34 0.33 0.36 0.36 0.19 0.00 0.11 0.17 0.40 0.61 0.71 0.46
O3' 0.32 0.47 0.05 0.01 0.29 0.03 0.21 0.23 0.26 0.21 0.37 0.48 0.24 0.22 0.18 0.11 0.00 0.22 0.27 1.05 0.50 0.54
O4' 0.00 0.24 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.03 0.11 0.14 0.19 0.23 0.08 0.07 0.01 0.17 0.22 0.00 0.10 0.38 0.41 0.13
O5' 0.19 0.24 0.47 0.08 0.19 0.02 0.21 0.00 0.22 0.29 0.23 0.23 0.25 0.28 0.18 0.40 0.27 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.45 0.73 0.57 0.70 0.70 0.40 0.88 0.32 0.94 0.81 0.85 0.64 1.05 0.99 0.62 0.61 1.05 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.30 0.67 0.33 0.32 0.32 0.37 0.41 0.37 0.41 0.33 0.29 0.41 0.44 0.32 0.71 0.50 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.52 0.32 0.27 0.12 0.34 0.01 0.34 0.41 0.29 0.24 0.40 0.44 0.27 0.46 0.54 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00